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Yorodumi- PDB-5keu: Crystal Structure of a Taurine Dioxygenase from Burkholderia xeno... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5keu | ||||||
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Title | Crystal Structure of a Taurine Dioxygenase from Burkholderia xenovorans | ||||||
Components | Taurine dioxygenase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / SSGCID / dioxygenase / Burkholderia xenovorans / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Burkholderia xenovorans (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.85 Å | ||||||
Authors | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
Citation | Journal: to be published Title: Crystal Structure of a Taurine Dioxygenase from Burkholderia xenovorans Authors: Dranow, D.M. / Lorimer, D. / Edwards, T.E. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5keu.cif.gz | 251.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5keu.ent.gz | 199.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5keu.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ke/5keu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ke/5keu | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 5hsxS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 35803.484 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Burkholderia xenovorans (strain LB400) (bacteria) Strain: LB400 / Gene: Bxe_C0112 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q13IQ2 #2: Chemical | ChemComp-FMT / #3: Chemical | ChemComp-EDO / | #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.79 Å3/Da / Density % sol: 55.91 % |
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Crystal grow | Temperature: 290 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: BuxeA.00024.c.B1.PS02531 at 10.4 mg/ml, protein mixed 1:1 and incubated with an equal volume JCSG+(a5): 20% (w/v) PEG-3350, 200 mM magnesium formate, and cryoprotected with 20% ethylene glycol in two steps |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-F / Wavelength: 0.97872 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Apr 13, 2016 / Details: Beryllium Lenses | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Diamond [111] / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97872 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.85→50 Å / Num. obs: 69151 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 19.69 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 21.3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5HSX Resolution: 1.85→41.061 Å / SU ML: 0.17 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 16.25
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 95.04 Å2 / Biso mean: 24.0685 Å2 / Biso min: 4.39 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.85→41.061 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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