PDB-6mez: X-ray structure of the Fenna-Matthews-Olsen antenna complex from ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6mez

タイトル

X-ray structure of the Fenna-Matthews-Olsen antenna complex from Prosthecochloris aestuarii

要素

Bacteriochlorophyll a protein

キーワード

PHOTOSYNTHESIS / FMO Photosynthesis Antenna complex / Energy transfer

機能・相同性

機能・相同性情報

bacteriochlorophyll binding / photosynthesis / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Prosthecochloris aestuarii (バクテリア)

手法

X線回折 / 解像度: 1.74 Å

データ登録者

Selvaraj, B. / Lu, X. / Cuneo, M.J. / Myles, D.A.A.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2019
タイトル: Neutron and X-ray analysis of the Fenna-Matthews-Olson photosynthetic antenna complex from Prosthecochloris aestuarii.
著者: Lu, X. / Selvaraj, B. / Ghimire-Rijal, S. / Orf, G.S. / Meilleur, F. / Blankenship, R.E. / Cuneo, M.J. / Myles, D.A.A.

履歴

登録	2018年9月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年3月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年12月4日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6mez.cif.gz	342.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6mez.ent.gz	287 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6mez.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/me/6mez ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/me/6mez	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6e9j PDB 未公開エントリ
類似構造データ	3eoj-1 3bsd-1 5h8z-2 4bcl-1 3vdi-1 1xiv-1 3eni-2 1u5a-1 1ez4-d 5h8z-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Bacteriochlorophyll a protein

B: Bacteriochlorophyll a protein

ヘテロ分子

92.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Bacteriochlorophyll a protein

ヘテロ分子

A: Bacteriochlorophyll a protein

ヘテロ分子

A: Bacteriochlorophyll a protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: assay for oligomerization
139 kDa, 3 ポリマー
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2

B: Bacteriochlorophyll a protein

ヘテロ分子

B: Bacteriochlorophyll a protein

ヘテロ分子

B: Bacteriochlorophyll a protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
139 kDa, 3 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	83.638, 83.638, 294.781
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-606- HOH
2	1	A-653- HOH
3	1	B-551- HOH
4	1	B-692- HOH
5	1	B-735- HOH

#1: タンパク質	Bacteriochlorophyll a protein / BChl a protein 分子量: 39663.422 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Prosthecochloris aestuarii (バクテリア) 発現宿主: Prosthecochloris aestuarii (バクテリア) / 参照: UniProt: P11741
#2: 化合物	ChemComp-BCL / BACTERIOCHLOROPHYLL A 分子量: 911.504 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅₅H₇₄MgN₄O₆
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 474 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.06 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 8 詳細: 25 % Ammonium Sulfate and 0.1 M Sodium acetate pH 5.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 293 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5417 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2015年12月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5417 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.74→19.65 Å / Num. obs: 73467 / % possible obs: 93.3 % / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.061 / Net I/av σ(I): 10.8 / Net I/σ(I): 2.4
反射シェル	解像度: 1.74→1.804 Å / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.409 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 3850 / % possible all: 49.16

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

解像度: 1.74→19.65 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 16.6
詳細: Molecular replacement was done using 3EOJ as a starting model.

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1586	3693	5.03 %
R_work	0.1323	-	-
obs	0.1336	73454	93.4 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.74→19.65 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5530	0	954	474	6958

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	7699
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.297	10835
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.516	2858
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.066	1085
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1437

