PDB-4pet: CRYSTAL STRUCTURE OF A TRAP PERIPLASMIC SOLUTE BINDING PROTEIN FR...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4pet

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF A TRAP PERIPLASMIC SOLUTE BINDING PROTEIN FROM COLWELLIA PSYCHRERYTHRAEA (CPS_0129, TARGET EFI-510097) WITH BOUND CALCIUM AND PYRUVATE

要素

Extracellular solute-binding protein, family 7

キーワード

SOLUTE-BINDING PROTEIN / TRAP PERIPLASMIC SOLUTE BINDING FAMILY / ENZYME FUNCTION INITIATIVE / EFI / Structural Genomics

機能・相同性

機能・相同性情報

tripartite ATP-independent periplasmic transporter complex / transmembrane transport / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Colwellia psychrerythraea (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Vetting, M.W. / Al Obaidi, N.F. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Stead, M. / Attonito, J.D. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Hillerich, B. ...

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2015
タイトル: Experimental strategies for functional annotation and metabolism discovery: targeted screening of solute binding proteins and unbiased panning of metabolomes.
著者: Vetting, M.W. / Al-Obaidi, N. / Zhao, S. / San Francisco, B. / Kim, J. / Wichelecki, D.J. / Bouvier, J.T. / Solbiati, J.O. / Vu, H. / Zhang, X. / Rodionov, D.A. / Love, J.D. / Hillerich, B.S. ...

履歴

登録	2014年4月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年5月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年2月25日	Group: Database references
改定 1.2	2015年8月26日	Group: Data collection
改定 1.3	2017年9月27日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / software Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.name
改定 1.4	2019年12月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.0	2023年11月15日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 2.1	2024年10月9日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4pet.cif.gz	398.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4pet.ent.gz	335.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4pet.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4pet_validation.pdf.gz	452.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4pet_full_validation.pdf.gz	456.6 KB	表示
XML形式データ	4pet_validation.xml.gz	29.7 KB	表示
CIF形式データ	4pet_validation.cif.gz	44.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pe/4pet ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pe/4pet	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4ln5C 4mcoC 4mevC 4mhfC 4mijC 4mncC 4mniC 4mx6C 4n15C 4n17C 4n4uC 4n6dC 4n6kC 4n8gC 4n8yC 4n91C 4napC 4nf0C 4ng7C 4nguC 4nhbC 4nn3C 4nq8C 4nx1C 4o7mC 4o8mC 4o94C 4oa4C 4oanC 4ovpC 4ovqC 4ovrC 4ovsC 4ovtC 4p1eC 4p1lC 4p3lC 4p47C 4p56C 4p8bC 4p9kC 4pafC 4paiC 4pakC 4pbhC 4pbqC 4pc9C 4pcdC 4pddC 4pdhC 4pe3C 4pf6C 4pf8C 4pfbC 4pfiC 4pfrC 4pgnC 4pgpC 4uabC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4yzz-d 2hzk-2 3n3m-d 6hys-1 5f3z-d 4mj2-1 4mj2-2 4tlv-5 4mtp-2 4hdg-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: EFI-510097

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#102 - 2008年6月乳酸脱水素酵素 (Lactate Dehydrogenase) 類似性 (1) #263 - 2021年11月アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Extracellular solute-binding protein, family 7

B: Extracellular solute-binding protein, family 7

ヘテロ分子

83.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.827, 70.249, 154.927
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Extracellular solute-binding protein, family 7 分子量: 41634.059 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Colwellia psychrerythraea (バクテリア) 株: 34H / ATCC BAA-681 / 遺伝子: CPS_0129 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q48AL6
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-PYR / PYRUVIC ACID 分子量: 88.062 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₄O₃
#4: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION 分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 477 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.82 Å³/Da / 溶媒含有率: 32.57 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: Protein (74.4 mg/ml, 10 mM HEPES pH 7.5, 5 mM DTT, 1 mM D-Glycerate); Reservoir (0.1 M HEPES pH 7.0, 30 %(v/v) Jeffamine ED-2001 pH 7.0); Cryoprotection (80% Reservoir, 20% Ethylene glycol)

