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- PDB-6b4v: Antibiotic blasticidin S and E. coli release factor 1 bound to th... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6b4v
タイトルAntibiotic blasticidin S and E. coli release factor 1 bound to the 70S ribosome
要素
  • (30S ribosomal protein ...) x 20
  • (50S ribosomal protein ...) x 29
  • 16S ribosomal RNA
  • 23S ribosomal RNA
  • 5S ribosomal RNA
  • Peptide chain release factor 1
  • mRNA
  • tRNA
キーワードRIBOSOME/ANTIBIOTIC / termination suppression / class I release factors / RF1 / stop-codon recognition / termination / blasticidin S / RIBOSOME-ANTIBIOTIC complex
機能・相同性
機能・相同性情報


translation release factor activity, codon specific / large ribosomal subunit / transferase activity / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit rRNA binding ...translation release factor activity, codon specific / large ribosomal subunit / transferase activity / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Peptide chain release factor 1 / : / Peptide chain release factor / PCRF domain / PCRF / Peptide chain release factor class I superfamily / Prokaryotic-type class I peptide chain release factors signature. / Peptide chain release factor class I / RF-1 domain / 30S ribosomal protein Thx ...Peptide chain release factor 1 / : / Peptide chain release factor / PCRF domain / PCRF / Peptide chain release factor class I superfamily / Prokaryotic-type class I peptide chain release factors signature. / Peptide chain release factor class I / RF-1 domain / 30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein / Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / : / Ribosomal protein S14, type Z / Ribosomal protein L31 type A / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / : / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L18, bacterial-type / : / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein S14/S29 / Ribosomal protein S4, bacterial-type / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein L16 / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / Ribosomal protein L30, bacterial-type / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein S16 / L28p-like / Ribosomal protein S15, bacterial-type / :
類似検索 - ドメイン・相同性
BLASTICIDIN S / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Peptide chain release factor 1 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Small ribosomal subunit protein bTHX ...BLASTICIDIN S / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Peptide chain release factor 1 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Small ribosomal subunit protein bTHX / Small ribosomal subunit protein bTHX / Large ribosomal subunit protein bL32 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein bL9 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein bL25 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein bL31 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL35
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
Escherichia coli K-12 (大腸菌)
Escherichia coli (大腸菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Svidritskiy, E. / Korostelev, A.A.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM107465 米国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)DK047757 米国
引用ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2018
タイトル: Mechanism of Inhibition of Translation Termination by Blasticidin S.
著者: Svidritskiy, E. / Korostelev, A.A.
履歴
登録2017年9月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年2月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年2月14日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22018年3月14日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42025年2月19日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / refine_hist / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_PDB_ins_code / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_PDB_ins_code / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id
改定 1.52025年3月19日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag ..._chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag / _chem_comp_bond.value_order

