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- PDB-1tcm: CYCLODEXTRIN GLYCOSYLTRANSFERASE W616A MUTANT FROM BACILLUS CIRCU... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1tcm
タイトルCYCLODEXTRIN GLYCOSYLTRANSFERASE W616A MUTANT FROM BACILLUS CIRCULANS STRAIN 251
要素CYCLODEXTRIN GLYCOSYLTRANSFERASE
キーワードGLYCOSYLTRANSFERASE / TRANSFERASE / CALCIUM
機能・相同性
機能・相同性情報


cyclomaltodextrin glucanotransferase / cyclomaltodextrin glucanotransferase activity / starch binding / alpha-amylase activity / carbohydrate metabolic process / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Carbohydrate binding module family 20 / Starch binding domain / CBM20 (carbohydrate binding type-20) domain profile. / Starch binding domain / Carbohydrate-binding-like fold / Alpha-amylase, C-terminal domain / Aamy_C / Alpha-amylase/branching enzyme, C-terminal all beta / Alpha amylase, C-terminal all-beta domain / Alpha amylase ...Carbohydrate binding module family 20 / Starch binding domain / CBM20 (carbohydrate binding type-20) domain profile. / Starch binding domain / Carbohydrate-binding-like fold / Alpha-amylase, C-terminal domain / Aamy_C / Alpha-amylase/branching enzyme, C-terminal all beta / Alpha amylase, C-terminal all-beta domain / Alpha amylase / IPT/TIG domain / IPT domain / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycosidases / Immunoglobulin E-set / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cyclomaltodextrin glucanotransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus circulans (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Knegtel, R.M.A. / Dijkstra, B.W.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1996
タイトル: The raw starch binding domain of cyclodextrin glycosyltransferase from Bacillus circulans strain 251.
著者: Penninga, D. / van der Veen, B.A. / Knegtel, R.M. / van Hijum, S.A. / Rozeboom, H.J. / Kalk, K.H. / Dijkstra, B.W. / Dijkhuizen, L.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1994
タイトル: Nucleotide Sequence and X-Ray Structure of Cyclodextrin Glycosyltransferase from Bacillus Circulans Strain 251 in a Maltose-Dependent Crystal Form
著者: Lawson, C.L. / Van Montfort, R. / Strokopytov, B. / Rozeboom, H.J. / Kalk, K.H. / De Vries, G.E. / Penninga, D. / Dijkhuizen, L. / Dijkstra, B.W.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1990
タイトル: Maltodextrin-Dependent Crystallization of Cyclomaltodextrin Glucanotransferase from Bacillus Circulans
著者: Lawson, C.L. / Bergsma, J. / Bruinenberg, P.M. / De Vries, G. / Dijkhuizen, L. / Dijkstra, B.W.
履歴
登録1996年10月7日処理サイト: BNL
改定 1.01997年4月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月6日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CYCLODEXTRIN GLYCOSYLTRANSFERASE
B: CYCLODEXTRIN GLYCOSYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)149,0816
ポリマ－148,9212
非ポリマー1604
水4,774265
1
A: CYCLODEXTRIN GLYCOSYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,5413
ポリマ－74,4601
非ポリマー802
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: CYCLODEXTRIN GLYCOSYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,5413
ポリマ－74,4601
非ポリマー802
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)73.700, 84.800, 118.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.00, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 CYCLODEXTRIN GLYCOSYLTRANSFERASE / CGTASE


分子量: 74460.352 Da / 分子数: 2 / 変異: W616A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus circulans (バクテリア) / 株: 251 / プラスミド: PDP66S / 発現宿主: Bacillus circulans (バクテリア) / 株 (発現宿主): DB104A
参照: UniProt: P43379, cyclomaltodextrin glucanotransferase
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 265 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 59 %
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / PH range low: 7.2 / PH range high: 6.8
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
19-12 %(w/v)PEG80001reservoir
210 mMsodium acetate1reservoir
38 mg/mlprotein1drop

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データ収集

放射光源波長: 1.5418
検出器タイプ: MAC Science DIP-2000 / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年2月10日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射Num. obs: 50563 / Observed criterion σ(I): 2.2 / 冗長度: 2.64 % / Rmerge(I) obs: 0.083
反射
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 45.1 Å / % possible obs: 71.3 % / Num. measured all: 133691
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 2.24 Å / % possible obs: 51.5 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
XDSデータスケーリング
TNT精密化
XDSデータ削減
精密化解像度: 2.2→6.5 Å / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.25 -5 %
Rwork0.193 --
obs-48034 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→6.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10510 0 4 265 10779
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.3666
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d20.10
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes0.0070
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0.0120
X-RAY DIFFRACTIONt_it
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0.01690
ソフトウェア
*PLUS
名称: TNT / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.193 / Rfactor Rfree: 0.25
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 20 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_angle_d0.0070
X-RAY DIFFRACTIONt_planar_d0.0120

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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