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- PDB-4v9a: Crystal Structure of the 70S ribosome with tetracycline. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4v9a
タイトルCrystal Structure of the 70S ribosome with tetracycline.
要素
  • (30S RIBOSOMAL PROTEIN ...) x 20
  • (50S ribosomal protein ...) x 28
  • 16S ribosomal RNA
  • 23S ribosomal RNA
  • 5S RIBOSOMAL RNA
  • MRNA
  • TRNA-FMET
キーワードRIBOSOME/ANTIBIOTIC / RNA / ribosome / tRNA / translation / mRNA / RIBOSOME-ANTIBIOTIC complex
機能・相同性
機能・相同性情報


large ribosomal subunit / transferase activity / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding ...large ribosomal subunit / transferase activity / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein / Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / : / Ribosomal protein S14, type Z / Ribosomal protein L31 type A ...30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein / Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / : / Ribosomal protein S14, type Z / Ribosomal protein L31 type A / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / : / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L18, bacterial-type / : / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S14/S29 / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein S4, bacterial-type / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein L33 / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein L16 / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / Ribosomal protein L30, bacterial-type / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein S16 / : / L28p-like / Ribosomal protein S15, bacterial-type / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein L27 / Ribosomal L27 protein / Ribosomal protein S6 superfamily / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein S12, bacterial-type / Ribosomal L32p protein family / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20, C-terminal / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L19 superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
TETRACYCLINE / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein uL6 ...TETRACYCLINE / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL29 / 30S ribosomal protein S17 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL5 / 30S ribosomal protein S14 type Z / 30S ribosomal protein S8 / 50S ribosomal protein L6 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein bL25 / Small ribosomal subunit protein bTHX / Small ribosomal subunit protein uS15 / Large ribosomal subunit protein bL31 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Large ribosomal subunit protein bL9 / Large ribosomal subunit protein bL17
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
Synthetic DNA (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2999 Å
データ登録者Jenner, L. / Yusupov, M. / Yusupova, G.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: Structural basis for potent inhibitory activity of the antibiotic tigecycline during protein synthesis.
著者: Jenner, L. / Starosta, A.L. / Terry, D.S. / Mikolajka, A. / Filonava, L. / Yusupov, M. / Blanchard, S.C. / Wilson, D.N. / Yusupova, G.
履歴
登録2012年7月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え2014年12月10日ID: 4G5K, 4G5L, 4G5M, 4G5N
改定 1.12014年12月10日Group: Other
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
AA: 16S ribosomal RNA
AE: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S2
AF: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S3
AG: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S4
AH: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S5
AI: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S6
AJ: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S7
AK: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S8
AL: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S9
AM: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S10
AN: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S11
AO: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S12
AP: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S13
AQ: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S14
AR: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S15
AS: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S16
AT: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S17
AU: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S18
AV: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S19
AW: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S20
AX: 30S RIBOSOMAL PROTEIN THX
AC: TRNA-FMET
A1: MRNA
BA: 23S ribosomal RNA
BB: 5S RIBOSOMAL RNA
BD: 50S ribosomal protein L2
BE: 50S ribosomal protein L3
BF: 50S ribosomal protein L4
BG: 50S ribosomal protein L5
BH: 50S ribosomal protein L6
BK: 50S ribosomal protein L9
BM: 50S ribosomal protein L13
BN: 50S ribosomal protein L14
BO: 50S ribosomal protein L15
BP: 50S ribosomal protein L16
B0: 50S ribosomal protein L17
BQ: 50S ribosomal protein L18
BR: 50S ribosomal protein L19
B1: 50S ribosomal protein L20
B2: 50S ribosomal protein L21
BS: 50S ribosomal protein L22
BT: 50S ribosomal protein L23
BU: 50S ribosomal protein L24
BV: 50S ribosomal protein L25
B3: 50S ribosomal protein L27
BZ: 50S ribosomal protein L28
BW: 50S ribosomal protein L29
BX: 50S ribosomal protein L30
B4: 50S ribosomal protein L31
B5: 50S ribosomal protein L32
B6: 50S ribosomal protein L33
B7: 50S ribosomal protein L34
B8: 50S ribosomal protein L35
CA: 16S ribosomal RNA
CE: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S2
CF: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S3
CG: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S4
CH: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S5
CI: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S6
CJ: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S7
CK: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S8
CL: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S9
CM: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S10
CN: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S11
CO: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S12
