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Yorodumi- PDB-3u2s: Crystal Structure of PG9 Fab in Complex with V1V2 Region from HIV... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3u2s | ||||||||||||
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Title | Crystal Structure of PG9 Fab in Complex with V1V2 Region from HIV-1 strain ZM109 | ||||||||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / greek key / immunoglobulin / immune recognition | ||||||||||||
Function / homology | Function and homology information positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / virus-mediated perturbation of host defense response / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope ...positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / virus-mediated perturbation of host defense response / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / structural molecule activity / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||||||||
Biological species | Homo sapiens (human) Human immunodeficiency virus 1 | ||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.797 Å | ||||||||||||
Authors | McLellan, J.S. / Pancera, M. / Kwong, P.D. | ||||||||||||
Citation | Journal: Nature / Year: 2011 Title: Structure of HIV-1 gp120 V1/V2 domain with broadly neutralizing antibody PG9. Authors: McLellan, J.S. / Pancera, M. / Carrico, C. / Gorman, J. / Julien, J.P. / Khayat, R. / Louder, R. / Pejchal, R. / Sastry, M. / Dai, K. / O'Dell, S. / Patel, N. / Shahzad-Ul-Hussan, S. / Yang, ...Authors: McLellan, J.S. / Pancera, M. / Carrico, C. / Gorman, J. / Julien, J.P. / Khayat, R. / Louder, R. / Pejchal, R. / Sastry, M. / Dai, K. / O'Dell, S. / Patel, N. / Shahzad-Ul-Hussan, S. / Yang, Y. / Zhang, B. / Zhou, T. / Zhu, J. / Boyington, J.C. / Chuang, G.Y. / Diwanji, D. / Georgiev, I. / Do Kwon, Y. / Lee, D. / Louder, M.K. / Moquin, S. / Schmidt, S.D. / Yang, Z.Y. / Bonsignori, M. / Crump, J.A. / Kapiga, S.H. / Sam, N.E. / Haynes, B.F. / Burton, D.R. / Koff, W.C. / Walker, L.M. / Phogat, S. / Wyatt, R. / Orwenyo, J. / Wang, L.X. / Arthos, J. / Bewley, C.A. / Mascola, J.R. / Nabel, G.J. / Schief, W.R. / Ward, A.B. / Wilson, I.A. / Kwong, P.D. | ||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3u2s.cif.gz | 611.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3u2s.ent.gz | 513.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3u2s.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u2/3u2s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u2/3u2s | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3tclC 3u1sC 3u36C 3u46C 3u4bC 3u4eC 3lrsS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules GC
#3: Protein | Mass: 13489.955 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: V1V2 region Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Human immunodeficiency virus 1 / Strain: ZM109 / Gene: env / Plasmid: pVRC8400 / Cell line (production host): HEK293S GnTI / Production host: Homo sapiens (human) / References: UniProt: Q6TCP8*PLUS |
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-Antibody , 2 types, 4 molecules HALB
#1: Antibody | Mass: 27193.172 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: antigen-binding fragment Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Plasmid: pVRC8400 / Cell line (production host): HEK293 / Production host: Homo sapiens (human) #2: Antibody | Mass: 22837.256 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Plasmid: pVRC8400 / Cell line (production host): HEK293 / Production host: Homo sapiens (human) |
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-Sugars , 2 types, 4 molecules
#4: Polysaccharide | Source method: isolated from a genetically manipulated source #7: Sugar | |
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-Non-polymers , 3 types, 854 molecules
#5: Chemical | ChemComp-SO4 / #6: Chemical | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.89 Å3/Da / Density % sol: 57.44 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 8% (w/v) PEG 3350, 5% (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol, 90 mM lithium sulfate, 45 mM imidazole pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 200 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 22-ID / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jul 11, 2011 |
Radiation | Monochromator: Si220 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.8→50 Å / Num. all: 134186 / Num. obs: 122378 / % possible obs: 91.2 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 |
Reflection shell | Resolution: 1.8→1.83 Å / Redundancy: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.438 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 4342 / % possible all: 64.8 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ID 3LRS Resolution: 1.797→41.581 Å / SU ML: 0.5 / σ(F): 0 / Phase error: 20.78 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.77 Å / VDW probe radii: 0.9 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 41.501 Å2 / ksol: 0.388 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.797→41.581 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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