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- PDB-7kfv: Structural basis for a germline-biased antibody response to SARS-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kfv
タイトルStructural basis for a germline-biased antibody response to SARS-CoV-2 (RBD:C1A-B12 Fab)
要素
  • Heavy chain of antibody C1A-B12 Fab
  • Spike glycoprotein
  • light chain of antibody C1A-B3 Fab
キーワードIMMUNE SYSTEM/Viral protein / COVID-19 / SARS-CoV-2 / neutralizing antibody / affinity maturation / IMMUNE SYSTEM / IMMUNE SYSTEM-Viral protein complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell surface receptor binding / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / receptor ligand activity / endocytosis involved in viral entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.102 Å
データ登録者Pan, J. / Abraham, J. / Clark, L. / Clark, S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Other privateno grant number 米国
引用ジャーナル: Biorxiv / 年: 2020
タイトル: Molecular basis for a germline-biased neutralizing antibody response to SARS-CoV-2.
著者: Clark, S.A. / Clark, L.E. / Pan, J. / Coscia, A. / McKay, L.G.A. / Shankar, S. / Johnson, R.I. / Griffiths, A. / Abraham, J.
履歴
登録2020年10月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年12月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月20日Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_name_com ...entity / entity_name_com / entity_src_gen / struct / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.gene_src_common_name ..._entity.pdbx_description / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _struct.pdbx_descriptor / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _citation.journal_id_ISSN / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Spike glycoprotein
B: Spike glycoprotein
C: Heavy chain of antibody C1A-B12 Fab
D: light chain of antibody C1A-B3 Fab
E: Spike glycoprotein
F: Heavy chain of antibody C1A-B12 Fab
G: light chain of antibody C1A-B3 Fab
H: Heavy chain of antibody C1A-B12 Fab
L: light chain of antibody C1A-B3 Fab
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)218,19712
ポリマ－217,5339
非ポリマー6643
水29,5811642
1
A: Spike glycoprotein
H: Heavy chain of antibody C1A-B12 Fab
L: light chain of antibody C1A-B3 Fab
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,7324
ポリマ－72,5113
非ポリマー2211
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Spike glycoprotein
C: Heavy chain of antibody C1A-B12 Fab
D: light chain of antibody C1A-B3 Fab
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,7324
ポリマ－72,5113
非ポリマー2211
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: Spike glycoprotein
F: Heavy chain of antibody C1A-B12 Fab
G: light chain of antibody C1A-B3 Fab
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,7324
ポリマ－72,5113
非ポリマー2211
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)84.834, 113.25, 268.878
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Spike glycoprotein / S glycoprotein / E2 / Peplomer protein


分子量: 25467.650 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
遺伝子: S, 2 / プラスミド: pHLSec / Cell (発現宿主): epithelial / 細胞株 (発現宿主): HEK-293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 組織 (発現宿主): embryonic kidney / 参照: UniProt: P0DTC2
#2: 抗体 Heavy chain of antibody C1A-B12 Fab


分子量: 23824.607 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pVRC-8400 / 細胞株 (発現宿主): HEK-293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 light chain of antibody C1A-B3 Fab


分子量: 23218.801 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pVRC-8400 / 細胞株 (発現宿主): HEK-293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1642 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.57 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: protein sample: 13 mg/mL in 150mM NaCl, 25 mM Tris-HCl, pH 7.5 mother liquor composition (equal volume): 0.1 M BICINE pH 8.5, 20% (w/v ) PEG 10000

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→200 Å / Num. obs: 149225 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.01 % / CC1/2: 0.995 / Rrim(I) all: 0.257 / Χ2: 0.91 / Net I/σ(I): 8.98
反射 シェル解像度: 2.1→2.23 Å / 冗長度: 6.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.35 / Num. unique obs: 44734 / CC1/2: 0.397 / % possible all: 94.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
PHENIX1.18.2-3874data processing
O15.1.0モデル構築
XDS20200131データ削減
XDS20200131データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7BZ5

