PDB-3und: Substrate-bound crystal structure of 2-dehydro-3-deoxyphosphoocto...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3und

タイトル

Substrate-bound crystal structure of 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase from Burkholderia pseudomallei

要素

2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase 2

キーワード

TRANSFERASE / SSGCID / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase / 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase activity / keto-3-deoxy-D-manno-octulosonic acid biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Combining functional and structural genomics to sample the essential Burkholderia structome.
著者: Baugh, L. / Gallagher, L.A. / Patrapuvich, R. / Clifton, M.C. / Gardberg, A.S. / Edwards, T.E. / Armour, B. / Begley, D.W. / Dieterich, S.H. / Dranow, D.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / ...

履歴

登録	2011年11月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年11月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年10月9日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3und.cif.gz	444.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3und.ent.gz	365 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3und.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3und_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3und_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	3und_validation.xml.gz	50.6 KB	表示
CIF形式データ	3und_validation.cif.gz	71.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/un/3und ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/un/3und	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3d63C 3dahC 3eizC 3ej2C 3ek2C 3ezoC 3f0fC 3ftpC 3gk0C 3gk3C 3gvfC 3gwaC 3gweC 3imlC 3sz8C 3t4cC 3tmlC 3tmqSC 3txyC 3u7jC 3ue9C 3uk1C 3uk2C 3uptC 3urrC 3uw1C 3uw2C 3uw3C 3v2iC 3v7nC 3v8hC 3v9oC 3v9pC 3vavC 4ddoC 4dfeC 4dheC 4dhkC 4dutC 4dz4C 4e4tC 4efiC 4eg0C 4egjC 4ek2C 4eqyC 4ewgC 4exqC 4f2gC 4f32C 4f3nC 4f3yC 4f4hC 4f7dC 4fk8C 4fryC 4g1kC 4g67C 4ghkC 4h3yC 4h3zC 4h4gC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2nxh-2 2nxg-1 1t8x-1 1g7v-2 1jcy-1 2nxi-2 2nwr-1 1fws-1 2nx3-2 6bng-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: BupsA.00102.a

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase 2

B: 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase 2

C: 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase 2

D: 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase 2

ヘテロ分子

125 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.840, 146.240, 178.940
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase 2 / 3-deoxy-D-manno-octulosonic acid 8-phosphate synthase 2 / KDO-8-phosphate synthase 2 / Phospho-2- ...3-deoxy-D-manno-octulosonic acid 8-phosphate synthase 2 / KDO-8-phosphate synthase 2 / Phospho-2-dehydro-3-deoxyoctonate aldolase 2 分子量: 30485.184 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌) 株: 1710b / 遺伝子: kdsA, kdsA2, BURPS1710b_3264 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q3JP68, 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase

#1: タンパク質

2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase 2 / 3-deoxy-D-manno-octulosonic acid 8-phosphate synthase 2 / KDO-8-phosphate synthase 2 / Phospho-2- ...

分子量: 30485.184 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)
株: 1710b / 遺伝子: kdsA, kdsA2, BURPS1710b_3264 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q3JP68, 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase

-
非ポリマー , 5種, 715分子

#2: 化合物	ChemComp-A5P / ARABINOSE-5-PHOSPHATE / D-アラビニト-ル5-りん酸分子量: 232.126 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₃O₈P
#3: 化合物	ChemComp-PEP / PHOSPHOENOLPYRUVATE / ホスホエノ-ルピルビン酸分子量: 168.042 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₅O₆P
#4: 化合物	ChemComp-KD0 / 3-deoxy-8-O-phosphono-D-manno-oct-2-ulosonic acid / 3-デオキシ-D-manno-2-オクツロソン酸8-りん酸分子量: 318.172 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅O₁₁P
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 696 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.7 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: EBS internal tracking number 227318B6, from a focus screen based on PACT F12. 0.2 M malonate, 0.1 M Bis-Tris propane pH 6.5, 20% PEG3350. BupsA.00102.a.A1 PS00621 at 30.3 mg/mL, 10 mM D- ...詳細: EBS internal tracking number 227318B6, from a focus screen based on PACT F12. 0.2 M malonate, 0.1 M Bis-Tris propane pH 6.5, 20% PEG3350. BupsA.00102.a.A1 PS00621 at 30.3 mg/mL, 10 mM D-arabinose-5-phosphate, 10 mM phosphoenolpyruvate, vapor diffusion, sitting drop, temperature 290K

結晶

マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.7 %

結晶化

温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: EBS internal tracking number 227318B6, from a focus screen based on PACT F12. 0.2 M malonate, 0.1 M Bis-Tris propane pH 6.5, 20% PEG3350. BupsA.00102.a.A1 PS00621 at 30.3 mg/mL, 10 mM D- ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.54178 Å

