PDB-4hdg: Crystal Structure of viral RdRp in complex with GTP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4hdg

タイトル

Crystal Structure of viral RdRp in complex with GTP

要素

Polyprotein

キーワード

TRANSFERASE / DNA/RNA polymerases / RNA dependent RNA polymerase / GTP

機能・相同性

機能・相同性情報

flavivirin / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / viral capsid / double-stranded RNA binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 ...
類似検索 - 分子機能

Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C superfamily / Genome polyprotein, Flavivirus / : / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus non-structural protein NS4B ...Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C superfamily / Genome polyprotein, Flavivirus / : / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus NS2B domain profile. / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus NS3, petidase S7 / Peptidase S7, Flavivirus NS3 serine protease / Flavivirus NS3 protease (NS3pro) domain profile. / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / RNA-directed RNA polymerase, flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, fingers and palm domains / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural Protein NS1 / Flavivirus non-structural protein NS1 / Envelope glycoprotein M, flavivirus / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Flavivirus envelope glycoprotein M / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / : / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / helicase superfamily c-terminal domain / Immunoglobulin E-set / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Alpha-Beta Plaits / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Japanese encephalitis virus (日本脳炎ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.38 Å

データ登録者

Surana, P. / Nair, D.T.

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2014
タイトル: RNA-dependent RNA polymerase of Japanese encephalitis virus binds the initiator nucleotide GTP to form a mechanistically important pre-initiation state.
著者: Surana, P. / Satchidanandam, V. / Nair, D.T.

履歴

登録	2012年10月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年12月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年3月12日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4hdg.cif.gz	511.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4hdg.ent.gz	419.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4hdg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hd/4hdg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hd/4hdg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4hdhC 4mtpC 2hfzS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4hdh-2 4mtp-2 1ot1-d 4pet-d 1v3m-1 4mtp-3 6aij-d 4b8a-d 4hdh-1 5f3z-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#103 - 2008年7月デングウイルス (Dengue Virus) 類似性 (43) #197 - 2016年5月ジカウイルス (Zika Virus) 類似性 (43) #145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Polyprotein

B: Polyprotein

ヘテロ分子

148 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Polyprotein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
74 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Polyprotein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
74 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	144.574, 86.554, 112.650
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1250- HOH

#1: タンパク質	Polyprotein 分子量: 73384.570 Da / 分子数: 2 断片: RNA dependent RNA polymerase module, Residues 272-905 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Japanese encephalitis virus (日本脳炎ウイルス) 株: P20778 / プラスミド: pGEX6P1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41DE3 参照: UniProt: G3LHD9, UniProt: P27395*PLUS, RNA-directed RNA polymerase
#2: 化合物	ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP 分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₄P₃ / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 455 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.77 %
結晶化	温度: 298 K / pH: 8 詳細: pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 1
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月27日
放射	モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.38→50 Å / Num. obs: 57470 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.3 % / R_merge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 17
反射シェル	解像度: 2.38→2.44 Å / 冗長度: 5.3 % / R_merge(I) obs: 0.473 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MxCuBE		データ収集
MOLREP		位相決定
PHASER	(CCP4i)	位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2HFZ

2hfz

解像度: 2.38→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.92 / SU B: 20.714 / SU ML: 0.219 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.503 / ESU R Free: 0.297 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.276	4037	7 %	RANDOM
R_work	0.22	-	-	-
obs	0.224	53264	99.7 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.65 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.07 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.56 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.51 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.38→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9838	0	68	455	10361

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	10140
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.587	1.936	13742
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.993	5	1220
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.617	23.484	488
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.975	15	1765
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.158	15	87
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.108	0.2	1460
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	7699
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.291	1.5	6074
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.255	2	9774
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.865	3	4066
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.889	4.5	3968
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.38→2.44 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.375	296	-
R_work	0.318	3895	-
obs	-	-	99.45 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4272	0.1555	0.2267	0.7201	-0.1023	0.2497	-0.0134	-0.0993	0.0426	-0.0944	-0.0162	0.0723	0.1328	-0.0828	0.0296	0.1716	-0.0479	0.041	0.0739	-0.0175	0.0547	-50.7329	-11.9249	-35.6437
2	0.1186	0.0255	-0.0377	0.7898	-0.2416	0.1737	-0.0586	0.0285	-0.0317	0.2014	0.0254	0.1099	-0.1301	-0.0211	0.0332	0.1619	0.0175	-0.0176	0.0599	-0.0184	0.0743	-50.6785	31.4954	-20.7226
3	0.2682	0.0212	0.0608	0.7867	0.109	0.2087	-0.0438	-0.0374	0.0144	-0.1998	-0.0049	-0.0021	0.0038	0.0131	0.0487	0.1132	0.0039	0.0254	0.054	0.0015	0.0618	-37.5278	5.7384	-52.6011
4	0.1009	0.0531	-0.1608	0.7949	-0.3088	1.4771	0.006	0.0069	0.0078	-0.0278	-0.0171	-0.2146	0.2203	0.0662	0.0111	0.0757	0.0548	0.02	0.0561	0.0192	0.1395	-16.8637	-11.02	-30.3878
5	0.4955	0.0034	-0.1095	0.5865	-0.1246	0.3122	-0.0302	0.0199	-0.0161	0.2685	-0.022	-0.0153	-0.0405	0.0149	0.0522	0.1959	-0.0014	-0.035	0.0382	0.0002	0.0567	-37.5669	13.8735	-3.8188
6	0.1746	0.0631	0.0358	0.4843	-0.3821	1.3748	-0.0226	0.0057	-0.0086	0.0831	-0.0564	-0.225	-0.1289	0.0729	0.0791	0.0539	-0.0492	-0.0514	0.0537	0.031	0.1501	-16.788	30.4756	-25.9709

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	274 - 364
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	390 - 499
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	544 - 606
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	274 - 364
5	X-RAY DIFFRACTION	2	B	390 - 499
6	X-RAY DIFFRACTION	2	B	544 - 606
7	X-RAY DIFFRACTION	3	A	365 - 389
8	X-RAY DIFFRACTION	3	A	500 - 543
9	X-RAY DIFFRACTION	3	A	607 - 717
10	X-RAY DIFFRACTION	4	A	718 - 889
11	X-RAY DIFFRACTION	5	B	365 - 389
12	X-RAY DIFFRACTION	5	B	500 - 543
13	X-RAY DIFFRACTION	5	B	607 - 717
14	X-RAY DIFFRACTION	6	B	718 - 889

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