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- PDB-6phd: Pfs25 in complex with the human transmission blocking antibody 2586 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6phd
タイトルPfs25 in complex with the human transmission blocking antibody 2586
要素
  • 25 kDa ookinete surface antigen
  • 2586 Antibody Fab, Heavy Chain
  • 2586 Antibody Fab, Light Chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Fab / Complex / Antigen / Immunoglobulin
機能・相同性
機能・相同性情報


side of membrane / cell surface / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Plasmodium vivax P25 fold / Plasmodium vivax P25 domain / Ookinete surface antigen, EGF domain / Pvs28 EGF domain / Orthogonal Prism / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like ...Plasmodium vivax P25 fold / Plasmodium vivax P25 domain / Ookinete surface antigen, EGF domain / Pvs28 EGF domain / Orthogonal Prism / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
25 kDa ookinete surface antigen
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者McLeod, B.R. / Julien, J.P.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Bill & Melinda Gates FoundationOPP1108403 カナダ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Potent antibody lineage against malaria transmission elicited by human vaccination with Pfs25.
著者: McLeod, B. / Miura, K. / Scally, S.W. / Bosch, A. / Nguyen, N. / Shin, H. / Kim, D. / Volkmuth, W. / Ramisch, S. / Chichester, J.A. / Streatfield, S. / Woods, C. / Schief, W.R. / Emerling, D. ...著者: McLeod, B. / Miura, K. / Scally, S.W. / Bosch, A. / Nguyen, N. / Shin, H. / Kim, D. / Volkmuth, W. / Ramisch, S. / Chichester, J.A. / Streatfield, S. / Woods, C. / Schief, W.R. / Emerling, D. / King, C.R. / Julien, J.P.
履歴
登録2019年6月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月9日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年4月3日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: 2586 Antibody Fab, Heavy Chain
L: 2586 Antibody Fab, Light Chain
C: 25 kDa ookinete surface antigen


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,9873
ポリマ－67,9873
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)156.545, 156.545, 85.667
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: 抗体 2586 Antibody Fab, Heavy Chain


分子量: 24773.803 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 2586 Antibody Fab, Light Chain


分子量: 22980.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質 25 kDa ookinete surface antigen / Pfs25


分子量: 20233.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P13829
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.13 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.5, 30 % (w/v) PEG 4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→40 Å / Num. obs: 19905 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.1 % / CC1/2: 0.986 / Rmerge(I) obs: 0.293 / Rpim(I) all: 0.084 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル解像度: 3.1→3.2 Å / 冗長度: 12.7 % / Rmerge(I) obs: 0.792 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 1770 / CC1/2: 0.698 / Rpim(I) all: 0.23 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: in house model