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月9日 / 詳細: MIRRORS

放射

モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9793 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.9→77.46 Å / Num. obs: 48462 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 13.8 % / B_iso Wilson estimate: 27.04 Å² / R_merge(I) obs: 0.098 / R_pim(I) all: 0.027 / Net I/σ(I): 27.1 / Num. measured all: 667408 / Scaling rejects: 7

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_pim(I) all	% possible all
1.9-1.94	9.6	0.926	2.3	26805	2786	0.299	90.4
9.11-77.46	11.3	0.06	82	5692	503	0.017	95.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.1_1168)	精密化
Aimless		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.9→34.255 Å / FOM work R set: 0.8354 / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 23.17 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2072	4612	5.04 %	Random Selection
R_work	0.1536	86842	-	-
obs	0.1563	91454	98.61 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 108.92 Å² / B_iso mean: 31.39 Å² / B_iso min: 12.43 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.9→34.255 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5242	0	21	477	5740
B_iso mean	-	-	29.38	37.01	-
残基数	-	-	-	-	657

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.014	5410
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.286	7321
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.075	739
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	934
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.99	1983

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.9-1.9217	0.3341	120	0.3008	2264	2384	77
1.9217-1.9443	0.3167	127	0.2562	2897	3024	98
1.9443-1.968	0.3254	167	0.2403	2885	3052	99
1.968-1.9929	0.3097	136	0.2259	2977	3113	99
1.9929-2.0192	0.2647	156	0.2142	2810	2966	99
2.0192-2.0468	0.2635	199	0.2044	2874	3073	99
2.0468-2.0761	0.2945	138	0.2064	2972	3110	99
2.0761-2.107	0.2459	142	0.1985	2868	3010	99
2.107-2.14	0.2359	160	0.1938	2986	3146	99
2.14-2.175	0.2589	137	0.1878	2858	2995	99
2.175-2.2125	0.2464	180	0.1891	2906	3086	99
2.2125-2.2528	0.2656	163	0.1761	2911	3074	99
2.2528-2.2961	0.2048	161	0.1636	2918	3079	100
2.2961-2.3429	0.2198	175	0.1665	2886	3061	100
2.3429-2.3939	0.2349	181	0.155	2897	3078	100
2.3939-2.4495	0.2431	183	0.1489	2888	3071	99
2.4495-2.5108	0.2901	133	0.1565	2955	3088	100
2.5108-2.5787	0.2537	153	0.1579	2936	3089	100
2.5787-2.6545	0.2096	145	0.1596	2944	3089	99
2.6545-2.7401	0.228	129	0.1563	2920	3049	100
2.7401-2.838	0.2255	176	0.1498	2893	3069	100
2.838-2.9516	0.2321	136	0.1559	2957	3093	99
2.9516-3.0859	0.234	143	0.1598	2988	3131	100
3.0859-3.2484	0.2372	144	0.1512	2874	3018	100
3.2484-3.4518	0.181	141	0.1408	2974	3115	100
3.4518-3.718	0.177	189	0.1305	2900	3089	100
3.718-4.0916	0.1449	151	0.1162	2937	3088	100
4.0916-4.6824	0.1073	166	0.1071	2928	3094	100
4.6824-5.8944	0.1992	133	0.1307	2924	3057	100
5.8944-34.2607	0.1946	148	0.1675	2915	3063	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0545	0.125	-0.3238	1.2149	-0.1427	1.3741	0.0115	-0.0913	-0.1585	0.0762	0.0127	-0.1946	0.152	0.1087	-0.0355	0.1362	0.0138	-0.0486	0.1464	0.0085	0.2015	36.3095	10.8198	109.8725