7bz5


解像度: 2.102→134.44 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU R Cruickshank DPI: 0.172 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.184 / SU Rfree Blow DPI: 0.156 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.151
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2155 7437 5 %RANDOM
Rwork0.183 ---
obs0.1846 149225 98.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 47.61 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.0863 Å20 Å20 Å2
2--7.5903 Å20 Å2
3----3.504 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.26 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.102→134.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14511 0 42 1642 16195
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00815270HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.9720831HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d5093SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes2605HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it15267HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1982SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies38HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact13068SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.7
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.58
LS精密化 シェル解像度: 2.102→2.12 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2375 144 -
Rwork0.2408 --
obs--73.35 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.37371.8548-2.91041.187-2.47388.3155-0.16870.2703-0.23310.27030.0373-0.5088-0.2331-0.50880.1314-0.03170.09240.152-0.304-0.0111-0.1183-27.90188.2193101.249
20-1.1021-0.75191.4815-0.9718.3155-0.17040.5442-0.45670.54420.0754-0.3145-0.4567-0.31450.0950.17750.03330.152-0.3040.0058-0.1764-20.245692.46103.357
31.76840.88970.55610.7788-0.42920.029-0.25650.5442-0.10990.54420.28780.127-0.10990.127-0.03130.23850.10670.0956-0.26450.1026-0.2039-17.173879.5035110.433
40-0.0653-0.14545.79532.91045.68230.0750.5010.32860.501-0.1119-0.2580.3286-0.2580.0368-0.02970.00610.0546-0.22510.0431-0.168-15.68968495.5108
50.24060.2366-0.32351.02350.18570.50480.00280.41060.04530.41060.05080.05720.04530.0572-0.05360.00010.04020.0457-0.17870.0106-0.1502-13.075383.147595.2128
60-0.0138-1.83660.4158-0.46151.9442-0.2796-0.0043-0.0923-0.00430.2646-0.3042-0.0923-0.30420.015-0.05550.03830.0166-0.10710.0143-0.1223-19.836986.552182.0096
70-0.3271-1.04411.452.20421.42170.15310.0588-0.37280.05880.02960.134-0.37280.134-0.1827-0.09960.02770.0373-0.1410.0331-0.0992-8.213796.548583.5423
80.5683-1.24320.33153.01120.70470.09630.28790.1646-0.48380.1646-0.2303-0.5247-0.4838-0.5247-0.0577-0.09040.11230.0655-0.05570.063-0.1985-12.14294.538672.4916
90.03541.07140.55243.64292.7843.5156-0.10180.41320.25390.4132-0.05130.03980.25390.03980.1531-0.0376-0.02440.0832-0.17350.0047-0.1497-20.478879.813191.3149
1002.78392.910401.38316.44920.03080.1227-0.08560.12270.16710.5442-0.08560.5442-0.19790.3040.09560.1385-0.3040.0559-0.304-14.87993.078118.055
110.6854-0.65440.53562.53340.36394.0926-0.14750.54420.30430.5442-0.1615-0.24370.3043-0.24370.30910.0252-0.07780.119-0.2078-0.0751-0.243632.7693109.071109.942
1200.0916-0.41930.5520.48651.80130.02820.16860.01130.1686-0.1609-0.07660.0113-0.07660.1327-0.108-0.02590.0199-0.0993-0.0484-0.149634.4148111.56892.8787
130.7018-0.4202-0.07680.37480.81470.71820.01160.04690.03990.0469-0.03630.04660.03990.04660.0247-0.11620.0151-0.0117-0.0908-0.0271-0.126548.8448101.65770.1234
