PDB-3v8h: Crystal structure of Thymidylate Synthase from Burkholderia thail...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3v8h

タイトル

Crystal structure of Thymidylate Synthase from Burkholderia thailandensis

要素

Thymidylate synthase

キーワード

TRANSFERASE / SSGCID / Thymidylate synthase / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

thymidylate synthase / thymidylate synthase activity / dTMP biosynthetic process / dTTP biosynthetic process / methylation / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Burkholderia thailandensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Combining functional and structural genomics to sample the essential Burkholderia structome.
著者: Baugh, L. / Gallagher, L.A. / Patrapuvich, R. / Clifton, M.C. / Gardberg, A.S. / Edwards, T.E. / Armour, B. / Begley, D.W. / Dieterich, S.H. / Dranow, D.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / ...

履歴

登録	2011年12月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年1月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年10月9日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3v8h.cif.gz	497.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3v8h.ent.gz	409 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3v8h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3v8h_validation.pdf.gz	482.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3v8h_full_validation.pdf.gz	491.5 KB	表示
XML形式データ	3v8h_validation.xml.gz	56.2 KB	表示
CIF形式データ	3v8h_validation.cif.gz	83.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v8/3v8h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v8/3v8h	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3d63C 3dahC 3eizC 3ej2C 3ek2C 3ezoC 3f0fC 3ftpC 3gk0C 3gk3C 3gvfC 3gwaC 3gweC 3imlC 3sz8C 3t4cC 3tmlC 3tmqC 3txyC 3u7jC 3ue9C 3uk1C 3uk2C 3undC 3uptC 3urrC 3uw1C 3uw2C 3uw3C 3v2iC 3v7nC 3v9oC 3v9pC 3vavC 4ddoC 4dfeC 4dheC 4dhkC 4dutC 4dz4C 4e4tC 4efiC 4eg0C 4egjC 4ek2C 4eqyC 4ewgC 4exqC 4f2gC 4f32C 4f3nC 4f3yC 4f4hC 4f7dC 4fk8C 4fryC 4g1kC 4g67C 4ghkC 4h3yC 4h3zC 4h4gC 1tisS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6stw-d 6stu-1 6hzp-d 6stu-2 3cnc-1 6h7u-d 4xni-d 5oxp-d 4ikz-d 1b41-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: ButhA.01181.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Thymidylate synthase

B: Thymidylate synthase

C: Thymidylate synthase

D: Thymidylate synthase

ヘテロ分子

149 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Thymidylate synthase

D: Thymidylate synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
74.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Thymidylate synthase

C: Thymidylate synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
74.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.060, 107.690, 117.240
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 98.060, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Thymidylate synthase / TS / TSase 分子量: 36967.008 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia thailandensis (バクテリア) 株: E264/ATCC 700388/DSM 13276/CIP 106301 / 遺伝子: thyA, BTH_I1680 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q2SXY2, thymidylate synthase
#2: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1162 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.73 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: Internal tracking number 225920_a2. JCSG well A2. 0.1M Ammonium Citric / Citric Acid pH 5.5, 20% w/v PEG 3,000, 25% Ethylene Glycol as Cryo. Protein ButhA.01181.a.A1 PS01191 51.93mg/ml., ...詳細: Internal tracking number 225920_a2. JCSG well A2. 0.1M Ammonium Citric / Citric Acid pH 5.5, 20% w/v PEG 3,000, 25% Ethylene Glycol as Cryo. Protein ButhA.01181.a.A1 PS01191 51.93mg/ml., vapor diffusion, sitting drop, temperature 290K

結晶

マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.73 %

結晶化

温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: Internal tracking number 225920_a2. JCSG well A2. 0.1M Ammonium Citric / Citric Acid pH 5.5, 20% w/v PEG 3,000, 25% Ethylene Glycol as Cryo. Protein ButhA.01181.a.A1 PS01191 51.93mg/ml., ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.9774 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月11日

放射

モノクロメーター: Si(220) Asymmetric cut single crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9774 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.65→49.51 Å / Num. all: 174129 / Num. obs: 166030 / % possible obs: 95.3 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.82 % / B_iso Wilson estimate: 25.782 Å² / R_merge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 14.95

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	% possible all
1.65-1.69		0.53	2.5	51145	11735	91.4
1.69-1.74		0.441	3.1	52113	11588	92.5
1.74-1.79		0.364	3.8	52746	11372	93.2
1.79-1.84		0.288	4.9	52829	11078	93.9
1.84-1.91		0.231	6.1	52833	10836	94.4
1.91-1.97		0.172	8.3	51860	10517	95
1.97-2.05		0.141	10.2	50886	10223	95.3
2.05-2.13		0.117	12.4	49035	9838	95.7
2.13-2.22		0.098	14.7	47399	9470	96.2
2.22-2.33		0.085	16.7	45584	9148	96.4
2.33-2.46		0.076	18.3	43534	8736	96.8
2.46-2.61		0.065	20.9	40820	8251	97.2
2.61-2.79		0.058	23.1	38456	7797	97.3
2.79-3.01		0.05	26.1	35590	7263	97.4
3.01-3.3		0.043	29.2	32560	6717	97.8
3.3-3.69		0.039	32.1	28363	6044	97.1
3.69-4.26		0.034	34.7	25727	5382	98.1
4.26-5.22		0.03	36.8	22743	4578	98.4
5.22-7.38		0.03	35.6	17983	3577	98.6
	7.38	0.026	37.9	9214	1880	92.7