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7415-1.7644	0.2145	44	0.1887	881	X-RAY DIFFRACTION	31
1.7644-1.7885	0.237	80	0.1876	1564	X-RAY DIFFRACTION	54
1.7885-1.8141	0.2389	119	0.1826	2181	X-RAY DIFFRACTION	76
1.8141-1.8411	0.1887	132	0.1701	2485	X-RAY DIFFRACTION	88
1.8411-1.8699	0.2155	150	0.1596	2714	X-RAY DIFFRACTION	94
1.8699-1.9005	0.2011	129	0.156	2801	X-RAY DIFFRACTION	97
1.9005-1.9332	0.1729	149	0.148	2806	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9332-1.9684	0.1688	173	0.1443	2824	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9684-2.0062	0.1794	150	0.1449	2834	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0062-2.0471	0.174	137	0.1414	2882	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0471-2.0916	0.1785	123	0.1395	2867	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0916-2.1401	0.1651	147	0.1365	2834	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1401-2.1936	0.1565	150	0.1347	2896	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1936-2.2528	0.1726	156	0.1373	2848	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2528-2.319	0.1598	146	0.1349	2843	X-RAY DIFFRACTION	100
2.319-2.3937	0.1646	155	0.1403	2872	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3937-2.4791	0.1803	136	0.1468	2896	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4791-2.5782	0.1796	155	0.1466	2836	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5782-2.6953	0.16	142	0.1487	2913	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6953-2.837	0.191	161	0.1442	2824	X-RAY DIFFRACTION	100
2.837-3.0141	0.1741	156	0.1488	2889	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0141-3.2459	0.1738	163	0.1366	2837	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2459-3.5708	0.1601	168	0.1195	2875	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5708-4.0834	0.12	148	0.1046	2857	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0834-5.1295	0.102	152	0.0968	2845	X-RAY DIFFRACTION	99
5.1295-19.6533	0.145	172	0.1236	2857	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	-0.0023	-0.0008	-0.0031	0.0007	-0.0047	0.0042	0.0263	-0.0087	-0.017	0.0177	0.0064	0.0031	0.0163	-0.0194	-0	0.1545	0.005	0.0304	0.0691	0.0494	0.0218	-7.8392	27.1104	-50.52
2	0.002	0.0037	-0.0015	0.0067	-0.005	0.0023	0.0035	-0.0042	-0.0136	0.0171	0.0131	0.0029	0.0223	-0.0318	0	0.0796	-0.0134	0.0147	0.0712	-0.011	0.072	-14.9654	23.2844	-72.2142
3	-0.0004	-0.0006	-0	0.0005	0.0001	0.0004	-0.0139	0.0013	-0.0076	-0.0062	-0.0015	0.0013	0.005	0.0023	-0	0.0928	0.0204	0.005	0.0584	0.0158	0.0686	15.5738	27.1067	-72.2695
4	0.0024	0.0023	0.0012	0.0035	0.0024	0.0011	0.0092	0.018	0.0089	-0.0022	0.0268	0.0228	-0.0214	-0.0173	0	0.0485	-0.0041	-0.0248	0.0759	0.0113	0.0485	-15.6515	38.9365	-81.4164
5	0.0004	0.002	-0.0015	-0.0002	-0.0013	0.0025	0.0041	0.0177	-0.0094	0.0054	0.0008	0.016	-0.0002	-0.0138	-0	0.0516	-0.0047	-0.0086	0.0919	-0.0038	0.0572	-13.673	32.4097	-85.8992
6	0	-0.0004	0.0004	0.0006	0.0005	0.0006	0.0006	-0.0007	-0.0114	0.0025	0.0028	0.0025	0.0099	0.0088	0	0.1109	-0.0027	-0.0125	0.0343	0.0128	0.059	0.2068	21.1551	-69.0292
7	-0.0057	-0.0008	0.0002	0.0015	-0.0077	0.0032	-0.0082	-0.0313	-0.035	0.0374	-0.0342	0.0093	0.0006	-0.0044	0	0.1003	-0.0093	0.0314	0.0033	0.0921	-0.0877	-4.184	28.7238	-53.8163
8	-0.0038	-0.0033	0.0002	0.0001	-0.0023	0.0017	0.0102	-0.0397	-0.0607	0.0154	-0.0119	-0.0192	0.0234	0.0015	0	0.1343	-0.0063	-0.0317	-0.0057	0.1455	-0.0393	7.3772	23.7483	-46.8726
9	0.001	0.0012	-0.0048	0.0004	0.0023	-0.0008	0.0101	0.0276	-0.0153	-0.0191	0.0255	-0.0432	-0.0007	0.0112	0	-0.02	0.0383	0.0806	0.0284	-0.0233	0.0155	-20.2401	28.181	-32.0752
10	0.0009	0.0024	0.0006	0.0021	0.0011	0.0002	0.0139	0.0012	0.0016	0.0023	0.009	-0.0087	-0.0061	0.0054	-0	0.0575	0.0196	-0.0069	0.0824	-0.0149	0.1403	-9.3426	32.4521	-16.5584
11	0.0019	0.0018	0.0008	0.0001	-0.0021	-0.0015	0.0235	0.0159	0.0058	0.0025	0.0344	-0.0147	-0.0004	0.011	-0	0.0507	0.0057	-0.0081	0.0639	-0.0092	0.1268	-14.7285	36.1586	-12.9207
12	0.0032	0.0008	0.0003	0.0006	-0.0007	-0.0004	0.0234	0.002	0.0134	0.0028	0.014	-0.0054	-0.007	-0.0162	-0	0.0277	-0.0133	-0.044	0.0374	-0.0416	0.1176	-16.7572	33.6484	-4.3073
13	0.009	-0.0038	0.0007	0.0006	-0.0005	-0	-0.0164	-0.0418	0.0024	0.0068	-0.017	-0.0236	0.0025	0.0025	-0	0.0412	-0.0005	-0.021	0.0349	-0.0146	0.0741	-22.9455	16.4784	-5.5695
14	-0.0005	0.0009	0.001	0.0003	0.0002	-0.0005	0.0064	-0.0301	0.0277	0.0042	0.0185	-0.0063	-0.0084	-0.0199	-0	0.0155	0.0005	-0.042	0.0315	-0.1136	0.0077	-31.7877	42.4975	2.5516
15	0.001	-0.0016	-0.0017	0.0012	0.0007	0.0006	0.0043	-0.0052	0.0216	0.0112	0.0164	-0.0083	-0.0069	-0.0095	-0	0.0189	-0.0218	-0.0137	0.006	-0.0235	0.0008	-28.8337	33.2332	-2.9195
16	0.0008	0.0019	0.0012	0.0024	-0.0027	0.0013	-0.0045	-0.0024	0.0149	-0.0031	-0.0006	-0.061	0.0203	0.0008	-0	-0.0164	0.0044	-0.021	-0.0147	-0.0652	0.0196	-17.7753	24.3487	-7.2274
17	0.0026	-0.0032	-0.002	0	0.0035	-0.0001	-0.0097	0.0378	0.0035	-0.0197	0.0219	-0.0574	0.0102	-0.0157	-0	-0.0696	0.0614	0.1063	0.0077	-0.0422	-0.03	-22.1677	24.7911	-28.6286
18	-0.0014	-0.0054	-0.0021	-0.0046	0.0008	-0.0004	-0.0137	0.0307	-0.0243	-0.032	0.0222	-0.0534	-0.0001	0.0255	-0	-0.1616	0.1176	0.2129	-0.0051	-0.1295	-0.1118	-19.1338	12.3727	-35.8377

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 9 through 45 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 46 through 122 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 123 through 140 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 141 through 196 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 197 through 229 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 230 through 251 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 252 through 316 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 317 through 366 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 7 through 45 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 46 through 62 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 63 through 93 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 94 through 122 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 123 through 155 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 156 through 184 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 185 through 215 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 216 through 251 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 252 through 316 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 317 through 366 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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