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Yorodumi- PDB-4ypb: Precleavage 70S structure of the P. vulgaris HigB DeltaH92 toxin ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4ypb | ||||||
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Title | Precleavage 70S structure of the P. vulgaris HigB DeltaH92 toxin bound to the AAA codon | ||||||
Components |
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Keywords | RIBOSOME / RIBOSOMES / TRANSLATIONAL CONTROL / BACTERIAL TOXINS | ||||||
Function / homology | Function and homology information plasmid maintenance / RNA catabolic process / translation repressor activity / RNA endonuclease activity / negative regulation of cell growth / large ribosomal subunit / ribosome binding / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit ...plasmid maintenance / RNA catabolic process / translation repressor activity / RNA endonuclease activity / negative regulation of cell growth / large ribosomal subunit / ribosome binding / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / cytoplasmic translation / Hydrolases; Acting on ester bonds / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / negative regulation of cell population proliferation / mRNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Proteus vulgaris (bacteria) Thermus thermophilus (bacteria) Escherichia coli (E. coli) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.4 Å | ||||||
Authors | Schureck, M.A. / Dunkle, J.A. / Maehigashi, T. / Dunham, C.M. | ||||||
Citation | Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / Year: 2015 Title: Defining the mRNA recognition signature of a bacterial toxin protein. Authors: Schureck, M.A. / Dunkle, J.A. / Maehigashi, T. / Miles, S.J. / Dunham, C.M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
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PDB format | pdb4ypb.ent.gz | Display | PDB format | |
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-Validation report
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Full document | 4ypb_full_validation.pdf.gz | 2.5 MB | Display | |
Data in XML | 4ypb_validation.xml.gz | 684.1 KB | Display | |
Data in CIF | 4ypb_validation.cif.gz | 996 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yp/4ypb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yp/4ypb | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4px8C 4w4gC 4yzvC 3i9b 3i9c S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
-RNA chain , 5 types, 12 molecules QAXAQVQWXVXWQXXXRAYARBYB
#1: RNA chain | Mass: 493958.281 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (bacteria) References: GenBank: 55771382 #22: RNA chain | Mass: 24802.785 Da / Num. of mol.: 4 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Escherichia coli (E. coli) / References: GenBank: 748267869 #23: RNA chain | Mass: 8239.085 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Escherichia coli (E. coli) #25: RNA chain | Mass: 948240.625 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (bacteria) References: GenBank: 55771382 #26: RNA chain | Mass: 40152.945 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (bacteria) References: GenBank: 55771382 |
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-30S ribosomal protein ... , 20 types, 40 molecules QBXBQCXCQDXDQEXEQFXFQGXGQHXHQIXIQJXJQKXKQLXLQMXMQNXNQOXOQPXP...
#2: Protein | Mass: 29317.703 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (bacteria) Strain: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / References: UniProt: P80371 #3: Protein | Mass: 26751.076 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (bacteria) Strain: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / References: UniProt: P80372 #4: Protein | Mass: 24373.447 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (bacteria) Strain: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / References: UniProt: P80373 #5: Protein | Mass: 17583.416 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (bacteria) Strain: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / References: UniProt: Q5SHQ5 #6: Protein | Mass: 11988.753 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (bacteria) Strain: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / References: UniProt: Q5SLP8 #7: Protein | Mass: 18050.973 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (bacteria) Strain: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / References: UniProt: P17291 #8: Protein | Mass: 15868.570 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (bacteria) Strain: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / References: UniProt: Q5SHQ2, UniProt: A0A0M9AFS9*PLUS #9: Protein | Mass: 14410.614 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (bacteria) Strain: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 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579 / References: UniProt: P80377 #14: Protein | Mass: 7158.725 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (bacteria) Strain: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / References: UniProt: Q5SHQ1, UniProt: A0A0N0BLP2*PLUS #15: Protein | Mass: 10578.407 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (bacteria) Strain: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / References: UniProt: Q5SJ76 #16: Protein | Mass: 10409.983 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (bacteria) Strain: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / References: UniProt: Q5SJH3 #17: Protein | Mass: 12325.655 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (bacteria) 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HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (bacteria) Strain: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / References: UniProt: Q5SIH3 |
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-Protein , 1 types, 2 molecules QYXY
#24: Protein | Mass: 13575.263 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: delta H92 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Proteus vulgaris (bacteria) / Gene: higB / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BW25113 / References: UniProt: Q7A225 |
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+50S ribosomal protein ... , 29 types, 58 molecules RDYDREYERFYFRGYGRHYHRIYIRNYNROYORPYPRQYQRRYRRSYSRTYTRUYURVYV...
-Non-polymers , 2 types, 1312 molecules
#56: Chemical | ChemComp-MG / #57: Chemical | ChemComp-ZN / |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.29 Å3/Da / Density % sol: 62.65 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: 4% PEG 20k, 4% PEG550 MME, 0.1M TRIS-ACETATE, 0.2M KSCN |
-Data collection
Diffraction |
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Diffraction source |
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Detector |
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Radiation |
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Radiation wavelength |
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Reflection | Resolution: 3.4→35 Å / Num. obs: 794344 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 6 % / Biso Wilson estimate: 81.44 Å2 / Rmerge F obs: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.213 / Rrim(I) all: 0.234 / Χ2: 1.004 / Net I/σ(I): 8.24 / Num. measured all: 4745905 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3I9B and 3I9C Resolution: 3.4→34.932 Å / FOM work R set: 0.8476 / SU ML: 0.35 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 21.84 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 610.12 Å2 / Biso mean: 76.74 Å2 / Biso min: 0.01 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 3.4→34.932 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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