PDB-4pc9: CRYSTAL STRUCTURE OF A TRAP PERIPLASMIC SOLUTE BINDING PROTEIN FR...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4pc9

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF A TRAP PERIPLASMIC SOLUTE BINDING PROTEIN FROM ROSENBACTER DENITRIFICANS OCh 114 (RD1_1052, TARGET EFI-510238) WITH BOUND D-MANNONATE

要素

C4-dicarboxylate transport system, substrate-binding protein, putative

キーワード

SOLUTE-BINDING PROTEIN / TRAP PERIPLASMIC SOLUTE BINDING FAMILY / ENZYME FUNCTION INITIATIVE / EFI / Structural Genomics

機能・相同性

機能・相同性情報

transmembrane transport / outer membrane-bounded periplasmic space
類似検索 - 分子機能

生物種

Roseobacter denitrificans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.3 Å

データ登録者

Vetting, M.W. / Al Obaidi, N.F. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Stead, M. / Attonito, J.D. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Hillerich, B. ...

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2015
タイトル: Experimental strategies for functional annotation and metabolism discovery: targeted screening of solute binding proteins and unbiased panning of metabolomes.
著者: Vetting, M.W. / Al-Obaidi, N. / Zhao, S. / San Francisco, B. / Kim, J. / Wichelecki, D.J. / Bouvier, J.T. / Solbiati, J.O. / Vu, H. / Zhang, X. / Rodionov, D.A. / Love, J.D. / Hillerich, B.S. ...

履歴

登録	2014年4月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年5月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年2月4日	Group: Derived calculations
改定 1.2	2015年2月25日	Group: Database references
改定 1.3	2017年9月27日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / software Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.4	2019年12月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4pc9.cif.gz	187.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4pc9.ent.gz	152.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4pc9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4pc9_validation.pdf.gz	440.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4pc9_full_validation.pdf.gz	440.6 KB	表示
XML形式データ	4pc9_validation.xml.gz	17.4 KB	表示
CIF形式データ	4pc9_validation.cif.gz	27.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pc/4pc9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pc/4pc9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4ln5C 4mcoC 4mevC 4mhfC 4mijC 4mncC 4mniC 4mx6C 4n15C 4n17C 4n4uC 4n6dC 4n6kC 4n8gC 4n8yC 4n91C 4napC 4nf0C 4ng7C 4nguC 4nhbC 4nn3C 4nq8C 4nx1C 4o7mC 4o8mC 4o94C 4oa4C 4oanC 4ovpC 4ovqC 4ovrC 4ovsC 4ovtC 4p1eC 4p1lC 4p3lC 4p47C 4p56C 4p8bC 4p9kC 4pafC 4paiC 4pakC 4pbhC 4pbqC 4pcdC 4pddC 4pdhC 4pe3C 4petC 4pf6C 4pf8C 4pfbC 4pfiC 4pfrC 4pgnC 4pgpC 4uabC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3up2-d 4ewa-d 5bq0-d 4deb-d 5ory-d 6e6t-2 4r74-4 6jil-1 2wtw-d 4dhf-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: EFI-510238

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: C4-dicarboxylate transport system, substrate-binding protein, putative

ヘテロ分子

36.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	52.365, 73.339, 75.752
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	C4-dicarboxylate transport system, substrate-binding protein, putative 分子量: 36066.559 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Roseobacter denitrificans (バクテリア) 株: OCh 114 / 遺伝子: RD1_1052 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q16BC9
#2: 化合物	ChemComp-CS2 / D-MANNONIC ACID / D-MANNONATE / D-マンノン酸分子量: 196.155 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₂O₇
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 445 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 39 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: Protein (42.4 mg/ml, 10 mM HEPES pH 7.5, 5 mM DTT, 10 mM D-MANNONATE); Reservoir (0.1 M Tris pH 8.5, 2.4 M di-Ammonium Phosphate); Cryoprotection (80% Reservoir + 20% diethylene glycol)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月2日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.3→75.75 Å / Num. obs: 72237 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 14.1 % / B_iso Wilson estimate: 8.67 Å² / R_merge(I) obs: 0.117 / Net I/σ(I): 17.8
反射シェル	解像度: 1.3→1.32 Å / 冗長度: 13.6 % / R_merge(I) obs: 0.918 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.1_1168	精密化
MOSFLM		データ削減
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出
Aimless		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.3→23.875 Å / FOM work R set: 0.9333 / SU ML: 0.09 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 13.06 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1484	6989	5.06 %
R_work	0.1349	131263	-
obs	0.1356	138252	99.68 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 58.34 Å² / B_iso mean: 13.55 Å² / B_iso min: 3.73 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.3→23.875 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2310	0	24	445	2779
B_iso mean	-	-	5.61	27.42	-
残基数	-	-	-	-	300

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	2391
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.213	3252
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.07	371
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	429
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.755	873

