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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 7lo2 | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | S-adenosylmethionine synthetase cocrystallized with CTP | ||||||
Components | S-adenosylmethionine synthase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / S-adenosylmethionine synthetase | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationmethionine adenosyltransferase / methionine adenosyltransferase activity / S-adenosylmethionine biosynthetic process / one-carbon metabolic process / magnesium ion binding / ATP binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | ![]() | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.89 Å | ||||||
Authors | Tan, L.L. / Jackson, C.J. | ||||||
Citation | Journal: Jacs Au / Year: 2021Title: Substrate Dynamics Contribute to Enzymatic Specificity in Human and Bacterial Methionine Adenosyltransferases. Authors: Gade, M. / Tan, L.L. / Damry, A.M. / Sandhu, M. / Brock, J.S. / Delaney, A. / Villar-Briones, A. / Jackson, C.J. / Laurino, P. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 7lo2.cif.gz | 727 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb7lo2.ent.gz | 501.6 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 7lo2.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 7lo2_validation.pdf.gz | 1.9 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 7lo2_full_validation.pdf.gz | 1.9 MB | Display | |
| Data in XML | 7lo2_validation.xml.gz | 60.5 KB | Display | |
| Data in CIF | 7lo2_validation.cif.gz | 85.4 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lo/7lo2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lo/7lo2 | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 7ll3C ![]() 7lnhC ![]() 7lnnC ![]() 7looC ![]() 7lowC ![]() 7lozC ![]() 1pl7S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
| ||||||||||||
| Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
| #1: Protein | Mass: 41998.508 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() |
|---|
-Non-polymers , 7 types, 670 molecules 












| #2: Chemical | ChemComp-MG / #3: Chemical | ChemComp-PO4 / #4: Chemical | ChemComp-POP / #5: Chemical | ChemComp-EDO / #6: Chemical | #7: Chemical | ChemComp-PG4 / | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Details
| Has ligand of interest | Y |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.55 Å3/Da / Density % sol: 51.71 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 292.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 8% PEG 8000, 0.1 M Bis-Tris pH 6.5, 20% ethylene glycol |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Australian Synchrotron / Beamline: MX2 / Wavelength: 0.9537 Å |
| Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Aug 28, 2020 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.9537 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 1.89→39.44 Å / Num. obs: 137355 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 33.74 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 13.8 |
| Reflection shell | Resolution: 1.89→1.92 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 6706 / CC1/2: 0.412 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 1PL7 Resolution: 1.89→38.22 Å / SU ML: 0.227 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 21.9672 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 46.14 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.89→38.22 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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X-RAY DIFFRACTION
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