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- PDB-6aij: Cyclodextrin glycosyltransferase from Paenibacillus macerans muta... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6aij
タイトルCyclodextrin glycosyltransferase from Paenibacillus macerans mutant N603D
要素Cyclomaltodextrin glucanotransferase
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Cyclodextrin glycosyltransferase / Paenibacillus macerans
機能・相同性
機能・相同性情報


cyclomaltodextrin glucanotransferase / cyclomaltodextrin glucanotransferase activity / starch binding / alpha-amylase activity / carbohydrate metabolic process / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Carbohydrate binding module family 20 / Starch binding domain / CBM20 (carbohydrate binding type-20) domain profile. / Starch binding domain / Carbohydrate-binding-like fold / Alpha-amylase, C-terminal domain / Aamy_C / Alpha amylase / IPT/TIG domain / IPT domain ...Carbohydrate binding module family 20 / Starch binding domain / CBM20 (carbohydrate binding type-20) domain profile. / Starch binding domain / Carbohydrate-binding-like fold / Alpha-amylase, C-terminal domain / Aamy_C / Alpha amylase / IPT/TIG domain / IPT domain / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycosidases / Immunoglobulin E-set / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cyclomaltodextrin glucanotransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Paenibacillus macerans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.096 Å
データ登録者Li, C.M. / Ban, X.F. / Li, Z.F. / Li, Y.L. / Cheng, S.D. / Zhang, C.Y. / Jin, T.C. / Gu, Z.B.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31722040 中国
National Natural Science Foundation of China31771935 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cyclodextrin glycosyltransferase from Paenibacillus macerans mutant N603D
著者: Ban, X.F. / Gu, Z.B. / Li, Z.F. / Li, Y.L. / Li, C.M. / Cheng, S.D. / Zhang, C.Y. / Jin, T.C.
履歴
登録2018年8月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年10月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cyclomaltodextrin glucanotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,2565
ポリマ－76,0961
非ポリマー1604
水39622
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area330 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area23530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.350, 102.350, 115.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 Cyclomaltodextrin glucanotransferase / Cyclodextrin-glycosyltransferase / CGTase


分子量: 76095.789 Da / 分子数: 1 / 変異: N604D / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Paenibacillus macerans (バクテリア)
遺伝子: cgtM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P04830, cyclomaltodextrin glucanotransferase
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細Sequence conflicts G156A/M157L (residue numbering in coordinates) were observed in AAA22298 (PubMed: ...Sequence conflicts G156A/M157L (residue numbering in coordinates) were observed in AAA22298 (PubMed:3011735) according to sequence reference UniProtKB P04830 (CDGT1_PAEMA).

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 30% PEG 4000, 0.1M Tris-HCl pH 9.0, 0.1M Sodium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97891 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97891 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.096→48.386 Å / Num. obs: 39832 / % possible obs: 98.88 % / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 35.88 Å2 / Net I/σ(I): 2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.096→48.386 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.58
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2373 1996 5.01 %
Rwork0.1807 --
obs0.1836 39832 98.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.096→48.386 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5229 0 4 22 5255
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0075381
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8467342
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d2.6754180
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053804
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005969
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0956-2.1480.38641230.322365X-RAY DIFFRACTION87
2.148-2.20610.30871420.2332728X-RAY DIFFRACTION100
2.2061-2.2710.35851390.27322688X-RAY DIFFRACTION98
2.271-2.34430.2851400.22642699X-RAY DIFFRACTION99
2.3443-2.42810.28581470.20822713X-RAY DIFFRACTION100
2.4281-2.52530.3021460.21272732X-RAY DIFFRACTION100
2.5253-2.64020.27731390.21072727X-RAY DIFFRACTION100
2.6402-2.77940.2981450.21992741X-RAY DIFFRACTION100
2.7794-2.95360.29651410.21532705X-RAY DIFFRACTION100
2.9536-3.18160.30731460.22592741X-RAY DIFFRACTION100
3.1816-3.50160.25181420.19682733X-RAY DIFFRACTION100
3.5016-4.00810.21561510.16192733X-RAY DIFFRACTION100
4.0081-5.0490.15211450.12492750X-RAY DIFFRACTION100
5.049-48.39920.17091500.13092781X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 24.2854 Å / Origin y: -43.8747 Å / Origin z: -4.8623 Å
111213212223313233
T0.1868 Å2-0.0088 Å2-0.0096 Å2-0.2203 Å20.0061 Å2--0.1938 Å2
L0.8978 °2-0.5966 °2-0.0628 °2-1.1022 °2-0.0673 °2--0.379 °2
S0.0263 Å °0.0724 Å °-0.0975 Å °-0.0452 Å °-0.0408 Å °0.2014 Å °0.0355 Å °0.0202 Å °-0.0005 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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