PDB-3qk8: Crystal structure of enoyl-coA hydratase EchA15 from Mycobacteriu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3qk8

タイトル

Crystal structure of enoyl-coA hydratase EchA15 from Mycobacterium marinum in complex with an unknown ligand

要素

Enoyl-CoA hydratase EchA15

キーワード

LYASE / SSGCID / NIH / NIAID / SBRI / UW / Emerald BioStructures / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

enoyl-CoA hydratase activity / fatty acid metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium marinum M (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: Tuberculosis (Edinb) / 年: 2015
タイトル: Increasing the structural coverage of tuberculosis drug targets.
著者: Baugh, L. / Phan, I. / Begley, D.W. / Clifton, M.C. / Armour, B. / Dranow, D.M. / Taylor, B.M. / Muruthi, M.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / Fox, D. / Dieterich, S.H. / Staker, B.L. / ...

履歴

登録	2011年1月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年2月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2015年4月22日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3qk8.cif.gz	610 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3qk8.ent.gz	499.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3qk8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qk/3qk8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qk/3qk8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3gvcC 3gvgC 3gwcC 3h7fC 3h81C 3he2C 3hwiC 3hwkC 3hzgC 3icoC 3khpC 3llsC 3moyC 3mpzC 3mybC 3ndnC 3ndoC 3nf4C 3ng3C 3njdC 3nwoC 3o0mC 3o38C 3oc6C 3oc7C 3oi9C 3oksC 3omeC 3p0tC 3p2yC 3p4iC 3p4tC 3p5mC 3p85C 3pe8C 3pk0C 3ppiC 3pzyC 3q1tC 3q8nC 3qbpC 3qdfC 3qhaC 3qivC 3qkaC 3qljC 3qmjC 3qreC 3quaC 3quvC 3qxiC 3qxzC 3qyrC 3r0oC 3r1iC 3r1jC 3r20C 3r2nC 3r4tC 3r6hC 3r6oC 3r7kC 3r8cC 3r9pC 3r9qC 3r9rC 3r9sC 3r9tC 3rd5C 3rd7C 3rd8C 3rfqC 3rihC 3rr2C 3rr6C 3rrpC 3rrvC 3rsiC 3rv2C 3s82C 3sbxC 3sf6C 3sllC 3svkC 3svtC 3swoC 3swtC 3swxC 3t3wC 3tavC 3tcrC 3tdeC 3tjrC 3tl3C 3tlfC 3trrC 3tx2C 3tzqC 3tzuC 3u0aC 3ucxC 3uveC 4di1C 4dieC 4dq8C 4dxlC 4ed4C 4egeC 4egfC 4emdC 4eo9C 4eyeC 4f3wC 4f47C 4ffcC 4gk6C 4hdtC 4hr3C 4i1yC 4ijnC 4iv6C 4iz9C 4j5iC 4kamC 4lgvC 4o2dC 1wz8S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7m3w-1 1wz8-d 3q1t-d 3h81-1 3sll-d 2uzf-1 2iex-2 3q0j-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: MymaA.00829.b

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#137 - 2011年5月シトクロムbc1 (Cytochrome bc1) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Enoyl-CoA hydratase EchA15

B: Enoyl-CoA hydratase EchA15

C: Enoyl-CoA hydratase EchA15

D: Enoyl-CoA hydratase EchA15

E: Enoyl-CoA hydratase EchA15

F: Enoyl-CoA hydratase EchA15

ヘテロ分子

178 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.990, 129.530, 78.610
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 108.570, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Enoyl-CoA hydratase EchA15 分子量: 29450.467 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium marinum M (バクテリア) 株: ATCC BAA-535 / M / 遺伝子: echA15, MMAR_2037 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B2HM22
#2: 化合物	ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1292 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.36 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 詳細: Internal tracking number 218997A9. JCSG screen condition A9: 20% PEG3350, 0.2 M ammonium chloride. MymaA.00829.b.A1 PS00862 at 43.78mg/ml., pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.9774

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月21日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9774 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.6→48.883 Å / Num. all: 184428 / Num. obs: 181397 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.5256 % / B_iso Wilson estimate: 21.199 Å² / R_merge(I) obs: 0.045 / Net I/σ(I): 23.92

