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- PDB-5ndj: Crystal structure of aminoglycoside TC007 in complex with 70S rib... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ndj
タイトルCrystal structure of aminoglycoside TC007 in complex with 70S ribosome from Thermus thermophilus, three tRNAs and mRNA (soaking)
要素
  • (30S ribosomal protein ...) x 20
  • (50S ribosomal protein ...) x 27
  • 16S ribosomal RNA
  • 23S ribosomal RNA
  • 5S ribosomal RNA
  • mRNA
  • tRNA-Phe
キーワードRIBOSOME / translation / 30S / 50S / 70S / tRNA / mRNA / bacteria / RNA-protein complex / inhibitor / antibiotic / aminoglycoside
機能・相同性
機能・相同性情報


large ribosomal subunit / transferase activity / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / small ribosomal subunit rRNA binding ...large ribosomal subunit / transferase activity / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein / Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / : / Ribosomal protein S14, type Z / Ribosomal protein L31 type A ...30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein / Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / : / Ribosomal protein S14, type Z / Ribosomal protein L31 type A / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / : / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / : / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L18, bacterial-type / : / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S4, bacterial-type / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein S14/S29 / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L35 / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L16 / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein L30, bacterial-type / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein S16 / : / L28p-like / Ribosomal protein S15, bacterial-type / Ribosomal protein L27 / Ribosomal L27 protein / Ribosomal protein S12, bacterial-type / Ribosomal protein L20 / Ribosomal L32p protein family / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20, C-terminal / Ribosomal protein L19 superfamily / Ribosomal protein L21 / Ribosomal protein L32p / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L17 superfamily / Ribosomal protein L17 / Ribosomal proteins 50S L24/mitochondrial 39S L24 / Ribosomal protein L21-like
類似検索 - ドメイン・相同性
TC007 / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS17 ...TC007 / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL29 / 30S ribosomal protein S17 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL5 / 30S ribosomal protein S14 type Z / 30S ribosomal protein S8 / 50S ribosomal protein L6 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein bL25 / Small ribosomal subunit protein bTHX / Small ribosomal subunit protein uS15 / Large ribosomal subunit protein bL31 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Large ribosomal subunit protein bL9 / Large ribosomal subunit protein bL17
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.15 Å
データ登録者Prokhorova, I. / Djumagulov, M. / Urzhumtsev, A. / Yusupov, M. / Yusupova, G.
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017
タイトル: Aminoglycoside interactions and impacts on the eukaryotic ribosome.
著者: Prokhorova, I. / Altman, R.B. / Djumagulov, M. / Shrestha, J.P. / Urzhumtsev, A. / Ferguson, A. / Chang, C.T. / Yusupov, M. / Blanchard, S.C. / Yusupova, G.
履歴
登録2017年3月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年5月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月8日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
13: 16S ribosomal RNA
A8: 50S ribosomal protein L18
B5: 50S ribosomal protein L23
11: 50S ribosomal protein L2
L5: 50S ribosomal protein L34
2A: 30S ribosomal protein S11
8I: 30S ribosomal protein S17
22: 30S ribosomal protein S3
8E: 30S ribosomal protein S9
1G: 16S ribosomal RNA
58: 50S ribosomal protein L13
65: 50S ribosomal protein L18
G8: 50S ribosomal protein L24
19: 50S ribosomal protein L2
Q8: 50S ribosomal protein L35
3I: 30S ribosomal protein S12
8A: 30S ribosomal protein S17
3E: 30S ribosomal protein S4
82: 30S ribosomal protein S9
1H: 23S ribosomal RNA
15: 50S ribosomal protein L13
B8: 50S ribosomal protein L19
C5: 50S ribosomal protein L24
L8: 50S ribosomal protein L30
M5: 50S ribosomal protein L35
61: 50S ribosomal protein L9
3A: 30S ribosomal protein S12
9I: 30S ribosomal protein S18
32: 30S ribosomal protein S4
1F: 30S ribosomal protein Thx
14: 23S ribosomal RNA
68: 50S ribosomal protein L14
75: 50S ribosomal protein L19
H8: 50S ribosomal protein L25
H5: 50S ribosomal protein L30
21: 50S ribosomal protein L3
69: 50S ribosomal protein L9
4I: 30S ribosomal protein S13
9A: 30S ribosomal protein S18
4E: 30S ribosomal protein S5
1B: 30S ribosomal protein Thx
16: 5S ribosomal RNA
25: 50S ribosomal protein L14
C8: 50S ribosomal protein L20
D5: 50S ribosomal protein L25
M8: 50S ribosomal protein L31
29: 50S ribosomal protein L3
4A: 30S ribosomal protein S13
AI: 30S ribosomal protein S19
42: 30S ribosomal protein S5
1J: 5S ribosomal RNA
78: 50S ribosomal protein L15
