PDB-3tcl: Crystal Structure of HIV-1 Neutralizing Antibody CH04

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3tcl

タイトル

Crystal Structure of HIV-1 Neutralizing Antibody CH04

要素

CH04 Heavy Chain Fab
CH04 Light Chain Fab

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Ig / Immunoglobulin

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / IMIDAZOLE

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.906 Å

データ登録者

Louder, R.K. / McLellan, J.S. / Pancera, M. / Yang, Y. / Zhang, B. / Bonsignori, M. / Kwong, P.D.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2011
タイトル: Structure of HIV-1 gp120 V1/V2 domain with broadly neutralizing antibody PG9.
著者: McLellan, J.S. / Pancera, M. / Carrico, C. / Gorman, J. / Julien, J.P. / Khayat, R. / Louder, R. / Pejchal, R. / Sastry, M. / Dai, K. / O'Dell, S. / Patel, N. / Shahzad-Ul-Hussan, S. / Yang, ...

履歴

登録	2011年8月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年11月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年12月14日	Group: Database references
改定 1.2	2011年12月21日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3tcl.cif.gz	367.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3tcl.ent.gz	301.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3tcl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3tcl_validation.pdf.gz	452.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3tcl_full_validation.pdf.gz	458.8 KB	表示
XML形式データ	3tcl_validation.xml.gz	39.1 KB	表示
CIF形式データ	3tcl_validation.cif.gz	57.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tc/3tcl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tc/3tcl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3u1sC 3u2sC 3u36C 3u46C 3u4bC 3u4eC 1dfbS 1qlrS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3u46-2 3ggw-2 2hkf-d 2a1w-1 4ztp-d 5jop-2 6gxx-d 4jfz-d 4iml-1 1lo3-2 1nlb-d 1him-2 4c83-2 6mqc-1 5mub-3 6fab-d 1e4x-2 3u0t-2 4c83-1 1xgy-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (1) #172 - 2014年4月 RecAとRad51 (RecA and Rad51) 類似性 (1) #194 - 2016年2月人工設計インスリン (Designer Insulins) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
類似性 (1)
#256 - 2021年4月
SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies)
類似性 (1)
#134 - 2011年2月
インテグリン (Integrin)
類似性 (1)
#172 - 2014年4月
RecAとRad51 (RecA and Rad51)
類似性 (1)
#194 - 2016年2月
人工設計インスリン (Designer Insulins)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#259 - 2021年7月
人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science)
類似性 (1)

登録構造単位

H: CH04 Heavy Chain Fab

L: CH04 Light Chain Fab

A: CH04 Heavy Chain Fab

B: CH04 Light Chain Fab

ヘテロ分子

98.5 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

H: CH04 Heavy Chain Fab

L: CH04 Light Chain Fab

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
49.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: CH04 Heavy Chain Fab

B: CH04 Light Chain Fab

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
49.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.363, 74.227, 183.568
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: 抗体	CH04 Heavy Chain Fab 分子量: 25417.223 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	CH04 Light Chain Fab 分子量: 23754.359 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo Sapiens (ヒト)
#3: 化合物	ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン分子量: 69.085 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₅N₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 623 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.6 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 20% PEG 8000, 3% MPD, 0.1M imidazole, , pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月6日
放射	モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 79061 / Num. obs: 78982 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射シェル	解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 5 % / R_merge(I) obs: 0.496 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 3892 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SERGUI		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: dev_755)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 1DFB and 1QLR

1dfb

1qlr

解像度: 1.906→39.703 Å / SU ML: 0.58 / σ(F): 0 / 位相誤差: 25.03 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2383	3961	5.02 %	Random
R_work	0.1956	-	-	-
all	0.1977	79201	-	-
obs	0.1977	78886	99.83 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.89 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 39.066 Å² / k_sol: 0.358 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.8215 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	4.4015 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-7.223 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.906→39.703 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6795	0	10	623	7428

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.013	7062
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.387	9611
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.899	2544
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.093	1048
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1251

