PDB-4ovp: CRYSTAL STRUCTURE OF A TRAP PERIPLASMIC SOLUTE BINDING PROTEIN FR...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ovp

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF A TRAP PERIPLASMIC SOLUTE BINDING PROTEIN FROM SULFITOBACTER sp. NAS-14.1, TARGET EFI-510292, WITH BOUND ALPHA-D-MANURONATE

要素

C4-dicarboxylate transport system substrate-binding protein

キーワード

SOLUTE-BINDING PROTEIN / TRAP PERIPLASMIC SOLUTE BINDING FAMILY / ENZYME FUNCTION INITIATIVE / EFI / Structural Genomics

機能・相同性

機能・相同性情報

transmembrane transport / outer membrane-bounded periplasmic space
類似検索 - 分子機能

生物種

Sulfitobacter sp. (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Vetting, M.W. / Al Obaidi, N.F. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Sojitra, S. / Stead, M. / Attonito, J.D. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. ...

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2015
タイトル: Experimental strategies for functional annotation and metabolism discovery: targeted screening of solute binding proteins and unbiased panning of metabolomes.
著者: Vetting, M.W. / Al-Obaidi, N. / Zhao, S. / San Francisco, B. / Kim, J. / Wichelecki, D.J. / Bouvier, J.T. / Solbiati, J.O. / Vu, H. / Zhang, X. / Rodionov, D.A. / Love, J.D. / Hillerich, B.S. ...

履歴

登録	2013年12月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年1月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年1月22日	Group: Structure summary
改定 1.2	2015年2月4日	Group: Derived calculations
改定 1.3	2015年2月25日	Group: Database references
改定 1.4	2017年9月27日	Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: citation / entity ...citation / entity / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / software / struct_keywords / struct_site Item: _citation.journal_id_CSD / _entity.pdbx_description ..._citation.journal_id_CSD / _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_keywords.text / _struct_site.details
改定 1.5	2019年12月25日	Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: chem_comp / pdbx_audit_support Item: _chem_comp.type / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.6	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp / pdbx_chem_comp_identifier ...chem_comp / pdbx_chem_comp_identifier / refine_hist / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.type / 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.7	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ovp.cif.gz	364.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ovp.ent.gz	304.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ovp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4ovp_validation.pdf.gz	446.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4ovp_full_validation.pdf.gz	447.4 KB	表示
XML形式データ	4ovp_validation.xml.gz	28.3 KB	表示
CIF形式データ	4ovp_validation.cif.gz	43.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ov/4ovp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ov/4ovp	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4ln5C 4mcoC 4mevC 4mhfC 4mijC 4mncC 4mniC 4mx6C 4n15C 4n17C 4n4uC 4n6dC 4n6kC 4n8gC 4n8yC 4n91C 4napC 4nf0C 4ng7C 4nguC 4nhbC 4nn3C 4nq8C 4nx1C 4o7mC 4o8mC 4o94C 4oa4C 4oanC 4ovqC 4ovrC 4ovsC 4ovtC 4p1eC 4p1lC 4p3lC 4p47C 4p56C 4p8bC 4p9kC 4pafC 4paiC 4pakC 4pbhC 4pbqC 4pc9C 4pcdC 4pddC 4pdhC 4pe3C 4petC 4pf6C 4pf8C 4pfbC 4pfiC 4pfrC 4pgnC 4pgpC 4uabC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4nx1-1 7aqb-2 1ob3-2 3kl8-2 3wgn-1 4ide-d 4ph1-d 4idf-d 3auq-d 3vo8-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: EFI-510292

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: C4-dicarboxylate transport system substrate-binding protein

B: C4-dicarboxylate transport system substrate-binding protein

ヘテロ分子

73.6 kDa, 2 ポリマー
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1

A: C4-dicarboxylate transport system substrate-binding protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
36.8 kDa, 1 ポリマー
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2

B: C4-dicarboxylate transport system substrate-binding protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
36.8 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	127.481, 82.345, 106.829
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 140.070, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質

C4-dicarboxylate transport system substrate-binding protein

分子量: 36615.395 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Sulfitobacter sp. (バクテリア) / 株: NAS-14.1 / 遺伝子: NAS141_03721 / プラスミド: pET / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A3T0D1

#2: 糖

ChemComp-MAV / alpha-D-mannopyranuronic acid / alpha-D-mannuronic acid / D-mannuronic acid / mannuronic acid

タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 194.139 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₀O₇

識別子	タイプ	プログラム
DManpAa	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
a-D-mannopyranuronic acid	COMMON NAME	GMML 1.0
a-D-ManpA	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
ManA	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#3: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 601 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.94 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: Protein (32.6 mg/ml, 10 mM HEPES pH 7.5, 5 mM DTT, 1 mM D-Manuronate); Reservoir (0.1 M Tris Hydrochloride pH 8.5, 1.2 M tri-Sodium Citrate Dihydrate); Cryoprotection (Slow mount, resulting ...詳細: Protein (32.6 mg/ml, 10 mM HEPES pH 7.5, 5 mM DTT, 1 mM D-Manuronate); Reservoir (0.1 M Tris Hydrochloride pH 8.5, 1.2 M tri-Sodium Citrate Dihydrate); Cryoprotection (Slow mount, resulting in concentration of mother liquor prior to freezing)

