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万見
- PDB-4g7y: Crystal structure of voltage sensing domain of Ci-VSP with fragme... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4g7y
タイトルCrystal structure of voltage sensing domain of Ci-VSP with fragment antibody (R217E, 2.8 A)
要素
  • (Fragment antibody ...) x 2
  • Voltage-sensor containing phosphatase
キーワードMEMBRANE PROTEIN / alpha helix / fragment antibody / Voltage sensing domain / Sensing voltage
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphatase activity / monoatomic ion channel activity / membrane
類似検索 - 分子機能
TPTE, protein tyrosine phosphatase-like catalytic domain / : / Tensin phosphatase, C2 domain / Tensin-type phosphatase domain / C2 domain of PTEN tumour-suppressor protein / Phosphatase tensin-type domain profile. / C2 tensin-type domain profile. / C2 domain of PTEN tumour-suppressor protein / Polymorphic toxin system, DSP-PTPase phosphatase / Voltage-dependent channel domain superfamily ...TPTE, protein tyrosine phosphatase-like catalytic domain / : / Tensin phosphatase, C2 domain / Tensin-type phosphatase domain / C2 domain of PTEN tumour-suppressor protein / Phosphatase tensin-type domain profile. / C2 tensin-type domain profile. / C2 domain of PTEN tumour-suppressor protein / Polymorphic toxin system, DSP-PTPase phosphatase / Voltage-dependent channel domain superfamily / Tyrosine specific protein phosphatases active site. / Protein-tyrosine phosphatase, active site / Tyrosine specific protein phosphatases domain profile. / Tyrosine-specific protein phosphatases domain / Protein-tyrosine phosphatase-like / C2 domain superfamily / Ion transport domain / Ion transport protein / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Voltage-sensor containing phosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Ciona intestinalis (ゆうれいぼや)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Li, Q.
引用ジャーナル: Nat. Struct. Mol. Biol. / 年: 2014
タイトル: Structural mechanism of voltage-dependent gating in an isolated voltage-sensing domain.
著者: Li, Q. / Wanderling, S. / Paduch, M. / Medovoy, D. / Singharoy, A. / McGreevy, R. / Villalba-Galea, C.A. / Hulse, R.E. / Roux, B. / Schulten, K. / Kossiakoff, A. / Perozo, E.
履歴
登録2012年7月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22017年12月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32019年7月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.42024年11月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Fragment antibody heavy chain
L: Fragment antibody light chain
S: Voltage-sensor containing phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,6546
ポリマ－67,3653
非ポリマー2893
水63135
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3440 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area19120 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)121.010, 121.010, 229.570
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11L-301-

CL

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 S

#3: タンパク質 Voltage-sensor containing phosphatase


分子量: 21168.658 Da / 分子数: 1 / Mutation: R217E / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ciona intestinalis (ゆうれいぼや)
遺伝子: Ci-VSP / プラスミド: pQE32 with sequence encoding for Ci-VSD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL10-Gold / 参照: UniProt: Q4W8A1

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抗体 , 2種, 2分子 HL

#1: 抗体 Fragment antibody heavy chain


分子量: 23092.639 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
プラスミド: phagemid coding for both heavy chain and light chain of the fragment antibody
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): 55244
#2: 抗体 Fragment antibody light chain


分子量: 23103.670 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
プラスミド: phagemid coding for both heavy chain and light chain of the fragment antibody
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): 55244

-
非ポリマー , 4種, 38分子

#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-LDA / LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE


分子量: 229.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H31NO / コメント: LDAO, 可溶化剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.85 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: 0.1 M Bicine, 0.3 M MgCl2, 24% PEG 2000, 10% Glycerol, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源
由来サイトビームラインID
シンクロトロンAPS 23-ID-B1
シンクロトロンAPS 24-ID-E2
検出器
タイプID検出器日付
Mar 300 CCD1CCD2011年2月27日
ADSC QUANTUM 3152CCD2011年4月11日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2x-ray1
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.8→104.8 Å / Num. all: 24429 / Num. obs: 24429 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2.2 / 冗長度: 8.2 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0117精密化
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
JBluceat 23-IDデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→104.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.896 / SU B: 11.674 / SU ML: 0.227 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.474 / ESU R Free: 0.316 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26078 1285 5.1 %RANDOM
Rwork0.20622 ---
obs0.20887 23891 99.75 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 57.094 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.96 Å20.48 Å20 Å2
2--0.96 Å20 Å2
3----1.44 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→104.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4256 0 18 35 4309
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.024382
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.024209
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6341.9565964
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8239516
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4515552
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.04823.605172
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.92615691
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.2311520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2680
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0214934
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021004
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.873 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.377 91 -
Rwork0.338 1514 -
obs--99.81 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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