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- PDB-4tue: Crystal structure of ASL-SufJ bound to Codon ACC-U on the Ribosome -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4tue
タイトルCrystal structure of ASL-SufJ bound to Codon ACC-U on the Ribosome
要素
  • (30S ribosomal protein ...) x 20
  • (50S ribosomal protein ...) x 29
  • 16S rRNA
  • 23S rRNA
  • 5S rRNA
  • A-site ASL-SufJ
  • CC-Puro
  • P-site tRNA-fMet
  • messenger RNA
キーワードRIBOSOME / Protein biosynthesis / RNA / tRNA / transfer RNA / 30S / 50S / 70S / 16S / 23S / ribosomal subunit / mRNA frameshift
機能・相同性
機能・相同性情報


large ribosomal subunit / transferase activity / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / small ribosomal subunit rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit ...large ribosomal subunit / transferase activity / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / small ribosomal subunit rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein / Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / : / Ribosomal protein S14, type Z / Ribosomal protein L31 type A ...30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein / Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / : / Ribosomal protein S14, type Z / Ribosomal protein L31 type A / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / : / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L18, bacterial-type / : / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S14/S29 / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein S4, bacterial-type / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein L33 / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein L16 / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein S18 signature. / Ribosomal protein L30, bacterial-type / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein S16 / L28p-like / : / Ribosomal protein S15, bacterial-type / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein L27 / Ribosomal protein S6 superfamily / Ribosomal L27 protein / Ribosomal protein S12, bacterial-type / Ribosomal protein L20 / Ribosomal L32p protein family / Ribosomal protein L19
類似検索 - ドメイン・相同性
PAROMOMYCIN / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS17 ...PAROMOMYCIN / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Large ribosomal subunit protein bL25 / Small ribosomal subunit protein bTHX / Small ribosomal subunit protein uS15 / Large ribosomal subunit protein bL31 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Large ribosomal subunit protein bL9 / Large ribosomal subunit protein bL17
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
Escherichia coli (大腸菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Fagan, C.E. / Dunham, C.M.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM093278 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32 GM8367 米国
引用ジャーナル: Rna / 年: 2014
タイトル: Structural insights into translational recoding by frameshift suppressor tRNASufJ.
著者: Fagan, C.E. / Maehigashi, T. / Dunkle, J.A. / Miles, S.J. / Dunham, C.M.
履歴
登録2014年6月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年5月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月6日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_nat / pdbx_audit_support ...entity_src_nat / pdbx_audit_support / pdbx_entity_src_syn / pdbx_struct_oper_list
Item: _entity_src_nat.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02022年4月13日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / database_2 / entity / entity_src_nat / ndb_struct_na_base_pair / ndb_struct_na_base_pair_step / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_rmsd_angle / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref / struct_ref_seq / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.group_PDB / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.pdbx_PDB_ins_code / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_PDB_ins_code / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_seq_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_nat.pdbx_organism_scientific / _entity_src_nat.strain / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_PDB_ins_code / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_PDB_ins_code / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn_type.id / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id / _struct_site_gen.auth_seq_id / _struct_site_gen.label_asym_id