検出器

タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月3日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.54178 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 71084 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.6 % / B_iso Wilson estimate: 27.104 Å² / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 19.54

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	% possible all
2.1-2.15		4.8	0.376	4.4	23987	5014	94.2
2.15-2.21			0.303	5.8	26956	4971	96.1
2.21-2.28			0.27	6.6	26821	4848	96.4
2.28-2.35			0.258	6.7	26381	4797	96.6
2.35-2.42			0.232	7.5	25723	4610	97.9
2.42-2.51			0.196	8.8	25291	4503	97.3
2.51-2.6			0.167	10.3	24605	4372	97.4
2.6-2.71			0.145	11.9	23841	4206	98.4
2.71-2.83			0.132	12.8	22769	4007	97.9
2.83-2.97			0.103	16.2	22122	3854	97.3
2.97-3.13			0.087	18.9	21133	3698	97.4
3.13-3.32			0.067	24.4	20153	3515	98.5
3.32-3.55			0.048	33.9	18998	3308	98.5
3.55-3.83			0.039	41	17744	3084	98
3.83-4.2			0.034	46.8	16202	2852	98.1
4.2-4.7			0.03	52.3	14778	2600	97.4
4.7-5.42			0.032	48	13142	2328	99.1
5.42-6.64			0.043	34.9	11099	2006	99.3
6.64-9.39			0.028	51.5	8546	1583	98.9
	9.39		0.018	68.2	4593	928	96

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	47.03 Å
Translation	2.5 Å	47.03 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC	5.6.0117	精密化
PDB_EXTRACT	3.004	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3tmq

3tmq

解像度: 2.1→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.942 / SU B: 7.114 / SU ML: 0.102 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.155 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.192	3581	5 %	RANDOM
R_work	0.167	-	-	-
obs	0.168	71015	97.34 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.112 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.77 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.79 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8444	0	204	696	9344

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.019	8877
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.006	0.02	6028
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.593	1.999	12043
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.233	3	14745
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.072	5	1154
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.598	23.75	352
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.189	15	1442
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.461	15	64
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.09	0.2	1390
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	9882
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	1719