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	19.84 Å
Translation	2.5 Å	19.84 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC	5.6.0117	精密化
PDB_EXTRACT	3.004	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1tis

1tis

解像度: 1.65→49.51 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.949 / SU B: 3.346 / SU ML: 0.058 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 2 / ESU R: 0.092 / ESU R Free: 0.091 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.203	8295	5 %	RANDOM
R_work	0.175	-	-	-
all	0.178	174129	-	-
obs	0.177	166030	95.37 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.469 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.53 Å²	0 Å²	0.4 Å²
2-	-	-0.15 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.26 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→49.51 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9470	0	63	1162	10695

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.019	9894
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	6772
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.506	1.954	13473
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.923	3	16300
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.007	5	1232
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.003	22.656	482
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.869	15	1538
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.338	15	99
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	1456
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	11190
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2245

LS精密化シェル

解像度: 1.65→1.693 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.302	598	-
R_work	0.28	10928	-
all	-	11526	-
obs	-	-	91.14 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7776	1.038	0.5221	2.2692	0.4725	1.9867	-0.1222	0.0878	0.0354	-0.2333	0.1544	0.2787	-0.5508	-0.2306	-0.0322	0.1893	0.0467	-0.0416	0.0973	0.0341	0.0938	24.5604	56.0155	98.4643
2	0.143	-0.0035	-0.1045	0.4636	-0.4284	1.2231	-0.0161	0.0399	-0.044	-0.0031	-0.0213	-0.0269	0.0264	0.0711	0.0374	0.0327	-0.0004	0.0015	0.0431	-0.0065	0.0426	44.0774	33.2223	106.8275
3	0.441	0.1807	0.0117	0.4449	0.0228	0.855	-0.0476	0.0351	-0.0617	-0.0857	0.046	0.0961	-0.0252	-0.1149	0.0016	0.0209	-0.0188	-0.0138	0.0647	-0.002	0.0921	25.1814	40.0211	103.2298
4	2.1339	2.0777	-1.0219	3.61	-0.3789	1.7249	-0.2834	0.0511	-0.0751	-0.3164	0.1529	-0.4381	0.6366	0.3969	0.1305	0.3073	0.1666	0.142	0.2111	0.0295	0.1699	14.0789	27.3557	46.5629
5	0.1002	-0.0937	-0.1053	0.4592	0.1764	1.1877	0.0189	0.0408	0.0381	-0.0207	-0.0135	-0.0395	-0.0284	0.0006	-0.0054	0.0195	-0.01	0.0049	0.0502	0.002	0.043	-4.9969	49.2999	50.9517
6	0.3649	0.3488	-0.4678	0.8297	-0.3535	1.6218	-0.06	0.0003	0.0349	-0.1106	0.0098	-0.1996	0.207	0.2611	0.0501	0.0416	0.0154	0.0303	0.1441	0.0145	0.173	14.4367	43.1163	48.9336
7	1.2399	1.369	-0.0105	3.1107	0.9343	1.2257	0.1341	-0.2285	-0.1934	0.2903	-0.0665	-0.4793	0.232	0.388	-0.0677	0.0776	0.0531	-0.0538	0.184	0.0379	0.1323	13.9973	30.0034	69.9301
8	0.0786	-0.0109	0.0497	0.2247	0.0691	1.0088	-0.0292	0.0109	-0.0098	0.0669	0.0051	0.068	0.0385	-0.0115	0.0241	0.0486	-0.0136	0.0068	0.0367	-0.0013	0.0415	-12.7482	39.5201	63.799
9	0.969	0.1904	-0.6111	1.0758	0.0878	0.7323	-0.0295	-0.0745	-0.0238	0.1374	-0.0053	-0.0059	0.1493	0.0963	0.0348	0.085	0.0078	0.0073	0.0224	-0.0059	0.0264	-3.3403	22.4867	65.514
10	2.9199	3.8226	0.2119	5.7204	0.1965	0.526	0.1837	-0.1202	0.3265	0.2526	-0.1954	0.5929	-0.1626	-0.2894	0.0117	0.0775	0.0864	0.0382	0.176	-0.0243	0.1754	17.6982	55.0649	119.8689
11	0.1312	0.0424	-0.1796	0.2675	-0.0226	0.7125	-0.0229	0.005	-0.0091	0.0972	0.0081	-0.0618	-0.0459	0.0258	0.0148	0.0727	-0.0056	-0.0064	0.0394	0.0001	0.0565	45.1616	44.0246	122.9633
12	0.4838	0.2065	0.4103	0.9067	0.0804	0.7837	-0.0101	-0.0465	0.0261	0.1309	-0.0126	0.0601	-0.157	-0.0997	0.0227	0.08	0.0061	0.008	0.0276	0.0023	0.0457	34.8413	60.7894	122.3287

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 50
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	51 - 157
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	158 - 314
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	1 - 50
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	51 - 188
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	189 - 314
7	X-RAY DIFFRACTION	7	C	2 - 51
8	X-RAY DIFFRACTION	8	C	52 - 192
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	193 - 310
10	X-RAY DIFFRACTION	10	D	2 - 42
11	X-RAY DIFFRACTION	11	D	43 - 193
12	X-RAY DIFFRACTION	12	D	194 - 310

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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