CP: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S13
CQ: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S14
CR: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S15
CS: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S16
CT: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S17
CU: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S18
CV: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S19
CW: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S20
CX: 30S RIBOSOMAL PROTEIN THX
CC: TRNA-FMET
C1: MRNA
DA: 23S ribosomal RNA
DB: 5S RIBOSOMAL RNA
DD: 50S ribosomal protein L2
DE: 50S ribosomal protein L3
DF: 50S ribosomal protein L4
DG: 50S ribosomal protein L5
DH: 50S ribosomal protein L6
DK: 50S ribosomal protein L9
DM: 50S ribosomal protein L13
DN: 50S ribosomal protein L14
DO: 50S ribosomal protein L15
DP: 50S ribosomal protein L16
D0: 50S ribosomal protein L17
DQ: 50S ribosomal protein L18
DR: 50S ribosomal protein L19
D1: 50S ribosomal protein L20
D2: 50S ribosomal protein L21
DS: 50S ribosomal protein L22
DT: 50S ribosomal protein L23
DU: 50S ribosomal protein L24
DV: 50S ribosomal protein L25
D3: 50S ribosomal protein L27
DZ: 50S ribosomal protein L28
DW: 50S ribosomal protein L29
DX: 50S ribosomal protein L30
D4: 50S ribosomal protein L31
D5: 50S ribosomal protein L32
D6: 50S ribosomal protein L33
D7: 50S ribosomal protein L34
D8: 50S ribosomal protein L35
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,410,1941799
ポリマ－4,368,041106
非ポリマー42,1531693
水00
1
AA: 16S ribosomal RNA
AE: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S2
AF: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S3
AG: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S4
AH: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S5
AI: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S6
AJ: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S7
AK: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S8
AL: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S9
AM: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S10
AN: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S11
AO: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S12
AP: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S13
AQ: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S14
AR: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S15
AS: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S16
AT: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S17
AU: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S18
AV: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S19
AW: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S20
AX: 30S RIBOSOMAL PROTEIN THX
AC: TRNA-FMET
A1: MRNA
BA: 23S ribosomal RNA
BB: 5S RIBOSOMAL RNA
BD: 50S ribosomal protein L2
BE: 50S ribosomal protein L3
BF: 50S ribosomal protein L4
BG: 50S ribosomal protein L5
BH: 50S ribosomal protein L6
BK: 50S ribosomal protein L9
BM: 50S ribosomal protein L13
BN: 50S ribosomal protein L14
BO: 50S ribosomal protein L15
BP: 50S ribosomal protein L16
B0: 50S ribosomal protein L17
BQ: 50S ribosomal protein L18
BR: 50S ribosomal protein L19
B1: 50S ribosomal protein L20
B2: 50S ribosomal protein L21
BS: 50S ribosomal protein L22
BT: 50S ribosomal protein L23
BU: 50S ribosomal protein L24
BV: 50S ribosomal protein L25
B3: 50S ribosomal protein L27
BZ: 50S ribosomal protein L28
BW: 50S ribosomal protein L29
BX: 50S ribosomal protein L30
B4: 50S ribosomal protein L31
B5: 50S ribosomal protein L32
B6: 50S ribosomal protein L33
B7: 50S ribosomal protein L34
B8: 50S ribosomal protein L35
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,206,981977
ポリマ－2,184,02053
非ポリマー22,960924
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
CA: 16S ribosomal RNA
CE: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S2
CF: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S3
CG: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S4
CH: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S5
CI: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S6
CJ: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S7
CK: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S8
CL: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S9
CM: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S10
CN: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S11
CO: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S12
CP: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S13
CQ: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S14
CR: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S15
CS: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S16
CT: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S17
CU: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S18
CV: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S19
CW: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S20
CX: 30S RIBOSOMAL PROTEIN THX
CC: TRNA-FMET
C1: MRNA
DA: 23S ribosomal RNA
DB: 5S RIBOSOMAL RNA
DD: 50S ribosomal protein L2
DE: 50S ribosomal protein L3
DF: 50S ribosomal protein L4
DG: 50S ribosomal protein L5
DH: 50S ribosomal protein L6
DK: 50S ribosomal protein L9
DM: 50S ribosomal protein L13
DN: 50S ribosomal protein L14
DO: 50S ribosomal protein L15
DP: 50S ribosomal protein L16
D0: 50S ribosomal protein L17
DQ: 50S ribosomal protein L18
DR: 50S ribosomal protein L19
D1: 50S ribosomal protein L20
D2: 50S ribosomal protein L21
DS: 50S ribosomal protein L22
DT: 50S ribosomal protein L23
DU: 50S ribosomal protein L24
DV: 50S ribosomal protein L25
D3: 50S ribosomal protein L27
DZ: 50S ribosomal protein L28
DW: 50S ribosomal protein L29
DX: 50S ribosomal protein L30
D4: 50S ribosomal protein L31
D5: 50S ribosomal protein L32
D6: 50S ribosomal protein L33
D7: 50S ribosomal protein L34
D8: 50S ribosomal protein L35
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,203,213822
ポリマ－2,184,02053
非ポリマー19,193769
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)209.270, 448.540, 615.750
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細biological unit is the same as asym.