改定 2.12023年12月27日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 2.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
QA: 16S rRNA
QB: 30S ribosomal protein S2
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XX: messenger RNA
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Y9: 50S ribosomal protein L36
Z6: CC-Puro
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,440,0631003
ポリマ－4,417,060112
非ポリマー23,003891
水00
1
QA: 16S rRNA
QB: 30S ribosomal protein S2
QC: 30S ribosomal protein S3
QD: 30S ribosomal protein S4
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QF: 30S ribosomal protein S6
QG: 30S ribosomal protein S7
QH: 30S ribosomal protein S8
QI: 30S ribosomal protein S9
QJ: 30S ribosomal protein S10
QK: 30S ribosomal protein S11
QL: 30S ribosomal protein S12
QM: 30S ribosomal protein S13
QN: 30S ribosomal protein S14 type Z
QO: 30S ribosomal protein S15
QP: 30S ribosomal protein S16
QQ: 30S ribosomal protein S17
QR: 30S ribosomal protein S18
QS: 30S ribosomal protein S19
QT: 30S ribosomal protein S20
QU: 30S ribosomal protein Thx
QV: P-site tRNA-fMet
QX: messenger RNA
QY: A-site ASL-SufJ
RA: 23S rRNA
RB: 5S rRNA
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RQ: 50S ribosomal protein L16
RR: 50S ribosomal protein L17
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RT: 50S ribosomal protein L19
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R1: 50S ribosomal protein L28
R2: 50S ribosomal protein L29
R3: 50S ribosomal protein L30
R4: 50S ribosomal protein L31
R5: 50S ribosomal protein L32
R6: 50S ribosomal protein L33
R7: 50S ribosomal protein L34
R8: 50S ribosomal protein L35
R9: 50S ribosomal protein L36
Z5: CC-Puro
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,219,533481
ポリマ－2,208,53056
非ポリマー11,003425
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
XA: 16S rRNA
XB: 30S ribosomal protein S2
XC: 30S ribosomal protein S3
XD: 30S ribosomal protein S4
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XG: 30S ribosomal protein S7
XH: 30S ribosomal protein S8
XI: 30S ribosomal protein S9
XJ: 30S ribosomal protein S10
XK: 30S ribosomal protein S11
XL: 30S ribosomal protein S12
XM: 30S ribosomal protein S13
XN: 30S ribosomal protein S14 type Z
XO: 30S ribosomal protein S15
XP: 30S ribosomal protein S16
XQ: 30S ribosomal protein S17
XR: 30S ribosomal protein S18
XS: 30S ribosomal protein S19
XT: 30S ribosomal protein S20
XU: 30S ribosomal protein Thx
XV: P-site tRNA-fMet
XX: messenger RNA
XY: A-site ASL-SufJ
YA: 23S rRNA
YB: 5S rRNA
YD: 50S ribosomal protein L2
YE: 50S ribosomal protein L3
YF: 50S ribosomal protein L4
YG: 50S ribosomal protein L5
YH: 50S ribosomal protein L6
YI: 50S ribosomal protein L9
YN: 50S ribosomal protein L13
YO: 50S ribosomal protein L14
YP: 50S ribosomal protein L15
YQ: 50S ribosomal protein L16
YR: 50S ribosomal protein L17
YS: 50S ribosomal protein L18
YT: 50S ribosomal protein L19
YU: 50S ribosomal protein L20
YV: 50S ribosomal protein L21
YW: 50S ribosomal protein L22
YX: 50S ribosomal protein L23
YY: 50S ribosomal protein L24
YZ: 50S ribosomal protein L25
Y0: 50S ribosomal protein L27
Y1: 50S ribosomal protein L28
Y2: 50S ribosomal protein L29
Y3: 50S ribosomal protein L30
Y4: 50S ribosomal protein L31
Y5: 50S ribosomal protein L32
Y6: 50S ribosomal protein L33
Y7: 50S ribosomal protein L34
Y8: 50S ribosomal protein L35
Y9: 50S ribosomal protein L36
Z6: CC-Puro
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,220,530522
ポリマ－2,208,53056
非ポリマー12,000466
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)211.282, 448.357, 616.604
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

