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- PDB-3qyr: Crystal structure of enoyl-coA hydratase EchA16_2 Mycobacterium p... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qyr
タイトルCrystal structure of enoyl-coA hydratase EchA16_2 Mycobacterium paratuberculosis ATCC BAA-968 / K-10
要素EchA16_2
キーワードLYASE / SSGCID / NIH / NIAID / SBRI / UW / Emerald BioStructures / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta / EchA16_2
機能・相同性情報
生物種Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: Tuberculosis (Edinb) / 年: 2015
タイトル: Increasing the structural coverage of tuberculosis drug targets.
著者: Baugh, L. / Phan, I. / Begley, D.W. / Clifton, M.C. / Armour, B. / Dranow, D.M. / Taylor, B.M. / Muruthi, M.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / Fox, D. / Dieterich, S.H. / Staker, B.L. / ...著者: Baugh, L. / Phan, I. / Begley, D.W. / Clifton, M.C. / Armour, B. / Dranow, D.M. / Taylor, B.M. / Muruthi, M.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / Fox, D. / Dieterich, S.H. / Staker, B.L. / Gardberg, A.S. / Choi, R. / Hewitt, S.N. / Napuli, A.J. / Myers, J. / Barrett, L.K. / Zhang, Y. / Ferrell, M. / Mundt, E. / Thompkins, K. / Tran, N. / Lyons-Abbott, S. / Abramov, A. / Sekar, A. / Serbzhinskiy, D. / Lorimer, D. / Buchko, G.W. / Stacy, R. / Stewart, L.J. / Edwards, T.E. / Van Voorhis, W.C. / Myler, P.J.
履歴
登録2011年3月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22015年4月22日Group: Database references
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: EchA16_2
B: EchA16_2
C: EchA16_2
D: EchA16_2
E: EchA16_2
F: EchA16_2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)160,42312
ポリマ－160,0516
非ポリマー3726
水10,052558
1
A: EchA16_2
C: EchA16_2
E: EchA16_2
ヘテロ分子

A: EchA16_2
C: EchA16_2
E: EchA16_2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)160,42312
ポリマ－160,0516
非ポリマー3726
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
Buried area18120 Å2
ΔGint-110 kcal/mol
Surface area47800 Å2
手法PISA
2
B: EchA16_2
D: EchA16_2
F: EchA16_2
ヘテロ分子

B: EchA16_2
D: EchA16_2
F: EchA16_2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)160,42312
ポリマ－160,0516
非ポリマー3726
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area18500 Å2
ΔGint-104 kcal/mol
Surface area48030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)156.050, 201.270, 236.980
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number22
Space group name H-MF222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-452-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 1 - 250 / Label seq-ID: 1 - 250

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC
4DD
5EE
6FF

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要素

#1: タンパク質
EchA16_2 / enoyl-coA hydratase


分子量: 26675.127 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis (バクテリア)
株: ATCC BAA-968 / K-10 / 遺伝子: echA16, MAP_2904 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q73VV7, enoyl-CoA hydratase
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 558 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.31 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: Internal tracking number 219928a8. 20% ethanol, 0.1 M Tris, pH 7.6 from a focus screen based on JCSG-C8. MypaA.01566.a.A1 PS00779 at 49.6 mg/mL, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.9774
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月1日
放射モノクロメーター: Si(220) Asymmetric cut single crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9774 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→49.262 Å / Num. all: 68160 / Num. obs: 67650 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 28.882 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.132 / Net I/σ(I): 11.43
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique allNum. unique obs% possible all
2.45-2.514.10.5372.9202984985496099.5
2.51-2.580.494320153486599.7
2.58-2.660.4133.519736473799.9
2.66-2.740.393418862458799.6
2.74-2.830.3224.618650448899.8
2.83-2.930.2435.9179294302100
2.93-3.040.216.917374416899.9
3.04-3.160.1758.116794402999.9
3.16-3.30.14410.215453381599
3.3-3.460.12112.214921367899.2
3.46-3.650.10313.414235344798.4
3.65-3.870.0916.112972326197.3
3.87-4.140.07219.412073304797.5
4.14-4.470.05922.212067292199.8
4.47-4.90.05125.111140271499.5
4.9-5.480.066209848241199.3
5.48-6.330.071188655215199.1
6.33-7.750.05124.17689183999
7.75-10.960.02639.85917142998.3
10.960.01948.6319880195.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å49.26 Å
Translation2.5 Å49.26 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3P85

3p85


解像度: 2.45→49.262 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.923 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.884 / SU B: 15.721 / SU ML: 0.161 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.329 / ESU R Free: 0.245 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.245 3427 5.1 %RANDOM
Rwork0.196 ---
obs0.199 67502 99.03 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.243 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.74 Å20 Å20 Å2
2--0.69 Å20 Å2
3---0.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→49.262 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9700 0 24 558 10282
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0229865
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.026364
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4381.96213448
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.95315467
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.09551317
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.50923.284405
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.281151466
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.3921594
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.21627
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02111280
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021992
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6471.56572
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1461.52703
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.206210391
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.80933293
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.914.53056
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 2575 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
AMEDIUM POSITIONAL0.210.5
BMEDIUM POSITIONAL0.210.5
CMEDIUM POSITIONAL0.20.5
DMEDIUM POSITIONAL0.240.5
EMEDIUM POSITIONAL0.240.5
FMEDIUM POSITIONAL0.280.5
AMEDIUM THERMAL0.542
BMEDIUM THERMAL0.562
CMEDIUM THERMAL0.542
DMEDIUM THERMAL0.542
EMEDIUM THERMAL0.52
FMEDIUM THERMAL0.552
LS精密化 シェル解像度: 2.45→2.514 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.369 277 -
Rwork0.269 4671 -
all-4948 -
obs--99.34 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.54820.0811-0.04520.68370.1170.196-0.04260.00080.010.02730.04580.05240.01270.0135-0.00320.00740.0056-0.00470.04160.00390.0245-20.45338.43-6.658
20.61610.0695-0.10770.44630.08860.67130.0037-0.03840.02030.0197-0.0053-0.0136-0.0072-0.01320.00160.00150.0047-0.00040.0497-0.00110.0231-14.47411.765-39.449
31.2726-0.0903-0.44140.3868-0.08240.45380.01470.01280.1801-0.0536-0.01650.0044-0.05880.0210.00170.05510.0004-0.02690.03180.00710.0582-16.32370.05-9.993
40.73840.16990.19450.60680.25731.0217-0.01310.11050.1214-0.07950.0576-0.0162-0.0830.1454-0.04440.0272-0.01970.01140.04910.01290.06846.22624.791-60.254
50.41840.1813-0.35140.89150.18140.7752-0.00920.08310.0188-0.0840.0671-0.0961-0.05540.0416-0.05790.0258-0.0230.00640.08080.00220.03023.55149.194-25.311
60.84570.20690.08050.3119-0.21080.8924-0.01420.1223-0.0109-0.05350.01090.0226-0.0051-0.05440.00340.03190.0012-0.00950.06410.01060.0416-19.8639.07-71.286
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 250
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 250
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 250
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 250
5X-RAY DIFFRACTION5E1 - 250
6X-RAY DIFFRACTION6F1 - 250

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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