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- PDB-4tlv: CARDS TOXIN, NICKED -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4tlv
タイトルCARDS TOXIN, NICKED
要素ADP-ribosylating toxin CARDS
キーワードTOXIN / TRANSFERASE / MYCOPLASMA PNEUMONIAE / VIRULENCE / ATYPICAL PNEUMONIA / COMMUNITY ACQUIRED RESPIRATORY DISTRESS SYNDROME / ADP-RIBOSYL TRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated perturbation of host vacuole organization / attachment organelle / host cell cytosol / host cell endoplasmic reticulum / NAD+ poly-ADP-ribosyltransferase activity / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの / nucleotidyltransferase activity / cell projection / toxin activity / lipid binding ...symbiont-mediated perturbation of host vacuole organization / attachment organelle / host cell cytosol / host cell endoplasmic reticulum / NAD+ poly-ADP-ribosyltransferase activity / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの / nucleotidyltransferase activity / cell projection / toxin activity / lipid binding / cell surface / extracellular region / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / : / ADP-ribosylating toxin CARDS, C-terminal beta-trefoil domain / CARDS D2, beta trefoil domain / Bordetella pertussis toxin A / Pertussis toxin, subunit 1
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / ADP-ribosylating toxin CARDS
類似検索 - 構成要素
生物種Mycoplasma pneumoniae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Taylor, A.B. / Pakhomova, O.N. / Hart, P.J.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015
タイトル: Structure of CARDS toxin, a unique ADP-ribosylating and vacuolating cytotoxin from Mycoplasma pneumoniae.
著者: Becker, A. / Kannan, T.R. / Taylor, A.B. / Pakhomova, O.N. / Zhang, Y. / Somarajan, S.R. / Galaleldeen, A. / Holloway, S.P. / Baseman, J.B. / Hart, P.J.
履歴
登録2014年5月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月22日Group: Database references
改定 1.22015年5月13日Group: Database references
改定 1.32017年9月27日Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ADP-ribosylating toxin CARDS
B: ADP-ribosylating toxin CARDS
C: ADP-ribosylating toxin CARDS
D: ADP-ribosylating toxin CARDS
E: ADP-ribosylating toxin CARDS
F: ADP-ribosylating toxin CARDS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)411,59842
ポリマ－408,3956
非ポリマー3,20336
水32,5711808
1
A: ADP-ribosylating toxin CARDS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,7449
ポリマ－68,0661
非ポリマー6798
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: ADP-ribosylating toxin CARDS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,4385
ポリマ－68,0661
非ポリマー3724
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: ADP-ribosylating toxin CARDS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,7118
ポリマ－68,0661
非ポリマー6457
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: ADP-ribosylating toxin CARDS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,7749
ポリマ－68,0661
非ポリマー7088
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: ADP-ribosylating toxin CARDS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,5897
ポリマ－68,0661
非ポリマー5236
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: ADP-ribosylating toxin CARDS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,3424
ポリマ－68,0661
非ポリマー2763
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)191.698, 107.407, 222.261
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.64, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
ADP-ribosylating toxin CARDS / ADP-ribosyltransferase CARDS / CARDX TX


分子量: 68065.906 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycoplasma pneumoniae (バクテリア)
株: ATCC 29342 / M129 / 遺伝子: MPN_372, MP464 / プラスミド: PKA8H / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P75409, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物...
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1808 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細The CARDS toxin was treated with trypsin protease prior to crystallization, leaving a nicked ...The CARDS toxin was treated with trypsin protease prior to crystallization, leaving a nicked polypeptide with non-covalently associated domains defined by residues 1-305 and 308-591. The related un-nicked CARDS toxin in PDB entry 4TLW superimposes on each monomer of this entry with a RMSD of less than 0.4 Angstroms using alpha carbon positions.
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.09 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 1.6 M AMMONIUM SULFATE, 0.08 M SODIUM ACETATE, 20% GLYCEROL
PH範囲: 4.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 350417 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 22 Å2 / Rsym value: 0.073 / Net I/σ(I): 15.5
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 3.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Rsym value: 0.577 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHARP位相決定
PHENIX(PHENIX.REFINE: 1.7.3_928)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.9→38.87 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.89 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.215 17675 5.05 %
Rwork0.186 --
obs0.188 350157 99.4 %
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 27.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.1115 Å20 Å2-0.6305 Å2
2--2.4738 Å20 Å2
3----5.582 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→38.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数28352 0 203 1808 30363
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0129401
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.09939975
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.61710591
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0764190
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0045197
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9033-1.92490.28995310.250810407X-RAY DIFFRACTION93
1.9249-1.94750.25855700.235311065X-RAY DIFFRACTION100
1.9475-1.97130.26715490.232411107X-RAY DIFFRACTION100
1.9713-1.99620.27465640.229111189X-RAY DIFFRACTION100
1.9962-2.02250.26296330.226510984X-RAY DIFFRACTION100
2.0225-2.05020.25966320.222710984X-RAY DIFFRACTION100
2.0502-2.07950.24835990.214611137X-RAY DIFFRACTION100
2.0795-2.11050.24856040.209511160X-RAY DIFFRACTION100
2.1105-2.14350.24926470.205510982X-RAY DIFFRACTION100
2.1435-2.17860.24615980.204911074X-RAY DIFFRACTION100
2.1786-2.21620.24015980.201711026X-RAY DIFFRACTION100
2.2162-2.25650.25285650.194911185X-RAY DIFFRACTION100
2.2565-2.29990.23545780.198711127X-RAY DIFFRACTION100
2.2999-2.34680.246040.194611079X-RAY DIFFRACTION100
2.3468-2.39790.22515960.183211188X-RAY DIFFRACTION100
2.3979-2.45360.24175650.195311078X-RAY DIFFRACTION100
2.4536-2.5150.24485850.200711077X-RAY DIFFRACTION100
2.515-2.5830.22636050.193311083X-RAY DIFFRACTION100
2.583-2.6590.23045890.200611140X-RAY DIFFRACTION100
2.659-2.74480.24915860.210311152X-RAY DIFFRACTION100
2.7448-2.84280.23426390.203111039X-RAY DIFFRACTION100
2.8428-2.95660.22166160.198611078X-RAY DIFFRACTION100
2.9566-3.09110.23555350.189211166X-RAY DIFFRACTION100
3.0911-3.2540.20925730.182911105X-RAY DIFFRACTION99
3.254-3.45780.20325950.180411094X-RAY DIFFRACTION99
3.4578-3.72460.19175990.166311071X-RAY DIFFRACTION99
3.7246-4.0990.17615730.152711179X-RAY DIFFRACTION99
4.099-4.69130.14915630.141511098X-RAY DIFFRACTION99
4.6913-5.90720.1815890.158811175X-RAY DIFFRACTION99
5.9072-38.87940.19875950.191111253X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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