![](img/lk-miru.gif)
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3qka | ||||||
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Title | Crystal structure of enoyl-CoA hydratase EchA5 from Mycobacterium marinum | ||||||
![]() | Enoyl-CoA hydratase, EchA5 | ||||||
![]() | LYASE / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / tuberculosis / ortholog / enoyl-CoA / hydratase / isomerase / acyl-CoA / fatty acid metabolism / NAD / NADH | ||||||
Function / homology | ![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
![]() | ![]() Title: Increasing the structural coverage of tuberculosis drug targets. Authors: Baugh, L. / Phan, I. / Begley, D.W. / Clifton, M.C. / Armour, B. / Dranow, D.M. / Taylor, B.M. / Muruthi, M.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / Fox, D. / Dieterich, S.H. / Staker, B.L. / ...Authors: Baugh, L. / Phan, I. / Begley, D.W. / Clifton, M.C. / Armour, B. / Dranow, D.M. / Taylor, B.M. / Muruthi, M.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / Fox, D. / Dieterich, S.H. / Staker, B.L. / Gardberg, A.S. / Choi, R. / Hewitt, S.N. / Napuli, A.J. / Myers, J. / Barrett, L.K. / Zhang, Y. / Ferrell, M. / Mundt, E. / Thompkins, K. / Tran, N. / Lyons-Abbott, S. / Abramov, A. / Sekar, A. / Serbzhinskiy, D. / Lorimer, D. / Buchko, G.W. / Stacy, R. / Stewart, L.J. / Edwards, T.E. / Van Voorhis, W.C. / Myler, P.J. | ||||||
History |
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Structure visualization
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Downloads & links
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Download
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-Validation report
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Data in CIF | ![]() | 78.5 KB | Display | |
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Similar structure data | |
Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LEU / Beg label comp-ID: LEU / End auth comp-ID: TRP / End label comp-ID: TRP / Refine code: 6 / Auth seq-ID: 4 - 214 / Label seq-ID: 9 - 219
|
-
Components
#1: Protein | Mass: 26992.637 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.12 Å3/Da / Density % sol: 41.89 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.5 Details: Crystal tracking ID 218457h19. JCSG+ screen condition H10: 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M Bis-Tris propane, 25% PEG3350, 46.3 mg/mL MymaA.00386.a.A1 PS00820, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING ...Details: Crystal tracking ID 218457h19. JCSG+ screen condition H10: 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M Bis-Tris propane, 25% PEG3350, 46.3 mg/mL MymaA.00386.a.A1 PS00820, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RIGAKU SATURN 944+ / Detector: CCD / Date: Jan 23, 2011 / Details: VariMax | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.15→50 Å / Num. all: 75404 / Num. obs: 73428 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 4 % / Biso Wilson estimate: 31.017 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 11.08 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Phasing
Phasing | Method: ![]() | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Phasing MR | Rfactor: 52.91 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
|
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 3H81 Resolution: 2.15→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / WRfactor Rfree: 0.192 / WRfactor Rwork: 0.1515 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.8667 / SU B: 10.685 / SU ML: 0.124 / SU R Cruickshank DPI: 0.2451 / SU Rfree: 0.1878 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.245 / ESU R Free: 0.188 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 60.02 Å2 / Biso mean: 24.4438 Å2 / Biso min: 3.99 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.15→50 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / Number: 1471 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS refinement shell | Resolution: 2.15→2.206 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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