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Yorodumi- PDB-6bz8: Thermus thermophilus 70S containing 16S G347U point mutation and ... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 6bz8 | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Thermus thermophilus 70S containing 16S G347U point mutation and near-cognate ASL Leucine in A site | |||||||||
Components |
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Keywords | RIBOSOME / protein biosynthesis / ribosomes / rna / trna / transfer rna / 30s / 50s / 70s / 16s / 23s / ribosomal subunit / bacterial proteins / codon / transfer / translational | |||||||||
| Function / homology | Function and homology informationlarge ribosomal subunit / transferase activity / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / small ribosomal subunit rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit ...large ribosomal subunit / transferase activity / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / small ribosomal subunit rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | |||||||||
| Biological species | ![]() Thermus thermophilus HB8 (bacteria)![]() Thermus thermophilus (bacteria)![]() | |||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.74 Å | |||||||||
Authors | Hoffer, E.D. / Maehigashi, T. / Fagan, C.E. / Dunham, C.M. | |||||||||
| Funding support | United States, 2items
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Citation | Journal: Nucleic Acids Res. / Year: 2019Title: Ribosomal ambiguity (ram) mutations promote the open (off) to closed (on) transition and thereby increase miscoding. Authors: Hoffer, E.D. / Maehigashi, T. / Fredrick, K. / Dunham, C.M. | |||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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| PDBx/mmCIF format | 6bz8.cif.gz | 14.6 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb6bz8.ent.gz | Display | PDB format | |
| PDBx/mmJSON format | 6bz8.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
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-Validation report
| Summary document | 6bz8_validation.pdf.gz | 1.5 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 6bz8_full_validation.pdf.gz | 2 MB | Display | |
| Data in XML | 6bz8_validation.xml.gz | 732.4 KB | Display | |
| Data in CIF | 6bz8_validation.cif.gz | 1018.3 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bz/6bz8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bz/6bz8 | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 6buwC ![]() 6bz6C ![]() 6bz7C ![]() 4v97S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
|---|---|
| Similar structure data |
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| 2 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
-RNA chain , 6 types, 14 molecules QAXAQVQWXVXWQXXXQYXYRAYARBYB
| #1: RNA chain | Mass: 489615.844 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: G347U / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() Thermus thermophilus HB8 (bacteria) / References: GenBank: 55771382#22: RNA chain | Mass: 24802.785 Da / Num. of mol.: 4 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() #23: RNA chain | Mass: 8132.956 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Details: synthesized RNA oligonucleotide / Source: (synth.) ![]() #24: RNA chain | Mass: 5427.284 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) ![]() #25: RNA chain | Mass: 947895.375 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() Thermus thermophilus HB8 (bacteria) / References: GenBank: 55771382#26: RNA chain | Mass: 39494.535 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() Thermus thermophilus HB8 (bacteria) / References: GenBank: 55771382 |
|---|
-30S ribosomal protein ... , 20 types, 40 molecules QBXBQCXCQDXDQEXEQFXFQGXGQHXHQIXIQJXJQKXKQLXLQMXMQNXNQOXOQPXP...
| #2: Protein | Mass: 29317.703 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) ![]() Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (bacteria)Strain: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / References: UniProt: P80371 #3: Protein | Mass: 26751.076 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) ![]() Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (bacteria)Strain: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / References: UniProt: P80372 #4: Protein | Mass: 24373.447 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) ![]() Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (bacteria)Strain: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / References: UniProt: P80373 #5: Protein | Mass: 17583.416 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) ![]() Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (bacteria)Strain: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / References: UniProt: Q5SHQ5 #6: Protein | Mass: 11988.753 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) ![]() Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (bacteria)Strain: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / References: UniProt: Q5SLP8 #7: Protein | Mass: 18050.973 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) ![]() Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (bacteria)Strain: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / References: UniProt: P17291 #8: Protein | Mass: 15868.570 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) ![]() Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (bacteria)Strain: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / References: UniProt: P0DOY9 #9: Protein | Mass: 14410.614 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) ![]() Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (bacteria)Strain: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / References: UniProt: P80374 #10: Protein | Mass: 11954.968 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) ![]() Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (bacteria)Strain: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / References: UniProt: Q5SHN7 #11: Protein | Mass: 13737.868 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) ![]() Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (bacteria)Strain: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / References: UniProt: P80376 #12: Protein | Mass: 14637.384 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) ![]() Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (bacteria)Strain: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / References: UniProt: Q5SHN3 #13: Protein | Mass: 14338.861 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) ![]() Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (bacteria)Strain: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / References: UniProt: P80377 #14: Protein | Mass: 7158.725 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) ![]() Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (bacteria)Strain: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / References: UniProt: P0DOY6 #15: Protein | Mass: 10578.407 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) ![]() Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (bacteria)Strain: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / References: UniProt: Q5SJ76 #16: Protein | Mass: 10409.983 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) ![]() Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (bacteria)Strain: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / References: UniProt: Q5SJH3 #17: Protein | Mass: 12325.655 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) ![]() Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (bacteria)Strain: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / References: UniProt: P0DOY7 #18: Protein | Mass: 10258.299 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) ![]() Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (bacteria)Strain: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / References: UniProt: Q5SLQ0 #19: Protein | Mass: 10605.464 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) ![]() Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (bacteria)Strain: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / References: UniProt: Q5SHP2 #20: Protein | Mass: 11736.143 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) ![]() Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (bacteria)Strain: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / References: UniProt: P80380 #21: Protein/peptide | Mass: 3350.030 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) ![]() Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (bacteria)Strain: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / References: UniProt: Q5SIH3 |
|---|
+50S ribosomal protein ... , 29 types, 58 molecules RDYDREYERFYFRGYGRHYHRIYIRNYNROYORPYPRQYQRRYRRSYSRTYTRUYURVYV...
-Non-polymers , 3 types, 1306 molecules 




| #56: Chemical | ChemComp-MG / #57: Chemical | #58: Chemical | ChemComp-ZN / |
|---|
-Details
| Has protein modification | N |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 3.28 Å3/Da / Density % sol: 62.54 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: 4.7% PEG 20k, 4.7% PEG 550MME, 100 mM TRIS-ACETATE, 200 mM KSCN, 10 mM MAGNESIUM ACETATE 2.8 mM DOBC |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-C / Wavelength: 0.97 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Oct 4, 2014 / Details: S/N 60-0112-F | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation | Monochromator: Kohzu HLD8-24 monochromator / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.97 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection | Resolution: 3.61→134.676 Å / Num. obs: 666085 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 11.99 % / Biso Wilson estimate: 114.29 Å2 / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.225 / Rrim(I) all: 0.235 / Χ2: 1.04 / Net I/σ(I): 9.79 / Num. measured all: 7986683 / Scaling rejects: 5763 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-
Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 4V97 Resolution: 3.74→134.676 Å / SU ML: 0.4 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 21.03
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso max: 602.62 Å2 / Biso mean: 121.8692 Å2 / Biso min: 3.47 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: final / Resolution: 3.74→134.676 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
|
Movie
Controller
About Yorodumi




Thermus thermophilus HB8 (bacteria)
X-RAY DIFFRACTION
United States, 2items
Citation























PDBj































