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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6buw | ||||||
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タイトル | Thermus thermophilus 70S complex containing 16S G299A ram mutation and empty A site. | ||||||
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![]() | RIBOSOME / PROTEIN BIOSYNTHESIS / RIBOSOMES / RNA / tRNA / TRANSFER RNA / 30S / 50S / 70S / 16S / 23S / RIBOSOMAL SUBUNIT / THERMUS THERMOPHILIS / CODON / PROTEIN STRUCTURE / TRANSFER / TRANSLATIONAL / G299A / G347U / RAM | ||||||
機能・相同性 | ![]() large ribosomal subunit / transferase activity / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / small ribosomal subunit rRNA binding ...large ribosomal subunit / transferase activity / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hoffer, E.D. / Maehigashi, T. / Fagan, C.E. / Dunham, C.M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Ribosomal ambiguity (ram) mutations promote the open (off) to closed (on) transition and thereby increase miscoding. 著者: Hoffer, E.D. / Maehigashi, T. / Fredrick, K. / Dunham, C.M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 13.8 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-RNA鎖 , 5種, 10分子 QAXAQVXVQXXXRAYARBYB
#1: RNA鎖 | 分子量: 489638.875 Da / 分子数: 2 / 変異: G294A / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #22: RNA鎖 | 分子量: 24802.785 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #23: RNA鎖 | 分子量: 8148.956 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthesized RNA oligonucleotide / 由来: (合成) ![]() ![]() #24: RNA鎖 | 分子量: 947895.375 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #25: RNA鎖 | 分子量: 39494.535 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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-30S ribosomal protein ... , 20種, 40分子 QBXBQCXCQDXDQEXEQFXFQGXGQHXHQIXIQJXJQKXKQLXLQMXMQNXNQOXOQPXP...
#2: タンパク質 | 分子量: 29317.703 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P80371 #3: タンパク質 | 分子量: 26751.076 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P80372 #4: タンパク質 | 分子量: 24373.447 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P80373 #5: タンパク質 | 分子量: 17583.416 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHQ5 #6: タンパク質 | 分子量: 11988.753 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SLP8 #7: タンパク質 | 分子量: 18050.973 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P17291 #8: タンパク質 | 分子量: 15868.570 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P0DOY9 #9: タンパク質 | 分子量: 14410.614 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P80374 #10: タンパク質 | 分子量: 11954.968 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHN7 #11: タンパク質 | 分子量: 13737.868 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P80376 #12: タンパク質 | 分子量: 14637.384 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHN3 #13: タンパク質 | 分子量: 14338.861 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P80377 #14: タンパク質 | 分子量: 7158.725 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P0DOY6 #15: タンパク質 | 分子量: 10578.407 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SJ76 #16: タンパク質 | 分子量: 10409.983 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SJH3 #17: タンパク質 | 分子量: 12325.655 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P0DOY7 #18: タンパク質 | 分子量: 10258.299 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SLQ0 #19: タンパク質 | 分子量: 10605.464 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHP2 #20: タンパク質 | 分子量: 11736.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P80380 #21: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3350.030 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SIH3 |
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+50S ribosomal protein ... , 29種, 58分子 RDYDREYERFYFRGYGRHYHRIYIRNYNROYORPYPRQYQRRYRRSYSRTYTRUYURVYV...
-非ポリマー , 3種, 1464分子 




#55: 化合物 | ChemComp-MG / #56: 化合物 | #57: 化合物 | ChemComp-ZN / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.02 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 3.8% PEG 20k, 3.8% PEG 550MME, 100 mM TRIS-ACETATE, 200 mM KSCN, 10 mM MAGNESIUM ACETATE 2.8 mM DOBC |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年10月4日 / 詳細: S/N 60-0112-F | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Kohzu HLD8-24 monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 3.5→121.992 Å / Num. obs: 714368 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 3.417 % / Biso Wilson estimate: 90.34 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.175 / Rrim(I) all: 0.206 / Χ2: 1.009 / Net I/σ(I): 8.11 / Num. measured all: 2440921 / Scaling rejects: 1788 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4V97 解像度: 3.5→121.992 Å / SU ML: 0.47 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.39
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 512.35 Å2 / Biso mean: 97.2304 Å2 / Biso min: 0.54 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 3.5→121.992 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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