PDB-3uk1: Crystal structure of a transketolase from Burkholderia thailanden...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3uk1

タイトル

Crystal structure of a transketolase from Burkholderia thailandensis with an oxidized cysteinesulfonic acid in the active site

要素

Transketolase

キーワード

TRANSFERASE / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / thiamine pyrophosphate / ribose-5-phosphate / pentose phosphate pathway / Calvin cycle

機能・相同性

機能・相同性情報

transketolase / transketolase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Burkholderia thailandensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Combining functional and structural genomics to sample the essential Burkholderia structome.
著者: Baugh, L. / Gallagher, L.A. / Patrapuvich, R. / Clifton, M.C. / Gardberg, A.S. / Edwards, T.E. / Armour, B. / Begley, D.W. / Dieterich, S.H. / Dranow, D.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / ...

履歴

登録	2011年11月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年11月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年10月30日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2023年12月6日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3uk1.cif.gz	505.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3uk1.ent.gz	415.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3uk1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3uk1_validation.pdf.gz	460.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3uk1_full_validation.pdf.gz	474.6 KB	表示
XML形式データ	3uk1_validation.xml.gz	51.3 KB	表示
CIF形式データ	3uk1_validation.cif.gz	74.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uk/3uk1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uk/3uk1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3d63C 3dahC 3eizC 3ej2C 3ek2C 3ezoC 3f0fC 3ftpC 3gk0C 3gk3C 3gvfC 3gwaC 3gweC 3imlC 3sz8C 3t4cC 3tmlC 3tmqC 3txyC 3u7jC 3ue9C 3uk2C 3undC 3uptC 3urrC 3uw1C 3uw2C 3uw3C 3v2iC 3v7nC 3v8hC 3v9oC 3v9pC 3vavC 4ddoC 4dfeC 4dheC 4dhkC 4dutC 4dz4C 4e4tC 4efiC 4eg0C 4egjC 4ek2C 4eqyC 4ewgC 4exqC 4f2gC 4f32C 4f3nC 4f3yC 4f4hC 4f7dC 4fk8C 4fryC 4g1kC 4g67C 4ghkC 4h3yC 4h3zC 4h4gC 2r5nS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5xsb-1 5xuf-1 5i4i-1 1tka-d 5xtx-1 1gpu-d 3upt-d 5xt4-1 4c7v-1 5i5e-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: ButhA.01294.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (7) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (4) #263 - 2021年11月アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Transketolase

B: Transketolase

ヘテロ分子

154 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	145.350, 145.350, 142.040
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Transketolase 分子量: 76775.477 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia thailandensis (バクテリア) 株: E264 / 遺伝子: BTH_I1195, tkt / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2SZA7, transketolase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 642 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.65 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: ButhA.01294.a.A1 PS01189 at 44.4 mg/mL against Emerald BioSystems Wizard III screen condition D6, 30% PEG 4000, 0.1 M Tris pH 8.5, 0.2 M lithium sulfate and 25% ethylene glycol as cryo- ...詳細: ButhA.01294.a.A1 PS01189 at 44.4 mg/mL against Emerald BioSystems Wizard III screen condition D6, 30% PEG 4000, 0.1 M Tris pH 8.5, 0.2 M lithium sulfate and 25% ethylene glycol as cryo-protectant, crystal tracking ID 225951d6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

結晶

マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.65 %

結晶化

温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: ButhA.01294.a.A1 PS01189 at 44.4 mg/mL against Emerald BioSystems Wizard III screen condition D6, 30% PEG 4000, 0.1 M Tris pH 8.5, 0.2 M lithium sulfate and 25% ethylene glycol as cryo- ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月28日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97856 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.15→50 Å / Num. all: 82910 / Num. obs: 82278 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.1 % / B_iso Wilson estimate: 40.757 Å² / R_merge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 16.08