-
要素

-
RNA鎖 , 5種, 10分子 AACAACCCA1C1BADABBDB

#1: RNA鎖 16S ribosomal RNA


分子量: 489002.531 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: GenBank: AP008226.1
#22: RNA鎖 TRNA-FMET


分子量: 24801.801 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: GenBank: AP008226.1
#23: RNA鎖 MRNA


分子量: 1241.786 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Synthetic DNA (人工物)
#24: RNA鎖 23S ribosomal RNA


分子量: 947013.000 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: GenBank: AP008226.1
#25: RNA鎖 5S RIBOSOMAL RNA


分子量: 39540.617 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: GenBank: AP008226.1

-
30S RIBOSOMAL PROTEIN ... , 20種, 40分子 AECEAFCFAGCGAHCHAICIAJCJAKCKALCLAMCMANCNAOCOAPCPAQCQARCRASCS...

#2: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S2


分子量: 29317.703 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: P80371
#3: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S3


分子量: 26751.076 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: P80372
#4: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S4


分子量: 24242.254 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: P80373
#5: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S5


分子量: 17583.416 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHQ5
#6: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S6


分子量: 11988.753 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SLP8
#7: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S7


分子量: 18050.973 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: P17291
#8: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S8


分子量: 15868.570 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHQ2, UniProt: A0A0M9AFS9*PLUS
#9: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S9


分子量: 14410.614 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: P80374
#10: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S10


分子量: 11954.968 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHN7
#11: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S11


分子量: 13737.868 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: P80376
#12: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S12


分子量: 14264.942 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHN3
#13: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S13


分子量: 14338.861 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: P80377
#14: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S14


分子量: 7158.725 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHQ1, UniProt: A0A0N0BLP2*PLUS
#15: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S15


分子量: 10578.407 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SJ76
#16: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S16


分子量: 10409.983 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SJH3
#17: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S17


分子量: 12325.655 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHP7, UniProt: A0A0N0BLS5*PLUS
#18: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S18


分子量: 10258.299 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SLQ0
#19: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S19


分子量: 10605.464 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHP2
#20: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S20


分子量: 11736.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: P80380
#21: タンパク質・ペプチド 30S RIBOSOMAL PROTEIN THX


分子量: 3350.030 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SIH3

+
50S ribosomal protein ... , 28種, 56分子 BDDDBEDEBFDFBGDGBHDHBKDKBMDMBNDNBODOBPDPB0D0BQDQBRDRB1D1B2D2...

#26: タンパク質 50S ribosomal protein L2


分子量: 30532.551 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: P60405
#27: タンパク質 50S ribosomal protein L3


分子量: 22450.213 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHN8
#28: タンパク質 50S ribosomal protein L4


分子量: 23271.914 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHN9
#29: タンパク質 50S ribosomal protein L5


分子量: 21061.596 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHQ0
#30: タンパク質 50S ribosomal protein L6


分子量: 19568.926 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHQ3, UniProt: P0DOY8*PLUS
#31: タンパク質 50S ribosomal protein L9


分子量: 16422.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SLQ1
#32: タンパク質 50S ribosomal protein L13


分子量: 15927.903 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: P60488
#33: タンパク質 50S ribosomal protein L14


分子量: 13323.612 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHP8
#34: タンパク質 50S ribosomal protein L15


分子量: 16319.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHQ7
#35: タンパク質 50S ribosomal protein L16


分子量: 15993.909 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: P60489
#36: タンパク質 50S ribosomal protein L17


分子量: 13750.148 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q9Z9H5
#37: タンパク質 50S ribosomal protein L18


分子量: 12639.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHQ4
#38: タンパク質 50S ribosomal protein L19


分子量: 17188.830 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: P60490
#39: タンパク質 50S ribosomal protein L20