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 16S ribosomal RNA
B: 23S ribosomal RNA
C: 5S ribosomal RNA
D: tRNA
E: 50S ribosomal protein L2
F: 50S ribosomal protein L3
G: 50S ribosomal protein L4
H: 50S ribosomal protein L5
I: 50S ribosomal protein L6
J: 50S ribosomal protein L9
K: 50S ribosomal protein L13
L: 50S ribosomal protein L14
M: 50S ribosomal protein L15
N: 50S ribosomal protein L16
O: 50S ribosomal protein L17
P: 50S ribosomal protein L18
Q: 50S ribosomal protein L19
R: 50S ribosomal protein L20
S: 50S ribosomal protein L21
T: 50S ribosomal protein L22
U: 50S ribosomal protein L23
V: 50S ribosomal protein L24
W: 50S ribosomal protein L25
X: 50S ribosomal protein L27
Y: 50S ribosomal protein L28
Z: 50S ribosomal protein L29
AA: 50S ribosomal protein L30
BA: 50S ribosomal protein L31
CA: 50S ribosomal protein L32
DA: 50S ribosomal protein L33
EA: 50S ribosomal protein L34
FA: 50S ribosomal protein L35
GA: 50S ribosomal protein L36
HA: mRNA
IA: tRNA
JA: Peptide chain release factor 1
KA: 30S ribosomal protein S2
LA: 30S ribosomal protein S3
MA: 30S ribosomal protein S4
NA: 30S ribosomal protein S5
OA: 30S ribosomal protein S6
PA: 30S ribosomal protein S7
QA: 30S ribosomal protein S8
RA: 30S ribosomal protein S9
SA: 30S ribosomal protein S10
TA: 30S ribosomal protein S11
UA: 30S ribosomal protein S12
VA: 30S ribosomal protein S13
WA: 30S ribosomal protein S14 type Z
XA: 30S ribosomal protein S15
YA: 30S ribosomal protein S16
ZA: 30S ribosomal protein S17
AB: 30S ribosomal protein S18
BB: 30S ribosomal protein S19
CB: 30S ribosomal protein S20
DB: 30S ribosomal protein Thx
EB: 16S ribosomal RNA
FB: 23S ribosomal RNA
GB: 5S ribosomal RNA
HB: tRNA
IB: 50S ribosomal protein L2
JB: 50S ribosomal protein L3
KB: 50S ribosomal protein L4
LB: 50S ribosomal protein L5
MB: 50S ribosomal protein L6
NB: 50S ribosomal protein L9
OB: 50S ribosomal protein L13
PB: 50S ribosomal protein L14
QB: 50S ribosomal protein L15
RB: 50S ribosomal protein L16
SB: 50S ribosomal protein L17
TB: 50S ribosomal protein L18
UB: 50S ribosomal protein L19
VB: 50S ribosomal protein L20
WB: 50S ribosomal protein L21
XB: 50S ribosomal protein L22
YB: 50S ribosomal protein L23
ZB: 50S ribosomal protein L24
AC: 50S ribosomal protein L25
BC: 50S ribosomal protein L27
CC: 50S ribosomal protein L28
DC: 50S ribosomal protein L29
EC: 50S ribosomal protein L30
FC: 50S ribosomal protein L31
GC: 50S ribosomal protein L32
HC: 50S ribosomal protein L33
IC: 50S ribosomal protein L34
JC: 50S ribosomal protein L35
KC: 50S ribosomal protein L36
LC: mRNA
MC: tRNA
NC: Peptide chain release factor 1
OC: 30S ribosomal protein S2
PC: 30S ribosomal protein S3
QC: 30S ribosomal protein S4
RC: 30S ribosomal protein S5
SC: 30S ribosomal protein S6
TC: 30S ribosomal protein S7
UC: 30S ribosomal protein S8
VC: 30S ribosomal protein S9
WC: 30S ribosomal protein S10
XC: 30S ribosomal protein S11
YC: 30S ribosomal protein S12
ZC: 30S ribosomal protein S13
AD: 30S ribosomal protein S14 type Z
BD: 30S ribosomal protein S15
CD: 30S ribosomal protein S16
DD: 30S ribosomal protein S17
ED: 30S ribosomal protein S18
FD: 30S ribosomal protein S19
GD: 30S ribosomal protein S20
HD: 30S ribosomal protein Thx
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,544,2661807
ポリマ－4,501,862112
非ポリマー42,4041695
水00
1
A: 16S ribosomal RNA
B: 23S ribosomal RNA
C: 5S ribosomal RNA
D: tRNA
E: 50S ribosomal protein L2
F: 50S ribosomal protein L3
G: 50S ribosomal protein L4