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	% possible all
2.15-2.21		0.514	3.62	44692	6043	99.9
2.21-2.27		0.411	4.59	43223	5862	99.7
2.27-2.33		0.344	5.49	42230	5743	99.8
2.33-2.4		0.286	6.55	40813	5564	99.8
2.4-2.48		0.233	8.07	39497	5397	99.7
2.48-2.57		0.199	9.28	38203	5242	99.7
2.57-2.67		0.171	10.82	36504	5033	99.7
2.67-2.78		0.138	13.03	34919	4860	99.5
2.78-2.9		0.114	15.53	33303	4673	99.4
2.9-3.04		0.094	18.33	31311	4459	99.4
3.04-3.21		0.082	20.9	29292	4239	99.5
3.21-3.4		0.07	24.09	27393	4026	99.1
3.4-3.63		0.063	26.82	25551	3802	99.1
3.63-3.93		0.057	29.37	23328	3526	99
3.93-4.3		0.052	31.29	21481	3254	98.5
4.3-4.81		0.047	32.44	19879	2961	98.6
4.81-5.55		0.046	32.82	17867	2619	98.2
5.55-6.8		0.041	32.99	15482	2232	97.6
6.8-9.62		0.034	34.51	12051	1762	97.1
	9.62	0.031	32.87	5972	981	92.1

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	3 Å	48.32 Å
Translation	3 Å	48.32 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER	2.3.0	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2r5n

2r5n

解像度: 2.15→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.937 / WR_factor R_free: 0.2232 / WR_factor R_work: 0.1835 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / FOM work R set: 0.8527 / SU B: 9.461 / SU ML: 0.127 / SU R Cruickshank DPI: 0.2201 / SU R_free: 0.1812 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.181 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES: WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.225	4121	5 %	RANDOM
R_work	0.1855	-	-	-
obs	0.1875	82278	99.23 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 99.26 Å² / B_iso mean: 36.4024 Å² / B_iso min: 16.37 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.42 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.42 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.85 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.15→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9879	0	11	642	10532

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.019	10133
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.489	1.935	13825
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.296	5	1319
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.539	23.653	438
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.524	15	1468
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.069	15	62
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.099	0.2	1538
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	7864

LS精密化シェル

解像度: 2.15→2.206 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.315	244	-
R_work	0.252	5404	-
all	-	5648	-
obs	-	-	99.84 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6169	0.3377	-0.2792	0.2201	-0.1403	0.1327	-0.0625	0.0297	0.0778	-0.0693	0.0898	0.0445	0.0272	0.0138	-0.0273	0.1217	-0.0656	-0.0011	0.1462	0.0147	0.0241	53.9109	29.7717	-43.7157
2	0.4033	0.3584	-0.2168	0.3401	-0.1634	0.2141	-0.0504	-0.0389	0.0162	-0.0442	0.0161	0.0325	0.0482	0.1009	0.0344	0.0868	-0.0022	0.0033	0.1377	0.0305	0.0332	48.4001	19.7874	-29.2852
3	0.266	0.3056	-0.0171	0.4799	0.1315	0.3427	-0.0233	-0.0182	0.0646	-0.0145	0.0026	0.1572	0.0546	0.0191	0.0207	0.0516	-0.0053	0.0055	0.0741	0.0234	0.1281	18.4668	12.6449	-22.0325
4	0.1185	0.0952	0.0127	0.411	0.1054	0.1453	-0.023	-0.0397	0.1349	-0.0425	0.0394	0.1674	-0.0728	0.0741	-0.0164	0.0764	-0.0245	0.0039	0.0595	-0.0489	0.2102	29.575	52.4289	-21.7173
5	0.148	0.2568	0.0117	0.4742	0.1131	0.3485	-0.0754	0.0525	0.1921	-0.1223	0.1183	0.318	-0.0084	0.0946	-0.0428	0.0675	-0.0217	-0.0985	0.0438	0.0534	0.2598	22.5365	48.7749	-34.7888
6	0.2691	0.2696	0.0319	0.9576	-0.0263	0.1694	-0.2234	0.0874	0.192	-0.2916	0.2479	0.354	0.0357	0.0575	-0.0246	0.2188	-0.085	-0.2059	0.1142	0.1193	0.2176	13.6659	21.0449	-49.3762

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	20 - 264
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	285 - 487
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	488 - 690
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	22 - 264
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	265 - 487
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	488 - 690

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