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- PDB-4koe: Quinolone(Trovafloxacin)-DNA cleavage complex of type IV topoisom... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4koe
タイトルQuinolone(Trovafloxacin)-DNA cleavage complex of type IV topoisomerase from S. pneumoniae
要素
  • (DNA topoisomerase 4 subunit ...) x 2
  • E-site DNA1
  • E-site DNA2
  • E-site DNA3
  • E-site DNA4
キーワードISOMERASE/DNA/INHIBITOR / PROTEIN-DNA CLEAVAGE COMPLEX / ISOMERASE-DNA-INHIBITOR COMPLEX / TOPOISOMERASE IIA / Quinolone / Trovafloxacin
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / extrinsic component of plasma membrane / DNA topological change / chromosome segregation / chromosome / DNA binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
DNA topoisomerase IV subunit A, Gram-positive / DNA topoisomerase 4 subunit B, Firmicutes/Mollicutes / Rossmann fold - #670 / : / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal repeat / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal / DNA gyrase C-terminal domain, beta-propeller / Topoisomerase (Topo) IIA-type catalytic domain profile. / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B / DNA gyrase B subunit, C-terminal ...DNA topoisomerase IV subunit A, Gram-positive / DNA topoisomerase 4 subunit B, Firmicutes/Mollicutes / Rossmann fold - #670 / : / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal repeat / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal / DNA gyrase C-terminal domain, beta-propeller / Topoisomerase (Topo) IIA-type catalytic domain profile. / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B / DNA gyrase B subunit, C-terminal / DNA gyrase B subunit, carboxyl terminus / DNA topoisomerase, type IIA, alpha-helical domain superfamily / DNA topoisomerase, type IIA, domain A / DNA topoisomerase, type IIA, domain A, alpha-beta / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A / DNA Topoisomerase IV / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, domain 2 / DNA gyrase B / DNA topoisomerase, type IIA / DNA topoisomerase, type IIA, conserved site / DNA topoisomerase II signature. / TopoisomeraseII / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, C-terminal / Toprim domain / DNA topoisomerase, type IIA-like domain superfamily / Toprim domain profile. / TOPRIM domain / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Trovafloxacin / DNA / DNA (> 10) / DNA topoisomerase 4 subunit A / DNA topoisomerase 4 subunit B
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
Streptococcus pneumoniae serotype 4 (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.02 Å
データ登録者Laponogov, I. / Pan, X.-S. / Veselkov, D.A. / Fisher, L.M. / Sanderson, M.R.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Inhibitor-stabilised cleavage complexes of topoisomerase IIa: structural analysis of drug-dependent inter- and intramolecular interactions
著者: Laponogov, I. / Pan, X.-S. / Veselkov, D.A. / Fisher, L.M. / Sanderson, M.R.
履歴
登録2013年5月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年11月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA topoisomerase 4 subunit A
B: DNA topoisomerase 4 subunit A
C: DNA topoisomerase 4 subunit B
D: DNA topoisomerase 4 subunit B
E: E-site DNA1
F: E-site DNA2
G: E-site DNA3
H: E-site DNA4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)185,66216
ポリマ－184,6848
非ポリマー9798
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)158.040, 158.040, 210.420
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

-
DNA topoisomerase 4 subunit ... , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 DNA topoisomerase 4 subunit A / Topoisomerase IV subunit A


分子量: 56455.434 Da / 分子数: 2 / 断片: ParC55, UNP residues 1-488 / 変異: I257T / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
株: ATCC BAA-334 / TIGR4 / 遺伝子: parC, SP_0855 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P72525, EC: 5.99.1.3
#2: タンパク質 DNA topoisomerase 4 subunit B


分子量: 30415.703 Da / 分子数: 2 / 断片: ParE30, UNP residues 404-647 / 変異: V460I, T644A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae serotype 4 (肺炎レンサ球菌)
株: ATCC BAA-334 / TIGR4 / 遺伝子: parE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q59961, EC: 5.99.1.3

-
DNA鎖 , 4種, 4分子 EFGH

#3: DNA鎖 E-site DNA1


分子量: 2121.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: E-site DNA
#4: DNA鎖 E-site DNA2


分子量: 3348.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: E-site DNA
#5: DNA鎖 E-site DNA3


分子量: 2113.410 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: E-site DNA
#6: DNA鎖 E-site DNA4


分子量: 3358.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: E-site DNA

-
非ポリマー , 2種, 8分子

#7: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#8: 化合物 ChemComp-TR6 / Trovafloxacin / 7-[(1R,5S,6s)-6-amino-3-azabicyclo[3.1.0]hex-3-yl]-1-(2,4-difluorophenyl)-6-fluoro-4-oxo-1,4-dihydro-1,8-naphthyridine-3-carboxylic acid / トロバフロキサシン