85: 50S ribosomal protein L20
I8: 50S ribosomal protein L27
I5: 50S ribosomal protein L31
31: 50S ribosomal protein L4
5I: 30S ribosomal protein S14 type Z
AA: 30S ribosomal protein S19
5E: 30S ribosomal protein S6
35: 50S ribosomal protein L15
D8: 50S ribosomal protein L21
E5: 50S ribosomal protein L27
N8: 50S ribosomal protein L32
39: 50S ribosomal protein L4
5A: 30S ribosomal protein S14 type Z
BI: 30S ribosomal protein S20
52: 30S ribosomal protein S6
88: 50S ribosomal protein L16
95: 50S ribosomal protein L21
J8: 50S ribosomal protein L28
J5: 50S ribosomal protein L32
41: 50S ribosomal protein L5
6I: 30S ribosomal protein S15
BA: 30S ribosomal protein S20
6E: 30S ribosomal protein S7
45: 50S ribosomal protein L16
E8: 50S ribosomal protein L22
F5: 50S ribosomal protein L28
49: 50S ribosomal protein L5
6A: 30S ribosomal protein S15
1E: 30S ribosomal protein S2
62: 30S ribosomal protein S7
98: 50S ribosomal protein L17
A5: 50S ribosomal protein L22
K8: 50S ribosomal protein L29
51: 50S ribosomal protein L6
1A: 30S ribosomal protein S10
1I: 30S ribosomal protein S10
7I: 30S ribosomal protein S16
12: 30S ribosomal protein S2
7E: 30S ribosomal protein S8
55: 50S ribosomal protein L17
F8: 50S ribosomal protein L23
G5: 50S ribosomal protein L29
P8: 50S ribosomal protein L34
59: 50S ribosomal protein L6
2I: 30S ribosomal protein S11
7A: 30S ribosomal protein S16
2E: 30S ribosomal protein S3
72: 30S ribosomal protein S8
Y1: mRNA
W1: tRNA-Phe
X1: tRNA-Phe
V1: tRNA-Phe
Y4: mRNA
W4: tRNA-Phe
X4: tRNA-Phe
V4: tRNA-Phe
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,529,1731897
ポリマ－4,479,475108
非ポリマー49,6981789
水22,3571241
1
13: 16S ribosomal RNA
A8: 50S ribosomal protein L18
11: 50S ribosomal protein L2
8I: 30S ribosomal protein S17
8E: 30S ribosomal protein S9
58: 50S ribosomal protein L13
G8: 50S ribosomal protein L24
Q8: 50S ribosomal protein L35
3I: 30S ribosomal protein S12
3E: 30S ribosomal protein S4
1H: 23S ribosomal RNA
B8: 50S ribosomal protein L19
L8: 50S ribosomal protein L30
61: 50S ribosomal protein L9
9I: 30S ribosomal protein S18
1F: 30S ribosomal protein Thx
68: 50S ribosomal protein L14
H8: 50S ribosomal protein L25
21: 50S ribosomal protein L3
4I: 30S ribosomal protein S13
4E: 30S ribosomal protein S5
16: 5S ribosomal RNA
C8: 50S ribosomal protein L20
M8: 50S ribosomal protein L31
AI: 30S ribosomal protein S19
78: 50S ribosomal protein L15
I8: 50S ribosomal protein L27
31: 50S ribosomal protein L4
5I: 30S ribosomal protein S14 type Z
5E: 30S ribosomal protein S6
D8: 50S ribosomal protein L21
N8: 50S ribosomal protein L32
BI: 30S ribosomal protein S20
88: 50S ribosomal protein L16
J8: 50S ribosomal protein L28
41: 50S ribosomal protein L5
6I: 30S ribosomal protein S15
6E: 30S ribosomal protein S7
E8: 50S ribosomal protein L22
1E: 30S ribosomal protein S2
98: 50S ribosomal protein L17
K8: 50S ribosomal protein L29
51: 50S ribosomal protein L6
1I: 30S ribosomal protein S10
7I: 30S ribosomal protein S16
7E: 30S ribosomal protein S8
F8: 50S ribosomal protein L23
P8: 50S ribosomal protein L34
2I: 30S ribosomal protein S11
2E: 30S ribosomal protein S3
Y1: mRNA
W1: tRNA-Phe
X1: tRNA-Phe
V1: tRNA-Phe
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,265,463994
ポリマ－2,239,73754
非ポリマー25,725940
水25214
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B5: 50S ribosomal protein L23
L5: 50S ribosomal protein L34
2A: 30S ribosomal protein S11
22: 30S ribosomal protein S3
1G: 16S ribosomal RNA
65: 50S ribosomal protein L18
19: 50S ribosomal protein L2
8A: 30S ribosomal protein S17
82: 30S ribosomal protein S9
15: 50S ribosomal protein L13
C5: 50S ribosomal protein L24
M5: 50S ribosomal protein L35
3A: 30S ribosomal protein S12
32: 30S ribosomal protein S4
14: 23S ribosomal RNA
75: 50S ribosomal protein L19
H5: 50S ribosomal protein L30
69: 50S ribosomal protein L9
9A: 30S ribosomal protein S18
1B: 30S ribosomal protein Thx
25: 50S ribosomal protein L14
D5: 50S ribosomal protein L25
29: 50S ribosomal protein L3
4A: 30S ribosomal protein S13
42: 30S ribosomal protein S5
1J: 5S ribosomal RNA
85: 50S ribosomal protein L20
I5: 50S ribosomal protein L31
AA: 30S ribosomal protein S19
35: 50S ribosomal protein L15
E5: 50S ribosomal protein L27
39: 50S ribosomal protein L4
5A: 30S ribosomal protein S14 type Z
52: 30S ribosomal protein S6
95: 50S ribosomal protein L21
J5: 50S ribosomal protein L32
BA: 30S ribosomal protein S20
45: 50S ribosomal protein L16
F5: 50S ribosomal protein L28
49: 50S ribosomal protein L5
6A: 30S ribosomal protein S15
62: 30S ribosomal protein S7
A5: 50S ribosomal protein L22
1A: 30S ribosomal protein S10
12: 30S ribosomal protein S2
55: 50S ribosomal protein L17
G5: 50S ribosomal protein L29
59: 50S ribosomal protein L6
7A: 30S ribosomal protein S16
72: 30S ribosomal protein S8
Y4: mRNA
W4: tRNA-Phe
X4: tRNA-Phe
V4: tRNA-Phe
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,263,710903
ポリマ－2,239,73754
非ポリマー23,973849
水27015
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)209.210, 447.980, 620.730
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

