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- PDB-1ujw: Structure of the complex between BtuB and Colicin E3 Receptor bin... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 1ujw | |||||||||
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Title | Structure of the complex between BtuB and Colicin E3 Receptor binding domain | |||||||||
![]() |
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![]() | TRANSPORT PROTEIN/HYDROLASE / beta-barrel / coiled-coil / TRANSPORT PROTEIN-HYDROLASE COMPLEX | |||||||||
Function / homology | ![]() negative regulation of ion transmembrane transporter activity / ABC-type vitamin B12 transporter activity / extrachromosomal circular DNA / cobalamin transport / siderophore uptake transmembrane transporter activity / porin activity / pore complex / transmembrane transporter complex / monoatomic ion transmembrane transport / cell outer membrane ...negative regulation of ion transmembrane transporter activity / ABC-type vitamin B12 transporter activity / extrachromosomal circular DNA / cobalamin transport / siderophore uptake transmembrane transporter activity / porin activity / pore complex / transmembrane transporter complex / monoatomic ion transmembrane transport / cell outer membrane / ribosome binding / Lyases; Phosphorus-oxygen lyases / endonuclease activity / killing of cells of another organism / transmembrane transporter binding / tRNA binding / rRNA binding / lyase activity / defense response to bacterium / protein domain specific binding / calcium ion binding / extracellular region / membrane Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Kurisu, G. / Zakharov, S.D. / Zhalnina, M.V. / Bano, S. / Eroukova, V.Y. / Rokitskaya, T.I. / Antonenko, Y.N. / Wiener, M.C. / Cramer, W.A. | |||||||||
![]() | ![]() Title: The structure of BtuB with bound colicin E3 R-domain implies a translocon Authors: Kurisu, G. / Zakharov, S.D. / Zhalnina, M.V. / Bano, S. / Eroukova, V.Y. / Rokitskaya, T.I. / Antonenko, Y.N. / Wiener, M.C. / Cramer, W.A. | |||||||||
History |
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Remark 650 | HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 155.3 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 120.8 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.7 MB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 1.8 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 30.3 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 40.4 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 1nqeS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-Protein , 2 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 66386.180 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: Protein | Mass: 15110.648 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: R-domain(residues 314-448) Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
-Sugars , 1 types, 2 molecules ![](data/chem/img/GP1.gif)
#3: Sugar |
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-Non-polymers , 5 types, 28 molecules ![](data/chem/img/LIM.gif)
![](data/chem/img/LDA.gif)
![](data/chem/img/AAE.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/LDA.gif)
![](data/chem/img/AAE.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-LDA / #6: Chemical | ChemComp-AAE / | #7: Chemical | ChemComp-GOL / #8: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.5 Å3/Da / Density % sol: 72.44 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Crystal grow | *PLUS Temperature: 20 ℃ / pH: 6.5 / Method: vapor diffusion, hanging drop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Components of the solutions | *PLUS
|
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: SBC / Detector: CCD |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.75→50 Å / Num. obs: 37175 |
Reflection | *PLUS Lowest resolution: 35.5 Å / % possible obs: 96.7 % / Redundancy: 3.8 % / Num. measured all: 139699 / Rmerge(I) obs: 0.084 |
Reflection shell | *PLUS Highest resolution: 2.75 Å / Lowest resolution: 2.85 Å / % possible obs: 91.1 % / Rmerge(I) obs: 0.295 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 1NQE Resolution: 2.75→37.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.916 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.876 / SU B: 14.189 / SU ML: 0.275 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.469 / ESU R Free: 0.333 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 33.257 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.75→37.88 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.75→2.821 Å / Total num. of bins used: 20 /
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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Refinement | *PLUS Lowest resolution: 35.5 Å / % reflection Rfree: 5 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints | *PLUS
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