-
RNA鎖 , 7種, 14分子 QAXAQVXVQXXXQYXYRAYARBYBZ5Z6

#1: RNA鎖 16S rRNA


分子量: 493958.281 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: GenBank: 55771382
#22: RNA鎖 P-site tRNA-fMet


分子量: 24802.785 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 604243975
#23: RNA鎖 messenger RNA


分子量: 8155.996 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: RNA oligonucleotide / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#24: RNA鎖 A-site ASL-SufJ


分子量: 5764.468 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: RNA oligonucleotide / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#25: RNA鎖 23S rRNA


分子量: 947895.375 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: GenBank: 55771382
#26: RNA鎖 5S rRNA


分子量: 39494.535 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: GenBank: 55771382
#56: RNA鎖 CC-Puro


分子量: 1098.880 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: RNA oligonucleotide / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
30S ribosomal protein ... , 20種, 40分子 QBXBQCXCQDXDQEXEQFXFQGXGQHXHQIXIQJXJQKXKQLXLQMXMQNXNQOXOQPXP...

#2: タンパク質 30S ribosomal protein S2


分子量: 29317.703 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P80371
#3: タンパク質 30S ribosomal protein S3


分子量: 26751.076 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P80372
#4: タンパク質 30S ribosomal protein S4


分子量: 24373.447 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P80373
#5: タンパク質 30S ribosomal protein S5


分子量: 17583.416 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHQ5
#6: タンパク質 30S ribosomal protein S6 / TS9


分子量: 11988.753 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SLP8
#7: タンパク質 30S ribosomal protein S7


分子量: 18050.973 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P17291
#8: タンパク質 30S ribosomal protein S8


分子量: 15868.570 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P0DOY9, UniProt: A0A0M9AFS9*PLUS
#9: タンパク質 30S ribosomal protein S9


分子量: 14410.614 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P80374
#10: タンパク質 30S ribosomal protein S10


分子量: 11954.968 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHN7
#11: タンパク質 30S ribosomal protein S11


分子量: 13737.868 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P80376
#12: タンパク質 30S ribosomal protein S12


分子量: 14637.384 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHN3
#13: タンパク質 30S ribosomal protein S13


分子量: 14338.861 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P80377
#14: タンパク質 30S ribosomal protein S14 type Z


分子量: 7158.725 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P0DOY6, UniProt: A0A0N0BLP2*PLUS
#15: タンパク質 30S ribosomal protein S15


分子量: 10578.407 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SJ76
#16: タンパク質 30S ribosomal protein S16


分子量: 10409.983 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SJH3
#17: タンパク質 30S ribosomal protein S17


分子量: 12325.655 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P0DOY7, UniProt: A0A0N0BLS5*PLUS
#18: タンパク質 30S ribosomal protein S18


分子量: 10258.299 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SLQ0
#19: タンパク質 30S ribosomal protein S19


分子量: 10605.464 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHP2
#20: タンパク質 30S ribosomal protein S20


分子量: 11736.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P80380
#21: タンパク質・ペプチド 30S ribosomal protein Thx / S31


分子量: 3350.030 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SIH3

+
50S ribosomal protein ... , 29種, 58分子 RDYDREYERFYFRGYGRHYHRIYIRNYNROYORPYPRQYQRRYRRSYSRTYTRUYURVYV...

#27: タンパク質 50S ribosomal protein L2


分子量: 30532.551 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P60405
#28: タンパク質 50S ribosomal protein L3


分子量: 22450.213 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHN8
#29: タンパク質 50S ribosomal protein L4 / L1e


分子量: 23271.914 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHN9
#30: タンパク質 50S ribosomal protein L5


分子量: 21061.596 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHQ0
#31: タンパク質 50S ribosomal protein L6


分子量: 19568.926 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P0DOY8
#32: タンパク質 50S ribosomal protein L9


分子量: 16422.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SLQ1
#33: タンパク質 50S ribosomal protein L13


分子量: 15927.903 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P60488
#34: タンパク質 50S ribosomal protein L14


分子量: 13323.612 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHP8
#35: タンパク質 50S ribosomal protein L15


分子量: 16319.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHQ7
#36: タンパク質 50S ribosomal protein L16


分子量: 15993.909 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P60489
#37: タンパク質 50S ribosomal protein L17


分子量: 13750.148 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q9Z9H5
#38: タンパク質 50S ribosomal protein L18 / TL24


分子量: 12639.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHQ4
#39: タンパク質 50S ribosomal protein L19


分子量: 17188.830 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P60490
#40: タンパク質 50S ribosomal protein L20


分子量: 13779.275 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P60491
#41: タンパク質 50S ribosomal protein L21


分子量: 11069.153 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P60492
#42: タンパク質 50S ribosomal protein L22


分子量: 12808.055 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHP3
#43: タンパク質 50S ribosomal protein L23


分子量: 10759.808 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHP0
#44: タンパク質 50S ribosomal protein L24


分子量: 12085.611 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHP9
#45: タンパク質 50S ribosomal protein L25 / TL5


分子量: 23238.572 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHZ1
#46: タンパク質 50S ribosomal protein L27


分子量: 9529.074 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P60493
#47: タンパク質 50S ribosomal protein L28


分子量: 11004.160 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P60494
#48: タンパク質 50S ribosomal protein L29


分子量: 8670.258 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHP6
#49: タンパク質 50S ribosomal protein L30


分子量: 6799.126 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHQ6
#50: タンパク質 50S ribosomal protein L31


分子量: 8300.543 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SJE1
#51: タンパク質 50S ribosomal protein L32


分子量: 6722.050 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P80339
#52: タンパク質 50S ribosomal protein L33


分子量: 6632.896 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P35871
#53: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L34


分子量: 6132.449 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P80340
#54: タンパク質 50S ribosomal protein L35


分子量: 7506.178 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SKU1
#55: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L36 / Ribosomal protein B


分子量: 4435.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHR2

-
非ポリマー , 3種, 891分子

#57: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 885 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#58: 化合物 ChemComp-PAR / PAROMOMYCIN / PAROMOMYCIN I / AMMINOSIDIN / CATENULIN / CRESTOMYCIN / MONOMYCIN A / NEOMYCIN E


