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- PDB-4kpe: Novel fluoroquinolones in complex with topoisomerase IV from S. p... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4kpe
タイトルNovel fluoroquinolones in complex with topoisomerase IV from S. pneumoniae and E-site G-gate
要素
  • (DNA topoisomerase 4 subunit ...) x 2
  • E-site DNA1
  • E-site DNA2
  • E-site DNA3
  • E-site DNA4
キーワードISOMERASE/DNA/INHIBITOR / PROTEIN-DNA CLEAVAGE COMPLEX / ISOMERASE-DNA-INHIBITOR COMPLEX / TOPOISOMERASE IIA / Quinolone / ACHN-245
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) complex / DNA negative supercoiling activity / extrinsic component of plasma membrane / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / DNA topological change / chromosome segregation / chromosome / DNA binding / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA topoisomerase IV subunit A, Gram-positive / DNA topoisomerase 4 subunit B, Firmicutes/Mollicutes / Rossmann fold - #670 / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal repeat / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal / : / DNA gyrase C-terminal domain, beta-propeller / Topoisomerase (Topo) IIA-type catalytic domain profile. / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B / DNA gyrase B subunit, C-terminal ...DNA topoisomerase IV subunit A, Gram-positive / DNA topoisomerase 4 subunit B, Firmicutes/Mollicutes / Rossmann fold - #670 / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal repeat / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal / : / DNA gyrase C-terminal domain, beta-propeller / Topoisomerase (Topo) IIA-type catalytic domain profile. / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B / DNA gyrase B subunit, C-terminal / DNA gyrase B subunit, carboxyl terminus / DNA topoisomerase, type IIA, alpha-helical domain superfamily / DNA topoisomerase, type IIA, domain A / DNA topoisomerase, type IIA, domain A, alpha-beta / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A / DNA Topoisomerase IV / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, domain 2 / DNA gyrase B / DNA topoisomerase, type IIA / DNA topoisomerase, type IIA, conserved site / DNA topoisomerase II signature. / TopoisomeraseII / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, C-terminal / Toprim domain / DNA topoisomerase, type IIA-like domain superfamily / Toprim domain profile. / TOPRIM domain / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-AF5 / DNA / DNA (> 10) / DNA topoisomerase 4 subunit A / DNA topoisomerase 4 subunit B
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
Streptococcus pneumoniae serotype 4 (肺炎レンサ球菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.43 Å
データ登録者Laponogov, I. / Pan, X.-S. / Vesekov, D.A. / Cirz, R.T. / Wagman, A.S. / Moser, H.E. / Fisher, L.M. / Sanderson, M.R.
引用ジャーナル: Open Biol / 年: 2016
タイトル: Exploring the active site of the Streptococcus pneumoniae topoisomerase IV-DNA cleavage complex with novel 7,8-bridged fluoroquinolones.
著者: Laponogov, I. / Pan, X.S. / Veselkov, D.A. / Cirz, R.T. / Wagman, A. / Moser, H.E. / Fisher, L.M. / Sanderson, M.R.
履歴
登録2013年5月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年11月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月3日Group: Data collection / Database references / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entity_src_syn
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _pdbx_entity_src_syn.details / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific
改定 1.22020年1月29日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: reflns / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA topoisomerase 4 subunit A
B: DNA topoisomerase 4 subunit A
C: DNA topoisomerase 4 subunit B
D: DNA topoisomerase 4 subunit B
E: E-site DNA1
F: E-site DNA2
G: E-site DNA3
H: E-site DNA4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)185,56816
ポリマ－184,6848
非ポリマー8858
水43224
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)157.830, 157.830, 210.710
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

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DNA topoisomerase 4 subunit ... , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 DNA topoisomerase 4 subunit A / Topoisomerase IV subunit A


分子量: 56455.434 Da / 分子数: 2 / 断片: ParC55, UNP residues 1-488 / 変異: I257T / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
株: ATCC BAA-334 / TIGR4 / 遺伝子: parC, SP_0855 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P72525, EC: 5.99.1.3
#2: タンパク質 DNA topoisomerase 4 subunit B


