PDB-3tde: Crystal structure of S-adenosylmethionine synthetase Rv1392 from ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3tde

タイトル

Crystal structure of S-adenosylmethionine synthetase Rv1392 from Mycobacterium tuberculosis

要素

S-adenosylmethionine synthase

キーワード

TRANSFERASE / SSGCID / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / tuberculosis / AdoMet / SAM

機能・相同性

機能・相同性情報

cell wall / methionine adenosyltransferase / methionine adenosyltransferase activity / S-adenosylmethionine biosynthetic process / zymogen binding / peptidoglycan-based cell wall / one-carbon metabolic process / magnesium ion binding / ATP binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: Tuberculosis (Edinb) / 年: 2015
タイトル: Increasing the structural coverage of tuberculosis drug targets.
著者: Baugh, L. / Phan, I. / Begley, D.W. / Clifton, M.C. / Armour, B. / Dranow, D.M. / Taylor, B.M. / Muruthi, M.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / Fox, D. / Dieterich, S.H. / Staker, B.L. / ...

履歴

登録	2011年8月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年8月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年4月22日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3tde.cif.gz	575.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3tde.ent.gz	471.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3tde.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3tde_validation.pdf.gz	448 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3tde_full_validation.pdf.gz	451.7 KB	表示
XML形式データ	3tde_validation.xml.gz	64.8 KB	表示
CIF形式データ	3tde_validation.cif.gz	98 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/td/3tde ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/td/3tde	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3gvcC 3gvgC 3gwcC 3h7fC 3h81C 3he2C 3hwiC 3hwkC 3hzgC 3icoC 3khpC 3llsC 3moyC 3mpzC 3mybC 3ndnC 3ndoC 3nf4C 3ng3C 3njdC 3nwoC 3o0mC 3o38C 3oc6C 3oc7C 3oi9C 3oksC 3omeC 3p0tC 3p2yC 3p4iC 3p4tC 3p5mC 3p85C 3pe8C 3pk0C 3ppiC 3pzyC 3q1tC 3q8nC 3qbpC 3qdfC 3qhaC 3qivC 3qk8C 3qkaC 3qljC 3qmjC 3qreC 3quaC 3quvC 3qxiC 3qxzC 3qyrC 3r0oC 3r1iC 3r1jC 3r20C 3r2nC 3r4tC 3r6hC 3r6oC 3r7kC 3r8cC 3r9pC 3r9qC 3r9rC 3r9sC 3r9tC 3rd5C 3rd7C 3rd8C 3rfqC 3rihC 3rr2C 3rr6C 3rrpC 3rrvC 3rsiC 3rv2SC 3s82C 3sbxC 3sf6C 3sllC 3svkC 3svtC 3swoC 3swtC 3swxC 3t3wC 3tavC 3tcrC 3tjrC 3tl3C 3tlfC 3trrC 3tx2C 3tzqC 3tzuC 3u0aC 3ucxC 3uveC 4di1C 4dieC 4dq8C 4dxlC 4ed4C 4egeC 4egfC 4emdC 4eo9C 4eyeC 4f3wC 4f47C 4ffcC 4gk6C 4hdtC 4hr3C 4i1yC 4ijnC 4iv6C 4iz9C 4j5iC 4kamC 4lgvC 4o2dC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7lo2-d 5a1i-1 1mxc-2 1o9t-1 6sw5-d 6rkc-1 6fwb-d 3rv2-2 6faj-1 3so4-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: MytuD.01625.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: S-adenosylmethionine synthase

B: S-adenosylmethionine synthase

C: S-adenosylmethionine synthase

D: S-adenosylmethionine synthase

ヘテロ分子

174 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.880, 85.100, 245.420
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	S-adenosylmethionine synthase / AdoMet synthase / MAT / Methionine adenosyltransferase 分子量: 43493.973 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: metK, MT1437, MTCY21B4.09, Rv1392 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P77899, UniProt: P9WGV1*PLUS, methionine adenosyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1484 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.69 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: MytuD.01625.a.A1 PS00654 at 19.3 mL against JCSG + H8 focus screen 0.2 M NaCl, 0.1 M BisTris pH 5.2, 20% PEG 3350 with 20% ethylene glycol as cryo-protection reagent, crystal tracking ID ...詳細: MytuD.01625.a.A1 PS00654 at 19.3 mL against JCSG + H8 focus screen 0.2 M NaCl, 0.1 M BisTris pH 5.2, 20% PEG 3350 with 20% ethylene glycol as cryo-protection reagent, crystal tracking ID 219374b3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

結晶

マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.69 %

結晶化

温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: MytuD.01625.a.A1 PS00654 at 19.3 mL against JCSG + H8 focus screen 0.2 M NaCl, 0.1 M BisTris pH 5.2, 20% PEG 3350 with 20% ethylene glycol as cryo-protection reagent, crystal tracking ID ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.97934 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月30日
詳細: Si(111) Double Crystal Monochrometer. Adjustable focusing mirrors in K-B geometry

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97934 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.85→50 Å / Num. all: 138002 / Num. obs: 137558 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.2 % / B_iso Wilson estimate: 24.083 Å² / R_merge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 13.77