分子量: 615.628 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H45N5O14 / コメント: 薬剤*YM
#59: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.79 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 4% PEG 20k, 4% PEG550 MME, 0.1M TRIS-ACETATE, 0.2M KSCN, 10mM MgCl

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HS / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月22日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→50 Å / Num. obs: 732004 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 103.62 Å2 / Rmerge F obs: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.231 / Rrim(I) all: 0.254 / Χ2: 0.963 / Net I/σ(I): 5.69 / Num. measured all: 4247078
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
3.5-3.60.3641.1471.1928024459074582391.28598.6
3.6-3.70.4361.0431.4725783552981525941.16799.3
3.7-3.80.6220.7642.0225843947402473200.84499.8
3.8-40.6990.6272.6143747281403810730.69599.6
4-50.9070.3414.9314181052392752391010.37599.9
5-60.9580.2167.986606391061971061500.236100
6-80.9780.1639.9153702184812847740.178100
8-100.9880.1212.4919482030459304460.13100
10-200.9930.08714.418134328413284120.095100
20-350.9940.06814.8219785346534500.07599.6
350.9860.1033.6913758674450.12251.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
PHENIX(phenix.refine: 1.8.3_1479)精密化
精密化解像度: 3.5→49.802 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.41 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2499 33077 4.56 %
Rwork0.214 692609 -
obs0.2156 725686 99.54 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 434.11 Å2 / Biso mean: 103.8186 Å2 / Biso min: 5.62 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.5→49.802 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数93003 198192 1047 0 292242
Biso mean--51.9 --
残基数----20877
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006316647
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.923473506
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05259959
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00625602
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.037148097
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.5-3.53980.341811310.3243218092294095
3.5398-3.58140.338412160.3119228682408499
3.5814-3.62510.330511570.30492282423981100
3.6251-3.67090.345611290.3191227562388599
3.6709-3.71920.317712120.28692283024042100
3.7192-3.77020.293612120.27262295924171100
3.7702-3.8240.293412240.26692282824052100
3.824-3.88110.297310910.2719228992399099
3.8811-3.94170.317112280.2731228022403099
3.9417-4.00630.27112030.23922295524158100
4.0063-4.07530.257411920.23462305324245100
4.0753-4.14940.251812130.22872292624139100
4.1494-4.22920.25611970.22322299724194100
4.2292-4.31540.256712270.21772294224169100
4.3154-4.40920.247211570.21582301024167100
4.4092-4.51170.25526460.20822355624202100
4.5117-4.62450.2426840.20622352024204100
4.6245-4.74940.22918210.20042332724148100
4.7494-4.8890.22969760.1982335824334100
4.889-5.04670.228711950.19382307524270100
5.0467-5.22690.2212090.1842304224251100
5.2269-5.43590.223811880.17872314124329100
5.4359-5.6830.235711950.18272312324318100
5.683-5.98220.218112030.18322316424367100
5.9822-6.35630.224312010.17992317324374100
6.3563-6.84590.228512050.18042322524430100
6.8459-7.53270.21877560.17562373224488100
7.5327-8.61780.21568630.18192368424547100
8.6178-10.83910.237110160.19712371124727100
10.8391-49.80660.234511300.2194233202445096
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1-0.0059-0.00330.06340.05670.09510.0450.0180.0278-0.014-0.0409-0.02530.03690.0180.010300.22790.0633-0.14860.1661-0.07210.1625-41.876385.149780.1624
2-0.0469-0.07210.1424-0.02010.0106-0.00370.0614-0.02720.13350.05490.09360.0571-0.0085-0.05510-0.15870.0272-0.18-0.05430.0473-0.1562-27.6515133.9058165.1314
3-0.0046-0.08210.00110.0798-0.15330.0412-0.03480.03520.05820.01260.0115-0.0264-0.0739-0.0445-00.17830.09790.02780.11810.11230.169-94.61330.7213-26.2374
4-0.0017-0.0360.0520.0243-0.14650.05370.0465-0.0777-0.0024-0.04310.0449-0.04260.01510.00420-0.0870.0508-0.08070.00690.046-0.0186-81.0999-55.491320.3371
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain Q*)Q0
2X-RAY DIFFRACTION2(chain R* or chain Z5)R0
3X-RAY DIFFRACTION3(chain X*)X0
4X-RAY DIFFRACTION4(chain Y* or chain Z6)Y0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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