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Yorodumi- PDB-6bz6: Thermus thermophilus 70S complex containing 16S G347U ram mutatio... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 6bz6 | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Thermus thermophilus 70S complex containing 16S G347U ram mutation and empty A site | |||||||||
Components |
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Keywords | RIBOSOME / PROTEIN BIOSYNTHESIS / RIBOSOMES / RNA / tRNA / TRANSFER RNA / 30S / 50S / 70S / 16S / 23S / RIBOSOMAL SUBUNIT / CODON / TRANSFER / TRANSLATIONAL / G299A / G347U / RAM | |||||||||
| Function / homology | Function and homology informationlarge ribosomal subunit / transferase activity / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / small ribosomal subunit rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit ...large ribosomal subunit / transferase activity / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / small ribosomal subunit rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | |||||||||
| Biological species | ![]() Thermus thermophilus HB8 (bacteria)![]() Thermus thermophilus (bacteria)![]() | |||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.18 Å | |||||||||
Authors | Hoffer, E.D. / Maehigashi, T. / Fagan, C.E. / Dunham, C.M. | |||||||||
| Funding support | United States, 2items
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Citation | Journal: Nucleic Acids Res. / Year: 2019Title: Ribosomal ambiguity (ram) mutations promote the open (off) to closed (on) transition and thereby increase miscoding. Authors: Hoffer, E.D. / Maehigashi, T. / Fredrick, K. / Dunham, C.M. | |||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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| PDBx/mmCIF format | 6bz6.cif.gz | 14.4 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb6bz6.ent.gz | Display | PDB format | |
| PDBx/mmJSON format | 6bz6.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
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-Validation report
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bz/6bz6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bz/6bz6 | HTTPS FTP |
|---|
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 6buwC ![]() 6bz7C ![]() 6bz8C ![]() 4v97S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
|---|---|
| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
| ||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| Unit cell |
|
-
Components
-RNA chain , 5 types, 10 molecules QAXAQVXVQXXXRAYARBYB
| #1: RNA chain | Mass: 489615.844 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: G347U / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() Thermus thermophilus HB8 (bacteria) / References: GenBank: 55771382#22: RNA chain | Mass: 24802.785 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() #23: RNA chain | Mass: 8132.956 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() #24: RNA chain | Mass: 947895.375 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() Thermus thermophilus HB8 (bacteria) / References: GenBank: 55771382#25: RNA chain | Mass: 39494.535 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() Thermus thermophilus HB8 (bacteria) / References: GenBank: 55771382 |
|---|
-30S ribosomal protein ... , 20 types, 40 molecules QBXBQCXCQDXDQEXEQFXFQGXGQHXHQIXIQJXJQKXKQLXLQMXMQNXNQOXOQPXP...
| #2: Protein | Mass: 29317.703 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) ![]() Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (bacteria)Strain: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / References: UniProt: P80371 #3: Protein | Mass: 26751.076 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) ![]() Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (bacteria)Strain: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / References: UniProt: P80372 #4: Protein | Mass: 24373.447 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) ![]() Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (bacteria)Strain: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / References: UniProt: P80373 #5: Protein | Mass: 17583.416 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) ![]() Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (bacteria)Strain: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / References: UniProt: Q5SHQ5 #6: Protein | Mass: 11988.753 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) ![]() Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (bacteria)Strain: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / References: UniProt: Q5SLP8 #7: Protein | Mass: 18050.973 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) ![]() Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (bacteria)Strain: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / References: UniProt: P17291 #8: Protein | Mass: 15868.570 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) ![]() Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (bacteria)Strain: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / References: UniProt: P0DOY9 #9: Protein | Mass: 14410.614 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) ![]() Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (bacteria)Strain: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / References: UniProt: P80374 #10: Protein | Mass: 11954.968 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) ![]() Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (bacteria)Strain: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / References: UniProt: Q5SHN7 #11: Protein | Mass: 13737.868 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) ![]() Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (bacteria)Strain: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / References: UniProt: P80376 #12: Protein | Mass: 14637.384 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) ![]() Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (bacteria)Strain: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / References: UniProt: Q5SHN3 #13: Protein | Mass: 14338.861 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) ![]() Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (bacteria)Strain: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / References: UniProt: P80377 #14: Protein | Mass: 7158.725 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) ![]() Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (bacteria)Strain: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / References: UniProt: P0DOY6 #15: Protein | Mass: 10578.407 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) ![]() Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (bacteria)Strain: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / References: UniProt: Q5SJ76 #16: Protein | Mass: 10409.983 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) ![]() Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (bacteria)Strain: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / References: UniProt: Q5SJH3 #17: Protein | Mass: 12325.655 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) ![]() Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (bacteria)Strain: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / References: UniProt: P0DOY7 #18: Protein | Mass: 10258.299 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) ![]() Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (bacteria)Strain: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / References: UniProt: Q5SLQ0 #19: Protein | Mass: 10605.464 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) ![]() Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (bacteria)Strain: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / References: UniProt: Q5SHP2 #20: Protein | Mass: 11736.143 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) ![]() Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (bacteria)Strain: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / References: UniProt: P80380 #21: Protein/peptide | Mass: 3350.030 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) ![]() Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (bacteria)Strain: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / References: UniProt: Q5SIH3 |
|---|
+50S ribosomal protein ... , 29 types, 58 molecules RDYDREYERFYFRGYGRHYHRIYIRNYNROYORPYPRQYQRRYRRSYSRTYTRUYURVYV...
-Non-polymers , 3 types, 1358 molecules 




| #55: Chemical | ChemComp-MG / #56: Chemical | #57: Chemical | ChemComp-ZN / |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 2 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal |
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| Crystal grow |
|
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-C / Wavelength: 0.972 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Oct 27, 2014 / Details: S/N 60-0112-F | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation | Monochromator: Kohzu HLD8-24 monochromator / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.972 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection | Resolution: 3.18→124.481 Å / Num. obs: 958766 / % possible obs: 99.3 % / Redundancy: 7.764 % / Biso Wilson estimate: 76.72 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.304 / Rrim(I) all: 0.326 / Χ2: 1.042 / Net I/σ(I): 7.97 / Num. measured all: 7443829 / Scaling rejects: 3878 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-
Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 4V97 Resolution: 3.18→124.481 Å / SU ML: 0.45 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 24.76
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso max: 397.52 Å2 / Biso mean: 104.3743 Å2 / Biso min: 23.77 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: final / Resolution: 3.18→124.481 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement TLS group |
|
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About Yorodumi




Thermus thermophilus HB8 (bacteria)
X-RAY DIFFRACTION
United States, 2items
Citation























PDBj































