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万見
- PDB-5m9m: Human angiogenin PD variant Q77P -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5m9m
タイトルHuman angiogenin PD variant Q77P
要素Angiogenin
キーワードHYDROLASE / Parkinson's / RNase / angiogenesis
機能・相同性
機能・相同性情報


angiogenin-PRI complex / negative regulation of translation in response to stress / tRNA-specific ribonuclease activity / tRNA-derived small RNA (tsRNA or tRNA-related fragment, tRF) biogenesis / tRNA decay / signaling / cell communication / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / Adherens junctions interactions / oocyte maturation ...angiogenin-PRI complex / negative regulation of translation in response to stress / tRNA-specific ribonuclease activity / tRNA-derived small RNA (tsRNA or tRNA-related fragment, tRF) biogenesis / tRNA decay / signaling / cell communication / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / Adherens junctions interactions / oocyte maturation / homeostatic process / hematopoietic stem cell proliferation / rRNA transcription / basement membrane / positive regulation of phosphorylation / endocytic vesicle / RNA nuclease activity / ovarian follicle development / response to hormone / positive regulation of endothelial cell proliferation / actin filament polymerization / peptide binding / RNA endonuclease activity / stress granule assembly / placenta development / positive regulation of protein secretion / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / cytoplasmic stress granule / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / antibacterial humoral response / cell migration / heparin binding / actin cytoskeleton / chromosome / ribosome binding / growth cone / actin binding / angiogenesis / endonuclease activity / response to hypoxia / defense response to Gram-positive bacterium / rRNA binding / receptor ligand activity / copper ion binding / signaling receptor binding / innate immune response / neuronal cell body / negative regulation of apoptotic process / nucleolus / signal transduction / protein homodimerization activity / extracellular space / DNA binding / extracellular region / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
P-30 Protein / Ribonuclease A-like domain / Pancreatic ribonuclease / Ribonuclease A, active site / Ribonuclease A-domain / Ribonuclease A-like domain superfamily / Pancreatic ribonuclease / Pancreatic ribonuclease family signature. / Pancreatic ribonuclease / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIETHYLENE GLYCOL / Angiogenin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Bradshaw, W.J. / Rehman, S. / Pham, T.T.K. / Thiyagarajan, N. / Lee, R.L. / Subramanian, V. / Acharya, K.R.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Wellcome Trust083191 英国
Wellcome Trust088464 英国
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Structural insights into human angiogenin variants implicated in Parkinson's disease and Amyotrophic Lateral Sclerosis.
著者: Bradshaw, W.J. / Rehman, S. / Pham, T.T. / Thiyagarajan, N. / Lee, R.L. / Subramanian, V. / Acharya, K.R.
履歴
登録2016年11月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Angiogenin
B: Angiogenin
C: Angiogenin
D: Angiogenin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,98723
ポリマ－57,0774
非ポリマー1,91119
水5,945330
1
A: Angiogenin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,9457
ポリマ－14,2691
非ポリマー6766
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Angiogenin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,4613
ポリマ－14,2691
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Angiogenin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,7787
ポリマ－14,2691
非ポリマー5086
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Angiogenin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,8046
ポリマ－14,2691
非ポリマー5345
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)50.170, 50.337, 62.190
Angle α, β, γ (deg.)103.42, 103.59, 110.40
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Angiogenin / Ribonuclease 5 / RNase 5


分子量: 14269.219 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANG, RNASE5 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P03950, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ

-
非ポリマー , 5種, 349分子

#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL


分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-BTB / 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / BIS-TRIS BUFFER


分子量: 209.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H19NO5 / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 330 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.73 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.2 M ammonium sulphate 0.1 M bis-tris methane 25% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年5月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→56.8 Å / Num. obs: 60548 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 14.8 % / CC1/2: 0.988 / Net I/σ(I): 7.3
反射 シェル解像度: 1.65→1.68 Å / 冗長度: 10.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 2326 / CC1/2: 0.622 / % possible all: 70.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0155精密化
XDSデータ削減
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1ANG

1ang


解像度: 1.65→56.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.921 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.89 / SU B: 2.987 / SU ML: 0.101 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.128 / ESU R Free: 0.125 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27046 2002 3.3 %RANDOM
Rwork0.23167 ---
obs0.23296 58537 96.62 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.922 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.64 Å21.27 Å2-0.16 Å2
2--0.51 Å20.19 Å2
3----0.69 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.65→56.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3814 0 107 330 4251
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0194155
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023877
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4981.9475620
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.97138922
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4315509
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.71421.875208
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.5815702
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.0581552
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.2582
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0214647
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021065
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4632.0791953
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.4632.0791952
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.3653.112444
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.3653.1112445
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.6922.4062202
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.6912.4062202
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.6673.5053161
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.51424.784493
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.49624.5684444
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.693 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.38 108 -
Rwork0.305 3281 -
obs--72.6 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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