分子量: 30415.703 Da / 分子数: 2 / 断片: ParE30, UNP residues 404-647 / 変異: V460I, T644A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae serotype 4 (肺炎レンサ球菌)
株: ATCC BAA-334 / TIGR4 / 遺伝子: parE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q59961, EC: 5.99.1.3

-
DNA鎖 , 4種, 4分子 EFGH

#3: DNA鎖 E-site DNA1


分子量: 2121.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: DNA鎖 E-site DNA2


分子量: 3348.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#5: DNA鎖 E-site DNA3


分子量: 2113.410 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#6: DNA鎖 E-site DNA4


分子量: 3358.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 3種, 32分子

#7: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#8: 化合物 ChemComp-AF5 / (7aR,8R)-8-amino-4-cyclopropyl-12-fluoro-1-oxo-4,7,7a,8,9,10-hexahydro-1H-pyrrolo[1',2':1,7]azepino[2,3-h]quinoline-2-carboxylic acid


分子量: 369.390 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H20FN3O3
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.02 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 50 mM Na Cacodylate, 4-7% isopropanol, optimized mixture of salts, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年5月6日
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.43→41.819 Å / Num. all: 41232 / Num. obs: 40043 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.16 % / Rmerge(I) obs: 0.122 / Net I/σ(I): 14.38
反射 シェル解像度: 3.43→3.52 Å / 冗長度: 5.22 % / Rmerge(I) obs: 0.398 / Mean I/σ(I) obs: 6.37 / % possible all: 98.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
GDEデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.43→41.819 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.01 / 位相誤差: 18.46 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1947 2003 5.01 %Random
Rwork0.1541 ---
obs0.1562 40016 97.13 %-
all-40043 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.43→41.819 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10388 730 60 24 11202
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00911462
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2415726
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.5674216
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0771810
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041922
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.43-3.51570.23861340.18252722X-RAY DIFFRACTION98
3.5157-3.61070.19051440.17952688X-RAY DIFFRACTION99
3.6107-3.71690.22671400.16762719X-RAY DIFFRACTION98
3.7169-3.83680.22491450.15572721X-RAY DIFFRACTION98
3.8368-3.97390.16721480.14562688X-RAY DIFFRACTION98
3.9739-4.13280.17961340.13882723X-RAY DIFFRACTION98
4.1328-4.32070.16771470.13142719X-RAY DIFFRACTION98
4.3207-4.54830.15421440.12742710X-RAY DIFFRACTION97
4.5483-4.83290.19871400.13422698X-RAY DIFFRACTION98
4.8329-5.20540.21071470.14792723X-RAY DIFFRACTION97
5.2054-5.7280.20761450.16022728X-RAY DIFFRACTION97
5.728-6.55410.22021440.17312724X-RAY DIFFRACTION97
6.5541-8.24710.17961480.15562740X-RAY DIFFRACTION96
8.2471-41.82170.19421430.16972710X-RAY DIFFRACTION91
