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Yorodumi- PDB-6phd: Pfs25 in complex with the human transmission blocking antibody 2586 -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6phd | ||||||
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Title | Pfs25 in complex with the human transmission blocking antibody 2586 | ||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / Fab / Complex / Antigen / Immunoglobulin | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) Plasmodium falciparum (malaria parasite P. falciparum) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.1 Å | ||||||
Authors | McLeod, B.R. / Julien, J.P. | ||||||
Funding support | Canada, 1items
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Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2019 Title: Potent antibody lineage against malaria transmission elicited by human vaccination with Pfs25. Authors: McLeod, B. / Miura, K. / Scally, S.W. / Bosch, A. / Nguyen, N. / Shin, H. / Kim, D. / Volkmuth, W. / Ramisch, S. / Chichester, J.A. / Streatfield, S. / Woods, C. / Schief, W.R. / Emerling, D. ...Authors: McLeod, B. / Miura, K. / Scally, S.W. / Bosch, A. / Nguyen, N. / Shin, H. / Kim, D. / Volkmuth, W. / Ramisch, S. / Chichester, J.A. / Streatfield, S. / Woods, C. / Schief, W.R. / Emerling, D. / King, C.R. / Julien, J.P. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6phd.cif.gz | 241.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6phd.ent.gz | 194.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6phd.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6phd_validation.pdf.gz | 437.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6phd_full_validation.pdf.gz | 440.4 KB | Display | |
Data in XML | 6phd_validation.xml.gz | 20.7 KB | Display | |
Data in CIF | 6phd_validation.cif.gz | 27.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ph/6phd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ph/6phd | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Antibody | Mass: 24773.803 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Homo sapiens (human) |
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#2: Antibody | Mass: 22980.316 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Homo sapiens (human) |
#3: Protein | Mass: 20233.270 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Plasmodium falciparum (malaria parasite P. falciparum) Production host: Homo sapiens (human) / References: UniProt: P13829 |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.86 Å3/Da / Density % sol: 68.13 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion Details: 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.5, 30 % (w/v) PEG 4000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: CLSI / Beamline: 08ID-1 / Wavelength: 0.97949 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Jun 3, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97949 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.1→40 Å / Num. obs: 19905 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 13.1 % / CC1/2: 0.986 / Rmerge(I) obs: 0.293 / Rpim(I) all: 0.084 / Net I/σ(I): 8.3 |
Reflection shell | Resolution: 3.1→3.2 Å / Redundancy: 12.7 % / Rmerge(I) obs: 0.792 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 1770 / CC1/2: 0.698 / Rpim(I) all: 0.23 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: in house model Resolution: 3.1→39.947 Å / SU ML: 0.37 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 22.78
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.1→39.947 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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