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	Diffraction-ID	% possible all
1.85-1.9	0.444	3.62	55170	9993	1	99.7
1.9-1.95	0.367	4.43	54927	9825	1	99.5
1.95-2.01	0.306	5.27	54476	9530	1	99.7
2.01-2.07	0.26	6.29	53994	9303	1	99.5
2.07-2.14	0.217	7.61	52705	8974	1	99.5
2.14-2.21	0.185	8.87	51988	8704	1	99.7
2.21-2.29	0.166	10.02	50575	8438	1	99.7
2.29-2.39	0.138	11.72	49921	8130	1	99.8
2.39-2.49	0.128	12.82	48638	7801	1	99.8
2.49-2.62	0.113	14.44	46939	7403	1	99.7
2.62-2.76	0.1	16.26	45950	7164	1	99.8
2.76-2.93	0.087	18.28	43987	6737	1	99.8
2.93-3.13	0.077	20.85	41949	6312	1	99.7
3.13-3.38	0.069	23.26	39982	5933	1	99.7
3.38-3.7	0.061	26.39	37376	5484	1	99.8
3.7-4.14	0.055	28.29	34601	4955	1	99.8
4.14-4.78	0.05	29.98	30988	4433	1	99.7
4.78-5.85	0.047	29.08	26517	3760	1	99.9
5.85-8.27	0.042	28.85	20843	2969	1	99.9

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	3 Å	47.96 Å
Translation	3 Å	47.96 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER	2.3.0	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3RV2

3rv2

解像度: 1.85→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.944 / WR_factor R_free: 0.1883 / WR_factor R_work: 0.1603 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.8946 / SU B: 4.518 / SU ML: 0.072 / SU R Cruickshank DPI: 0.1241 / SU R_free: 0.1145 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.114 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES: WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1939	6912	5 %	RANDOM
R_work	0.1638	-	-	-
obs	0.1654	137558	99.68 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 52.32 Å² / B_iso mean: 19.0919 Å² / B_iso min: 8.12 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.9 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.51 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.38 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11169	0	1	1484	12654

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.019	11559
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.23	1.973	15778
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.604	5	1535
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.736	23.485	485
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.238	15	1882
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.325	15	101
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.081	0.2	1869
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	8769

LS精密化シェル

解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.247	455	-
R_work	0.199	9027	-
all	-	9482	-
obs	-	-	99.62 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1491	-0.0211	0.0335	0.2798	0.0482	0.1998	-0.0048	-0.0057	-0.0311	-0.0294	0.0006	0.0005	0.0067	0.0014	0.0043	0.0133	0.0021	0.0026	0.0111	-0.0101	0.0307	13.4526	-13.312	2.3198
2	0.1646	-0.2447	-0.0215	0.487	-0.0585	0.1301	0.029	0.0107	-0.0218	-0.1051	-0.0275	0.0375	0.0016	-0.0083	-0.0015	0.066	0.0112	-0.0128	0.0144	-0.0057	0.0163	7.9507	-4.2639	-11.1512
3	0.0755	0.0154	-0.0349	0.3032	-0.0706	0.1744	-0.003	-0.0142	0.0125	-0.0451	0.0045	0.0029	-0.0084	0.0046	-0.0015	0.0241	0.0007	0.0146	0.0133	0.0078	0.0265	25.1929	14.1647	1.7504
4	0.2105	-0.394	0.0359	0.8145	-0.0679	0.1647	0.0629	-0.0041	0.0062	-0.1658	-0.0272	-0.0551	-0.0306	0.0301	-0.0358	0.0733	0.005	0.0479	0.0232	0.0079	0.0402	37.5657	0.0594	-12.0162
5	0.127	0.0687	-0.1117	0.1909	0.0703	0.2594	0.0216	-0.0003	0.0072	0.0216	-0.0188	0.0211	-0.0408	0.0128	-0.0028	0.0251	-0.0155	0.0136	0.0239	-0.0094	0.022	14.6641	13.591	44.6448
6	0.2788	0.1812	-0.1341	0.2786	0.0616	0.3692	0.0076	0.0234	-0.0075	0.0654	-0.0155	0.0269	0.0061	-0.0076	0.0079	0.0486	-0.0107	0.0316	0.0187	-0.003	0.023	0.7557	1.0479	57.9709
7	0.083	0.1245	-0.0847	0.2284	-0.1759	0.3657	-0.0248	-0.0181	-0.0059	-0.0139	-0.0295	-0.0047	0.0433	0.0469	0.0543	0.0279	0.0118	0.0159	0.032	0.019	0.0199	21.595	-15.0578	44.4277
8	0.5315	0.4339	-0.0466	0.3847	0.0518	0.5185	0.0317	-0.0629	-0.0377	0.041	-0.0514	-0.0405	0.0153	0.135	0.0197	0.0124	-0.0149	-0.0122	0.0715	0.0272	0.0149	34.2549	-2.9314	59.2438

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	6 - 225
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	226 - 403
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	5 - 275
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	276 - 403
5	X-RAY DIFFRACTION	5	C	5 - 275
6	X-RAY DIFFRACTION	6	C	276 - 403
7	X-RAY DIFFRACTION	7	D	5 - 276
8	X-RAY DIFFRACTION	8	D	277 - 403

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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