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- PDB-4pfi: Crystal structure of a tRAP periplasmic solute binding protein fr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4pfi
タイトルCrystal structure of a tRAP periplasmic solute binding protein from marinobacter aquaeolei VT8 (Maqu_2829, TARGET EFI-510133), apo open structure
要素TRAP dicarboxylate transporter-DctP subunit
キーワードTRANSPORT PROTEIN / TRAP PERIPLASMIC SOLUTE BINDING FAMILY / ENZYME FUNCTION INITIATIVE / EFI / Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


transmembrane transport
類似検索 - 分子機能
Bacterial extracellular solute-binding protein, family 7 / TRAP transporter solute receptor DctP / TRAP transporter solute receptor DctP superfamily / Bacterial extracellular solute-binding protein, family 7 / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TRAP dicarboxylate transporter-DctP subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Marinobacter aquaeolei (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.3024 Å
データ登録者Vetting, M.W. / Al Obaidi, N.F. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Stead, M. / Attonito, J.D. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Hillerich, B. ...Vetting, M.W. / Al Obaidi, N.F. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Stead, M. / Attonito, J.D. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Hillerich, B. / Love, J. / Seidel, R.D. / Whalen, K.L. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. / Enzyme Function Initiative (EFI)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM093342 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2015
タイトル: Experimental strategies for functional annotation and metabolism discovery: targeted screening of solute binding proteins and unbiased panning of metabolomes.
著者: Vetting, M.W. / Al-Obaidi, N. / Zhao, S. / San Francisco, B. / Kim, J. / Wichelecki, D.J. / Bouvier, J.T. / Solbiati, J.O. / Vu, H. / Zhang, X. / Rodionov, D.A. / Love, J.D. / Hillerich, B.S. ...著者: Vetting, M.W. / Al-Obaidi, N. / Zhao, S. / San Francisco, B. / Kim, J. / Wichelecki, D.J. / Bouvier, J.T. / Solbiati, J.O. / Vu, H. / Zhang, X. / Rodionov, D.A. / Love, J.D. / Hillerich, B.S. / Seidel, R.D. / Quinn, R.J. / Osterman, A.L. / Cronan, J.E. / Jacobson, M.P. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C.
履歴
登録2014年4月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年5月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月25日Group: Database references
改定 1.22015年8月26日Group: Data collection
改定 1.32017年9月6日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.62024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRAP dicarboxylate transporter-DctP subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,7302
ポリマ－38,7071
非ポリマー231
水2,594144
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area110 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area13060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.841, 85.841, 170.015
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-516-

HOH

21A-532-

HOH

31A-536-

HOH

41A-618-

HOH

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要素

#1: タンパク質 TRAP dicarboxylate transporter-DctP subunit


分子量: 38706.977 Da / 分子数: 1 / 断片: TRAP PERIPLASMIC SOLUTE BINDING PROTEIN / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Marinobacter aquaeolei (バクテリア)
株: ATCC 700491 / DSM 11845 / VT8 / 遺伝子: Maqu_2829 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A1U4I5
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 144 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.34 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: Protein (55.0 mg/ml, 10 mM HEPES pH 7.5, 5 mM DTT); Reservoir (3.5 M Sodium Format pH 7.0); Cryoprotection (80% 7M Sodium Formate + 20% Reservoir)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月24日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→100 Å / Num. obs: 17145 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 41.5 % / Rmerge(I) obs: 0.146 / Χ2: 1.058 / Net I/av σ(I): 29.183 / Net I/σ(I): 7.1 / Num. measured all: 711896
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Num. unique allΧ2% possible allRmerge(I) obs
2.3-2.3441.28360.838100
2.34-2.3842.58480.834100
2.38-2.4342.58150.83100
2.43-2.4842.58380.876100
2.48-2.5342.68380.867100
2.53-2.5942.68390.8991000.807
2.59-2.6642.28380.9231000.719
2.66-2.7342.78290.9231000.619
2.73-2.8142.58520.9341000.48
2.81-2.942.38410.9861000.37
2.9-342.48371.0251000.306
3-3.1242.38531.0751000.235
3.12-3.2642.28541.121000.183
3.26-3.44428621.2211000.151
3.44-3.6541.88531.3071000.136
3.65-3.9341.48731.4951000.127
3.93-4.3340.88731.7061000.127
4.33-4.9640.88851.4921000.109
4.96-6.2440.19120.9581000.079
6.24-10034.59690.80395.70.073

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.3024→28.336 Å / FOM work R set: 0.834 / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 23.24 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2323 1568 5.09 %Random Selection
Rwork0.1856 29260 --
obs0.1879 30828 99.25 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 97.64 Å2 / Biso mean: 31.63 Å2 / Biso min: 2.03 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3024→28.336 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2374 0 1 144 2519
Biso mean--6.71 33.22 -
残基数----302
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0112431
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1393305
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07362
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005441
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.211875
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3024-2.37670.32391350.2432605274096
2.3767-2.46160.25231390.24172672281199
2.4616-2.56010.2911440.224226532797100
2.5601-2.67660.32031500.214926872837100
2.6766-2.81760.28441590.218126282787100
2.8176-2.99390.26131480.194326612809100
2.9939-3.22480.2431370.17727062843100
3.2248-3.54870.20461550.159426542809100
3.5487-4.0610.18731530.15562644279799
4.061-5.11150.16961290.148826782807100
5.1115-28.3380.2371190.20112672279199
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.87340.6964-0.80111.415-0.160.72640.1859-0.3412-0.3090.1058-0.1298-0.07210.4015-0.07850.00810.4059-0.1019-0.10390.24860.1130.282534.008841.1337.7014
21.3173-0.63040.18512.0280.81341.71050.0537-0.0767-0.2131-0.00560.0388-0.12680.24640.1764-0.0620.17260.0284-0.01030.10620.02950.120344.037361.36561.4754
31.32980.29540.08091.1765-0.16830.79950.1653-0.0338-0.5679-0.2138-0.05310.01360.49230.07190.07280.4030.0128-0.08020.10850.03050.326438.629745.0317-0.8801
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 45 through 165 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 166 through 254 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 255 through 349 )A0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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