-
RNA鎖 , 5種, 14分子 131G1H14161JY1Y4W1X1V1W4X4V4

#1: RNA鎖 16S ribosomal RNA


分子量: 493997.312 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
参照: GenBank: 55771382
#15: RNA鎖 23S ribosomal RNA


分子量: 948539.875 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
参照: GenBank: 55771382
#26: RNA鎖 5S ribosomal RNA


分子量: 39540.617 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
参照: GenBank: 55771382
#51: RNA鎖 mRNA


分子量: 7911.565 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#52: RNA鎖
tRNA-Phe


分子量: 24485.539 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 1134491115

+
50S ribosomal protein ... , 27種, 54分子 A865B5F81119L5P85815G8C5Q8M5B875L8H561696825H8D52129C885M8I5...

#2: タンパク質 50S ribosomal protein L18 / TL24


分子量: 12639.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
参照: UniProt: Q5SHQ4
#3: タンパク質 50S ribosomal protein L23


分子量: 10759.808 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
参照: UniProt: Q5SHP0
#4: タンパク質 50S ribosomal protein L2


分子量: 30532.551 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
参照: UniProt: P60405
#5: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L34


分子量: 6132.449 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
参照: UniProt: P80340
#10: タンパク質 50S ribosomal protein L13


分子量: 15927.903 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
参照: UniProt: P60488
#11: タンパク質 50S ribosomal protein L24


分子量: 12085.611 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
参照: UniProt: Q5SHP9
#12: タンパク質 50S ribosomal protein L35


分子量: 7506.178 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
参照: UniProt: Q5SKU1
#16: タンパク質 50S ribosomal protein L19


分子量: 17188.830 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
参照: UniProt: P60490
#17: タンパク質 50S ribosomal protein L30


分子量: 6799.126 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
参照: UniProt: Q5SHQ6
#18: タンパク質 50S ribosomal protein L9