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9063-1.9296	0.3621	148	0.2622	2567	X-RAY DIFFRACTION	97
1.9296-1.954	0.2643	143	0.2498	2632	X-RAY DIFFRACTION	100
1.954-1.9797	0.2916	121	0.2325	2659	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9797-2.0068	0.2721	135	0.2236	2665	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0068-2.0355	0.2872	126	0.227	2637	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0355-2.0659	0.2687	148	0.222	2635	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0659-2.0982	0.3162	158	0.233	2642	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0982-2.1326	0.3342	138	0.2218	2662	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1326-2.1693	0.2908	140	0.225	2649	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1693-2.2088	0.2848	146	0.2144	2616	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2088-2.2513	0.2643	136	0.2121	2679	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2513-2.2972	0.2556	155	0.2038	2662	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2972-2.3472	0.264	136	0.1982	2646	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3472-2.4018	0.2635	138	0.1949	2662	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4018-2.4618	0.2518	144	0.2	2651	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4618-2.5284	0.2726	144	0.2017	2671	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5284-2.6027	0.2684	173	0.1948	2632	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6027-2.6867	0.2335	131	0.1976	2675	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6867-2.7827	0.2676	141	0.1952	2686	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7827-2.8941	0.2843	136	0.2061	2690	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8941-3.0258	0.2159	123	0.1989	2687	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0258-3.1853	0.2526	129	0.1899	2724	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1853-3.3847	0.2249	140	0.1789	2685	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3847-3.6459	0.1886	151	0.1797	2688	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6459-4.0125	0.2067	136	0.1717	2731	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0125-4.5924	0.1915	145	0.1616	2753	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5924-5.783	0.1787	149	0.1775	2750	X-RAY DIFFRACTION	100
5.783-39.7116	0.2646	151	0.2281	2889	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.042	-0.9927	1.9086	3.8604	-3.0787	6.6182	-0.0504	-0.0983	-0.0947	0.0073	0.1712	0.1756	0.035	-0.1392	-0.1075	0.1698	-0.0215	0.0294	0.1727	0.0007	0.1458	-30.0206	-6.2961	-13.3001
2	4.8687	3.8703	1.8507	5.8955	0.6146	2.5461	-0.1719	0.0381	0.3127	0.0833	-0.1001	-0.1767	-0.4083	0.2677	0.2331	0.2662	-0.0141	-0.0762	0.2045	0.0591	0.2479	-23.9474	26.107	-25.2513
3	1.1105	2.2557	-0.3309	6.7789	-1.5158	2.5324	-0.0366	-0.1493	-0.0207	0.3283	-0.0265	-0.1715	-0.4699	0.0907	0.0623	0.2722	0.0195	-0.0093	0.3094	0.0303	0.1653	-27.6993	-0.2215	7.1372
4	1.8102	1.5171	1.8338	2.0062	1.1018	4.0952	-0.2518	-1.1674	0.6916	0.2605	-0.6153	0.4084	-0.7827	-1.9011	0.736	0.5037	0.157	-0.1013	0.8923	-0.2657	0.4265	-33.6297	31.0784	-13.0321
5	3.0113	1.2994	2.0666	3.0513	2.0799	6.3485	0.1693	-0.1215	-0.1017	0.1307	-0.0766	-0.1626	0.2598	-0.118	-0.084	0.1466	0.0178	-0.0104	0.1598	0.021	0.1664	23.1685	23.5316	-59.726
6	7.4447	-3.8626	-1.4419	3.0152	1.3544	2.715	-0.1614	-0.2136	0.5419	0.164	0.0865	-0.1485	-0.2378	-0.1211	0.0724	0.2085	-0.0016	-0.0585	0.1974	-0.0511	0.2517	-10.3758	30.8019	-68.5945
7	5.7239	-3.0592	1.4191	2.2588	-0.3542	1.5963	0.0095	-0.2592	-0.1408	0.2126	0.0102	0.1062	0.1138	-0.3402	-0.0161	0.2835	-0.0727	-0.0215	0.2594	0.0096	0.1585	18.3093	25.4181	-38.9882
8	4.441	1.338	1.1367	8.2081	3.4887	6.9309	-0.0342	-0.5306	-0.2441	0.3275	-0.0522	0.2875	0.5547	-0.3416	0.0917	0.2295	0.0448	0.0243	0.3156	0.0518	0.2408	-13.3017	20.5943	-55.8526

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain L and resid 1:109
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain L and resid 110:215
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain H and resid 1:134
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain H and resid 135:237
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain B and resid 1:109
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain B and resid 110:215
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain A and resid 1:134
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain A and resid 135:237

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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