PDB-3r6o: Crystal structure of a probable 2-hydroxyhepta-2,4-diene-1, 7-dio...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3r6o

タイトル

Crystal structure of a probable 2-hydroxyhepta-2,4-diene-1, 7-dioateisomerase from Mycobacterium abscessus

要素

2-hydroxyhepta-2,4-diene-1, 7-dioateisomerase

キーワード

ISOMERASE / SSGCID / 2-hydroxyhepta-2 / 4-diene-1 / 7-dioateisomerase / structural genomics / seattle structural genomics center for infectious disease

機能・相同性

機能・相同性情報

small molecule metabolic process / catalytic activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium abscessus (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: Tuberculosis (Edinb) / 年: 2015
タイトル: Increasing the structural coverage of tuberculosis drug targets.
著者: Baugh, L. / Phan, I. / Begley, D.W. / Clifton, M.C. / Armour, B. / Dranow, D.M. / Taylor, B.M. / Muruthi, M.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / Fox, D. / Dieterich, S.H. / Staker, B.L. / ...

履歴

登録	2011年3月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年6月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2015年4月22日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3r6o.cif.gz	118.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3r6o.ent.gz	89.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3r6o.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3r6o_validation.pdf.gz	428.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3r6o_full_validation.pdf.gz	430.2 KB	表示
XML形式データ	3r6o_validation.xml.gz	12.9 KB	表示
CIF形式データ	3r6o_validation.cif.gz	18.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r6/3r6o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r6/3r6o	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3gvcC 3gvgC 3gwcC 3h7fC 3h81C 3he2C 3hwiC 3hwkC 3hzgC 3icoC 3khpC 3llsC 3moyC 3mpzC 3mybC 3ndnC 3ndoC 3nf4C 3ng3C 3njdC 3nwoC 3o0mC 3o38C 3oc6C 3oc7C 3oi9C 3oksC 3omeC 3p0tC 3p2yC 3p4iC 3p4tC 3p5mC 3p85C 3pe8C 3pk0C 3ppiC 3pzyC 3q1tC 3q8nC 3qbpC 3qdfSC 3qhaC 3qivC 3qk8C 3qkaC 3qljC 3qmjC 3qreC 3quaC 3quvC 3qxiC 3qxzC 3qyrC 3r0oC 3r1iC 3r1jC 3r20C 3r2nC 3r4tC 3r6hC 3r7kC 3r8cC 3r9pC 3r9qC 3r9rC 3r9sC 3r9tC 3rd5C 3rd7C 3rd8C 3rfqC 3rihC 3rr2C 3rr6C 3rrpC 3rrvC 3rsiC 3rv2C 3s82C 3sbxC 3sf6C 3sllC 3svkC 3svtC 3swoC 3swtC 3swxC 3t3wC 3tavC 3tcrC 3tdeC 3tjrC 3tl3C 3tlfC 3trrC 3tx2C 3tzqC 3tzuC 3u0aC 3ucxC 3uveC 4di1C 4dieC 4dq8C 4dxlC 4ed4C 4egeC 4egfC 4emdC 4eo9C 4eyeC 4f3wC 4f47C 4ffcC 4gk6C 4hdtC 4hr3C 4i1yC 4ijnC 4iv6C 4iz9C 4j5iC 4kamC 4lgvC 4o2dC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2iyg-1 4ryu-1 3ty2-d 2v4o-1 6amt-1 1xls-4 3ucl-d 2wdp-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: MyabA.00471.b

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 2-hydroxyhepta-2,4-diene-1, 7-dioateisomerase

ヘテロ分子

35.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 2-hydroxyhepta-2,4-diene-1, 7-dioateisomerase

ヘテロ分子

A: 2-hydroxyhepta-2,4-diene-1, 7-dioateisomerase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
70.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	90.680, 90.680, 76.130
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	80
Space group name H-M	I4₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-418- HOH

#1: タンパク質	2-hydroxyhepta-2,4-diene-1, 7-dioateisomerase 分子量: 35236.926 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium abscessus (バクテリア) 株: ATCC 19977 / DSM 44196 / 遺伝子: MAB_0915c / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B1MJ53
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION 分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 140 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: EBS JCSG+ SCREEN B8: 200MM MGCL2, 100MM TRIS PH 7.0, 10% PEG 8000, MYABA.00471.B.A1 PS00908 AT 38.0MG/ML, CRYO PROTECTION: 25% PEG 400, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 290K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月7日 / 詳細: RIGAKU VARIMAX HF
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→50 Å / Num. all: 22527 / Num. obs: 22511 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.5 % / B_iso Wilson estimate: 29.55 Å² / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 18.09
反射シェル	解像度: 1.95→2 Å / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.502 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CrystalClear		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3QDF

3qdf

解像度: 1.95→35.79 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.941 / SU B: 7.834 / SU ML: 0.096 / Isotropic thermal model: isotropic, TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.025 / ESU R Free: 0.024 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.185	1159	5.2 %	RANDOM
R_work	0.15	-	-	-
obs	0.152	22475	99.7 %	-
all	-	22527	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.82 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-17.38 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-17.38 Å²	0 Å²
3-	-	-	34.77 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→35.79 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1932	0	4	140	2076

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	1993
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1331
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.499	1.98	2725
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.931	3	3245
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.601	5	263
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.472	22.603	73
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.446	15	278
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.836	15	15
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.088	0.2	316
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	2238
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	395
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.336	1.5	1327
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.061	1.5	529
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.649	2	2124
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.55	3	666
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.511	4.5	599
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.95→2 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.215	82	-
R_work	0.178	1526	-
obs	-	-	97.69 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.8557	-0.5189	-0.2475	7.598	-0.6363	2.9534	0.298	0.5519	-0.0938	-1.7442	-0.2815	-0.6138	0.2876	-0.0772	-0.0164	0.6008	0.0959	0.1446	0.4032	-0.0476	0.044	64.2594	-0.6034	-18.8854
2	1.2362	0.309	-0.1316	2.1279	0.1752	0.3526	-0.0196	0.1162	-0.0399	0.0377	0.0068	-0.1764	-0.0582	0.0112	0.0129	0.2567	0.0049	-0.0036	0.3049	0.0053	0.1006	56.4501	3.5388	0.6385
3	1.8297	0.5164	0.1158	2.4978	0.6864	0.79	0.0239	0.0485	-0.121	0.1097	-0.0391	-0.1176	0.012	-0.0613	0.0152	0.25	0.0033	-0.0191	0.2939	0.0082	0.0652	55.4529	-1.832	3.1178
4	1.3019	0.4693	0.2446	1.1561	0.1811	0.3465	-0.0223	0.0944	-0.073	0.039	0.0206	-0.2439	-0.0019	0.0523	0.0017	0.2722	-0.0003	-0.014	0.3035	0.0027	0.117	62.3282	3.3884	4.0426

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	14 - 71
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	72 - 128
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	129 - 187
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	188 - 302

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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