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- PDB-4g67: Crystal structure of a COG1565 superfamily member and likely meth... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4g67
タイトルCrystal structure of a COG1565 superfamily member and likely methyl transferase from Burkholderia thailandensis bound to S-adenosyl-homocysteine
要素Uncharacterized ACR, COG1565 superfamily
キーワードTRANSFERASE / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / methyltransferase superfamily / S-adenosyl methionine / SAM / AdoMet / SAH / AdoHcy / natural inhibitor / candidate essential gene
機能・相同性
機能・相同性情報


S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity / methylation
類似検索 - 分子機能
Rossmann fold - #12710 / Protein arginine methyltransferase NDUFAF7 / Protein arginine methyltransferase NDUFAF7 superfamily / Putative S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / Uncharacterized ACR, COG1565 superfamily
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia thailandensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Combining functional and structural genomics to sample the essential Burkholderia structome.
著者: Baugh, L. / Gallagher, L.A. / Patrapuvich, R. / Clifton, M.C. / Gardberg, A.S. / Edwards, T.E. / Armour, B. / Begley, D.W. / Dieterich, S.H. / Dranow, D.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / ...著者: Baugh, L. / Gallagher, L.A. / Patrapuvich, R. / Clifton, M.C. / Gardberg, A.S. / Edwards, T.E. / Armour, B. / Begley, D.W. / Dieterich, S.H. / Dranow, D.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / Fox, D. / Staker, B.L. / Phan, I. / Gillespie, A. / Choi, R. / Nakazawa-Hewitt, S. / Nguyen, M.T. / Napuli, A. / Barrett, L. / Buchko, G.W. / Stacy, R. / Myler, P.J. / Stewart, L.J. / Manoil, C. / Van Voorhis, W.C.
履歴
登録2012年7月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年8月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月30日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized ACR, COG1565 superfamily
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,8076
ポリマ－46,1071
非ポリマー7015
水6,575365
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.630, 74.550, 111.790
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized ACR, COG1565 superfamily


分子量: 46106.762 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia thailandensis (バクテリア)
株: E264 / 遺伝子: BTH I0294, BTH_I0294 / プラスミド: pAVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2T1U7
#2: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 365 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.35 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.8
詳細: ButhA.17973.a.A1 PS01383 at 20 mg/mL with 2 mM SAH against JCSG+ H7 focus screen, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M BisTris, 18% PEG 3350 and 15% ethylene glycol as cryo-protectant, crystal ...詳細: ButhA.17973.a.A1 PS01383 at 20 mg/mL with 2 mM SAH against JCSG+ H7 focus screen, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M BisTris, 18% PEG 3350 and 15% ethylene glycol as cryo-protectant, crystal tracking ID 234263h3, unique puck ID xgv5-2, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.977408 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.977408 Å / 相対比: 1
反射最高解像度: 1.8 Å / Num. obs: 35828 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 21.529 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 13.31
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
1.8-1.850.5222.549752239791.2
1.85-1.90.4163.5612128254898.2
1.9-1.950.3774.5914255247299.7
1.95-2.010.3065.6214273242999.9
2.01-2.080.2427.1114189238999.9
2.08-2.150.2038.4313453223999.7
2.15-2.230.1829.54132502204100
2.23-2.320.15111.0812685211799.8
2.32-2.430.14111.6512371205599.9
2.43-2.550.11514.1811785195899.8
2.55-2.680.10714.7111271187499.7
2.68-2.850.09217.0210471175099.9
2.85-3.040.07919.299898167399.9
3.04-3.290.06621.639058155599.7
3.29-3.60.054268144142199.8
3.6-4.030.04828.657325131499.8
4.03-4.650.04331.796366117299.2
4.65-5.690.04430.47532799699.4
5.69-8.050.04229.45437079499.5
8.050.03233.86234947199.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å45.63 Å
Translation3 Å45.63 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.3.0位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→44.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 4.269 / SU ML: 0.071 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.116 / ESU R Free: 0.114 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1982 1783 5 %RANDOM
Rwork0.1586 ---
obs0.1605 35827 99.04 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 51.55 Å2 / Biso mean: 16.5289 Å2 / Biso min: 6.71 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.56 Å2-0 Å20 Å2
2---1.01 Å2-0 Å2
3---1.57 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→44.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2869 0 44 365 3278
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0193020
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022820
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5211.9684114
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.81836442
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6215400
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.39522.256133
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.41915429
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.2181529
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2454
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0213520
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02727
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.294 106 -
Rwork0.238 2285 -
all-2391 -
obs--91.19 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2018-0.15220.06410.23670.05290.3873-0.02160.02950.04240.0211-0.00960.00140.03650.02010.03110.02670.0013-0.00640.02410.00110.043828.8506-5.4201-30.0043
20.75240.1094-0.03230.5618-0.07230.271-0.0128-0.06590.01530.06260.0147-0.04180.0057-0.0104-0.00190.05030.009-0.00840.04050.00810.008314.0669-9.2635-7.9248
30.951-0.3663-0.21050.14460.11510.40360.03810.1231-0.0366-0.0057-0.04210.01420.09050.00840.0040.0713-0.0043-0.00490.0339-0.00180.002516.6224-15.1153-42.6242
40.12650.0353-0.1750.27590.00530.26240.00530.0195-0.00050.0179-0.01080.0017-0.0036-0.04190.00540.03460.003-0.00890.03750.01120.02496.2014-7.0549-22.7708
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A24 - 89
2X-RAY DIFFRACTION2A90 - 192
3X-RAY DIFFRACTION3A193 - 250
4X-RAY DIFFRACTION4A251 - 410

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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