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1-0.19930.75850.42533.0454.01872.7454-0.0741-0.02030.10850.4315-0.06690.54090.1342-0.14740.12190.4372-0.0360.01020.34730.04840.250579.475-39.523744.45
23.72260.8317-0.27164.6875-0.15185.31390.057-0.2696-0.05910.0075-0.17940.66440.1283-0.48230.11720.21820.019-0.030.2996-0.0350.298172.4329-61.952327.2819
34.1298-1.54173.88061.6186-2.69615.11610.39371.08590.66540.34050.2003-0.15980.5328-0.2615-0.40450.50710.24250.0450.48630.07460.41868.5561-7.089339.2846
41.1191-0.5001-0.64151.21870.30421.8108-0.1997-0.32960.1411-0.5873-0.20140.36650.068-1.50540.56490.47090.22320.2340.90190.08990.817751.49541.466935.2552
51.44040.2151-0.51532.075-1.10192.86880.00650.1436-0.0048-0.23360.0297-0.0268-0.05670.0402-0.04920.46570.0159-0.02470.2187-0.03510.215684.8462-15.732530.9988
62.6277-2.8756-1.33268.34794.58145.8952-0.0050.49790.15130.56210.0811-0.42580.5657-0.04270.12880.4599-0.05660.0450.42810.07220.203885.1179-51.677444.3646
73.02940.76280.1995.5937-0.95293.3161-0.04210.1325-0.0131-0.07810.1427-0.761-0.44840.6034-0.19630.4984-0.1186-0.00590.3383-0.09760.3779104.820512.477843.5237
81.330.9005-0.62432.8228-1.00412.37580.02650.1847-0.31540.1759-0.0534-0.44170.17230.14090.10520.45880.0952-0.06760.22790.03560.168393.2654-24.467951.9409
90.84720.0513-0.16951.39640.04670.9770.0295-0.17110.10320.32950.0226-0.0354-0.2237-0.0383-0.04130.60320.0515-0.00840.312-0.02670.224986.5114-9.431553.3322
10-0.02610.36680.07585.8753-3.45312.5745-0.0987-0.01640.0412-0.045-0.0689-0.4-0.14030.21360.16060.27430.0492-0.03020.3604-0.08740.230380.6595-41.9395-5.6284
113.09080.8125-1.28724.6690.1564.47060.1175-0.09720.22550.33080.1439-0.29720.31320.2596-0.13230.23960.0665-0.06520.3334-0.01010.218583.3838-63.955813.739
127.2072-2.70035.5752.5893-1.06235.96060.1328-1.31340.0408-0.06820.630.32830.82430.1008-0.35940.4882-0.0630.10430.5382-0.19770.312994.3648-9.7446-3.3022
132.3696-0.78051.10970.350.54798.24280.22670.11590.2670.152-0.0559-0.82550.42541.5388-0.30280.48990.01570.07870.6362-0.09970.7994111.904-2.47130.1021
141.12780.0089-0.19162.51991.11052.8137-0.0539-0.04840.02640.23060.11740.00620.0868-0.03-0.04010.44970.051-0.03660.25470.00220.20177.7992-16.70085.6912
153.74661.8435-0.28036.7819-2.5863.7407-0.1742-0.26250.0113-0.7020.71250.42630.8059-0.409-0.28650.40860.0758-0.04570.3352-0.02320.231773.6115-52.9121-4.5006
162.9640.09790.26344.1253-0.95813.01970.0275-0.10220.12590.21670.19060.334-0.2484-0.371-0.20980.4170.0573-0.07370.28230.09810.390658.857211.0802-9.2108
171.7641-2.2387-0.33173.97320.77960.8439-0.3540.3429-0.2808-0.0681-0.23330.99020.0288-0.34330.27420.5357-0.0871-0.10180.36080.02060.149368.5949-26.2951-14.1018
181.1263-0.32340.76850.6963-0.06371.05680.05670.2850.1739-0.31530.04770.0676-0.05380.0004-0.16660.59460.0059-0.04690.35960.04180.237676.3664-12.3325-17.0101
190.93810.45341.6583.1464.81668.39120.0259-0.9948-1.38790.71370.3583-0.17361.1514-0.7789-0.29220.69290.03130.07520.69040.29711.120153.5553-14.975122.8773
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252.5966-1.1893-1.92371.7711-1.26754.00460.3209-0.21940.5498-0.27460.0084-0.182-0.9280.3526-0.38570.88860.05680.0050.4892-0.12530.459880.04854.60531.9366
