+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7lo2 | ||||||
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Title | S-adenosylmethionine synthetase cocrystallized with CTP | ||||||
Components | S-adenosylmethionine synthase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / S-adenosylmethionine synthetase | ||||||
Function / homology | Function and homology information methionine adenosyltransferase / methionine adenosyltransferase activity / S-adenosylmethionine biosynthetic process / one-carbon metabolic process / magnesium ion binding / ATP binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Escherichia coli 908573 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.89 Å | ||||||
Authors | Tan, L.L. / Jackson, C.J. | ||||||
Citation | Journal: Jacs Au / Year: 2021 Title: Substrate Dynamics Contribute to Enzymatic Specificity in Human and Bacterial Methionine Adenosyltransferases. Authors: Gade, M. / Tan, L.L. / Damry, A.M. / Sandhu, M. / Brock, J.S. / Delaney, A. / Villar-Briones, A. / Jackson, C.J. / Laurino, P. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7lo2.cif.gz | 727 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7lo2.ent.gz | 501.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7lo2.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7lo2_validation.pdf.gz | 1.9 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7lo2_full_validation.pdf.gz | 1.9 MB | Display | |
Data in XML | 7lo2_validation.xml.gz | 60.5 KB | Display | |
Data in CIF | 7lo2_validation.cif.gz | 85.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lo/7lo2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lo/7lo2 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 7ll3C 7lnhC 7lnnC 7looC 7lowC 7lozC 1pl7S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 41998.508 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli 908573 (bacteria) / Gene: metK, HMPREF1611_00479 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: V0ZE41, methionine adenosyltransferase |
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-Non-polymers , 7 types, 670 molecules
#2: Chemical | ChemComp-MG / #3: Chemical | ChemComp-PO4 / #4: Chemical | ChemComp-POP / #5: Chemical | ChemComp-EDO / #6: Chemical | #7: Chemical | ChemComp-PG4 / | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.55 Å3/Da / Density % sol: 51.71 % |
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Crystal grow | Temperature: 292.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 8% PEG 8000, 0.1 M Bis-Tris pH 6.5, 20% ethylene glycol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Australian Synchrotron / Beamline: MX2 / Wavelength: 0.9537 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Aug 28, 2020 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9537 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.89→39.44 Å / Num. obs: 137355 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 33.74 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 13.8 |
Reflection shell | Resolution: 1.89→1.92 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 6706 / CC1/2: 0.412 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1PL7 Resolution: 1.89→38.22 Å / SU ML: 0.227 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 21.9672 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 46.14 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.89→38.22 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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