分子量: 13779.275 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: P60491
#40: タンパク質 50S ribosomal protein L21


分子量: 11069.153 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: P60492
#41: タンパク質 50S ribosomal protein L22


分子量: 12808.055 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHP3
#42: タンパク質 50S ribosomal protein L23


分子量: 10759.808 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHP0
#43: タンパク質 50S ribosomal protein L24


分子量: 12085.611 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHP9
#44: タンパク質 50S ribosomal protein L25


分子量: 23238.572 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHZ1
#45: タンパク質 50S ribosomal protein L27


分子量: 9529.074 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: P60493
#46: タンパク質 50S ribosomal protein L28


分子量: 11004.160 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: P60494
#47: タンパク質 50S ribosomal protein L29


分子量: 8670.258 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHP6
#48: タンパク質 50S ribosomal protein L30


分子量: 6799.126 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHQ6
#49: タンパク質 50S ribosomal protein L31


分子量: 8300.543 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SJE1
#50: タンパク質 50S ribosomal protein L32


分子量: 6722.050 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: P80339
#51: タンパク質 50S ribosomal protein L33


分子量: 6632.896 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: P35871
#52: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L34


分子量: 6132.449 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: P80340
#53: タンパク質 50S ribosomal protein L35


分子量: 7506.178 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SKU1

-
非ポリマー , 3種, 1693分子

#54: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1687 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#55: 化合物 ChemComp-TAC / TETRACYCLINE


分子量: 444.435 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H24N2O8 / コメント: 抗生剤*YM
#56: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 4

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.82 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 4% PEG20K, 4% PEGMME 550, 100mM Tris/HAc, 200mM KSCN, pH 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
31001
41001
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年2月11日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si 111SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Si 111SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
3Si 111SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
4Si 111SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2999→300 Å / Num. all: 859994 / Num. obs: 859965 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 45.3 % / Biso Wilson estimate: 119.815 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.423 / Net I/σ(I): 10.71
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obsDiffraction-ID% possible all
3.2999-3.40.1221.463079692731461,2,3,4100
3.4-3.450.1221.71450292335161,2,3,4100
3.45-3.50.1221.941333877315811,2,3,4100
3.5-3.60.1222.312648878580531,2,3,4100
3.6-3.70.1222.932374530519881,2,3,4100
3.7-3.80.1223.552120472466901,2,3,4100
3.8-3.90.1224.231885841420671,2,3,4100
3.9-40.1224.981676502378801,2,3,4100
4-50.1228.71104559002352241,2,3,4100
5-80.12219.5482843671877141,2,3,4100
8-90.12231.57945428182191,2,3,4100
9-100.12237.28761177117331,2,3,4100
10-500.12244.941918434318621,2,3,4100
50-2000.12223.2142852901,2,3,493.9
200-3000.122221,2,3,466.7
1,2,3,4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHENIXdev_987精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
RemDAqデータ収集
PHENIXモデル構築
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3UZ6, 3UZ7, 3UZ8, 3UZ9

3uz6
PDB 未公開エントリ

3uz7
PDB 未公開エントリ

3uz8
PDB 未公開エントリ

3uz9
PDB 未公開エントリ


解像度: 3.2999→173.073 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8181 / SU ML: 0.27 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.69 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2539 2000 0.23 %RANDOM
Rwork0.2024 ---
all0.2026 859994 --
obs0.2026 859870 99.98 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 53.642 Å2 / ksol: 0.26 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 292.44 Å2 / Biso mean: 148.1456 Å2 / Biso min: 48.74 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--23.2791 Å20 Å2-0 Å2
2--8.6238 Å2-0 Å2
3---14.6553 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2999→173.073 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19203 34094 955 0 54252
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.005316173
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.682473058
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05759934
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00425481
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.711147964
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
3.2999-3.38250.36541410.29316079660937
3.3825-3.47390.34071420.27696087361015
3.4739-3.57620.32481430.26036093461077
3.5762-3.69160.32031420.24446092761069
3.6916-3.82350.27041420.22166097861120
3.8235-3.97660.26121420.20326097861120
3.9766-4.15760.25421430.18656113261275
4.1576-4.37690.21861420.17736109161233
4.3769-4.65110.24751430.17046122061363
4.6511-5.01020.24371420.17336124661388
5.0102-5.51450.22431430.16226138161524
5.5145-6.31250.20791440.17076151561659
6.3125-7.95310.24381440.19016180461948
7.9531-173.31160.25921470.23116299563142

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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