結晶

マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.94 %

結晶化

温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Protein (32.6 mg/ml, 10 mM HEPES pH 7.5, 5 mM DTT, 1 mM D-Manuronate); Reservoir (0.1 M Tris Hydrochloride pH 8.5, 1.2 M tri-Sodium Citrate Dihydrate); Cryoprotection (Slow mount, resulting ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月26日 / 詳細: MIRRORS

放射

モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9793 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.7→68.563 Å / Num. all: 77299 / Num. obs: 77299 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 7.5 % / B_iso Wilson estimate: 22.46 Å² / R_pim(I) all: 0.035 / R_rim(I) all: 0.095 / R_sym value: 0.064 / Net I/av σ(I): 10.026 / Net I/σ(I): 17.4 / Num. measured all: 581416

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) all	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_pim(I) all	R_rim(I) all	R_sym value	Net I/σ(I) obs	% possible all
1.7-1.79	7.5	1.07	0.914	0.9	84424	11219	0.387	1.07	0.914	2.1	98.9
1.79-1.9	7.6	0.609	0.516	1.5	80567	10630	0.22	0.609	0.516	3.6	99.2
1.9-2.03	7.6	0.344	0.288	2.7	75681	9959	0.124	0.344	0.288	6.3	99.3
2.03-2.19	7.6	0.208	0.167	4.7	71137	9357	0.075	0.208	0.167	10.4	99.6
2.19-2.4	7.6	0.14	0.105	7.5	65424	8600	0.05	0.14	0.105	15.7	99.7
2.4-2.69	7.6	0.106	0.074	10.4	59433	7822	0.038	0.106	0.074	21.5	99.9
2.69-3.1	7.5	0.082	0.05	14.8	51972	6902	0.03	0.082	0.05	30.5	99.9
3.1-3.8	7.4	0.061	0.035	18.6	43304	5887	0.022	0.061	0.035	43.5	100
3.8-5.38	7.3	0.051	0.027	24.3	33206	4553	0.019	0.051	0.027	52.1	99.9
5.38-68.563	6.9	0.071	0.028	24.3	16268	2370	0.026	0.071	0.028	49	93.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類	NB
SCALA	3.3.20	データスケーリング
PHENIX		精密化

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.7→33.872 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.48 / FOM work R set: 0.888 / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 18.53 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.18	3889	5.03 %
R_work	0.1491	73383	-
obs	0.1507	77272	99.17 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 102.27 Å² / B_iso mean: 33.6532 Å² / B_iso min: 14.48 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→33.872 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4732	0	26	601	5359

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	4850
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.252	6575
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.078	755
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	862
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.834	1826

