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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4r74 | ||||||
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タイトル | Structure of the periplasmic binding protein AfuA from Actinobacillus pleuropneumoniae (exogenous fructose-6-phosphate bound) | ||||||
![]() | ABC-type Fe3+ transport system, periplasmic component | ||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / ABC transporter / sugar transporter / glucose-6-phosphate / fructose-6-phosphate / sedoheptulose-7-phosphate | ||||||
機能・相同性 | ![]() thiamine binding / thiamine transport / thiamine pyrophosphate binding / outer membrane-bounded periplasmic space 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Sit, B. / Calmettes, C. / Moraes, T.F. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Active Transport of Phosphorylated Carbohydrates Promotes Intestinal Colonization and Transmission of a Bacterial Pathogen. 著者: Sit, B. / Crowley, S.M. / Bhullar, K. / Lai, C.C. / Tang, C. / Hooda, Y. / Calmettes, C. / Khambati, H. / Ma, C. / Brumell, J.H. / Schryvers, A.B. / Vallance, B.A. / Moraes, T.F. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 281.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 228.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.7 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 65.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 89.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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3 | ![]()
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4 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 8分子 ABCD

#1: タンパク質 | 分子量: 35391.980 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 28-346 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: afuA, APL_1446 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 糖 | ChemComp-F6P / |
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-非ポリマー , 4種, 983分子 






#3: 化合物 | ChemComp-GOL / #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
Has protein modification | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.4 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2 M magnesium chloride, 0.1 M Tris, pH 6.5, 25% PEG3350, 20% glycerol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Cryogenically-cooled single crystal Si(220) side bounce プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.93→48.494 Å / Num. all: 89478 / Num. obs: 89478 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.6 % / Biso Wilson estimate: 18.89 Å2 / Rsym value: 0.131 / Net I/σ(I): 14.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 20.9459 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.93→48.494 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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