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万見
- PDB-3p4i: Crystal structure of acetate kinase from Mycobacterium avium -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3p4i
タイトルCrystal structure of acetate kinase from Mycobacterium avium
要素Acetate kinase
キーワードTRANSFERASE / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / mycobacterium / tuberculosis / non-pathogenic species / ortholog / pyruvate / propanoate / acetyl-CoA biosynthesis / kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


acetate kinase / acetate kinase activity / acetate metabolic process / acetyl-CoA biosynthetic process / magnesium ion binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Acetate/propionate kinase / Aliphatic acid kinase, short-chain, conserved site / Acetate and butyrate kinases family signature 1. / Aliphatic acid kinase, short-chain / Acetokinase family / ATPase, nucleotide binding domain / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mycobacterium avium (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: Tuberculosis (Edinb) / 年: 2015
タイトル: Increasing the structural coverage of tuberculosis drug targets.
著者: Baugh, L. / Phan, I. / Begley, D.W. / Clifton, M.C. / Armour, B. / Dranow, D.M. / Taylor, B.M. / Muruthi, M.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / Fox, D. / Dieterich, S.H. / Staker, B.L. / ...著者: Baugh, L. / Phan, I. / Begley, D.W. / Clifton, M.C. / Armour, B. / Dranow, D.M. / Taylor, B.M. / Muruthi, M.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / Fox, D. / Dieterich, S.H. / Staker, B.L. / Gardberg, A.S. / Choi, R. / Hewitt, S.N. / Napuli, A.J. / Myers, J. / Barrett, L.K. / Zhang, Y. / Ferrell, M. / Mundt, E. / Thompkins, K. / Tran, N. / Lyons-Abbott, S. / Abramov, A. / Sekar, A. / Serbzhinskiy, D. / Lorimer, D. / Buchko, G.W. / Stacy, R. / Stewart, L.J. / Edwards, T.E. / Van Voorhis, W.C. / Myler, P.J.
履歴
登録2010年10月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年11月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22015年3月11日Group: Database references
改定 1.32015年4月15日Group: Database references
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acetate kinase
B: Acetate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,3643
ポリマ－83,3022
非ポリマー621
水4,179232
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6340 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area30840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.640, 101.710, 105.770
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: VAL / End label comp-ID: VAL / Refine code: 6 / Auth seq-ID: 8 - 385 / Label seq-ID: 12 - 389

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 Acetate kinase


分子量: 41651.051 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium avium (バクテリア)
遺伝子: ackA, MAV_4758 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0QLU8, acetate kinase
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 232 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.51 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: protein at 23.4 mg/mL, 10 % PEG 8000, 0.1 M Tris pH 7.0, 0.1 M MgCl2 with 25% ethylene glycol as cryo-protectant, crsytal tracking ID 216702h7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→50 Å / Num. all: 39172 / Num. obs: 39051 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 42.778 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 12.15
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
2.35-2.410.5313.4158372840100
2.41-2.480.4953.7155872795100
2.48-2.550.4174.2151192714100
2.55-2.630.3784.714604262499.9
2.63-2.710.3025.8143082573100
2.71-2.810.2516.813564244099.8
2.81-2.910.227.7132752393100
2.91-3.030.1898.812757230299.9
3.03-3.170.15210.5122782231100
3.17-3.320.11613.511548212399.9
3.32-3.50.09615.610890201299.8
3.5-3.720.0818.610164189599.3
3.72-3.970.0720.79381179999.7
3.97-4.290.06122.58777168599.5
4.29-4.70.055247810155799.3
4.7-5.250.0524.97237139598.8
5.25-6.070.05124.36767126199.4
6.07-7.430.051245716107399.2
7.43-10.510.0428.6433785198.7
10.510.03729.3228148896.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 59.18 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å39.69 Å
Translation3 Å39.69 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1tuy

1tuy


解像度: 2.35→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / WRfactor Rfree: 0.2174 / WRfactor Rwork: 0.1723 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.847 / SU B: 14.91 / SU ML: 0.157 / SU R Cruickshank DPI: 0.2897 / SU Rfree: 0.2198 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.22 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2298 1946 5 %RANDOM
Rwork0.1823 ---
obs0.1847 38908 99.35 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 128.73 Å2 / Biso mean: 37.2275 Å2 / Biso min: 14.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.49 Å20 Å20 Å2
2--2.82 Å20 Å2
3----1.33 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5633 0 4 232 5869
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0215763
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4721.9667841
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7545765
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.77822.49245
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.90415883
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.6631558
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.2912
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0214424
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6141.53766
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.16126008
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.85431997
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.1464.51829
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 2739 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
LOOSE POSITIONAL0.425
LOOSE THERMAL3.0510
LS精密化 シェル解像度: 2.35→2.411 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.333 147 -
Rwork0.228 2680 -
all-2827 -
obs--99.82 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.43240.49310.090.84720.47230.30370.0073-0.15510.1291-0.1017-0.04480.0676-0.0438-0.02050.03750.1329-0.0254-0.05190.14410.02410.183728.062848.016515.0253
20.08470.05970.05240.2362-0.07790.1052-0.05970.00450.0311-0.01930.07960.0568-0.0492-0.0262-0.01980.1615-0.0063-0.01530.18130.03490.172826.39527.235716.5519
32.3204-1.2238-0.6231.31110.5870.30360.0333-0.05190.12820.04850.0469-0.1212-0.07880.0357-0.08020.2741-0.04460.02390.1585-0.03150.123739.16928.172238.4162
40.13530.0878-0.07130.2174-0.0410.209-0.025-0.01740.004-0.02090.0615-0.00930.01150.0327-0.03650.1623-0.0129-0.00730.17950.00310.156943.725522.850717.7082
52.4266-0.7393-0.63321.02210.61130.4914-0.10810.37930.007-0.006-0.02060.01220.064-0.17010.12870.0764-0.11060.0330.2887-0.07850.1686.1974-13.101235.5937
614.6013-3.8332-5.86241.0221.53182.3572-1.62382.8153-4.13850.5831-0.38331.04480.7484-1.14352.00710.5931-0.2440.35680.6069-0.87351.28832.7156-21.87937.1931
70.65140.7561-0.58521.2113-0.46090.743-0.01380.10340.03330.0456-0.0082-0.01330.0224-0.16180.0220.1408-0.02450.00390.20810.02180.134413.6391-3.903945.2961
80.056-0.024-0.07070.2473-0.14920.2317-0.01330.00930.01180.00770.0520.00880.0405-0.0452-0.03870.147-0.0236-0.01910.20060.02650.146124.78962.195823.2796
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A8 - 122
2X-RAY DIFFRACTION2A123 - 259
3X-RAY DIFFRACTION3A260 - 285
4X-RAY DIFFRACTION4A286 - 388
5X-RAY DIFFRACTION5B8 - 57
6X-RAY DIFFRACTION6B58 - 71
7X-RAY DIFFRACTION7B72 - 138
8X-RAY DIFFRACTION8B139 - 388

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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