分子量: 416.353 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H15F3N4O3 / コメント: 抗生剤*YM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.05 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 50 mM Na Cacodylate, 4-7% isopropanol, optimized mixture of salts, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年2月11日
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.02→62.42 Å / Num. all: 60269 / Num. obs: 60245 / % possible obs: 99.96 % / Observed criterion σ(F): -1 / Observed criterion σ(I): -1 / 冗長度: 19.59 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 10.14
反射 シェル解像度: 3.02→3.12 Å / 冗長度: 20.48 % / Rmerge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 1.96 / % possible all: 99.91

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
GDEデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.2_869)精密化
xia2データ削減
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.02→62.42 Å / SU ML: 0.64 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.56 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2101 3024 5.03 %RANDOM
Rwork0.1753 ---
obs0.1771 60105 99.93 %-
all-60147 --
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 36.715 Å2 / ksol: 0.281 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.9238 Å20 Å2-0 Å2
2--4.9238 Å2-0 Å2
3----9.8477 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.02→62.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10309 730 66 0 11105
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00811379
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.20115619
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.194141
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0771791
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051911
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.0201-3.06730.30891310.27112571X-RAY DIFFRACTION100
3.0673-3.11760.28431330.23362574X-RAY DIFFRACTION100
3.1176-3.17130.32421310.22442573X-RAY DIFFRACTION100
3.1713-3.2290.24671510.21072532X-RAY DIFFRACTION100
3.229-3.29110.24841330.20182598X-RAY DIFFRACTION100
3.2911-3.35830.23941260.20392543X-RAY DIFFRACTION100
3.3583-3.43130.25221370.20112590X-RAY DIFFRACTION100
3.4313-3.51110.23271530.19442569X-RAY DIFFRACTION100
3.5111-3.59890.25461210.1892570X-RAY DIFFRACTION100
3.5989-3.69620.25751360.18182558X-RAY DIFFRACTION100
3.6962-3.80490.20491570.17572555X-RAY DIFFRACTION100
3.8049-3.92770.22211550.16412564X-RAY DIFFRACTION100
3.9277-4.06810.20911330.16072586X-RAY DIFFRACTION100
4.0681-4.23090.2041350.14652579X-RAY DIFFRACTION100
4.2309-4.42340.16581480.13762575X-RAY DIFFRACTION100
4.4234-4.65660.16271390.12862590X-RAY DIFFRACTION100
4.6566-4.94820.15921360.13632622X-RAY DIFFRACTION100
4.9482-5.33010.20931480.16152588X-RAY DIFFRACTION100
5.3301-5.86610.26051390.18522632X-RAY DIFFRACTION100
5.8661-6.71410.23421320.20662624X-RAY DIFFRACTION100
6.7141-8.45570.17551210.16362697X-RAY DIFFRACTION100
8.4557-62.4340.17021290.192791X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.37940.5131-0.45069.1824-7.53876.1105-0.0924-0.0645-0.00480.313-0.1611-0.6556-0.09140.22410.16950.4973-0.01830.00550.5376-0.06330.2632-79.604739.585244.4423
22.60550.4277-0.2816.0217-0.61025.91960.2218-0.16070.09370.2126-0.1858-0.6193-0.12210.4696-0.02860.31070.0118-0.01070.52610.00310.3296-72.505462.09227.3551
36.597-2.8586-0.32297.1512-2.3778.80150.49371.4727-0.4277-0.47140.06370.6252-0.88840.2485-0.58590.71930.3158-0.09630.9051-0.13560.4649-68.92286.835839.3903
41.215-0.1091-1.22581.0657-1.16272.7112-0.04990.34080.2196-0.0276-0.3684-0.0989-0.10161.31880.3540.63690.2066-0.30951.5858-0.45061.2403-52.1355-1.858835.7422
52.82981.21710.17843.59520.4413.2214-0.10590.3203-0.0566-0.41640.23850.0295-0.02360.1244-0.12530.64910.02420.03030.37980.01290.2656-84.96615.820731.117
63.3373-3.37361.28322.1762-5.52835.45050.01690.5096-0.03120.53740.11750.0817-0.57080.03950.00090.8-0.0856-0.04970.6498-0.11420.3185-85.275251.702144.3111
74.4142-0.15450.80046.49361.40213.30930.2236-0.211-0.20070.1531-0.02910.78220.3658-0.5624-0.13320.6793-0.16050.03360.57530.09480.445-105.1521-12.367743.4214