解像度: 3.1→39.947 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.78
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2314 994 5.01 %
Rwork0.2131 --
obs0.214 19851 99.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→39.947 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4481 0 0 0 4481
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0024587
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.476245
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.222788
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042710
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005800
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1-3.26340.34211390.31322645X-RAY DIFFRACTION100
3.2634-3.46770.31921400.27662639X-RAY DIFFRACTION100
3.4677-3.73530.26981400.24622657X-RAY DIFFRACTION100
3.7353-4.11090.24981380.22032652X-RAY DIFFRACTION100
4.1109-4.70490.20761420.17342688X-RAY DIFFRACTION100
4.7049-5.92460.18161440.17912717X-RAY DIFFRACTION100
5.9246-39.95040.18861510.19282859X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.9891.86791.63732.8955-0.39131.43670.15910.15390.7936-0.2357-0.66950.2808-0.1085-0.81160.38530.38270.01860.02480.55060.10590.50313.572742.1376-6.8561
26.55452.12676.74941.57752.26359.1516-0.61010.75751.0074-0.5475-0.14090.2518-0.92911.02730.73650.46190.0277-0.00670.40530.07290.549314.041145.39570.5055
31.5791-2.4152-0.86044.3895-0.36016.2489-0.20570.18940.25620.36810.06930.2039-0.4552-0.55830.10620.3309-0.04540.01160.4662-0.06850.33035.943933.29021.1539
46.7021-0.24860.79594.49450.91915.7153-0.9252-1.0152-0.1101-0.19310.6343-1.1761-0.4710.6660.19850.3814-0.08530.00420.4598-0.00410.446222.551836.15481.1331
56.5801-1.72483.19885.6081-0.05941.65371.60880.7559-1.1901-0.6405-0.14461.74071.55031.2892-1.12180.590.0395-0.07440.548-0.08570.539510.980325.9374-6.4064
60.43240.06430.08621.96842.11123.9841-0.2748-0.25150.715-1.70320.0613-1.6496-1.3483-0.66860.24010.59740.1322-0.0030.3696-0.01350.619916.936442.0901-5.3346
73.50391.27920.87223.63783.69593.923-0.52980.6890.6082-1.04870.6286-0.1041-1.21440.3766-0.17590.477-0.0867-0.05760.43380.12360.477712.372841.5645-6.7728
83.4409-0.20270.86580.4605-1.41495.1121-0.0587-0.1150.2628-0.0173-0.13850.425-0.0591-1.45950.27450.2247-0.0102-0.00770.50810.03540.3714.94534.365-3.8068
97.2427-3.7136-0.89054.7918-2.80024.0518-0.747-0.20730.37180.6826-0.0813-1.3753-0.3960.02880.9640.5259-0.07-0.14040.4182-0.0230.492522.022638.913314.3411
105.2406-0.54262.74031.1778-1.54935.0114-0.3582-0.02090.0922-0.21080.25810.2606-0.6536-0.9431-0.09090.28920.01690.05380.4394-0.01620.33452.921638.5015-0.0126
118.56094.0234-2.57296.4564-0.65853.0235-0.8565-0.5622-0.2845-1.35120.09350.47570.89491.0020.57680.42860.1315-0.10610.62160.07980.5112-21.864726.9537-17.0676
126.85642.2741-4.17026.09680.27356.91130.13480.9938-0.38010.08320.01860.499-0.6443-1.15810.110.44580.1726-0.00780.3933-0.13560.5677-32.135921.2251-4.6964
133.65550.9566-2.1192.3229-1.58114.05530.32980.0390.20080.0934-0.04990.6343-1.60090.6187-0.19970.3787-0.1419-0.07540.432-0.12670.3941-28.455633.0657-8.8649
145.8898-1.9437-1.75924.7117-4.89178.03890.21892.18250.6142-0.9318-0.04490.44881.71060.9730.0350.2904-0.0746-0.080.7398-0.08820.4611-15.226828.2357-9.0638
150.06330.03620.28433.2744-2.11974.69090.187-0.0332-0.0105-0.04970.01190.8521-0.0868-0.3648-0.25850.4094-0.02030.03520.398-0.07480.6177-34.851127.5979-8.8325
164.2344-0.28961.3121.23041.16665.0967-0.09350.22440.9526-0.80710.17991.84190.1083-0.39730.21250.42770.0267-0.11690.4233-0.15960.4178-33.495725.9701-16.2361
176.0507-0.0856-1.32211.71910.17132.2592-0.0325-0.42620.35070.2843-0.025-0.0533-0.0721-0.29240.04530.34360.06070.01080.5287-0.09910.26681.620132.092719.1591
181.611-0.11871.24690.53280.0029-0.246-0.1293-0.32470.00830.06420.0320.1035-0.0036-0.06230.14130.42970.05140.05930.5398-0.05790.3499-11.352825.15177.1989
193.5440.09970.5523.61461.56964.04910.0682-0.5063-0.2546-0.2042-0.1239-0.36970.27910.39020.11360.50380.0970.04920.56290.07910.3583-19.29716.66470.0716
204.84482.0683-0.0083.97031.36322.51270.2422-0.3347-0.03670.4243-0.05330.25410.28940.0493-0.26270.3889-0.0946-0.00850.4581-0.02440.319830.426129.024731.3524
215.7962-0.3826-1.11481.5401-0.9444.34080.0647-0.01570.3773-0.30870.0163-0.2177-0.10120.1528-0.04230.48370.0130.03550.3489-0.10040.36243.10535.427735.1408
220.7067-0.92241.61565.05850.24345.2144-1.2001-1.07221.2902-0.69590.7673-0.75790.1144-0.2590.26110.4048-0.1088-0.10750.8959-0.26020.577352.504933.506235.5238
231.9467-0.89-2.48626.32240.29569.2427-0.0221-0.8138-0.1711-1.26250.1245-0.80330.4921.0481-0.09290.64120.03570.13010.5251-0.01920.637660.25631.052531.3358
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259.0228-6.8406-1.81865.27962.28566.63180.3393-0.2031-1.94760.5384-0.13941.56720.63720.4821-0.27570.725-0.204-0.09650.53770.01880.725836.650913.619221.8291
263.328-1.93080.8831.4917-1.41471.7188-0.2074-0.07820.01290.02680.3113-0.02680.2842-0.2616-0.18140.4274-0.0561-0.0230.2997-0.04160.371328.959126.154811.0854
276.1724-1.0384.28684.1025-3.15854.52010.2386-0.18480.29560.98620.11380.1926-1.4261-1.9679-0.2650.3663-0.09770.19430.8773-0.04010.383218.611332.181630.1319
285.7362-0.45-0.10211.55510.35072.0333-1.0029-0.69891.60771.15590.7533-0.1396-0.0828-0.65620.40030.79240.0671-0.12090.7629-0.17060.504622.89837.860627.5028
299.31696.86893.05826.06363.17441.82-0.4043-1.49831.65451.2494-0.20390.19440.48270.71150.86561.00190.1822-0.12411.3561-0.20190.982918.86246.395235.1784
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'H' and (resid 1 through 17 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'H' and (resid 18 through 33 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'H' and (resid 34 through 51 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'H' and (resid 52 through 62 )
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9X-RAY DIFFRACTION9chain 'H' and (resid 103 through 113 )
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12X-RAY DIFFRACTION12chain 'H' and (resid 140 through 158 )
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17X-RAY DIFFRACTION17chain 'L' and (resid 5 through 69 )
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19X-RAY DIFFRACTION19chain 'L' and (resid 155 through 213 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 2 through 25 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 26 through 44 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 45 through 56 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 57 through 73 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'C' and (resid 74 through 101 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'C' and (resid 102 through 109 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'C' and (resid 110 through 132 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'C' and (resid 133 through 144 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'C' and (resid 145 through 158 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'C' and (resid 159 through 172 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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