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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7ll3 | ||||||
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Title | S-adenosylmethionine synthetase co-crystallized with UppNHp | ||||||
![]() | S-adenosylmethionine synthase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / S-adenosylmethionine synthetase | ||||||
Function / homology | ![]() methionine adenosyltransferase / methionine adenosyltransferase activity / S-adenosylmethionine biosynthetic process / one-carbon metabolic process / magnesium ion binding / ATP binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Tan, L.L. / Jackson, C.J. | ||||||
![]() | ![]() Title: Substrate Dynamics Contribute to Enzymatic Specificity in Human and Bacterial Methionine Adenosyltransferases. Authors: Gade, M. / Tan, L.L. / Damry, A.M. / Sandhu, M. / Brock, J.S. / Delaney, A. / Villar-Briones, A. / Jackson, C.J. / Laurino, P. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 374.7 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 258.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.6 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 1.6 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 33 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 44.2 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7lnhC ![]() 7lnnC ![]() 7lo2C ![]() 7looC ![]() 7lowC ![]() 7lozC ![]() 1p7lS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 41998.508 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 5 types, 143 molecules ![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/UNP.gif)
![](data/chem/img/PPK.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/UNP.gif)
![](data/chem/img/PPK.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-EDO / #3: Chemical | ChemComp-UNP / | #4: Chemical | #5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.8 Å3/Da / Density % sol: 67.65 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 292.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 8% PEG 8000, 0.1 M Bis-Tris pH 6.5, 20% ethylene glycol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Aug 28, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9537 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.24→43.98 Å / Num. obs: 63722 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 32.8 % / Biso Wilson estimate: 67.56 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 19.6 |
Reflection shell | Resolution: 2.24→2.3 Å / Num. unique obs: 4401 / CC1/2: 0.385 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 1p7L Resolution: 2.24→43.98 Å / SU ML: 0.3383 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 26.3829 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 97.25 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.24→43.98 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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