PDB-4o7m: Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein fr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4o7m

タイトル

Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from shewanella loihica PV-4, target EFI-510273, with bound L-malate

要素

TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / TRAP PERIPLASMIC SOLUTE BINDING FAMILY / ENZYME FUNCTION INITIATIVE / EFI / Structural Genomics

機能・相同性

機能・相同性情報

: / transmembrane transport / outer membrane-bounded periplasmic space
類似検索 - 分子機能

生物種

Shewanella loihica (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Vetting, M.W. / Al Obaidi, N.F. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Sojitra, S. / Stead, M. / Attonito, J.D. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. ...

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2015
タイトル: Experimental strategies for functional annotation and metabolism discovery: targeted screening of solute binding proteins and unbiased panning of metabolomes.
著者: Vetting, M.W. / Al-Obaidi, N. / Zhao, S. / San Francisco, B. / Kim, J. / Wichelecki, D.J. / Bouvier, J.T. / Solbiati, J.O. / Vu, H. / Zhang, X. / Rodionov, D.A. / Love, J.D. / Hillerich, B.S. ...

履歴

登録	2013年12月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年3月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年2月25日	Group: Database references

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4o7m.cif.gz	715.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4o7m.ent.gz	629.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4o7m.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o7/4o7m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o7/4o7m	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4ln5C 4mcoC 4mevC 4mhfC 4mijC 4mncC 4mniC 4mx6C 4n15C 4n17C 4n4uC 4n6dC 4n6kC 4n8gC 4n8yC 4n91C 4napC 4nf0C 4ng7C 4nguC 4nhbC 4nn3C 4nq8C 4nx1C 4o8mC 4o94C 4oa4C 4oanC 4ovpC 4ovqC 4ovrC 4ovsC 4ovtC 4p1eC 4p1lC 4p3lC 4p47C 4p56C 4p8bC 4p9kC 4pafC 4paiC 4pakC 4pbhC 4pbqC 4pc9C 4pcdC 4pddC 4pdhC 4pe3C 4petC 4pf6C 4pf8C 4pfbC 4pfiC 4pfrC 4pgnC 4pgpC 4uabC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4oa4-2 4oa4-4 6ntp-d 2vpn-1 4nhb-1 4ovp-2 5hu3-d 4xeq-3 3bkz-d 4xeq-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: EFI-510273

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (1)

登録構造単位

A: TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit

B: TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit

C: TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit

D: TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit

ヘテロ分子

150 kDa, 4 ポリマー
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1

A: TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
37.5 kDa, 1 ポリマー
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2

B: TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
37.6 kDa, 1 ポリマー
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3

C: TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
37.5 kDa, 1 ポリマー
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4

D: TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
37.5 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	80.515, 118.640, 89.901
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 93.18, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit 分子量: 37388.996 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Shewanella loihica (バクテリア) / 株: PV-4 / 遺伝子: Shew_1446 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A3QCW5
#2: 化合物	ChemComp-LMR / (2S)-2-hydroxybutanedioic acid / L-Malate / L-りんご酸分子量: 134.087 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₅
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2229 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.87 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.09 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Protein (34.4 mg/ml, 10 mM HEPES, 5 mM DTT, 10 mM L-Malate); Reservoir (0.2 M Sodium Citrate, 20% (w/v) PEG 3350); Cryoprotection (Reservoir with 20% Diethylene Glycol), pH 7.5, VAPOR ...詳細: Protein (34.4 mg/ml, 10 mM HEPES, 5 mM DTT, 10 mM L-Malate); Reservoir (0.2 M Sodium Citrate, 20% (w/v) PEG 3350); Cryoprotection (Reservoir with 20% Diethylene Glycol), pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

結晶

マシュー密度: 2.87 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.09 %

結晶化

温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Protein (34.4 mg/ml, 10 mM HEPES, 5 mM DTT, 10 mM L-Malate); Reservoir (0.2 M Sodium Citrate, 20% (w/v) PEG 3350); Cryoprotection (Reservoir with 20% Diethylene Glycol), pH 7.5, VAPOR ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å

検出器

タイプ: RAYONIX 225 HE / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月8日 / 詳細: MIRRORS

放射

モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9793 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.5→118.64 Å / Num. all: 268529 / Num. obs: 268529 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.6 % / B_iso Wilson estimate: 9.42 Å² / R_merge(I) obs: 0.121 / R_sym value: 0.121 / Net I/σ(I): 10.5

