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Yorodumi- PDB-6a67: Crystal structure of influenza A virus H5 hemagglutinin globular ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6a67 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
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Title | Crystal structure of influenza A virus H5 hemagglutinin globular head in complex with the Fab of antibody FLD21.140 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / influenza virus / H5N1 / neutralizing antibodies / receptor binding site | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Function / homology | Function and homology information clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / membrane => GO:0016020 / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane Similarity search - Function | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Biological species | Homo sapiens (human) Influenza A virus | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.33 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Authors | Wang, P. / Zuo, Y. / Sun, J. / Zhang, L. / Wang, X. | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Funding support | China, 10items
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Citation | Journal: J. Biol. Chem. / Year: 2018 Title: Complementary recognition of the receptor-binding site of highly pathogenic H5N1 influenza viruses by two human neutralizing antibodies. Authors: Zuo, Y. / Wang, P. / Sun, J. / Guo, S. / Wang, G. / Zuo, T. / Fan, S. / Zhou, P. / Liang, M. / Shi, X. / Wang, X. / Zhang, L. | |||||||||||||||||||||||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6a67.cif.gz | 507.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6a67.ent.gz | 417.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6a67.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a6/6a67 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a6/6a67 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 5dutS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Antibody | Mass: 23979.801 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Cell line (production host): HEK293T / Production host: Homo sapiens (human) #2: Antibody | Mass: 22838.131 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Cell line (production host): HEK293T / Production host: Homo sapiens (human) #3: Protein | Mass: 26470.893 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Influenza A virus (A/Thailand/1(KAN-1)/2004(H5N1)) Production host: Spodoptera frugiperda (fall armyworm) / References: UniProt: Q6Q794 #4: Sugar | ChemComp-NAG / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.6 Å3/Da / Density % sol: 65.89 % |
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Crystal grow | Temperature: 291.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 2.0M (NH4)2SO4. 0.1M Bis-Tris pH 5.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL17U / Wavelength: 0.9796 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Oct 13, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9796 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.33→50 Å / Num. obs: 89876 / % possible obs: 99.5 % / Redundancy: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 22.3 |
Reflection shell | Resolution: 2.33→2.37 Å / Rmerge(I) obs: 0.995 / Num. unique obs: 4350 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5DUT Resolution: 2.33→36.913 Å / SU ML: 0.29 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 24.88
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.33→36.913 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 353.3282 Å / Origin y: -114.1824 Å / Origin z: 159.4992 Å
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Refinement TLS group | Selection details: all |