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- PDB-3uv2: Crystal structure of the bromodomain of human nucleosome-remodeli... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3uv2
タイトルCrystal structure of the bromodomain of human nucleosome-remodeling factor subunit BPTF
要素bromodomain of human nucleosome-remodeling factor subunit BPTF
キーワードTRANSCRIPTION / Bromodomain / BPTF / FALZ / FAC1 / Bromodomain and PHD finger-containing transcription factor / Fetal Alz-50 clone 1 protein / Fetal Alzheimer antigen / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


NURF complex / endoderm development / anterior/posterior pattern specification / ATPase complex / embryonic placenta development / : / cellular response to nerve growth factor stimulus / brain development / cell body / sequence-specific DNA binding ...NURF complex / endoderm development / anterior/posterior pattern specification / ATPase complex / embryonic placenta development / : / cellular response to nerve growth factor stimulus / brain development / cell body / sequence-specific DNA binding / chromatin remodeling / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / dendrite / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / perinuclear region of cytoplasm / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular exosome / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nucleosome-remodeling factor subunit BPTF / DDT domain / DDT domain / WHIM2 domain / Williams-Beuren syndrome DDT (WSD), D-TOX E motif / DDT domain profile. / domain in different transcription and chromosome remodeling factors / Zinc finger, PHD-type, conserved site / PHD-finger / Zinc finger PHD-type signature. ...Nucleosome-remodeling factor subunit BPTF / DDT domain / DDT domain / WHIM2 domain / Williams-Beuren syndrome DDT (WSD), D-TOX E motif / DDT domain profile. / domain in different transcription and chromosome remodeling factors / Zinc finger, PHD-type, conserved site / PHD-finger / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / bromo domain / Bromodomain (BrD) profile. / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-7PE / Nucleosome-remodeling factor subunit BPTF
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.58 Å
データ登録者Filippakopoulos, P. / Picaud, S. / Keates, T. / Ugochukwu, E. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Weigelt, J. / Bountra, C. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2012
タイトル: Histone recognition and large-scale structural analysis of the human bromodomain family.
著者: Filippakopoulos, P. / Picaud, S. / Mangos, M. / Keates, T. / Lambert, J.P. / Barsyte-Lovejoy, D. / Felletar, I. / Volkmer, R. / Muller, S. / Pawson, T. / Gingras, A.C. / Arrowsmith, C.H. / Knapp, S.
履歴
登録2011年11月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年1月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年4月11日Group: Database references
改定 1.22018年1月31日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: bromodomain of human nucleosome-remodeling factor subunit BPTF
A: 2-(2-(2-(2-(2-(2-ETHOXYETHOXY)ETHOXY)ETHOXY)ETHOXY)ETHOXY)ETHANOL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,1252
ポリマ－14,8151
非ポリマー3101
水3,675204
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)27.141, 66.809, 39.259
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 106.160, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 bromodomain of human nucleosome-remodeling factor subunit BPTF / Bromodomain and PHD finger-containing transcription factor


分子量: 14814.816 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 2914-3037 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BPTF, FAC1, FALZ / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-R3 / 参照: UniProt: Q12830
#2: 化合物 ChemComp-7PE / 2-(2-(2-(2-(2-(2-ETHOXYETHOXY)ETHOXY)ETHOXY)ETHOXY)ETHOXY)ETHANOL / POLYETHYLENE GLYCOL FRAGMENT / 3,6,9,12,15,18-ヘキサオキサイコサン-1-オ-ル


分子量: 310.384 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H30O7
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 204 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.7 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.10M Na/KPO4, 20.0% PEG 3350, 10.0% EtGly, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.52 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年7月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.52 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 3.7 % / Av σ(I) over netI: 12.9 / 数: 63353 / Rsym value: 0.05 / D res high: 1.58 Å / D res low: 20.551 Å / Num. obs: 17223 / % possible obs: 93.3
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsRsym valueRedundancy
520.5597.910.0210.0213.6
3.53599.510.0210.0213.7
2.883.5398.110.0310.0313.8
2.52.8897.710.040.043.7
2.232.596.810.0520.0523.7
2.042.2395.710.0730.0733.7
1.892.0494.810.1230.1233.7
1.771.8993.710.1940.1943.7
1.671.7792.710.3330.3333.7
1.581.6779.510.5180.5183.4
反射解像度: 1.58→25 Å / Num. all: 18460 / Num. obs: 17223 / % possible obs: 93.3 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 19.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Rsym value: 0.05 / Net I/σ(I): 15.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.58-1.673.40.5181.5707421020.51879.5
1.67-1.773.70.3332.3875123580.33392.7
1.77-1.893.70.1944831422390.19493.7
1.89-2.043.70.1236.1792121240.12394.8
2.04-2.233.70.0739.9728019540.07395.7
2.23-2.53.70.05214.1677818140.05296.8
2.5-2.883.70.0417.3597415950.0497.7
2.88-3.533.80.03121.2512913660.03198.1
3.53-53.70.02130.6399210790.02199.5
5-20.5513.60.0212621405920.02197.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 54.33 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å20.55 Å
Translation2.5 Å20.55 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.20データスケーリング
PHASER2.1.2位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
CrystalClearデータ収集
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Ensemble of 2NXB, 2OO1, 2OSS, 2OUO, 2RFJ, 3DAI

2nxb

2oo1

2oss

2ouo

2rfj

3dai


解像度: 1.58→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / WRfactor Rfree: 0.1957 / WRfactor Rwork: 0.1488 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.2 / FOM work R set: 0.8933 / SU B: 2.9 / SU ML: 0.053 / SU R Cruickshank DPI: 0.088 / SU Rfree: 0.0946 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.088 / ESU R Free: 0.095 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.209 881 5.1 %RANDOM
Rwork0.1623 ---
all0.1647 18457 --
obs0.1647 17222 93.31 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 77.14 Å2 / Biso mean: 18.3808 Å2 / Biso min: 7.35 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.23 Å20 Å20.59 Å2
2---0.51 Å20 Å2
3---0.61 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.58→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数983 0 10 204 1197
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.021058
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02761
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6711.9831427
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9573.0021834
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9675120
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.2523.70454
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.55315193
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.842158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.2152
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0211135
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02221
LS精密化 シェル解像度: 1.58→1.621 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.488 44 -
Rwork0.499 864 -
all-908 -
obs--68.74 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 10.9029 Å / Origin y: 11.9298 Å / Origin z: 7.5454 Å
111213212223313233
T0.0387 Å20.0017 Å20.0099 Å2-0.0581 Å20.0007 Å2--0.0409 Å2
L0.2498 °2-0.0774 °2-0.0824 °2-0.8681 °20.0109 °2--0.197 °2
S-0.0036 Å °-0.0048 Å °0.0049 Å °-0.0021 Å °0.0201 Å °0.0045 Å °-0.0072 Å °-0.009 Å °-0.0165 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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