H: 50S ribosomal protein L5
I: 50S ribosomal protein L6
J: 50S ribosomal protein L9
K: 50S ribosomal protein L13
L: 50S ribosomal protein L14
M: 50S ribosomal protein L15
N: 50S ribosomal protein L16
O: 50S ribosomal protein L17
P: 50S ribosomal protein L18
Q: 50S ribosomal protein L19
R: 50S ribosomal protein L20
S: 50S ribosomal protein L21
T: 50S ribosomal protein L22
U: 50S ribosomal protein L23
V: 50S ribosomal protein L24
W: 50S ribosomal protein L25
X: 50S ribosomal protein L27
Y: 50S ribosomal protein L28
Z: 50S ribosomal protein L29
AA: 50S ribosomal protein L30
BA: 50S ribosomal protein L31
CA: 50S ribosomal protein L32
DA: 50S ribosomal protein L33
EA: 50S ribosomal protein L34
FA: 50S ribosomal protein L35
GA: 50S ribosomal protein L36
HA: mRNA
IA: tRNA
JA: Peptide chain release factor 1
KA: 30S ribosomal protein S2
LA: 30S ribosomal protein S3
MA: 30S ribosomal protein S4
NA: 30S ribosomal protein S5
OA: 30S ribosomal protein S6
PA: 30S ribosomal protein S7
QA: 30S ribosomal protein S8
RA: 30S ribosomal protein S9
SA: 30S ribosomal protein S10
TA: 30S ribosomal protein S11
UA: 30S ribosomal protein S12
VA: 30S ribosomal protein S13
WA: 30S ribosomal protein S14 type Z
XA: 30S ribosomal protein S15
YA: 30S ribosomal protein S16
ZA: 30S ribosomal protein S17
AB: 30S ribosomal protein S18
BB: 30S ribosomal protein S19
CB: 30S ribosomal protein S20
DB: 30S ribosomal protein Thx
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,273,458958
ポリマ－2,250,93156
非ポリマー22,527902
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
EB: 16S ribosomal RNA
FB: 23S ribosomal RNA
GB: 5S ribosomal RNA
HB: tRNA
IB: 50S ribosomal protein L2
JB: 50S ribosomal protein L3
KB: 50S ribosomal protein L4
LB: 50S ribosomal protein L5
MB: 50S ribosomal protein L6
NB: 50S ribosomal protein L9
OB: 50S ribosomal protein L13
PB: 50S ribosomal protein L14
QB: 50S ribosomal protein L15
RB: 50S ribosomal protein L16
SB: 50S ribosomal protein L17
TB: 50S ribosomal protein L18
UB: 50S ribosomal protein L19
VB: 50S ribosomal protein L20
WB: 50S ribosomal protein L21
XB: 50S ribosomal protein L22
YB: 50S ribosomal protein L23
ZB: 50S ribosomal protein L24
AC: 50S ribosomal protein L25
BC: 50S ribosomal protein L27
CC: 50S ribosomal protein L28
DC: 50S ribosomal protein L29
EC: 50S ribosomal protein L30
FC: 50S ribosomal protein L31
GC: 50S ribosomal protein L32
HC: 50S ribosomal protein L33
IC: 50S ribosomal protein L34
JC: 50S ribosomal protein L35
KC: 50S ribosomal protein L36
LC: mRNA
MC: tRNA
NC: Peptide chain release factor 1
OC: 30S ribosomal protein S2
PC: 30S ribosomal protein S3
QC: 30S ribosomal protein S4
RC: 30S ribosomal protein S5
SC: 30S ribosomal protein S6
TC: 30S ribosomal protein S7
UC: 30S ribosomal protein S8
VC: 30S ribosomal protein S9
WC: 30S ribosomal protein S10
XC: 30S ribosomal protein S11
YC: 30S ribosomal protein S12
ZC: 30S ribosomal protein S13
AD: 30S ribosomal protein S14 type Z
BD: 30S ribosomal protein S15
CD: 30S ribosomal protein S16
DD: 30S ribosomal protein S17
ED: 30S ribosomal protein S18
FD: 30S ribosomal protein S19
GD: 30S ribosomal protein S20
HD: 30S ribosomal protein Thx
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,270,809849
ポリマ－2,250,93156
非ポリマー19,878793
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)211.849, 452.539, 624.45
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 90.0, 90.0
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