141.73650.24011.55581.4857-0.3522.096-0.1936-0.33770.0185-0.33770.19590.15390.01850.1539-0.0023-0.0497-0.0491-0.04-0.14930.0013-0.168850.440393.000138.0178
150-0.22.26261.76710.34327.6325-0.05550.31860.54420.3186-0.4333-0.48060.5442-0.48060.4888-0.233-0.07120.008-0.0764-0.152-0.089124.585690.160866.0297
1600.32190.3910.85531.39791.8237-0.0052-0.0585-0.0207-0.0585-0.3307-0.1707-0.0207-0.17070.3359-0.18820.0187-0.0318-0.0351-0.131-0.111128.42799.069367.3086
170.62410.0311-0.1710.44571.29681.4269-0.0769-0.1330.1674-0.133-0.0499-0.06830.1674-0.06830.1268-0.1229-0.012-0.0625-0.0777-0.091-0.113826.631587.862348.1048
180.7990.05910.19740.0330.66460.3286-0.0457-0.0751-0.0583-0.07510.03710.0432-0.05830.04320.0086-0.0686-0.0011-0.011-0.0970.0118-0.151245.06679.199137.8707
192.5791-0.8292-0.8420.43160.59290.5064-0.0252-0.1536-0.0224-0.15360.02480.0417-0.02240.04170.0004-0.050.0072-0.0167-0.12440.0047-0.170243.015479.27235.4966
202.29780.4121-0.12962.58582.91042.1994-0.08130.51130.3150.5113-0.1180.28570.3150.28570.1993-0.1169-0.00330.0547-0.2329-0.152-0.099122.780252.561-18.3126
217.5882.91042.910402.91044.054-0.0149-0.54420.4639-0.54420.3436-0.54420.4639-0.5442-0.3287-0.3040.0206-0.152-0.0919-0.152-0.30412.044856.2862-28.5567
220.3682-0.0051-1.54960.50032.91042.904-0.01330.0532-0.18470.0532-0.5089-0.3169-0.1847-0.31690.5222-0.13060.0262-0.0133-0.0853-0.152-0.20123.544565.5668-14.1506
2301.56441.52775.94341.69523.59470.20390.39890.12580.39890.13640.54420.12580.5442-0.3403-0.0734-0.00560.0176-0.0558-0.152-0.204340.104972.7851-2.4299
244.93651.0829-1.943402.91041.7607-0.01340.25970.25890.2597-0.5174-0.35270.2589-0.35270.5308-0.1888-0.06470.0461-0.1462-0.152-0.30416.909762.2272-9.9058
2502.9104-2.91040.74242.91045.50740.0447-0.521-0.0184-0.521-0.12830.4363-0.01840.43630.0836-0.304-0.1520.03180.1875-0.152-0.30421.724551.4334-38.0503
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360.1167-0.349-0.2140.68440.36232.30730.00820.06260.03330.06260.0334-0.00870.0333-0.0087-0.0416-0.0415-0.0002-0.0149-0.1291-0.0454-0.189724.048578.780411.9699
370.279-0.02080.14450.43920.92752.82690.00380.0616-0.04210.0616-0.0019-0.0965-0.0421-0.0965-0.0018-0.03760.0051-0.0196-0.1293-0.0289-0.184421.136279.718513.7412
380-1.33420.20334.0718-0.1370.9486-0.16660.2787-0.05330.27870.08150.2335-0.05330.23350.08510.0161-0.00230.0053-0.168-0.0305-0.205716.167791.902930.1855
3900.8173-0.49810.70282.21841.4866-0.06340.2038-0.54420.20380.0703-0.2901-0.5442-0.2901-0.007-0.00110.0359-0.077-0.304-0.0733-0.05646.3955119.93224.1639
401.4259-0.5596-0.22820.55920.35130-0.04110.08950.0440.0895-0.0985-0.10580.044-0.10580.13970.01240.015-0.0341-0.1813-0.0835-0.16853.8762105.26826.1313
413.9784-2.91041.27712.701-1.16130.27950.1125-0.10870.1875-0.1087-0.2426-0.09280.1875-0.09280.13010.00760.0082-0.0317-0.2047-0.0327-0.148314.1576101.56824.5853
422.0561-1.10151.07035.2953-0.53970.75050.0546-0.1401-0.0134-0.1401-0.28680.1089-0.01340.10890.2322-0.07610.019-0.0708-0.2003-0.1188-0.1266-1.1428113.55223.2059
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440.0654-1.3218-0.91742.48380.41711.36710.05410.0145-0.02820.01450.00230.1284-0.02820.1284-0.0565-0.18580.0168-0.029-0.0767-0.0142-0.07398.139680.974669.5143
450.7553-0.8934-0.77590.90630.45750.6194-0.09260.11970.09110.11970.03820.08220.09110.08220.0543-0.14690.0434-0.0212-0.0754-0.0227-0.11583.89875.351572.6145
460.9006-0.40480.32451.6783-1.13133.24690.0015-0.33530.4284-0.3353-0.00810.05240.42840.05240.00660.0115-0.00620.0155-0.181-0.0198-0.139814.796265.972736.79