分子量: 16422.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
参照: UniProt: Q5SLQ1
#21: タンパク質 50S ribosomal protein L14


分子量: 13323.612 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
参照: UniProt: Q5SHP8
#22: タンパク質 50S ribosomal protein L25 / TL5


分子量: 23238.572 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
参照: UniProt: Q5SHZ1
#23: タンパク質 50S ribosomal protein L3


分子量: 22450.213 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
参照: UniProt: Q5SHN8
#27: タンパク質 50S ribosomal protein L20


分子量: 13779.275 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
参照: UniProt: P60491
#28: タンパク質 50S ribosomal protein L31


分子量: 8300.543 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
参照: UniProt: Q5SJE1
#30: タンパク質 50S ribosomal protein L15


分子量: 16319.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
参照: UniProt: Q5SHQ7
#31: タンパク質 50S ribosomal protein L27


分子量: 9529.074 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
参照: UniProt: P60493
#32: タンパク質 50S ribosomal protein L4 / L1e


分子量: 23271.914 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
参照: UniProt: Q5SHN9
#35: タンパク質 50S ribosomal protein L21


分子量: 11069.153 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
参照: UniProt: P60492
#36: タンパク質 50S ribosomal protein L32


分子量: 6722.050 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
参照: UniProt: P80339
#38: タンパク質 50S ribosomal protein L16


分子量: 15993.909 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
参照: UniProt: P60489
#39: タンパク質 50S ribosomal protein L28


分子量: 11004.160 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
参照: UniProt: P60494
#40: タンパク質 50S ribosomal protein L5


分子量: 21061.596 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
参照: UniProt: Q5SHQ0
#43: タンパク質 50S ribosomal protein L22


分子量: 12808.055 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
参照: UniProt: Q5SHP3
#45: タンパク質 50S ribosomal protein L17


分子量: 13750.148 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
参照: UniProt: Q9Z9H5
#46: タンパク質 50S ribosomal protein L29


分子量: 8670.258 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
参照: UniProt: Q5SHP6
#47: タンパク質 50S ribosomal protein L6


分子量: 19568.926 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
参照: UniProt: Q5SHQ3, UniProt: P0DOY8*PLUS

-
30S ribosomal protein ... , 20種, 40分子 2A2I8I8A222E8E823I3A3E329I9A1F1B4I4A4E42AIAA5I5A5E52BIBA6I6A...

#6: タンパク質 30S ribosomal protein S11


分子量: 13737.868 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
参照: UniProt: P80376
#7: タンパク質 30S ribosomal protein S17


分子量: 12325.655 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
参照: UniProt: Q5SHP7, UniProt: A0A0N0BLS5*PLUS
#8: タンパク質 30S ribosomal protein S3


分子量: 26751.076 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
参照: UniProt: P80372
#9: タンパク質 30S ribosomal protein S9


分子量: 14410.614 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
参照: UniProt: P80374
#13: タンパク質 30S ribosomal protein S12


分子量: 14637.384 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
参照: UniProt: Q5SHN3
#14: タンパク質 30S ribosomal protein S4


分子量: 24373.447 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
参照: UniProt: P80373
#19: タンパク質 30S ribosomal protein S18


分子量: 10258.299 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
参照: UniProt: Q5SLQ0
#20: タンパク質・ペプチド 30S ribosomal protein Thx / S31


分子量: 3350.030 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
参照: UniProt: Q5SIH3
#24: タンパク質 30S ribosomal protein S13


分子量: 14338.861 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
参照: UniProt: P80377
#25: タンパク質 30S ribosomal protein S5


分子量: 17583.416 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
参照: UniProt: Q5SHQ5
#29: タンパク質 30S ribosomal protein S19


分子量: 10605.464 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
参照: UniProt: Q5SHP2
#33: タンパク質 30S ribosomal protein S14 type Z


分子量: 7158.725 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
参照: UniProt: Q5SHQ1, UniProt: A0A0N0BLP2*PLUS
#34: タンパク質 30S ribosomal protein S6 / TS9


分子量: 11988.753 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
参照: UniProt: Q5SLP8
#37: タンパク質 30S ribosomal protein S20


分子量: 11736.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
参照: UniProt: P80380
#41: タンパク質 30S ribosomal protein S15


分子量: 10578.407 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
参照: UniProt: Q5SJ76
#42: タンパク質 30S ribosomal protein S7


分子量: 18050.973 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
参照: UniProt: P17291
#44: タンパク質 30S ribosomal protein S2