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 28

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.7-1.7207	0.283	141	0.2359	2618	2759	99
1.7207-1.7425	0.2692	146	0.2214	2575	2721	99
1.7425-1.7654	0.265	137	0.2198	2625	2762	99
1.7654-1.7896	0.2237	119	0.2165	2601	2720	99
1.7896-1.8152	0.2447	113	0.1925	2611	2724	99
1.8152-1.8423	0.223	144	0.1957	2607	2751	99
1.8423-1.8711	0.2199	131	0.1814	2617	2748	99
1.8711-1.9018	0.2349	135	0.176	2620	2755	99
1.9018-1.9345	0.2225	145	0.1775	2574	2719	99
1.9345-1.9697	0.2172	110	0.1713	2619	2729	99
1.9697-2.0076	0.209	131	0.1696	2692	2823	99
2.0076-2.0486	0.2044	137	0.1622	2627	2764	99
2.0486-2.0931	0.1956	139	0.1573	2559	2698	99
2.0931-2.1418	0.1862	153	0.1464	2605	2758	99
2.1418-2.1953	0.1884	145	0.1391	2617	2762	99
2.1953-2.2547	0.1678	143	0.1384	2603	2746	99
2.2547-2.321	0.1756	141	0.1351	2635	2776	100
2.321-2.3959	0.1825	148	0.1383	2632	2780	100
2.3959-2.4815	0.1907	139	0.141	2642	2781	100
2.4815-2.5808	0.2121	150	0.1498	2618	2768	100
2.5808-2.6983	0.1937	134	0.1566	2640	2774	100
2.6983-2.8404	0.2031	151	0.1569	2649	2800	100
2.8404-3.0183	0.1779	141	0.1614	2637	2778	100
3.0183-3.2512	0.2036	147	0.1547	2625	2772	100
3.2512-3.578	0.1642	125	0.1414	2692	2817	100
3.578-4.095	0.1379	159	0.1218	2632	2791	100
4.095-5.1564	0.1311	139	0.1082	2676	2815	100
5.1564-33.8786	0.1667	146	0.1634	2535	2681	94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8571	-0.1716	-0.5311	0.406	0.3534	0.5658	0.1046	0.3568	0.1289	-0.2966	-0.03	-0.0364	0.0713	-0.0422	-0.0237	0.304	0.0881	0.0067	0.2519	0.021	0.2218	36.5812	31.4989	42.2888
2	2.4696	0.8174	-0.7843	2.5206	-0.4962	1.9375	-0.0924	0.604	0.1093	-0.7591	0.0562	-0.0223	-0.0198	-0.0295	0.0349	0.3367	0.0388	0.0168	0.3295	0.0355	0.2046	31.2142	38.5321	40.8119
3	2.1968	-0.4536	-0.0781	0.8835	-0.2675	2.0981	-0.0598	-0.1331	0.089	-0.0019	-0.0215	-0.0069	-0.2594	0.0146	0.0792	0.1818	0.0233	-0.0222	0.1582	0.0348	0.2039	28.1853	37.3925	60.8058
4	1.5061	-0.3471	0.2473	1.3826	-0.2951	1.0547	0.0043	-0.2203	-0.2838	-0.0139	0.0141	0.2593	0.0306	-0.1908	-0.0041	0.1391	0.0173	-0.0191	0.2008	0.0441	0.239	20.3588	29.1462	64.1264
5	3.0268	0.6023	-0.9688	0.9	-0.2045	1.022	0.1782	0.2848	0.0783	-0.1616	-0.068	0.1935	-0.2122	-0.1739	-0.0911	0.2399	0.0575	-0.0436	0.2085	0.0494	0.2282	20.325	41.0956	49.4197
6	1.6092	-0.115	0.8506	1.3201	-0.2927	1.6836	-0.3187	-0.5346	0.4454	0.3236	0.0634	0.4969	-0.5997	-0.3648	0.1692	0.3765	0.0807	-0.0358	0.3467	-0.0691	0.3968	17.7592	41.0298	73.6786
7	0.8503	-0.5875	-0.6999	1.5121	-0.1092	1.5357	0.0217	0.2003	-0.2132	-0.175	-0.0813	0.4385	0.1111	-0.3977	0.0158	0.2111	0.0086	-0.044	0.29	-0.0487	0.2807	-22.5657	53.2102	44.5304
8	2.0855	-0.5105	-0.9836	1.1661	0.4991	1.9677	-0.0929	-0.2193	-0.0682	0.1664	0.1708	-0.0072	0.1601	0.2093	-0.0825	0.2039	0.0382	-0.0125	0.2226	-0.0178	0.194	-2.8483	55.3096	53.3006
9	3.0031	-0.9614	-1.1861	0.7828	0.2114	1.6814	-0.3272	-0.3937	-0.361	0.2647	0.1826	0.1084	0.3637	0.2053	0.129	0.2686	0.0668	-0.0013	0.2584	0.0177	0.2416	-7.1375	47.2645	55.3179
10	1.3444	0.2841	-0.0831	1.2686	0.1533	1.2178	0.0503	0.1134	0.1171	-0.2097	0.0279	-0.1102	-0.2108	0.1383	-0.0677	0.2723	0.0292	0.026	0.2034	-0.0071	0.1773	-1.1445	62.9811	43.2511
11	1.6433	-0.0003	-0.3147	1.2016	-0.0704	1.2005	0.059	-0.1547	0.3694	-0.0566	-0.1277	-0.1061	-0.4815	0.0838	0.0291	0.2714	-0.0115	0.0218	0.2341	-0.0473	0.2162	1.2575	68.0928	49.6261
12	0.907	0.0789	0.3504	1.6219	0.2892	0.8515	0.041	0.0936	0.0995	-0.3243	-0.0229	0.035	-0.1673	-0.0228	-0.0197	0.2729	0.0689	-0.0106	0.1937	-0.0158	0.1478	-9.4148	61.1718	40.639
13	3.3818	0.6639	-1.9277	1.4998	-0.445	2.7732	-0.083	0.1261	-0.4721	-0.2817	-0.0656	-0.0209	0.3474	-0.0387	0.1462	0.2982	0.0336	-0.0258	0.1756	-0.0495	0.1981	-11.5117	46.3133	39.0381
14	0.3397	0.0268	0.2265	0.8592	0.0311	2.5009	0.1182	0.1236	0.0506	-0.2669	0.0402	-0.3835	-0.063	0.7431	-0.1374	0.2874	0.0414	0.0514	0.395	-0.058	0.3324	8.3615	60.1848	46.27
15	2.7225	-0.768	-1.9661	3.3825	2.5172	4.2068	0.152	-0.1804	-0.3936	0.273	0.1421	-0.2514	0.8499	0.7783	-0.2441	0.3087	0.1432	-0.0649	0.3022	-0.0465	0.2485	2.9419	49.1163	60.0496

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 6 through 41 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 42 through 67 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 68 through 163 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 164 through 253 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 254 through 289 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 290 through 328 )	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 29 through 99 )	B
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 100 through 116 )	B
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 117 through 140 )	B
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 141 through 177 )	B
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 178 through 195 )	B
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 196 through 253 )	B
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 254 through 289 )	B
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 290 through 317 )	B
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 318 through 330 )	B

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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