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- PDB-3u4e: Crystal Structure of PG9 Fab in Complex with V1V2 Region from HIV... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3u4e | ||||||||||||
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Title | Crystal Structure of PG9 Fab in Complex with V1V2 Region from HIV-1 strain CAP45 | ||||||||||||
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![]() | IMMUNE SYSTEM / NEUTRALIZING ANTIBODIES / LONG CDRH3 / HIV-1 | ||||||||||||
Function / homology | ![]() positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / : / viral envelope / virion attachment to host cell ...positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / : / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / membrane Similarity search - Function | ||||||||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Gorman, J. / McLellan, J. / Pancera, M. / Kwong, P.D. | ||||||||||||
![]() | ![]() Title: Structure of HIV-1 gp120 V1/V2 domain with broadly neutralizing antibody PG9. Authors: McLellan, J.S. / Pancera, M. / Carrico, C. / Gorman, J. / Julien, J.P. / Khayat, R. / Louder, R. / Pejchal, R. / Sastry, M. / Dai, K. / O'Dell, S. / Patel, N. / Shahzad-Ul-Hussan, S. / Yang, ...Authors: McLellan, J.S. / Pancera, M. / Carrico, C. / Gorman, J. / Julien, J.P. / Khayat, R. / Louder, R. / Pejchal, R. / Sastry, M. / Dai, K. / O'Dell, S. / Patel, N. / Shahzad-Ul-Hussan, S. / Yang, Y. / Zhang, B. / Zhou, T. / Zhu, J. / Boyington, J.C. / Chuang, G.Y. / Diwanji, D. / Georgiev, I. / Do Kwon, Y. / Lee, D. / Louder, M.K. / Moquin, S. / Schmidt, S.D. / Yang, Z.Y. / Bonsignori, M. / Crump, J.A. / Kapiga, S.H. / Sam, N.E. / Haynes, B.F. / Burton, D.R. / Koff, W.C. / Walker, L.M. / Phogat, S. / Wyatt, R. / Orwenyo, J. / Wang, L.X. / Arthos, J. / Bewley, C.A. / Mascola, J.R. / Nabel, G.J. / Schief, W.R. / Ward, A.B. / Wilson, I.A. / Kwong, P.D. | ||||||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDB format | ![]() | 521.8 KB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
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Data in XML | ![]() | 47.7 KB | Display | |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 3tclC ![]() 3u1sC ![]() 3u2sSC ![]() 3u36C ![]() 3u46C ![]() 3u4bC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 2 molecules GJ
#1: Protein | Mass: 13722.299 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
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-Antibody , 2 types, 4 molecules HALB
#2: Antibody | Mass: 27193.172 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() |
---|---|
#3: Antibody | Mass: 22837.256 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() |
-Sugars , 4 types, 5 molecules
#4: Polysaccharide | Source method: isolated from a genetically manipulated source |
---|---|
#5: Polysaccharide | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source |
#6: Polysaccharide | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source |
#7: Polysaccharide | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source |
-Non-polymers , 2 types, 498 molecules 


#8: Chemical | ChemComp-SO4 / |
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#9: Water | ChemComp-HOH / |
-Details
Has protein modification | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.76 Å3/Da / Density % sol: 55.48 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 13% (w/v) PEG 3350, 11% (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol, 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M imidazole pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Aug 14, 2011 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: double crystal - liquid nitrogen cooled / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.19→50 Å / Num. all: 73822 / Num. obs: 67917 / % possible obs: 92 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 4.1 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 3U2S Resolution: 2.185→27.693 Å / SU ML: 0.71 / σ(F): 1.91 / Phase error: 25.42 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.73 Å / VDW probe radii: 1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 31.7 Å2 / ksol: 0.304 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.185→27.693 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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