471.0701-0.61190.80681.0953-1.58091.8684-0.1808-0.0308-0.0201-0.0308-0.0092-0.087-0.0201-0.0870.19-0.05820.0215-0.013-0.1737-0.0212-0.132614.764169.999743.4542
480-0.1417-1.01191.9199-1.20375.2111-0.1090.17760.45060.1776-0.3263-0.29040.4506-0.29040.4352-0.2038-0.0267-0.018-0.1751-0.09690.0184-17.480365.56461.4939
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511.1049-0.40930.26420.69020.35050.7495-0.0118-0.2669-0.0268-0.26690.0013-0.0754-0.0268-0.07540.0105-0.0507-0.00460.0362-0.1653-0.0177-0.13869.705856.767538.6803
522.3251-2.40360.06373.25972.45370.70970.0077-0.16190.0741-0.16190.0111-0.26290.0741-0.2629-0.0188-0.0034-0.05090.0378-0.1598-0.0001-0.149410.13548.405642.029
533.748-1.8004-0.45531.35060.20810.3961-0.0424-0.16360.0734-0.16360.0233-0.05180.0734-0.05180.0191-0.0430.00220.0387-0.2-0.0201-0.14558.525654.858436.595
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|334 - A|349 }A334 - 349
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|350 - A|364 }A350 - 364
3X-RAY DIFFRACTION3{ A|365 - A|393 }A365 - 393
4X-RAY DIFFRACTION4{ A|394 - A|409 }A394 - 409
5X-RAY DIFFRACTION5{ A|410 - A|442 }A410 - 442
6X-RAY DIFFRACTION6{ A|443 - A|459 }A443 - 459
7X-RAY DIFFRACTION7{ A|460 - A|479 }A460 - 479
8X-RAY DIFFRACTION8{ A|480 - A|494 }A480 - 494
9X-RAY DIFFRACTION9{ A|495 - A|516 }A495 - 516
10X-RAY DIFFRACTION10{ A|517 - A|528 }A517 - 528
11X-RAY DIFFRACTION11{ B|334 - B|393 }B334 - 393
12X-RAY DIFFRACTION12{ B|394 - B|528 }B394 - 528
13X-RAY DIFFRACTION13{ C|1 - C|119 }C1 - 119
14X-RAY DIFFRACTION14{ C|120 - C|218 }C120 - 218
15X-RAY DIFFRACTION15{ D|1 - D|25 }D1 - 25
16X-RAY DIFFRACTION16{ D|26 - D|101 }D26 - 101
17X-RAY DIFFRACTION17{ D|102 - D|113 }D102 - 113
18X-RAY DIFFRACTION18{ D|114 - D|163 }D114 - 163
19X-RAY DIFFRACTION19{ D|164 - D|214 }D164 - 214
20X-RAY DIFFRACTION20{ E|334 - E|358 }E334 - 358
21X-RAY DIFFRACTION21{ E|359 - E|393 }E359 - 393
22X-RAY DIFFRACTION22{ E|394 - E|469 }E394 - 469
23X-RAY DIFFRACTION23{ E|470 - E|494 }E470 - 494
24X-RAY DIFFRACTION24{ E|495 - E|516 }E495 - 516
25X-RAY DIFFRACTION25{ E|517 - E|528 }E517 - 528
26X-RAY DIFFRACTION26{ F|1 - F|33 }F1 - 33
27X-RAY DIFFRACTION27{ F|34 - F|59 }F34 - 59
28X-RAY DIFFRACTION28{ F|60 - F|82 }F60 - 82
29X-RAY DIFFRACTION30{ F|120 - F|134 }F120 - 134
30X-RAY DIFFRACTION31{ F|135 - F|157 }F135 - 157
31X-RAY DIFFRACTION32{ F|158 - F|190 }F158 - 190
32X-RAY DIFFRACTION33{ F|191 - F|203 }F191 - 203
33X-RAY DIFFRACTION34{ F|204 - F|215 }F204 - 215
34X-RAY DIFFRACTION35{ G|1 - G|18 }G1 - 18
35X-RAY DIFFRACTION36{ G|19 - G|61 }G19 - 61
36X-RAY DIFFRACTION37{ G|62 - G|101 }G62 - 101
37X-RAY DIFFRACTION38{ G|102 - G|113 }G102 - 113
38X-RAY DIFFRACTION39{ G|114 - G|128 }G114 - 128
39X-RAY DIFFRACTION40{ G|129 - G|155 }G129 - 155
40X-RAY DIFFRACTION41{ G|156 - G|174 }G156 - 174
41X-RAY DIFFRACTION42{ G|175 - G|198 }G175 - 198
42X-RAY DIFFRACTION43{ G|199 - G|214 }G199 - 214
43X-RAY DIFFRACTION44{ H|1 - H|33 }H1 - 33
44X-RAY DIFFRACTION45{ H|34 - H|119 }H34 - 119
45X-RAY DIFFRACTION46{ H|120 - H|145 }H120 - 145
46X-RAY DIFFRACTION47{ H|146 - H|218 }H146 - 218
47X-RAY DIFFRACTION48{ L|1 - L|25 }L1 - 25
48X-RAY DIFFRACTION49{ L|26 - L|101 }L26 - 101
49X-RAY DIFFRACTION50{ L|102 - L|113 }L102 - 113
50X-RAY DIFFRACTION51{ L|114 - L|150 }L114 - 150
51X-RAY DIFFRACTION52{ L|151 - L|163 }L151 - 163
52X-RAY DIFFRACTION53{ L|164 - L|214 }L164 - 214

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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