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
1.5-1.58	7.4	0.601	1.3	288028	39173	0.601	100
1.58-1.68	7.5	0.447	1.7	276274	37014	0.447	100
1.68-1.79	7.6	0.319	2.4	263078	34837	0.319	100
1.79-1.94	7.6	0.223	3.4	246551	32406	0.223	100
1.94-2.12	7.6	0.161	3.6	228218	29853	0.161	100
2.12-2.37	7.7	0.127	5.3	207592	27011	0.127	100
2.37-2.74	7.7	0.102	5.6	183743	23808	0.102	100
2.74-3.35	7.7	0.072	8.2	156467	20208	0.072	100
3.35-4.74	7.8	0.056	10.1	121371	15652	0.056	100
4.74-22.603	7.6	0.055	9.9	65502	8567	0.055	99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA	3.3.20	データスケーリング
PHENIX	1.8.1_1168	精密化
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出
PHENIX	AUTOSOLVE	位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.5→22.603 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.21 / FOM work R set: 0.93 / SU ML: 0.11 / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 位相誤差: 13.87 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1575	13518	5.03 %	RANDOM
R_work	0.1381	-	-	-
all	0.1391	268483	-	-
obs	0.1391	268483	100 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 53.69 Å² / B_iso mean: 13.7201 Å² / B_iso min: 2.87 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→22.603 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9455	0	41	2229	11725

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	10016
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.221	13567
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.084	1491
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1779
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.803	3763

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
1.5-1.517	0.2336	447	0.2114	8520	8967
1.517-1.5349	0.2116	422	0.1995	8437	8859
1.5349-1.5536	0.2111	446	0.1908	8490	8936
1.5536-1.5733	0.2072	444	0.1804	8499	8943
1.5733-1.594	0.2022	458	0.1762	8440	8898
1.594-1.6158	0.1916	446	0.1659	8486	8932
1.6158-1.6389	0.1805	448	0.1626	8484	8932
1.6389-1.6633	0.1775	433	0.1573	8518	8951
1.6633-1.6893	0.1807	448	0.1512	8463	8911
1.6893-1.717	0.1629	458	0.1433	8473	8931
1.717-1.7466	0.1606	446	0.1379	8519	8965
1.7466-1.7783	0.1661	480	0.1357	8410	8890
1.7783-1.8125	0.1659	434	0.1367	8504	8938
1.8125-1.8495	0.1693	434	0.132	8486	8920
1.8495-1.8897	0.1477	509	0.126	8452	8961
1.8897-1.9336	0.154	454	0.1273	8476	8930
1.9336-1.982	0.1594	473	0.1273	8478	8951
1.982-2.0355	0.1503	443	0.1258	8481	8924
2.0355-2.0954	0.1487	439	0.1262	8524	8963
2.0954-2.163	0.1502	457	0.1244	8481	8938
2.163-2.2402	0.1425	453	0.121	8518	8971
2.2402-2.3298	0.1348	441	0.1189	8452	8893
2.3298-2.4357	0.1407	457	0.1201	8541	8998
2.4357-2.564	0.1422	455	0.1219	8507	8962
2.564-2.7244	0.141	441	0.1254	8505	8946
2.7244-2.9343	0.1582	446	0.1367	8504	8950
2.9343-3.2288	0.1587	460	0.1382	8548	9008
3.2288-3.6943	0.1454	434	0.1347	8549	8983
3.6943-4.6478	0.1302	489	0.1225	8542	9031
4.6478-22.6058	0.1748	423	0.1619	8678	9101