-
要素

-
RNA鎖 , 5種, 12分子 AEBBFBCGBDIAHBMCHALC

#1: RNA鎖 16S ribosomal RNA


分子量: 489561.188 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: GenBank: 46197919
#2: RNA鎖 23S ribosomal RNA


分子量: 936785.625 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: GenBank: 46197919
#3: RNA鎖 5S ribosomal RNA


分子量: 38882.207 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: GenBank: 46197919
#4: RNA鎖
tRNA


分子量: 24846.902 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌)
#34: RNA鎖 mRNA


分子量: 7545.634 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

+
50S ribosomal protein ... , 29種, 58分子 EIBFJBGKBHLBIMBJNBKOBLPBMQBNRBOSBPTBQUBRVBSWB...

#5: タンパク質 50S ribosomal protein L2


分子量: 30401.355 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: UniProt: Q72I07
#6: タンパク質 50S ribosomal protein L3


分子量: 22450.213 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: UniProt: Q72I04
#7: タンパク質 50S ribosomal protein L4


分子量: 22744.279 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: UniProt: Q72I05
#8: タンパク質 50S ribosomal protein L5


分子量: 21075.623 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: UniProt: Q72I16
#9: タンパク質 50S ribosomal protein L6


分子量: 19568.926 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: UniProt: Q72I19
#10: タンパク質 50S ribosomal protein L9


分子量: 16436.205 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: UniProt: Q72GV5
#11: タンパク質 50S ribosomal protein L13


分子量: 15927.903 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: UniProt: Q72IN1
#12: タンパク質 50S ribosomal protein L14


分子量: 13309.586 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: UniProt: Q72I14
#13: タンパク質 50S ribosomal protein L15


分子量: 16319.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: UniProt: Q72I23
#14: タンパク質 50S ribosomal protein L16


分子量: 15977.909 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: UniProt: Q72I11
#15: タンパク質 50S ribosomal protein L17


分子量: 13750.148 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: UniProt: Q72I33
#16: タンパク質 50S ribosomal protein L18


分子量: 12639.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: UniProt: Q72I20
#17: タンパク質 50S ribosomal protein L19


分子量: 17217.867 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: UniProt: Q72JU9
#18: タンパク質 50S ribosomal protein L20


分子量: 13779.275 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: UniProt: Q72L76
#19: タンパク質 50S ribosomal protein L21


分子量: 11069.153 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: UniProt: Q72HR2
#20: タンパク質 50S ribosomal protein L22


分子量: 12808.055 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: UniProt: Q72I09
#21: タンパク質 50S ribosomal protein L23


分子量: 10759.808 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: UniProt: Q72I06
#22: タンパク質 50S ribosomal protein L24


分子量: 12085.611 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: UniProt: Q72I15
#23: タンパク質 50S ribosomal protein L25


分子量: 23238.572 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: UniProt: Q72IA7
#24: タンパク質 50S ribosomal protein L27


分子量: 9529.074 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: UniProt: Q72HR3
#25: タンパク質 50S ribosomal protein L28


分子量: 11032.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: UniProt: Q72G84
#26: タンパク質 50S ribosomal protein L29


分子量: 8670.258 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: UniProt: Q72I12
#27: タンパク質 50S ribosomal protein L30


分子量: 6799.126 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: UniProt: Q72I22
#28: タンパク質 50S ribosomal protein L31


分子量: 8300.543 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: UniProt: Q72JR0
#29: タンパク質 50S ribosomal protein L32


分子量: 6734.104 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: UniProt: P62652
#30: タンパク質 50S ribosomal protein L33


分子量: 6632.896 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: UniProt: Q72GW3
#31: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L34


分子量: 6132.449 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: UniProt: P80340
#32: タンパク質 50S ribosomal protein L35


分子量: 7506.178 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: UniProt: Q72L77
#33: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L36


分子量: 4435.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: UniProt: Q72I28

-
タンパク質 , 1種, 2分子 JANC

#35: タンパク質 Peptide chain release factor 1


分子量: 41644.449 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A7ZKY5

-
30S ribosomal protein ... , 20種, 40分子 KAOCLAPCMAQCNARCOASCPATCQAUCRAVCSAWCTAXCUAYCVAZCWAADXABDYACD...