2	0.639	-0.2318	-0.0678	0.9383	-0.3871	1.0006	-0.0489	0.0363	-0.007	-0.0189	0.0992	0.1025	0.0043	-0.1288	-0.0407	0.1559	-0.0298	-0.0213	0.19	0.0458	0.1706	17.9998	12.4715	106.8675
3	0.8103	-0.0955	-0.1734	0.9361	-0.0627	1.3663	-0.0783	-0.0426	-0.0892	-0.0107	0.1028	0.0434	0.321	0.0146	-0.0487	0.255	-0.0612	-0.0553	0.2261	0.0347	0.2258	17.4629	-0.3031	101.155
4	1.3314	0.0536	0.3196	0.9445	-0.1371	0.9302	-0.0437	0.0196	0.0188	-0.067	0.0983	-0.0206	-0.0093	0.0103	-0.0566	0.1463	-0.0147	-0.018	0.1492	0.0186	0.17	32.3781	17.1874	102.6774
5	0.7074	0.179	-0.1748	0.8955	0.5908	1.1406	-0.0937	-0.0391	-0.0404	-0.0165	-0.0208	0.2633	0.1414	-0.1424	0.1435	0.2334	-0.0668	-0.0543	0.3216	0.0492	0.276	6.4069	7.356	103.7929
6	0.9144	0.0095	-0.1166	1.3857	-0.777	2.7736	0.122	0.28	-0.0182	-0.1441	0.0932	0.3027	-0.0576	-0.6849	-0.2157	0.1732	0.0457	-0.0351	0.3234	0.0315	0.2359	11.1616	25.3635	102.7036
7	1.6391	-0.4917	0.3143	1.1763	-0.2994	1.526	-0.0237	-0.1878	0.4647	0.0726	-0.0293	-0.3731	-0.5617	0.1536	-0.0061	0.2844	-0.072	-0.001	0.1676	-0.0182	0.2525	37.6373	39.6578	100.7876
8	1.232	0.1054	0.1062	1.2444	-0.0273	0.5498	-0.0428	0.1894	0.1533	-0.3438	0.0727	0.0427	-0.2279	-0.0743	-0.0255	0.3165	-0.0164	-0.0083	0.1987	0.0444	0.1675	29.3143	37.2772	85.8751
9	1.3436	-0.4112	-0.4936	0.5656	-0.7781	2.1498	0.0079	-0.0218	0.4056	0.1752	-0.257	-0.419	-0.7848	0.4984	0.4257	0.6681	-0.2288	-0.2501	0.4909	0.2428	0.4634	18.4825	44.8444	77.5491
10	0.3493	-0.1011	-0.3535	0.4539	-0.9254	2.8873	-0.4042	0.204	0.9864	-0.2096	-0.1296	0.3647	-1.1725	0.4832	0.2665	0.5504	-0.0234	-0.2441	0.2218	0.1167	0.6002	12.7119	48.0334	90.5294
11	1.0349	0.3661	0.2379	0.8531	-0.1089	1.5936	0.0894	0.0773	0.1086	-0.093	0.0023	0.0111	-0.2369	-0.1072	-0.085	0.2106	0.0089	-0.0039	0.136	0.0202	0.1761	29.9435	33.1896	95.3571
12	2.2023	-0.0483	-0.1812	0.8512	-0.0128	0.932	0.0045	0.367	0.1899	-0.3037	0.0206	0.2239	-0.1077	-0.1979	-0.0209	0.407	-0.0393	-0.1153	0.3376	0.0666	0.348	12.1321	34.7083	77.6707
13	1.3638	1.02	-0.8893	1.7506	-0.8538	0.9625	-0.218	0.344	-0.0979	-0.5265	0.2516	0.1644	0.3379	-0.4779	-0.0676	0.2968	-0.0648	-0.0688	0.3245	0.037	0.1892	19.9861	19.4158	83.5702

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 31 through 113 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 114 through 181 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 182 through 244 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 245 through 295 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 296 through 327 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 328 through 359 )	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 32 through 63 )	B
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 64 through 181 )	B
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 182 through 202 )	B
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 203 through 236 )	B
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 237 through 295 )	B
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 296 through 327 )	B
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 328 through 359 )	B

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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