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.257	250	-
R_work	0.22	4462	-
all	-	4712	-
obs	-	-	93.68 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.6478	1.2932	-2.8492	4.668	1.1579	3.3863	0.0765	-0.0374	-0.4136	0.6319	-0.032	-0.2008	0.3081	-0.0778	-0.0446	0.1616	0.022	-0.0645	0.1567	0.0683	0.1959	-1.576	-22.406	1.431
2	0.555	-0.539	-0.3386	1.4411	0.646	1.2233	0.0189	-0.1986	-0.1214	0.1271	-0.0217	0.226	0.2215	-0.0393	0.0028	0.0802	-0.0545	0.0186	0.131	0.0436	0.2007	-16.338	-18.123	-0.465
3	0.4548	-0.3818	0.3006	4.9827	-2.2791	2.3911	-0.0017	-0.1809	-0.0888	0.2714	0.0041	0.4155	0.0623	-0.1716	-0.0025	0.0468	-0.047	0.0611	0.1979	0.0056	0.1858	-18.855	-4.507	6.326
4	1.2623	0.363	-0.0883	1.7144	-0.2127	0.6602	0.0531	-0.1653	-0.061	0.0821	-0.0425	-0.0576	0.0953	0.0665	-0.0107	0.0397	-0.004	-0.0104	0.1297	0.0051	0.128	-2.817	-5.455	1.197
5	0.5908	-0.5834	0.6587	1.4058	-1.0343	1.3118	-0.0332	-0.1181	0.0201	-0.1443	-0.0161	-0.0997	0.0815	-0.0718	0.0493	0.0622	0.0027	-0.0084	0.1176	-0.0038	0.1616	-3.241	-5.884	-10.605
6	3.8971	-1.1045	0.9291	0.89	-0.5614	0.5528	-0.0045	0.004	-0.0999	-0.0464	-0.0134	0.0167	0.0293	0.0171	0.0179	0.0812	0.0019	-0.0159	0.0969	-0.0065	0.16	-4.173	-10.167	-12.175
7	1.1069	0.152	0.0347	2.1865	0.077	1.0265	0.0096	-0.0176	-0.1104	-0.1178	-0.0212	0.3218	0.1336	-0.1427	0.0116	0.0562	-0.0578	-0.0405	0.1022	0.0169	0.1718	-17.895	-13.769	-12.569
8	0.5385	-0.1097	0.328	1.2227	0.0746	1.2576	0.0032	0.062	-0.096	-0.5004	0.014	0.0566	0.3321	0.0212	-0.0172	0.475	0.0128	-0.0485	0.0195	-0.0398	0.1197	-3.028	-23.178	-42.662
9	0.2247	0.449	-0.2355	2.8946	-0.4902	0.6135	0.0208	0.0274	-0.0487	-0.462	-0.0733	-0.0313	0.1153	0.0078	0.0525	0.4082	0.0542	0.0336	0.0273	-0.0374	0.0947	3.144	-14.833	-45.043
10	0.8522	2.6987	1.3176	10.6558	2.3546	3.7091	0.0033	0.0251	-0.0848	-0.625	-0.0249	-0.3553	0.2746	0.0892	0.0216	0.6503	0.1076	-0.0218	0.0544	-0.0749	0.1657	1.769	-23.024	-53.892
11	0.716	-0.0815	0.1029	0.8962	-0.0124	0.786	0.0637	-0.0002	-0.0165	-0.4073	-0.0538	0.1124	0.0629	-0.047	-0.0099	0.3135	0.0209	-0.0808	0.0095	-0.0159	0.0964	-10.194	-7.166	-42.408
12	3.7662	0.1892	0.4721	0.4737	-0.1845	0.5568	0.1181	-0.1004	-0.0786	-0.3418	-0.0297	0.0791	0.1055	0.0233	-0.0884	0.2749	0.0118	-0.0543	0.0285	-0.0355	0.1117	-7.003	-9.129	-32
13	4.7673	0.101	-4.1993	11.9948	-2.8637	4.3719	0.1073	-0.2022	0.0829	0.1732	-0.0043	0.1063	-0.0546	0.2301	-0.103	0.2236	0.0624	-0.0091	0.1186	-0.0481	0.1287	8.897	-9.065	-29.735
14	1.5389	-0.2329	-0.7134	0.9544	-0.1928	1.68	0.017	-0.0934	-0.1178	-0.3117	-0.0301	-0.0225	0.1836	0.1285	0.0131	0.2706	0.0359	-0.0217	0.0176	-0.019	0.1379	1.551	-20.555	-31.446
15	3.6732	-1.6328	-4.3643	4.228	-1.5706	8.728	-0.155	0.0322	0.1263	0.4078	0.1917	-0.1133	-0.1242	-0.3079	-0.0366	0.1015	-0.0306	0.0797	0.22	-0.1193	0.2168	-9.731	32.421	-2.483
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20	1.2026	0.29	-0.665	1.6391	0.3675	0.5573	0.0055	-0.0717	0.0661	-0.1596	0.0361	-0.0132	-0.0469	0.0241	-0.0416	0.0594	-0.002	-0.0133	0.1187	-0.0344	0.1192	-4.605	16.268	-16.121
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25	0.8809	-0.0291	-0.9057	1.1733	0.1325	1.7266	0.1196	0.0445	-0.0197	-0.3341	-0.0329	-0.0404	-0.1125	-0.0739	-0.0867	0.2418	0.0229	0.0099	0.0459	-0.012	0.108	0.495	11.855	-37.028
26	5.1344	0.9582	-0.729	1.3425	-0.2598	0.4382	-0.0104	-0.0805	0.0003	-0.3705	0.0426	-0.0209	-0.0026	-0.0603	-0.0322	0.2379	0.0298	0.0099	0.0416	-0.0119	0.0444	-3.115	14.901	-33.851
27	2.5529	-2.4363	1.9515	2.6311	-1.4083	2.1693	-0.0321	0.0755	-0.2139	0.1377	-0.0409	0.3665	0.1245	0.082	0.0729	0.2269	0.0183	-0.0394	0.134	-0.0016	0.2031	-18.854	14.399	-32.662
28	1.5223	-0.0574	0.4034	1.3236	0.4732	1.8928	-0.0172	-0.0794	0.1465	-0.3597	-0.0564	0.0965	-0.1952	-0.099	0.0736	0.2745	0.0604	-0.0358	0.0214	0.0032	0.122	-11.597	26.262	-35.1

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 11
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	12 - 57
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	58 - 85
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	86 - 153
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	154 - 181
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	182 - 205
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	206 - 279
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	1 - 42
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	43 - 73
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	74 - 88
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	89 - 181
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	182 - 209
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	210 - 217
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	218 - 279
15	X-RAY DIFFRACTION	15	C	1 - 7
16	X-RAY DIFFRACTION	16	C	8 - 55
17	X-RAY DIFFRACTION	17	C	56 - 96
18	X-RAY DIFFRACTION	18	C	97 - 154
19	X-RAY DIFFRACTION	19	C	155 - 171
20	X-RAY DIFFRACTION	20	C	172 - 206
21	X-RAY DIFFRACTION	21	C	207 - 279
22	X-RAY DIFFRACTION	22	D	1 - 77
23	X-RAY DIFFRACTION	23	D	78 - 87
24	X-RAY DIFFRACTION	24	D	88 - 150
25	X-RAY DIFFRACTION	25	D	151 - 181
26	X-RAY DIFFRACTION	26	D	182 - 209
27	X-RAY DIFFRACTION	27	D	210 - 217
28	X-RAY DIFFRACTION	28	D	218 - 279

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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