[English] 日本語
Yorodumi- PDB-1ujw: Structure of the complex between BtuB and Colicin E3 Receptor bin... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 1ujw | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Structure of the complex between BtuB and Colicin E3 Receptor binding domain | |||||||||
Components |
| |||||||||
Keywords | TRANSPORT PROTEIN/HYDROLASE / beta-barrel / coiled-coil / TRANSPORT PROTEIN-HYDROLASE COMPLEX | |||||||||
Function / homology | Function and homology information negative regulation of ion transmembrane transporter activity / ABC-type vitamin B12 transporter activity / extrachromosomal circular DNA / cobalamin transport / transmembrane transporter complex / porin activity / pore complex / monoatomic ion transmembrane transport / cell outer membrane / ribosome binding ...negative regulation of ion transmembrane transporter activity / ABC-type vitamin B12 transporter activity / extrachromosomal circular DNA / cobalamin transport / transmembrane transporter complex / porin activity / pore complex / monoatomic ion transmembrane transport / cell outer membrane / ribosome binding / Lyases; Phosphorus-oxygen lyases / endonuclease activity / killing of cells of another organism / transmembrane transporter binding / defense response to bacterium / protein domain specific binding / calcium ion binding / RNA binding / membrane Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Escherichia coli (E. coli) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.75 Å | |||||||||
Authors | Kurisu, G. / Zakharov, S.D. / Zhalnina, M.V. / Bano, S. / Eroukova, V.Y. / Rokitskaya, T.I. / Antonenko, Y.N. / Wiener, M.C. / Cramer, W.A. | |||||||||
Citation | Journal: NAT.STRUCT.BIOL. / Year: 2003 Title: The structure of BtuB with bound colicin E3 R-domain implies a translocon Authors: Kurisu, G. / Zakharov, S.D. / Zhalnina, M.V. / Bano, S. / Eroukova, V.Y. / Rokitskaya, T.I. / Antonenko, Y.N. / Wiener, M.C. / Cramer, W.A. | |||||||||
History |
| |||||||||
Remark 650 | HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED |
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 1ujw.cif.gz | 155.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb1ujw.ent.gz | 120.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 1ujw.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uj/1ujw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uj/1ujw | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
Related structure data | 1nqeS S: Starting model for refinement |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-Components
-Protein , 2 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 66386.180 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli (E. coli) / Plasmid: pJC3 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P06129 |
---|---|
#2: Protein | Mass: 15110.648 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: R-domain(residues 314-448) Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli (E. coli) / Plasmid: pET-216(+) / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P00646 |
-Sugars , 1 types, 2 molecules
#3: Sugar |
---|
-Non-polymers , 5 types, 28 molecules
#4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-LDA / #6: Chemical | ChemComp-AAE / | #7: Chemical | ChemComp-GOL / #8: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.5 Å3/Da / Density % sol: 72.44 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Crystal grow | *PLUS Temperature: 20 ℃ / pH: 6.5 / Method: vapor diffusion, hanging drop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Components of the solutions | *PLUS
|
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-BM |
Detector | Type: SBC / Detector: CCD |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.75→50 Å / Num. obs: 37175 |
Reflection | *PLUS Lowest resolution: 35.5 Å / % possible obs: 96.7 % / Redundancy: 3.8 % / Num. measured all: 139699 / Rmerge(I) obs: 0.084 |
Reflection shell | *PLUS Highest resolution: 2.75 Å / Lowest resolution: 2.85 Å / % possible obs: 91.1 % / Rmerge(I) obs: 0.295 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 |
-Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 1NQE Resolution: 2.75→37.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.916 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.876 / SU B: 14.189 / SU ML: 0.275 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.469 / ESU R Free: 0.333 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 33.257 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.75→37.88 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Resolution: 2.75→2.821 Å / Total num. of bins used: 20 /
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement | *PLUS Lowest resolution: 35.5 Å / % reflection Rfree: 5 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints | *PLUS
|