PDB-5zow: Copper amine oxidase from Arthrobacter globiformis anaerobically ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5zow

タイトル

Copper amine oxidase from Arthrobacter globiformis anaerobically reduced by ethylamine at pH 6 at 288 K (2)

要素

Phenylethylamine oxidase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / COPPER AMINE OXIDASE / TOPAQUINONE / TPQ

機能・相同性

機能・相同性情報

primary-amine oxidase / aliphatic amine oxidase activity / primary methylamine oxidase activity / amine metabolic process / quinone binding / copper ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Arthrobacter globiformis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.778 Å

データ登録者

Murakawa, T. / Baba, S. / Kawano, Y. / Hayashi, H. / Yano, T. / Tanizawa, K. / Kumasaka, T. / Yamamoto, M. / Okajima, T.

資金援助

日本, 2件

引用

ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2019
タイトル: In crystallothermodynamic analysis of conformational change of the topaquinone cofactor in bacterial copper amine oxidase
著者: Murakawa, T. / Baba, S. / Kawano, Y. / Hayashi, H. / Yano, T. / Kumasaka, T. / Yamamoto, M. / Tanizawa, K. / Okajima, T.

履歴

登録	2018年4月16日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年12月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年1月2日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2019年1月16日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.3	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5zow.cif.gz	513.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5zow.ent.gz	416.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5zow.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5zow_validation.pdf.gz	459.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5zow_full_validation.pdf.gz	466.1 KB	表示
XML形式データ	5zow_validation.xml.gz	52.7 KB	表示
CIF形式データ	5zow_validation.cif.gz	78.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zo/5zow ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zo/5zow	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5zouC 5zoxC 5zoyC 5zozC 5zp0C 5zp1C 5zp2C 5zp3C 5zp4C 5zp5C 5zp6C 5zp7C 5zp8C 5zp9C 5zpaC 5zpbC 5zpcC 5zpdC 5zpeC 5zpfC 5zpgC 5zphC 5zpiC 5zpjC 5zpkC 5zplC 5zpmC 5zpnC 5zpoC 5zppC 5zpqC 5zprC 5zpsC 5zptC 1iu7S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5zp5-2 1wmp-d 5zpl-1 5zp4-1 5zpc-d 5zoz-1 1iqx-d 1ui8-d 5zpq-1 5zpj-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Phenylethylamine oxidase

B: Phenylethylamine oxidase

ヘテロ分子

138 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: native gel electrophoresis

単位格子

Length a, b, c (Å)	193.581, 65.080, 158.828
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 117.060, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1305- HOH

#1: タンパク質	Phenylethylamine oxidase / Primary amine oxidase 分子量: 68913.750 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 9-628 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arthrobacter globiformis (バクテリア) プラスミド: pepo-2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): CD03 / 参照: UniProt: P46881, primary-amine oxidase
#2: 化合物	ChemComp-CU / COPPER (II) ION 分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 893 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.94 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: microdialysis / pH: 7.4 / 詳細: 1.05M potassium-sodium tartrate, 25mM HEPES

-
データ収集

回折

平均測定温度: 288 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SPring-8

/ ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月1日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.78→50 Å / Num. obs: 169015 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.1 % / B_iso Wilson estimate: 18.03 Å² / R_merge(I) obs: 0.112 / R_pim(I) all: 0.062 / R_rim(I) all: 0.128 / Χ²: 3.491 / Net I/σ(I): 7.3 / Num. measured all: 699721

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.78-1.81	4.1	0.688	8492	0.765	0.392	0.794	1.025	99.9
1.81-1.84	4.1	0.622	8320	0.804	0.354	0.718	1.041	100
1.84-1.88	4.1	0.529	8392	0.839	0.301	0.61	1.088	100
1.88-1.92	4.1	0.443	8455	0.878	0.251	0.511	1.116	100
1.92-1.96	4.1	0.371	8375	0.913	0.211	0.428	1.2	100
1.96-2	4.2	0.312	8387	0.932	0.176	0.359	1.305	100
2-2.05	4.2	0.277	8399	0.944	0.156	0.319	1.383	100
2.05-2.11	4.2	0.26	8430	0.951	0.146	0.299	1.468	100
2.11-2.17	4.2	0.23	8482	0.95	0.13	0.265	1.505	100
2.17-2.24	4.2	0.204	8344	0.961	0.114	0.234	1.707	100
2.24-2.32	4.2	0.184	8481	0.968	0.103	0.212	1.753	100
2.32-2.42	4.2	0.174	8435	0.956	0.098	0.2	1.996	100
2.42-2.53	4.2	0.167	8404	0.973	0.094	0.192	2.165	100
2.53-2.66	4.2	0.161	8408	0.968	0.09	0.184	2.885	100
2.66-2.83	4.2	0.149	8501	0.969	0.083	0.171	3.73	100
2.83-3.04	4.2	0.133	8424	0.974	0.074	0.152	4.528	100
3.04-3.35	4.2	0.1	8508	0.984	0.055	0.114	5.489	100
3.35-3.83	4.1	0.066	8506	0.987	0.037	0.076	7.488	100
3.83-4.83	4.1	0.052	8551	0.989	0.029	0.06	9.784	100
4.83-50	3.9	0.056	8721	0.976	0.031	0.064	17.478	99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.10.1_2155	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
HKL-2000		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1iu7