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.3-1.3148	0.2308	233	0.2021	4389	4622	99
1.3148-1.3303	0.1914	238	0.2063	4394	4632	100
1.3303-1.3465	0.2253	228	0.1948	4325	4553	99
1.3465-1.3635	0.1816	212	0.1804	4416	4628	100
1.3635-1.3815	0.1695	241	0.1754	4345	4586	99
1.3815-1.4004	0.1898	215	0.1709	4386	4601	100
1.4004-1.4204	0.2014	216	0.1708	4421	4637	100
1.4204-1.4416	0.1637	236	0.1582	4346	4582	100
1.4416-1.4641	0.1704	228	0.1527	4388	4616	100
1.4641-1.4881	0.1665	224	0.1489	4428	4652	100
1.4881-1.5138	0.1774	238	0.1414	4348	4586	100
1.5138-1.5413	0.1559	229	0.1352	4405	4634	100
1.5413-1.5709	0.1469	219	0.1356	4400	4619	100
1.5709-1.603	0.1493	259	0.1274	4365	4624	100
1.603-1.6378	0.1775	188	0.1258	4462	4650	100
1.6378-1.6759	0.1368	226	0.123	4340	4566	100
1.6759-1.7178	0.1307	234	0.1224	4351	4585	100
1.7178-1.7643	0.1272	279	0.1221	4384	4663	100
1.7643-1.8162	0.1616	220	0.1245	4405	4625	100
1.8162-1.8748	0.1514	249	0.1247	4406	4655	100
1.8748-1.9417	0.1318	220	0.1257	4365	4585	100
1.9417-2.0194	0.1478	284	0.1202	4338	4622	100
2.0194-2.1113	0.1411	218	0.1187	4403	4621	100
2.1113-2.2225	0.1426	227	0.1112	4404	4631	100
2.2225-2.3617	0.117	238	0.1146	4407	4645	100
2.3617-2.5438	0.145	231	0.1212	4355	4586	100
2.5438-2.7995	0.1579	271	0.1317	4362	4633	100
2.7995-3.2037	0.1296	229	0.1363	4394	4623	100
3.2037-4.0332	0.1244	238	0.1277	4359	4597	100
4.0332-23.8792	0.1525	221	0.1435	4172	4393	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1095	-0.1563	1.4949	0.9625	-0.2048	2.5511	0.0179	0.2126	0.0863	-0.1602	-0.0036	0.0968	-0.0683	0.0102	-0.0282	0.1025	-0.0133	0.0048	0.0915	0.029	0.0758	49.5468	36.2381	17.7797
2	1.6194	0.261	1.3419	0.9424	0.3661	2.6475	0.0152	0.1916	0.0229	-0.1134	0.0161	0.0403	-0.0395	0.108	-0.0342	0.0697	-0.0083	0.0017	0.0794	0.0201	0.0505	50.9183	31.0214	15.9363
3	1.2095	0.1189	-0.0338	0.6923	-0.0198	1.4279	-0.009	0.0199	0.1404	-0.048	-0.0191	0.031	-0.1755	-0.0925	0.0236	0.0641	0.0097	-0.0061	0.042	-0.006	0.0721	43.5567	36.1968	32.4529
4	1.4944	0.5755	0.5032	1.6658	1.096	2.7073	0.0766	0.0347	-0.1871	0.0869	-0.0175	-0.0906	0.2098	0.1694	-0.071	0.0856	0.0132	-0.0168	0.0765	0.0077	0.1151	52.2514	18.7588	40.3904
5	1.0709	-0.1029	0.3742	0.6278	0.1162	0.9141	0.0384	0.0049	-0.0728	-0.0188	0.0008	0.0771	0.0283	-0.0689	-0.0289	0.0418	-0	0.0008	0.0208	0.0099	0.0344	44.7133	26.4247	34.9744
6	1.2365	0.1659	0.277	0.6652	0.0638	1.1655	0.0404	-0.1958	0.14	0.1305	-0.0227	-0.0476	-0.0847	-0.0019	-0.0089	0.0903	-0.008	0.0002	0.0788	-0.0374	0.0762	55.956	37.8368	51.6267
7	0.9105	0.1874	0.4482	0.5264	0.2213	0.9893	-0.0475	-0.0193	0.1641	-0.0152	0.015	-0.0152	-0.1619	0.0511	0.0204	0.0668	-0.0086	0.0015	0.0408	-0.0046	0.067	55.4858	37.3839	37.8689
8	2.7911	0.3317	1.4374	0.8913	0.3943	2.0361	0.0663	0.1647	-0.0456	-0.0253	0.0112	-0.023	0.0952	0.1858	-0.0883	0.054	0.0053	0.0146	0.0457	0.0118	0.0344	56.721	25.1458	25.4201
9	3.4359	0.7595	-0.8153	1.6973	-0.5349	1.7116	-0.0117	-0.1999	-0.1764	0.163	-0.0239	-0.1208	0.0469	0.1235	0.0376	0.1019	-0.0023	-0.0197	0.0585	-0.0247	0.057	60.0668	29.4731	51.5567
10	6.8453	-1.1167	0.8343	5.1388	0.1197	3.785	-0.0443	-0.3503	-0.1067	0.2372	0.0344	0.0717	0.0249	-0.2673	0.0063	0.1126	-0.0329	0.0053	0.1176	0.0281	0.1061	42.4169	20.7991	49.9414

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 25 through 41 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 42 through 67 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 68 through 107 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 108 through 124 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 125 through 155 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 156 through 185 )	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 186 through 251 )	A
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 252 through 286 )	A
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 287 through 310 )	A
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 311 through 324 )	A

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)