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique all	Num. unique obs	% possible all
1.6-1.64		3.671	0.314	4	44391	13629	12092	88.7
1.64-1.69			0.283	4.9	55011		12965	98.2
1.69-1.74			0.239	6.3	58789		12707	98.5
1.74-1.79			0.202	7.4	57252		12375	98.6
1.79-1.85			0.16	9.2	55622		12001	98.7
1.85-1.91			0.129	11.4	53865		11640	98.9
1.91-1.98			0.102	14.1	51776		11182	99.1
1.98-2.07			0.082	17.5	50359		10873	99.1
2.07-2.16			0.069	20.7	47970		10355	99.2
2.16-2.26			0.055	25.2	46112		9973	99.4
2.26-2.39			0.046	29.5	43904		9472	99.4
2.39-2.53			0.041	32.8	41609		8986	99.5
2.53-2.7			0.038	35.4	38959		8430	99.6
2.7-2.92			0.034	39.8	36129		7859	99.8
2.92-3.2			0.028	46.1	33319		7270	99.8
3.2-3.58			0.023	55.3	29946		6584	99.7
3.58-4.13			0.019	63.9	26061		5802	99.9
4.13-5.06			0.016	68.9	22271		4900	99.8
5.06-7.16			0.018	63.8	17907		3826	99.7
	7.16		0.013	77.7	9682		2105	98.8

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	48.88 Å
Translation	2.5 Å	48.88 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.004	データ抽出
ADSC	Quantum	データ収集
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1WZ8

1wz8

解像度: 1.6→48.883 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.972 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.963 / SU B: 2.604 / SU ML: 0.042 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.075 / ESU R Free: 0.075 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.164	9122	5 %	RANDOM
R_work	0.137	-	-	-
all	0.138	184428	-	-
obs	0.138	181313	98.39 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.753 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.01 Å²	0 Å²	0.15 Å²
2-	-	0.36 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.26 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→48.883 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11683	0	109	1292	13084

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	12412
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	8349
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.633	1.972	16935
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.136	3	20304
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.84	5	1653
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.665	23.087	541
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.828	15	1955
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.6	15	113
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.104	0.2	1934
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	14139
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2591
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.906	1.5	7876
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.29	1.5	3231
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.518	2	12633
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.508	3	4536
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.014	4.5	4249

LS精密化シェル

解像度: 1.6→1.641 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.256	644	-
R_work	0.226	11430	-
all	-	12074	-
obs	-	12092	88.76 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1304	-0.0666	-0.0841	0.3697	-0.0203	0.3683	-0.0122	0.0544	-0.0061	-0.0526	-0.0051	-0.0312	0.0398	0.0157	0.0174	0.0187	0.0017	0.0154	0.0427	0.0064	0.0163	62.578	20.978	-0.358
2	0.2224	-0.023	-0.0528	0.3416	-0.0098	0.4922	-0.0125	0.0114	0.0726	-0.0168	-0.0013	0.0173	-0.0865	-0.0248	0.0138	0.0232	0.0108	-0.0111	0.0191	0.0078	0.0322	39.716	50.333	13.776
3	0.2477	-0.0202	0.0836	0.3148	-0.0708	0.4033	-0.0076	0.0718	-0.026	-0.0316	-0.0171	0.0194	0.0782	-0.0808	0.0248	0.0208	-0.0245	0.0035	0.0552	-0.0191	0.0161	29.235	17.77	6.192
4	0.3331	0.0317	-0.0062	0.4004	0.1019	0.6011	-0.0563	-0.058	-0.0628	0.0607	-0.0173	-0.02	0.1453	0.0305	0.0735	0.0618	0.0215	0.0256	0.0194	0.0238	0.038	58.614	7.613	31.201
5	0.3744	0.1431	-0.0121	0.2651	0.0339	0.3845	0.0048	-0.0612	-0.0141	0.039	-0.0172	0.0053	0.0055	-0.0626	0.0125	0.0105	-0.0001	0.0044	0.0427	-0.0025	0.0036	32.521	28.347	39.087
6	0.6639	0.0794	-0.2641	0.142	-0.0116	0.4443	0.0304	-0.0476	0.1147	0.0253	0.0146	-0.0282	-0.0331	0.0644	-0.0451	0.0087	-0.0041	-0.0075	0.023	-0.0069	0.0477	68.967	40.364	27.639

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-3 - 270
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	-3 - 270
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	-3 - 270
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	-3 - 270
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	-3 - 270
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	-3 - 270

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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