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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4v5k | |||||||||
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タイトル | Structure of cytotoxic domain of colicin E3 bound to the 70S ribosome | |||||||||
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![]() | RIBOSOME | |||||||||
機能・相同性 | ![]() negative regulation of ion transmembrane transporter activity / extrachromosomal circular DNA / large ribosomal subunit / ribosome binding / 付加脱離酵素(リアーゼ); P-Oリアーゼ類; - / regulation of translation / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding ...negative regulation of ion transmembrane transporter activity / extrachromosomal circular DNA / large ribosomal subunit / ribosome binding / 付加脱離酵素(リアーゼ); P-Oリアーゼ類; - / regulation of translation / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / endonuclease activity / killing of cells of another organism / transmembrane transporter binding / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / cytoplasmic translation / rRNA binding / negative regulation of translation / lyase activity / ribosome / structural constituent of ribosome / defense response to bacterium / ribonucleoprotein complex / translation / mRNA binding / zinc ion binding / extracellular region / metal ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Ng, C.L. / Lang, K. / Meenan, N.A.G. / Sharma, A. / Kelley, A.C. / Kleanthous, C. / Ramakrishnan, V. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural Basis for 16S Ribosomal RNA Cleavage by the Cytotoxic Domain of Colicin E3. 著者: Ng, C.L. / Lang, K. / Meenan, N.A.G. / Sharma, A. / Kelley, A.C. / Kleanthous, C. / Ramakrishnan, V. #1: ![]() タイトル: Structure of the 70S Ribosome Complexed with mRNA and tRNA. 著者: Selmer, M. / Dunham, C.M. / Murphy, F.V. / Weixlbaumer, A. / Petry, S. / Kelley, A.C. / Weir, J.R. / Ramakrishnan, V. | |||||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "QA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "QA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 5-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 6-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 7.4 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 4.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 934.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 1.3 MB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-RNA鎖 , 6種, 12分子 AACAAVAWCVCWAXBADABBDBCX
#1: RNA鎖 | 分子量: 494038.250 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: BOND BETWEEN A1493-G1494 WAS CLEAVED / 由来: (天然) ![]() ![]() #22: RNA鎖 | 分子量: 24802.785 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #23: RNA鎖 | | 分子量: 8156.980 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #35: RNA鎖 | 分子量: 926365.812 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #36: RNA鎖 | 分子量: 39494.535 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #58: RNA鎖 | | 分子量: 8196.021 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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-30S RIBOSOMAL PROTEIN ... , 20種, 40分子 ABCBACCCADCDAECEAFCFAGCGAHCHAICIAJCJAKCKALCLAMCMANCNAOCOAPCP...
#2: タンパク質 | 分子量: 29317.703 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #3: タンパク質 | 分子量: 26751.076 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #4: タンパク質 | 分子量: 24373.447 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #5: タンパク質 | 分子量: 17583.416 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #6: タンパク質 | 分子量: 11988.753 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #7: タンパク質 | 分子量: 18050.973 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #8: タンパク質 | 分子量: 15868.570 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #9: タンパク質 | 分子量: 14429.661 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #10: タンパク質 | 分子量: 11954.968 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #11: タンパク質 | 分子量: 13737.868 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #12: タンパク質 | 分子量: 14920.754 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #13: タンパク質 | 分子量: 14338.861 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #14: タンパク質 | 分子量: 7158.725 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #15: タンパク質 | 分子量: 10578.407 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #16: タンパク質 | 分子量: 10409.983 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #17: タンパク質 | 分子量: 12325.655 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #18: タンパク質 | 分子量: 10258.299 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #19: タンパク質 | 分子量: 10605.464 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #20: タンパク質 | 分子量: 11736.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #21: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3350.030 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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-タンパク質 , 1種, 2分子 AYCY
#24: タンパク質 | 分子量: 10874.229 Da / 分子数: 2 / Fragment: RESIDUES 455-551 / Mutation: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli / 参照: UniProt: P00646 |
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+50S RIBOSOMAL PROTEIN ... , 31種, 62分子 B0D0B1D1B2D2B3D3B4D4B5D5B6D6B7D7B8D8B9D9BCDCBDDDBEDEBFDFBGDG...
-非ポリマー , 3種, 2340分子 ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#59: 化合物 | ChemComp-MG / #60: 化合物 | ChemComp-ZN / #61: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
構成要素の詳細 | ENGINEERED配列の詳細 | RESIDUE 455-551 (EQUAL TO RESIDUE 0-96 IN CHAIN Y) MUTATION AT RESIDUE H58A (CHAIN Y) | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 7.18 詳細: AS STATED IN STRUCTURE OF THE 70S RIBOSOME COMPLEXED WITH MRNA AND TRNA. (2006) SCIENCE 313: 1935, PH 7.18 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9395 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.2→44.53 Å / Num. obs: 960332 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 4.18 % / Biso Wilson estimate: 69.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 10.95 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: OTHER 開始モデル: NONE 解像度: 3.2→44.53 Å / Rfactor Rfree error: 0.001 / Data cutoff high absF: 19981437.72 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 50.5777 Å2 / ksol: 0.25 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 113.2 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.2→44.53 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: CONSTR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 3.2→3.4 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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