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain "A" and resseq 343:382A343 - 382
2X-RAY DIFFRACTION2chain "A" and resseq 383:429A383 - 429
3X-RAY DIFFRACTION3chain "A" and resseq 18:30A18 - 30
4X-RAY DIFFRACTION4chain "A" and resseq 3:17A2 - 17
5X-RAY DIFFRACTION5chain "A" and resseq 31:154A31 - 154
6X-RAY DIFFRACTION6chain "A" and resseq 430:455A430 - 455
7X-RAY DIFFRACTION7chain "A" and resseq 239:322A239 - 322
8X-RAY DIFFRACTION8chain "A" and resseq 456:482A456 - 482
9X-RAY DIFFRACTION9chain "A" and not ( resseq 343:382 or resseq 383:429 or resseq 31:154 or resseq 430:455 or resseq 239:322 or resseq 2:17 or resseq 18:30 or resseq 456:482 )A155 - 238
10X-RAY DIFFRACTION9chain "A" and not ( resseq 343:382 or resseq 383:429 or resseq 31:154 or resseq 430:455 or resseq 239:322 or resseq 2:17 or resseq 18:30 or resseq 456:482 )A323 - 342
11X-RAY DIFFRACTION9chain "A" and not ( resseq 343:382 or resseq 383:429 or resseq 31:154 or resseq 430:455 or resseq 239:322 or resseq 2:17 or resseq 18:30 or resseq 456:482 )A483 - 852
12X-RAY DIFFRACTION10chain "B" and resseq 343:382B343 - 382
13X-RAY DIFFRACTION11chain "B" and resseq 383:429B383 - 429
14X-RAY DIFFRACTION12chain "B" and resseq 18:30B18 - 30
15X-RAY DIFFRACTION13chain "B" and resseq 3:17B2 - 17
16X-RAY DIFFRACTION14chain "B" and resseq 31:154B31 - 154
17X-RAY DIFFRACTION15chain "B" and resseq 430:455B430 - 455
18X-RAY DIFFRACTION16chain "B" and resseq 239:322B239 - 322
19X-RAY DIFFRACTION17chain "B" and resseq 456:482B456 - 482
20X-RAY DIFFRACTION18chain "B" and not ( resseq 343:382 or resseq 383:429 or resseq 31:154 or resseq 430:455 or resseq 239:322 or resseq 2:17 or resseq 18:30 or resseq 456:482 )B155 - 238
21X-RAY DIFFRACTION18chain "B" and not ( resseq 343:382 or resseq 383:429 or resseq 31:154 or resseq 430:455 or resseq 239:322 or resseq 2:17 or resseq 18:30 or resseq 456:482 )B323 - 342
22X-RAY DIFFRACTION18chain "B" and not ( resseq 343:382 or resseq 383:429 or resseq 31:154 or resseq 430:455 or resseq 239:322 or resseq 2:17 or resseq 18:30 or resseq 456:482 )B483 - 840
23X-RAY DIFFRACTION19chain "C" and resseq 539:581C539 - 581
24X-RAY DIFFRACTION20chain "C" and resseq 610:634C610 - 634
25X-RAY DIFFRACTION21chain "C" and not ( resseq 539:581 or resseq 610:634 )C415 - 538
26X-RAY DIFFRACTION21chain "C" and not ( resseq 539:581 or resseq 610:634 )C582 - 609
27X-RAY DIFFRACTION21chain "C" and not ( resseq 539:581 or resseq 610:634 )C635 - 830
28X-RAY DIFFRACTION22chain "D" and resseq 539:581D539 - 581
29X-RAY DIFFRACTION23chain "D" and resseq 610:634D610 - 634
30X-RAY DIFFRACTION24chain "D" and not ( resseq 539:581 or resseq 610:634 )D415 - 538
31X-RAY DIFFRACTION24chain "D" and not ( resseq 539:581 or resseq 610:634 )D582 - 609
32X-RAY DIFFRACTION24chain "D" and not ( resseq 539:581 or resseq 610:634 )D635 - 832
33X-RAY DIFFRACTION25chain "E" or chain "F"E9 - 15
34X-RAY DIFFRACTION26chain "G" or chain "H"G9 - 15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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