#36: タンパク質 30S ribosomal protein S2


分子量: 29317.703 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: UniProt: P62662
#37: タンパク質 30S ribosomal protein S3


分子量: 26751.076 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: UniProt: P62663
#38: タンパク質 30S ribosomal protein S4


分子量: 24373.447 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: UniProt: P62664
#39: タンパク質 30S ribosomal protein S5


分子量: 17583.416 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: UniProt: P62665
#40: タンパク質 30S ribosomal protein S6


分子量: 11988.753 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: UniProt: P62666
#41: タンパク質 30S ribosomal protein S7


分子量: 18050.973 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: UniProt: P62667
#42: タンパク質 30S ribosomal protein S8


分子量: 15868.570 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: UniProt: P62668
#43: タンパク質 30S ribosomal protein S9


分子量: 14429.661 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: UniProt: P62669
#44: タンパク質 30S ribosomal protein S10


分子量: 11954.968 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: UniProt: P62653
#45: タンパク質 30S ribosomal protein S11


分子量: 13737.868 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: UniProt: P62654
#46: タンパク質 30S ribosomal protein S12


分子量: 14683.476 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: UniProt: P61941
#47: タンパク質 30S ribosomal protein S13


分子量: 14338.861 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: UniProt: P62655
#48: タンパク質 30S ribosomal protein S14 type Z


分子量: 7158.725 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: UniProt: P62656
#49: タンパク質 30S ribosomal protein S15


分子量: 10578.407 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: UniProt: P62657
#50: タンパク質 30S ribosomal protein S16


分子量: 10409.983 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: UniProt: P62238
#51: タンパク質 30S ribosomal protein S17


分子量: 12324.670 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: UniProt: P62658
#52: タンパク質 30S ribosomal protein S18


分子量: 10258.299 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: UniProt: P62659
#53: タンパク質 30S ribosomal protein S19


分子量: 10605.464 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: UniProt: P62660
#54: タンパク質 30S ribosomal protein S20


分子量: 11722.116 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: UniProt: P62661
#55: タンパク質・ペプチド 30S ribosomal protein Thx


分子量: 3350.030 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: UniProt: P62611, UniProt: P62613*PLUS

-
非ポリマー , 3種, 1695分子

#56: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1683 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#57: 化合物 ChemComp-BLS / BLASTICIDIN S / ブラストサイジンS


分子量: 422.439 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H26N8O5 / コメント: 抗生剤*YM
#58: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.98 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 3 uL 70S*mRNA*tRNAfMet*RF1*antibiotic complex + 3 uL crystallization buffer (0.1 M Tris-HCl, pH 7.5, 4% v/v PEG20000, 8% v/v MPD, 0.2 M potassium thiocyanate). 4-fold molar excess of E. coli ...詳細: 3 uL 70S*mRNA*tRNAfMet*RF1*antibiotic complex + 3 uL crystallization buffer (0.1 M Tris-HCl, pH 7.5, 4% v/v PEG20000, 8% v/v MPD, 0.2 M potassium thiocyanate). 4-fold molar excess of E. coli release factor 1 and 1 mM blasticidin S were added during complex formation. Reservoir: 300 uL 0.4-0.6 M sodium chloride.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月19日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→70 Å / Num. obs: 813599 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.5 % / Net I/σ(I): 6.89
反射 シェル最高解像度: 3.4 Å

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解析

ソフトウェア
名称分類
PHENIX精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.4→50 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE /
反射数%反射
obs813599 99.9 %
Rfree-2 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.4→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数97078 201010 1753 0 299841

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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