83.65093.42411.30198.06732.73032.48520.17840.28160.35740.3589-0.17710.4713-0.1606-0.13060.12840.6930.0940.06580.433-0.03120.3042-93.583324.586751.935
91.71420.350.26942.8550.31381.83170.0665-0.4156-0.19580.7463-0.02360.06480.49760.2769-0.04290.78770.06340.00120.49820.01670.3221-86.92379.198753.8117
100.19370.61450.4177.43834.9774.004-0.11490.05270.0945-0.029-0.16580.57040.2107-0.24220.19380.4930.04160.02680.55270.05520.2852-80.780242.0537-5.6273
112.57631.33932.03356.7624-0.25126.89340.11510.0480.08470.3488-0.01540.4204-0.3476-0.505-0.04330.33990.11770.0580.5437-0.02440.2816-83.475164.130213.7539
122.01760.04721.5588.8662-0.48847.52220.2149-2.1046-0.45611.00090.4427-0.4946-0.8725-0.8963-0.36450.6928-0.1407-0.14110.85840.11520.4076-94.4799.6632-3.4859
137.9463-0.1444-3.31225.4289-0.23548.8048-0.148-0.2019-0.7073-0.2650.46170.6470.2027-1.9996-0.39550.6405-0.0131-0.12131.00990.25651.0196-111.86382.1904-0.2378
142.7276-0.29670.23954.0752-1.38653.6761-0.1155-0.32950.01840.54220.22490.1309-0.2915-0.07-0.09540.60770.050.06970.4083-0.01220.2631-77.925916.85965.5384
154.61013.41621.85542.32885.19146.3072-0.0212-0.01060.1456-0.06370.58480.0211-0.22020.3847-0.44090.66470.1224-0.01270.47680.03370.3479-73.669553.0021-4.4787
165.8658-0.28171.33795.5618-0.52944.22140.13530.0812-0.1070.11070.1507-0.57470.20390.6025-0.27920.49890.0280.05180.4464-0.07620.395-58.901-11.0034-9.3491
172.7684-2.54650.47465.1554-1.3761.7776-0.11230.2662-0.03990.0047-0.2021-0.2103-0.23050.0620.32860.6619-0.07430.08220.4995-0.02510.2733-68.640326.5442-14.1256
180.98580.0684-0.04631.82110.46851.55030.09820.3258-0.1087-0.58840.106-0.04930.2508-0.1693-0.14990.7954-0.00970.01630.5497-0.01590.305-76.425112.2421-17.3803
192.9735.3269-3.64632.0381-5.99292.01230.2714-1.20652.01351.60650.901-1.0295-0.47591.5597-1.21240.85890.0707-0.12661.0217-0.4421.4279-53.693614.870923.1428
201.8320.43160.45154.15460.31033.3209-0.3421-0.6576-0.35830.70520.3313-0.43530.58770.6273-0.08060.9920.4386-0.23451.20650.01950.6497-60.3807-6.17246.6775
211.5640.1457-0.88820.82450.40682.2507-0.3005-0.0381-0.1020.04480.3489-0.46630.51010.6598-0.01350.86080.4023-0.07330.9968-0.20380.6695-57.9967-7.799524.0825
226.6473-5.8302-1.42846.85551.85285.7243-0.2122-0.89810.78530.14491.23570.9733-0.3896-1.0066-0.98360.96050.01620.22121.12150.20841.236-109.431517.221413.5869
237.9944-0.3915-0.04216.87972.94985.9668-0.15921.3386-0.241-1.05760.71870.93150.4093-0.8449-0.43861.0116-0.3498-0.26151.09860.13480.6597-104.3714-2.0263-11.762
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精密化 TLSグループ
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23X-RAY DIFFRACTION19chain "C" and resseq 539:581C539 - 581
24X-RAY DIFFRACTION20chain "C" and resseq 610:634C610 - 634
25X-RAY DIFFRACTION21chain "C" and not ( resseq 539:581 or resseq 610:634 )C415 - 538
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30X-RAY DIFFRACTION24chain "D" and not ( resseq 539:581 or resseq 610:634 )D415 - 538
31X-RAY DIFFRACTION24chain "D" and not ( resseq 539:581 or resseq 610:634 )D582 - 609
32X-RAY DIFFRACTION24chain "D" and not ( resseq 539:581 or resseq 610:634 )D635 - 742
33X-RAY DIFFRACTION25( chain "E" or chain "F" ) and not ( resid 0 or resid 100 )E9 - 15
34X-RAY DIFFRACTION25( chain "E" or chain "F" ) and not ( resid 0 or resid 100 )H - B0 - 502
35X-RAY DIFFRACTION26( chain "G" or chain "H" ) and not ( resid 0 or resid 100 )G9 - 15
36X-RAY DIFFRACTION26( chain "G" or chain "H" ) and not ( resid 0 or resid 100 )F - A0 - 502
37X-RAY DIFFRACTION27( chain "E" or chain "F" ) and ( resid 0 or resid 100 )E9 - 15
38X-RAY DIFFRACTION27( chain "E" or chain "F" ) and ( resid 0 or resid 100 )H - B0 - 502
39X-RAY DIFFRACTION28( chain "G" or chain "H" ) and ( resid 0 or resid 100 )G9 - 15
40X-RAY DIFFRACTION28( chain "G" or chain "H" ) and ( resid 0 or resid 100 )F - A0 - 502

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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