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7657	-0.2525	-0.0824	0.4215	0.0994	0.2429	-0.0201	0.0148	0.1705	-0.0716	0.0341	0.0603	-0.0658	-0.016	-0.0199	0.0747	-0.0056	-0.0117	0.0372	0.0049	0.0908	70.911	72.092	66.008
2	0.3091	0.0519	-0.1736	0.9509	-0.1884	0.2062	-0.0099	-0.0561	-0.0155	0.0471	-0.0099	-0.0049	0.0233	0.0243	0.0186	0.046	-0.0115	-0.0059	0.0481	0.0012	0.0482	73.96	56.485	76.297
3	0.5156	0.051	0.0352	0.6417	-0.0743	0.6436	-0.02	0.0119	-0.0322	-0.0847	-0.0232	-0.0607	0.1192	0.1191	0.0344	0.0756	0.0117	0.0183	0.064	0.008	0.0639	85.54	49.743	59.288
4	0.3337	-0.358	-0.2027	1.8333	0.8178	0.7276	-0.0157	-0.0884	0.0536	0.1784	-0.0344	-0.0308	0.0884	-0.0345	0.007	0.0478	-0.0087	-0.0032	0.062	-0.0184	0.0725	71.426	66.028	77.055
5	0.846	-0.6165	-0.8783	1.3228	1.3445	1.9856	0.0028	0.0349	0.0512	-0.037	0.0073	0.0498	0.0084	-0.0483	0.0275	0.0506	-0.0076	-0.0208	0.0468	0.0003	0.0761	65.018	61.014	63.154
6	0.277	-0.033	-0.1357	0.0643	-0.0691	0.7059	-0.0386	-0.0342	-0.2252	-0.1497	-0.0083	0.0676	0.2963	0.0636	0.0186	0.1361	-0.0012	0.0072	0.0573	0.0298	0.1012	78.472	39.829	67.994
7	0.5338	0.0443	0.0093	0.405	0.1083	0.5436	0.0054	0.0017	-0.1196	-0.0035	-0.007	0.0448	0.0745	-0.0642	-0.0055	0.0545	0.008	0.0043	0.05	-0.0026	0.077	34.936	34.661	65.033
8	0.3244	0.3034	-0.0524	1.4541	0.4242	1.6881	0.0195	0.0604	0.072	-0.08	-0.0418	-0.0975	-0.0728	0.0103	0.0274	0.0513	0.0203	-0.0015	0.0566	0.013	0.0602	38.4	56.166	58.666
9	0.3992	0.2117	0.3012	0.4237	0.2935	0.5132	-0.0063	0.0128	0.086	-0.0765	-0.0098	0.0057	-0.069	-0.0477	-0.0017	0.0731	0.0276	-0.0011	0.0791	0.0056	0.0864	33.945	55.246	62.208
10	0.3171	0.0428	0.0594	0.3442	0.0261	0.1742	-0.0106	0.0136	0.024	-0.0224	-0.0139	-0.0226	-0.0165	-0.0217	0.0259	0.0407	0.0148	0.0009	0.0487	0.0028	0.0642	43.132	52.457	70.27
11	0.6482	0.4481	0.6381	1.3056	1.2996	1.9987	0.0229	-0.0286	-0.0342	0.0264	-0.0227	0.0791	0.0453	-0.1593	0.006	0.0387	0.0037	0.0067	0.0913	-0.0013	0.0823	25.982	44.225	69.783
12	0.3241	0.0437	0.1617	0.2599	0.0785	0.8975	-0.0369	0.0103	0.1711	-0.021	0.0032	0.0059	-0.1545	-0.0066	0.0072	0.095	0.0367	0.0003	0.0917	0.0222	0.1594	37.021	66.878	65.733
13	0.4531	0.1356	0.0308	0.4504	0.041	0.8354	0.029	-0.1518	0.0604	0.21	-0.0447	0.0494	-0.106	-0.0087	0.0237	0.0851	0.0027	0.0109	0.0778	0.0036	0.0684	50.744	40.52	96.239
14	0.57	0.0464	-0.0363	0.3239	-0.2339	0.278	0.0162	-0.0207	0.0328	0.0162	-0.0187	-0.0014	-0.0992	-0.0096	0.0038	0.0468	0.0001	0.0015	0.0405	0.013	0.047	56.042	41.794	88.104
15	1.0883	0.1853	0.1878	1.2993	0.2748	0.3409	0.0251	0.0935	0.0053	-0.0965	-0.0212	-0.1058	0.066	0.0037	0.0143	0.0469	0.0148	0.0044	0.0702	0.0324	0.0561	61.588	20.706	86.206
16	0.4069	0.0626	0.1481	0.4854	0.0343	0.5655	0.0144	0.0101	-0.0259	-0.0057	-0.0281	-0.0769	0.0704	-0.0028	-0.0012	0.0614	0.009	0.0028	0.0654	0.033	0.075	57.834	20.762	90.757
17	1.6573	0.0587	0.2305	2.0064	0.3407	1.1881	-0.0087	0.0573	0.0115	-0.0809	-0.0489	-0.0557	0.0526	0.0027	0.0443	0.0914	0.0011	0.009	0.0717	0.0268	0.047	52.85	16.724	75.827
18	0.7983	-0.4753	-0.0899	0.9308	0.025	0.8079	0.0521	0.1303	0.0198	-0.1613	-0.0146	0.0846	0.0105	-0.1088	-0.0134	0.0616	-0.0079	-0.0127	0.0773	0.0304	0.053	45.092	22.996	75.357
19	0.4233	0.2337	0.0942	0.5251	0.0092	0.4652	0.0062	-0.042	0.0191	-0.0002	-0.0239	0.0395	0.0063	-0.0632	0.0059	0.0278	0.0013	-0.0007	0.0531	0.0224	0.0473	50.416	27.192	88.867
20	1.5436	1.0936	0.5775	1.4749	0.4197	0.5433	-0.0177	-0.1205	-0.0443	0.1388	-0.014	0.0275	-0.0539	-0.1177	0.0075	0.0821	-0.0257	0.0226	0.1113	0.0046	0.041	49.57	30.183	99.865
21	0.7768	0.0811	0.2208	0.211	0.0798	0.3543	0.0119	0.0407	-0.1084	0.0019	-0.0048	0.01	0.2388	-0.0237	-0.0197	0.1004	0.0043	0.0082	0.082	0.0399	0.0928	55.577	9.659	86.427
22	0.3909	0.0676	-0.0447	0.3854	-0.193	0.9114	-0.1126	-0.1221	-0.0979	0.2198	0.0841	-0.0836	0.1647	0.0674	0.0266	0.1494	0.0455	0.0045	0.1028	-0.0017	0.0701	65.195	8.28	48.745
23	0.3153	-0.1174	-0.0634	1.9225	-0.0267	0.1679	-0.009	0.0262	-0.0497	0.0075	-0.0237	0.1527	0.0289	-0.0191	0.0314	0.0606	0.0011	0.0109	0.0687	-0.0256	0.0561	53.944	20.064	40.496
24	0.6886	0.1153	-0.2141	1.7991	0.3577	0.7964	-0.0878	0.0239	-0.0232	0.1222	0.0273	0.1878	0.0092	-0.0182	0.0498	0.1036	0.0187	0.0254	0.0806	-0.0223	0.0816	50.778	23.107	49.592
25	0.5371	-0.1138	0.1494	0.6032	0.0529	0.5594	-0.0353	0.0408	0.0155	-0.0378	0.0226	-0.0608	-0.0277	0.0665	0.0131	0.08	-0.0059	0.0039	0.0954	-0.015	0.0537	67.575	29.734	31.905
26	0.3971	0.2091	-0.1274	0.9086	-0.2026	0.3863	-0.0698	-0.0335	-0.0036	0.0428	0.065	0.13	0.0664	-0.0043	0.0155	0.0874	0.009	0.0115	0.0774	-0.0198	0.0542	58.61	19.717	44.544
27	0.9576	0.7773	-0.5822	1.341	-0.6959	0.7313	-0.0225	-0.1685	0.0003	0.2994	0.0418	-0.0797	0.0244	0.0556	-0.0098	0.1673	0.0378	0.002	0.1293	-0.0141	0.0344	66.253	20.184	53.833
28	0.6197	0.1425	-0.1879	0.3101	0.019	0.4089	-0.0487	0.0967	0.1025	-0.0127	0.0226	0.0493	-0.1532	-0.0391	-0.0014	0.0939	0.009	-0.0177	0.0778	-0.0316	0.0628	57.786	39.113	38.928

