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万見
- PDB-2i9l: Structure of Fab 7D11 from a neutralizing antibody against the po... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2i9l
タイトルStructure of Fab 7D11 from a neutralizing antibody against the poxvirus L1 protein
要素
  • Antibody 7D11 heavy chain
  • Antibody 7D11 light chain
  • Virion membrane protein M25
キーワードIMMUNE SYSTEM/VIRAL PROTEIN / Neutralizing antibody / Poxvirus / antibody complex / IMMUNE SYSTEM-VIRAL PROTEIN COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


viral envelope / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Virion membrane protein, poxvirus L1-related / Lipid membrane protein of large eukaryotic DNA viruses / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Entry-fusion complex associated protein OPG095
類似検索 - 構成要素
生物種Vaccinia virus (ウイルス)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Su, H.P. / Golden, J.W. / Gittis, A.G. / Moss, B. / Hooper, J.W. / Garboczi, D.N.
引用ジャーナル: Virology / 年: 2007
タイトル: Structural basis for the binding of the neutralizing antibody, 7D11, to the poxvirus L1 protein
著者: Su, H.-P. / Golden, J.W. / Gittis, A.G. / Hooper, J.W. / Garboczi, D.N.
履歴
登録2006年9月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Antibody 7D11 light chain
B: Antibody 7D11 heavy chain
C: Antibody 7D11 light chain
D: Antibody 7D11 heavy chain
E: Antibody 7D11 light chain
F: Antibody 7D11 heavy chain
G: Antibody 7D11 light chain
H: Antibody 7D11 heavy chain
I: Virion membrane protein M25
J: Virion membrane protein M25
K: Virion membrane protein M25
L: Virion membrane protein M25
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)270,24620
ポリマ－269,50912
非ポリマー7378
水25214
1
A: Antibody 7D11 light chain
B: Antibody 7D11 heavy chain
I: Virion membrane protein M25
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,5615
ポリマ－67,3773
非ポリマー1842
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Antibody 7D11 light chain
D: Antibody 7D11 heavy chain
J: Virion membrane protein M25
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,4694
ポリマ－67,3773
非ポリマー921
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: Antibody 7D11 light chain
F: Antibody 7D11 heavy chain
K: Virion membrane protein M25
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,7467
ポリマ－67,3773
非ポリマー3684
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
G: Antibody 7D11 light chain
H: Antibody 7D11 heavy chain
L: Virion membrane protein M25
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,4694
ポリマ－67,3773
非ポリマー921
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)218.770, 85.561, 211.843
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 119.60, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: 抗体
Antibody 7D11 light chain


分子量: 24175.852 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Antibody light chain isolated from a hybridoma / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体
Antibody 7D11 heavy chain


分子量: 23668.525 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Antibody heavy chain isolated from a hybridoma / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: タンパク質
Virion membrane protein M25


分子量: 19532.877 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vaccinia virus (ウイルス) / 属: Orthopoxvirus / 株: Western Reserve / 遺伝子: l1r / プラスミド: pNAN / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) - RIL / 参照: UniProt: P07612
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.53 %
結晶化温度: 298 K / pH: 8
詳細: 10% PEG 10000, 0.1M Tris, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K, pH 8.00

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97915
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月14日
放射モノクロメーター: SI / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→50 Å / Num. obs: 61289 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.124 / Net I/σ(I): 7
反射 シェル解像度: 3.1→3.21 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.464 / % possible all: 99.6

-
位相決定

Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation3.1 Å46.05 Å
Translation3.1 Å46.05 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1YPY, 1YMH

1ypy

1ymh


解像度: 3.1→50 Å / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.259 3109 5 %RANDOM
Rwork0.24 ---
obs0.24 61228 98.4 %-
溶媒の処理Bsol: 10 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 39.19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18612 0 48 14 18674
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.91
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.1891.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.1312
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.642
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.6542.5
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.12 Å / Total num. of bins used: 50 /
Rfactor反射数
Rfree0.323 64
Rwork0.355 1015
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:PROTEIN_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:WATER_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION3GOL_XPLOR_PAR.TXT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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