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万見
- PDB-3r1j: Crystal structure of Alpha-ketoglutarate-dependent taurine dioxyg... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3r1j
タイトルCrystal structure of Alpha-ketoglutarate-dependent taurine dioxygenase from Mycobacterium avium, native form
要素Alpha-ketoglutarate-dependent taurine dioxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / SSGCID / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


taurine dioxygenase / alkyl sulfatase / taurine dioxygenase activity / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Clavaminate synthase-like / Double-stranded beta-helix / TauD/TfdA-like domain / Taurine catabolism dioxygenase TauD, TfdA family / Taurine dioxygenase TauD-like superfamily / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Alpha-ketoglutarate-dependent sulfate ester dioxygenase / Alpha-ketoglutarate-dependent taurine dioxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium avium (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: Tuberculosis (Edinb) / 年: 2015
タイトル: Increasing the structural coverage of tuberculosis drug targets.
著者: Baugh, L. / Phan, I. / Begley, D.W. / Clifton, M.C. / Armour, B. / Dranow, D.M. / Taylor, B.M. / Muruthi, M.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / Fox, D. / Dieterich, S.H. / Staker, B.L. / ...著者: Baugh, L. / Phan, I. / Begley, D.W. / Clifton, M.C. / Armour, B. / Dranow, D.M. / Taylor, B.M. / Muruthi, M.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / Fox, D. / Dieterich, S.H. / Staker, B.L. / Gardberg, A.S. / Choi, R. / Hewitt, S.N. / Napuli, A.J. / Myers, J. / Barrett, L.K. / Zhang, Y. / Ferrell, M. / Mundt, E. / Thompkins, K. / Tran, N. / Lyons-Abbott, S. / Abramov, A. / Sekar, A. / Serbzhinskiy, D. / Lorimer, D. / Buchko, G.W. / Stacy, R. / Stewart, L.J. / Edwards, T.E. / Van Voorhis, W.C. / Myler, P.J.
履歴
登録2011年3月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年4月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22015年4月22日Group: Database references
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-ketoglutarate-dependent taurine dioxygenase
B: Alpha-ketoglutarate-dependent taurine dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,77010
ポリマ－67,3662
非ポリマー4048
水5,873326
1
A: Alpha-ketoglutarate-dependent taurine dioxygenase
B: Alpha-ketoglutarate-dependent taurine dioxygenase
ヘテロ分子

A: Alpha-ketoglutarate-dependent taurine dioxygenase
B: Alpha-ketoglutarate-dependent taurine dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,54020
ポリマ－134,7324
非ポリマー80916
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
Buried area9880 Å2
ΔGint-117 kcal/mol
Surface area36770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.950, 105.310, 89.250
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-300-

CL

21B-301-

CL

31A-441-

HOH

41B-302-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Alpha-ketoglutarate-dependent taurine dioxygenase


分子量: 33682.996 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium avium (バクテリア)
株: 104 / 遺伝子: MAV_4353 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: A0QKQ0, UniProt: A0A0H2ZSG9*PLUS, taurine dioxygenase
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 326 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.73 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: Internal tracking number 218640E10. PACT screen condition E10: 0.2 M Na/K Phosphate, 20% PEG3350, MyavA.01188.b.A1 PW28977 at 28.9mg/ml. Cryoprotection: 25% ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, ...詳細: Internal tracking number 218640E10. PACT screen condition E10: 0.2 M Na/K Phosphate, 20% PEG3350, MyavA.01188.b.A1 PW28977 at 28.9mg/ml. Cryoprotection: 25% ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→41.09 Å / Num. all: 42701 / Num. obs: 42570 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 28.296 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 15.84
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique allNum. unique obs% possible all
2.05-2.13.40.4243.1104963124310399.3
2.1-2.160.3423.8114123026100
2.16-2.220.3514.512947296299.3
2.22-2.290.3095.712641281398.5
2.29-2.370.2596.113254275899.8
2.37-2.450.2396.813561270899.9
2.45-2.540.1918.313662261699.9
2.54-2.650.1789.313800249199.9
2.65-2.760.15910.714429240899.9
2.76-2.90.1313.515806229099.8
2.9-3.060.10316.616091222499.9
3.06-3.240.08519.6150342077100
3.24-3.470.06825.714171196899.9
3.47-3.740.05930.213225185499.9
3.74-4.10.04936.111965168999.6
4.1-4.580.03744.2110271542100
4.58-5.290.03544.29808137799.9
5.29-6.480.04368381118299.9
6.48-9.170.03242.86470936100
9.170.02454.8343054698

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å41.09 Å
Translation2.5 Å41.09 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
StructureStudioデータ収集
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1OIJ

1oij


解像度: 2.05→37.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 7.217 / SU ML: 0.089 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.136 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2 2139 5 %RANDOM
Rwork0.171 ---
all0.173 42570 --
obs0.173 42393 99.27 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.258 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.04 Å20 Å20 Å2
2---0.15 Å20 Å2
3----0.89 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→37.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3832 0 17 326 4175
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0213993
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022711
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3651.9375444
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.86936523
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2965497
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg27.76921.897195
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.55415625
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.7961549
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2614
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0214474
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02875
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7021.52444
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1951.5989
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.25223945
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.0731549
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.2694.51491
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.103 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.256 131 -
Rwork0.223 2957 -
all-3088 -
obs--98.88 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6027-0.54280.16011.1447-0.18541.0142-0.1532-0.1042-0.02160.17750.1896-0.04210.11970.0216-0.03640.16250.0662-0.00930.04370.00030.046641.52437.91859.798
21.1362-0.75190.00951.0739-0.12151.5867-0.221-0.3094-0.11990.18440.25870.151-0.0753-0.2152-0.03770.1210.12040.04340.14730.05270.06456.886.84972.301
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A5 - 296
2X-RAY DIFFRACTION2B5 - 292

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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