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 33:82 )	A	33 - 82
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 83:152 )	A	83 - 152
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 153:238 )	A	153 - 238
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 239:256 )	A	239 - 256
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN A AND RESID 257:292 )	A	257 - 292
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN A AND RESID 293:336 )	A	293 - 336
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN B AND RESID 32:98 )	B	32 - 98
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN B AND RESID 99:120 )	B	99 - 120
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN B AND RESID 121:170 )	B	121 - 170
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN B AND RESID 171:256 )	B	171 - 256
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN B AND RESID 257:292 )	B	257 - 292
12	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN B AND RESID 293:336 )	B	293 - 336
13	X-RAY DIFFRACTION	13	( CHAIN C AND RESID 32:62 )	C	32 - 62
14	X-RAY DIFFRACTION	14	( CHAIN C AND RESID 63:98 )	C	63 - 98
15	X-RAY DIFFRACTION	15	( CHAIN C AND RESID 99:120 )	C	99 - 120
16	X-RAY DIFFRACTION	16	( CHAIN C AND RESID 121:170 )	C	121 - 170
17	X-RAY DIFFRACTION	17	( CHAIN C AND RESID 171:190 )	C	171 - 190
18	X-RAY DIFFRACTION	18	( CHAIN C AND RESID 191:217 )	C	191 - 217
19	X-RAY DIFFRACTION	19	( CHAIN C AND RESID 218:256 )	C	218 - 256
20	X-RAY DIFFRACTION	20	( CHAIN C AND RESID 257:292 )	C	257 - 292
21	X-RAY DIFFRACTION	21	( CHAIN C AND RESID 293:312 )	C	293 - 312
22	X-RAY DIFFRACTION	22	( CHAIN D AND RESID 33:82 )	D	33 - 82
23	X-RAY DIFFRACTION	23	( CHAIN D AND RESID 83:120 )	D	83 - 120
24	X-RAY DIFFRACTION	24	( CHAIN D AND RESID 121:152 )	D	121 - 152
25	X-RAY DIFFRACTION	25	( CHAIN D AND RESID 153:229 )	D	153 - 229
26	X-RAY DIFFRACTION	26	( CHAIN D AND RESID 230:256 )	D	230 - 256
27	X-RAY DIFFRACTION	27	( CHAIN D AND RESID 257:292 )	D	257 - 292
28	X-RAY DIFFRACTION	28	( CHAIN D AND RESID 293:335 )	D	293 - 335

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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