分子量: 29317.703 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
参照: UniProt: P80371
#48: タンパク質 30S ribosomal protein S10


分子量: 11954.968 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
参照: UniProt: Q5SHN7
#49: タンパク質 30S ribosomal protein S16


分子量: 10409.983 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
参照: UniProt: Q5SJH3
#50: タンパク質 30S ribosomal protein S8


分子量: 15868.570 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
参照: UniProt: Q5SHQ2, UniProt: A0A0M9AFS9*PLUS

-
非ポリマー , 4種, 3030分子

#53: 化合物
ChemComp-8UZ / TC007 / 3α-[(2,6-ジアミノ-2,6-ジデオキシ-α-D-グルコピラノシル)オキシ]-2β-[(3-アミノ-3-デオキシ(以下略)


分子量: 483.514 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H37N5O10
#54: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1770 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#55: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#56: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1241 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.12 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 4% PEG20K, 4% PEGMME 550, 100mM Tris/HAc, 200mM KSCN

-
データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年5月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.15→104.605 Å / Num. obs: 994263 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 45.357 % / Biso Wilson estimate: 79.77 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.369 / Rrim(I) all: 0.373 / Χ2: 0.985 / Net I/σ(I): 13.31 / Num. measured all: 45096899 / Scaling rejects: 9982
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
3.15-3.2514.0662.131.25124236388343883210.3992.207100
3.25-3.3538.8641.9322.51303826078180781770.7481.957100
3.35-3.4549.711.7733.22345704869545695440.8391.791100
3.45-3.5548.8691.5023.85302167461833618320.8821.517100
3.55-3.7548.2521.1774.9850577351048251048200.931.189100
3.75-448.6710.8547.0150317121033821033820.9650.863100
4-4.2551.3240.669.42413403480548805470.9810.667100
4.25-4.550.7660.5112.05323362363696636960.9880.515100
4.5-4.7550.1020.41214.61255967551089510890.9920.416100
4.75-549.2610.35216.63203917041395413950.9940.356100
5-647.4980.25121.6749888051050341050330.9960.254100
6-751.5950.19727.19276808153650536500.9980.199100
7-850.7590.14535.4153626830266302660.9990.146100
8-949.3980.1240.8390611618343183430.9990.121100
9-1046.8280.09946.155238511796117960.9990.1100
10-5047.5440.05466.741524598320683206710.054100
50-20017.5480.04640.32535231030510.04698.4
104.605-2005

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化解像度: 3.15→104.605 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.7 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2469 19875 2 %
Rwork0.2021 973903 -
obs0.203 993778 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 252.32 Å2 / Biso mean: 85.1783 Å2 / Biso min: 20 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.15→104.605 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数90298 206267 3446 0 300011
Biso mean--62.93 --
残基数----20935
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01324438
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.632487384
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06561638
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00825465
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.172151728
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.1499-3.18570.34876560.34213219832854100
3.1857-3.22320.33666580.30663222932887100
3.2232-3.26250.32166600.28423230432964100
3.2625-3.30380.30276570.26573223132888100
3.3038-3.34730.29466590.24963227532934100
3.3473-3.39320.28756610.24363236833029100
3.3932-3.44160.29446570.24333225032907100
3.4416-3.4930.28936610.23963235633017100
3.493-3.54760.2746610.22613238033041100
3.5476-3.60580.27376590.22773230532964100
3.6058-3.66790.27256600.22163231132971100
3.6679-3.73460.2746600.21423235033010100
3.7346-3.80650.27466600.21313237333033100
3.8065-3.88420.24816600.20263230232962100
3.8842-3.96860.24946600.19713235633016100
3.9686-4.06090.24376600.19283235233012100
4.0609-4.16250.25046620.19353242933091100
4.1625-4.27510.23246630.18543244433107100
4.2751-4.40090.23046600.18453237533035100
4.4009-4.54290.23046640.1873251833182100
4.5429-4.70530.22716620.18313241333075100
4.7053-4.89370.22566630.17813251333176100
4.8937-5.11640.23686630.18073252333186100
5.1164-5.38610.22876650.17453255233217100
5.3861-5.72350.21346650.16593256833233100
5.7235-6.16540.23396660.17533268833354100
6.1654-6.78580.24036680.18813272033388100
6.7858-7.76740.21626690.17633283733506100
7.7674-9.7850.23066730.19153296933642100
9.785-104.66270.22946830.2091334143409799

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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