[日本語] English
万見
- PDB-4qfi: The crystal structure of rat angiogenin-heparin complex -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qfi
タイトルThe crystal structure of rat angiogenin-heparin complex
要素Angiogenin
キーワードHYDROLASE / catalytic / angiogenesis / Heparin
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA destabilization / angiogenin-PRI complex / cell growth involved in cardiac muscle cell development / negative regulation of translation in response to stress / tRNA-specific ribonuclease activity / signaling / cardiac muscle hypertrophy / cellular response to osmotic stress / hematopoietic stem cell proliferation / renal absorption ...tRNA destabilization / angiogenin-PRI complex / cell growth involved in cardiac muscle cell development / negative regulation of translation in response to stress / tRNA-specific ribonuclease activity / signaling / cardiac muscle hypertrophy / cellular response to osmotic stress / hematopoietic stem cell proliferation / renal absorption / rRNA transcription / basement membrane / negative regulation of cellular senescence / positive regulation of phosphorylation / endocytic vesicle / RNA nuclease activity / response to hormone / positive regulation of endothelial cell proliferation / actin filament polymerization / peptide binding / stress granule assembly / angiotensin-activated signaling pathway / positive regulation of protein secretion / cellular response to glucose stimulus / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / liver development / cellular response to mechanical stimulus / cytoplasmic stress granule / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / antibacterial humoral response / cell migration / heparin binding / ribosome binding / growth cone / actin binding / endonuclease activity / angiogenesis / gene expression / nucleic acid binding / response to hypoxia / defense response to Gram-positive bacterium / receptor ligand activity / copper ion binding / signaling receptor binding / innate immune response / neuronal cell body / negative regulation of apoptotic process / nucleolus / signal transduction / protein homodimerization activity / extracellular space / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
P-30 Protein / Ribonuclease A-like domain / Pancreatic ribonuclease / Ribonuclease A, active site / Ribonuclease A-domain / Ribonuclease A-like domain superfamily / Pancreatic ribonuclease / Pancreatic ribonuclease family signature. / Pancreatic ribonuclease / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / Angiogenin
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.784 Å
データ登録者Yeo, K.J. / Hwang, E. / Min, K.M. / Hwang, K.Y. / Jeon, Y.H. / Chang, S.I. / Cheong, H.K.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of rat angiogenin-heparin complex
著者: Yeo, K.J. / Hwang, E. / Min, K.M. / Hwang, K.Y. / Jeon, Y.H. / Chang, S.I. / Cheong, H.K.
履歴
登録2014年5月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年8月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Angiogenin
B: Angiogenin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,4578
ポリマ－28,0862
非ポリマー3716
水4,179232
1
A: Angiogenin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,2284
ポリマ－14,0431
非ポリマー1863
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Angiogenin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,2284
ポリマ－14,0431
非ポリマー1863
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.039, 43.674, 154.422
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Angiogenin


分子量: 14042.957 Da / 分子数: 2 / 断片: Catalytic domain, UNP residues 24-145 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Ang, Ang1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5WRG2
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-ACY / ACETIC ACID


分子量: 60.052 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 232 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.39 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 24% PEG 8,000, 5mM zinc acetate, 100mM sodium cacodylate (pH 6.5), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 0.9788 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月22日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9788 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.78→50 Å / Num. obs: 28081 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 3
反射 シェル解像度: 1.78→1.83 Å / % possible all: 98.5

-
解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.7.1_743) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2BWK

2bwk


解像度: 1.784→33.302 Å / SU ML: 0.22 / σ(F): 1.46 / 位相誤差: 24.38 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2534 2000 7.14 %
Rwork0.2315 --
obs0.233 28020 97.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.452 Å2-0 Å20 Å2
2---4.2123 Å2-0 Å2
3---4.6642 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.784→33.302 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1826 0 18 232 2076
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081892
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0582535
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.815715
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.039254
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005341
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.784-1.82890.34541230.30181619X-RAY DIFFRACTION87
1.8289-1.87840.32081500.28051845X-RAY DIFFRACTION99
1.8784-1.93360.27171400.27361829X-RAY DIFFRACTION99
1.9336-1.9960.30141390.25841854X-RAY DIFFRACTION99
1.996-2.06740.24481410.24671857X-RAY DIFFRACTION99
2.0674-2.15010.26541380.24321845X-RAY DIFFRACTION99
2.1501-2.2480.25521430.24781868X-RAY DIFFRACTION99
2.248-2.36640.2751490.25131853X-RAY DIFFRACTION99
2.3664-2.51470.26211380.25851860X-RAY DIFFRACTION99
2.5147-2.70870.2831520.26261898X-RAY DIFFRACTION99
2.7087-2.98120.26181420.24841879X-RAY DIFFRACTION100
2.9812-3.41220.25731480.22791893X-RAY DIFFRACTION98
3.4122-4.29750.21571410.20571874X-RAY DIFFRACTION96
4.2975-33.30790.23621560.19952046X-RAY DIFFRACTION99

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る