1iu7

解像度: 1.778→37.773 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.26 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1743	8418	4.99 %
R_work	0.1519	160382	-
obs	0.153	168800	99.56 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 175.68 Å² / B_iso mean: 25.2094 Å² / B_iso min: 5.12 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.778→37.773 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9736	0	19	893	10648
B_iso mean	-	-	34.35	37	-
残基数	-	-	-	-	1240

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	10170
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.885	13891
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.061	1502
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1849
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.564	6033

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.7776-1.7978	0.3184	256	0.2883	4839	5095	91
1.7978-1.8189	0.2814	250	0.2632	5393	5643	100
1.8189-1.8411	0.3093	278	0.2544	5302	5580	100
1.8411-1.8644	0.276	305	0.2374	5393	5698	100
1.8644-1.889	0.2579	274	0.2154	5285	5559	100
1.889-1.9148	0.2153	265	0.207	5374	5639	100
1.9148-1.9422	0.2097	267	0.1887	5326	5593	100
1.9422-1.9712	0.1999	300	0.1826	5364	5664	100
1.9712-2.002	0.2156	239	0.1743	5309	5548	100
2.002-2.0348	0.1945	274	0.175	5351	5625	100
2.0348-2.0699	0.1962	291	0.1747	5308	5599	100
2.0699-2.1075	0.2164	265	0.1738	5395	5660	100
2.1075-2.1481	0.1881	275	0.1624	5364	5639	100
2.1481-2.1919	0.1942	279	0.1578	5333	5612	100
2.1919-2.2396	0.1892	273	0.1576	5346	5619	100
2.2396-2.2916	0.1785	274	0.1538	5352	5626	100
2.2916-2.3489	0.1771	275	0.1477	5340	5615	100
2.3489-2.4124	0.1818	309	0.1507	5391	5700	100
2.4124-2.4834	0.1575	276	0.158	5326	5602	100
2.4834-2.5636	0.1913	293	0.1562	5356	5649	100
2.5636-2.6552	0.1754	293	0.1575	5312	5605	100
2.6552-2.7614	0.1829	291	0.1575	5375	5666	100
2.7614-2.8871	0.1797	293	0.1507	5369	5662	100
2.8871-3.0392	0.1663	299	0.1497	5331	5630	100
3.0392-3.2296	0.1766	285	0.1428	5418	5703	100
3.2296-3.4787	0.1489	277	0.1274	5372	5649	100
3.4787-3.8285	0.1245	305	0.1163	5393	5698	100
3.8285-4.3818	0.1375	270	0.1119	5427	5697	100
4.3818-5.5179	0.1174	288	0.1073	5448	5736	100
5.5179-37.7816	0.166	299	0.1499	5490	5789	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9318	0.7594	-1.3387	3.6497	0.0177	1.6184	0.0617	0.0861	0.0045	-0.2317	-0.1239	-0.2218	-0.1562	0.4219	0.0597	0.1829	-0.0223	0.0586	0.3615	0.0731	0.1274	242.8911	6.2581	0.6913
2	1.7464	0.0213	0.0588	0.3909	-0.1335	0.711	-0.0222	0.5267	-0.0946	-0.1904	0.0054	-0.0307	0.0626	0.0072	0.013	0.2135	0.0391	-0.0075	0.3719	-0.025	0.1533	218.0615	-3.0195	-2.2321
3	0.4353	-0.0383	0.0104	0.3237	0.01	1.1726	0.0055	0.1088	0.0076	-0.0386	-0.0022	-0.009	-0.0888	0.1764	-0.0018	0.099	-0.0026	-0.0023	0.1203	0.006	0.1211	229.9926	0.8247	25.2754
4	0.974	-0.4211	-0.8025	4.54	-0.093	3.3046	0.0146	-0.0181	0.0054	-0.0122	-0.0412	0.1908	-0.0502	-0.3763	0.0345	0.0964	0.0332	0.0392	0.1125	-0.0404	0.1415	204.9701	8.8466	69.4536
5	0.3806	0.02	-0.0581	0.2288	0.0358	1.1086	0.0067	-0.0088	0.0117	0.0318	-0.0006	-0.0058	-0.0876	0.025	-0.0018	0.1095	-0.0009	-0.0074	0.052	0.006	0.1371	220.3169	1.1283	51.2008

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 9 through 72 )	A	9 - 72
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 73 through 191 )	A	73 - 191
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 192 through 628 )	A	192 - 628
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 9 through 72 )	B	9 - 72
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 73 through 628 )	B	73 - 628

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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