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- PDB-4g80: Crystal structure of voltage sensing domain of Ci-VSP with fragme... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4g80
タイトルCrystal structure of voltage sensing domain of Ci-VSP with fragment antibody (WT, 3.8 A)
要素
  • Voltage-sensor containing phosphatase
  • fragment antibody heavy chain
  • fragment antibody light chain
キーワードMEMBRANE PROTEIN / alpha helix / fragment antibody / voltage sensing domain / sensing voltage
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate 3-phosphatase activity / phosphatase activity / monoatomic ion channel activity / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
TPTE, protein tyrosine phosphatase-like catalytic domain / : / Tensin phosphatase, C2 domain / Tensin-type phosphatase domain / C2 domain of PTEN tumour-suppressor protein / Phosphatase tensin-type domain profile. / C2 tensin-type domain profile. / C2 domain of PTEN tumour-suppressor protein / Polymorphic toxin system, DSP-PTPase phosphatase / Voltage-gated potassium channels. Chain C ...TPTE, protein tyrosine phosphatase-like catalytic domain / : / Tensin phosphatase, C2 domain / Tensin-type phosphatase domain / C2 domain of PTEN tumour-suppressor protein / Phosphatase tensin-type domain profile. / C2 tensin-type domain profile. / C2 domain of PTEN tumour-suppressor protein / Polymorphic toxin system, DSP-PTPase phosphatase / Voltage-gated potassium channels. Chain C / Voltage-dependent channel domain superfamily / Tyrosine specific protein phosphatases active site. / Protein-tyrosine phosphatase, active site / Tyrosine-specific protein phosphatases domain / Tyrosine specific protein phosphatases domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase-like / C2 domain superfamily / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Ion transport domain / Ion transport protein / Immunoglobulins / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate 3-phosphatase / Voltage-sensor containing phosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Ciona intestinalis (ゆうれいぼや)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.58 Å
データ登録者Li, Q.
引用ジャーナル: Nat. Struct. Mol. Biol. / 年: 2014
タイトル: Structural mechanism of voltage-dependent gating in an isolated voltage-sensing domain.
著者: Li, Q. / Wanderling, S. / Paduch, M. / Medovoy, D. / Singharoy, A. / McGreevy, R. / Villalba-Galea, C.A. / Hulse, R.E. / Roux, B. / Schulten, K. / Kossiakoff, A. / Perozo, E.
履歴
登録2012年7月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22017年12月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
S: Voltage-sensor containing phosphatase
A: fragment antibody heavy chain
B: fragment antibody light chain
C: fragment antibody heavy chain
D: fragment antibody light chain
T: Voltage-sensor containing phosphatase
E: fragment antibody heavy chain
F: fragment antibody light chain
G: fragment antibody heavy chain
H: fragment antibody light chain
I: Voltage-sensor containing phosphatase
J: Voltage-sensor containing phosphatase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)258,91612
ポリマ－258,91612
非ポリマー00
水00
1
S: Voltage-sensor containing phosphatase
A: fragment antibody heavy chain
B: fragment antibody light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,7293
ポリマ－64,7293
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1600 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area15800 Å2
2
C: fragment antibody heavy chain
D: fragment antibody light chain
J: Voltage-sensor containing phosphatase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,7293
ポリマ－64,7293
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3650 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area19790 Å2
3
T: Voltage-sensor containing phosphatase
E: fragment antibody heavy chain
F: fragment antibody light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,7293
ポリマ－64,7293
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3660 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area19750 Å2
4
G: fragment antibody heavy chain
H: fragment antibody light chain
I: Voltage-sensor containing phosphatase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,7293
ポリマ－64,7293
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3680 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area19770 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)77.290, 94.240, 193.950
Angle α, β, γ (deg.)102.63, 93.45, 105.25
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.936891, 0.024961, 0.348729), (0.005327, -0.996313, 0.085624), (0.349581, 0.082078, 0.933304)-24.89284, 71.32969, 1.49884
3given(-0.72721, 0.682965, -0.068731), (0.683239, 0.710587, -0.168079), (-0.065953, -0.169189, -0.983374)19.45751, 46.17768, 146.1259
4given(0.665655, -0.688211, -0.288565), (-0.695836, -0.712123, 0.093237), (-0.26966, 0.13873, -0.95291)9.92621, 36.98797, 148.44418

-
要素

#1: タンパク質
Voltage-sensor containing phosphatase


分子量: 17750.729 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ciona intestinalis (ゆうれいぼや)
遺伝子: Ci-VSP / プラスミド: pQE32 with sequence encoding for Ci-VSD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL10-Gold / 参照: UniProt: Q4W8A1, UniProt: F6XHE4*PLUS
#2: 抗体
fragment antibody heavy chain


分子量: 23988.711 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
プラスミド: phagemid coding for both heavy and light chain of the fragment antibody
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): 55244
#3: 抗体
fragment antibody light chain


分子量: 22989.506 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
プラスミド: phagemid coding for both heavy and light chain of the fragment antibody
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): 55244
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 40

-
試料調製

結晶マシュー密度: 5.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.89 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1 M Na Citrate, 0.1 M Li2SO4, 20% PEG 1000, 10% glycerol, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
31
41
放射光源
由来サイトビームラインID
シンクロトロンAPS 23-ID-B1
シンクロトロンAPS 23-ID-D2
シンクロトロンAPS 24-ID-C3
シンクロトロンAPS 24-ID-E4
検出器
タイプID検出器
MAR 300 CCD1CCD
ADSC QUANTUM 3152CCD
Platus at 24-ID-C3AREA DETECTOR
4
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2x-ray1
3x-ray1
4x-ray1
放射波長相対比: 1
反射解像度: 3.58→50 Å / Num. all: 55790 / Num. obs: 55790 / % possible obs: 95.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.9 % / Rsym value: 0.144 / Net I/σ(I): 12.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
JBluceat 23-IDデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.58→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.902 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.871 / SU B: 39.019 / SU ML: 0.555 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.627 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29225 2803 5 %RANDOM
Rwork0.24794 ---
obs0.25022 52942 92.57 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 149.865 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.24 Å20.1 Å2-1.7 Å2
2---5.2 Å2-2.84 Å2
3---5.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.58→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17446 0 0 0 17446
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0217867
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.3831.95224303
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.48352255
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.92923.62710
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.362152848
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.3891584
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.030.22755
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02113411
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.581→3.674 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.388 116 -
Rwork0.397 2366 -
obs--55.16 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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